MSTRG.11232.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.11232.1.p1
Unique NameMSTRG.11232.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000080_pilon:1275339..1298665-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.11232.1.p1 ID=MSTRG.11232.1.p1|Name=MSTRG.11232.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=23327bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000080_pilon:1275339..1298665- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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TGATGGATACACTATAAAAACACACCGTGTTTGGGGATTGCAAGTCTGAC ATTAAAATCTGTATCTGTATAGTTTTGACTCGCACTCCATTTGATTTGAT CTCAGGTTCATTTTTAGGTGGCTTAAGCGAAATAAGTTATGCAATCATAC TACACTGTAAGGGAGAGAAACGTTCGGTGAAATGCACTGTAAGGGTACCT TTTCACTGCTCAAGGGCTGTACTTAAGGGTCCGATTTTGAAAGCCAATTT TTTGGCGGCACATGCCGTCGTTTAGAAATCGAGTGCCCCCGGAAAAATAG GTCATTTTGTAAACAAACAATTCTAAAAAGGTACTTGATTTTCAAAGTTC GCAATATTTCATTTTAGAGGTACACTGGCATTAAGAAATAATGTATTTGT ACTAAAAATGGCTTTCAAAACTTTTCCTGAATTATGCTCGTACTGCCCGA CGCTTTTAAAGTCATTTCTCATCACATGTTCAGTAAATTCCACTACTACG GTGACATTCTTTTAAAGGCCCTACTGGAGATTTTTAGTACGGGCCAGAAA CTATTGTTGATAAGTACTGAAAAATTTGCTTTTAAGTTTTTGCTTATGCA ACTTTTAGAATTTTGTCTCAAAAAAGGCGAAAATTTGCGAAATTAAATAT CGCAAAGTTAATTCGATTAACAAACTTTGTAAGAACATAAGGCTTTGACG GCTAAAAATTAAGAACAAGTCAAGAACATTTTAAGGCTTCATGGACTCTA AAACACCCAATTTCTCAAAACAAAAATACTCACAAAATGGTGAAAATAAG AACATTTTGAGGCTGAAACTCAGAAAGTTAAGGACACTCAAATGCTTGAT AGATTTTGTATGTTCTTATAAAAAAGGTATATGTTTTTCAAAAAGTAAAA AAAAAAAACACTCAAACCGAAGAAAGTTCATTGTTCTGAAACGACCTGAG CGTAGTATTAGTTTTCATTTTAACACAAAATGTGATCTGATATTCAGGAT TTATATTTTTATGTGGTGATCTTCAATCACGGACAAAAGGTCTATAGATA TTTCAAAAATGCATGAAAGATTTCAAAATAAGCTCTGAATACCCATTTTT ACCAGAGGCAGTGTCGTTTTTATTGGATTTGGAGAGTTTGGGTTACAATT CCGGAAGCCAAAGAATACTAAGGTTCAAATCCCTGGGTTCAATGAGCTTG CTCTTCAACTTTTTCGAGAAGACATCAAATTAGACCACACTTGAGATGGT TTAATCAATTATAAACTACAACTTCTCAGAGCTCTCTGTTGCACTCACCA CCTGTGTGGCTGAAATTCACCCATTTTCAGTTATTTGGAAGTCTAGAAAT CACAAGGACTGCTAGCAAGCCTGTAGGTGTCTTCTGCCAAATAAACACTT GTGGCCCATTTGGGAATTTCCCAAGTGTCAAAAAAGCTTTTCTTAGCACT ATATGTTTTTTTATAAGCATATGTTTTTTTGGGAAACAAGCTCAGTTATG TTTAGAGATATTTTAGACTCAGGCTCGAAGTATGTTTATCATATGCTTAT TTTTCCGAAAAAATAGGATAGGAAAATAAGTAATACATGTTTTTTTTATA AGCAATTGTCTGTCCCTATCTCAGGCTCGCATTATGCTTAGCATTCTATT GTTCTCAAACAATAGAGCCATTGTTTAGGTACCAAAAACTGAGCCTGCAT ATGCTTATAAACGTTATGCTTATAAAAGAAAAAACATGTACATCTATTAG AAATTTTTTTTAATTTTTCACTTACACACCTCAAAAGCTAGCTCAGTAAT ATGCTTGTAATATGCTTATTTTTTAGACAAATTTAGGTCTCGGTATGCTT ATAAACGTTATGCTTATAAAAAAAAACATGTATTGGGGAAGGTCTACAGA CCTTTTGTCCATGATTATTGATGCAAGTACATGCCGGTAAACTTTTTGCT TAGCTTTTCTTATTTGCCAGTAATCCATCTTGATACACGTTTTTTGTGTA AGAAAAAACTATATAAGCAGCTTTTAAATTATTCCTATCTTAGGGCCAAA ACAACAGCCTTATTCATAATTGCTAGATGTGATTTTGAAATTTGGATTTA TTAACACGTTTTTGCTTGTAAGCTAACATTTGCTTGTGATCATGATACAA GAAGTATCGAAACGTCAAGGATGAACAAAATTTTGTTTTTCGTCTTTACT TTTTTTTTGAGAATAACCTGGCCCAGAAGAAAAATTTTTTCAAGCCTTAT TCATATTCTTGTATGCTTTTTTAAATGAAAAACTGTTACTCTTTTGTACT TAATTGGGCTCTTCCAGAAAAAAACCGTTCATGGGGGGTGGAGGATGAAT TGTCCAGGGGTATTGAAAAAATACCAAAAAATTGCAATGTCCAGGGGTTA AATTCCAATGTCCAGGGGTAATTTTTTGTGTCCACAGGGTTGATTTGATG TTTGTCCAGGGGTATAACCTGTGTCCAGGGGGTTAAAAATCAAAATGTCC AGGGGTAATTCATGAAAAAAATAATATATCCTCCACCCCCCATGAACGGA TTTTTTCTGGAAGAGCCCATTGTAGGGATGGGTGGAGTAAGCAGGGGGGG GTGGTACTTCTTGTGAAGAAAATCCATAAAATGGGGGGAGGGGGTTCAAT ATTAAGTTATTTGGGGGTGATTTTCCCAAAAAAACCTTTTTGAGGAAAGT TTCATAAAATGGGGGGTTATTTTAAAATTCTACACGCTTTTTTTATAAGA GTACACTTATATGAATGTCCATGATGAAAATTGCCAAAAAATTAGGAATA CACGTATTTTTTTATAAGAATAATGTACTTTGGAGCAGGGTCAAGTATTC TTATAAAATTGTCAAAATTGAGGGTAAAATATTCTTAACATATTCTTACT TTTTTTAGACTTGACTTATTTACAAACTTGAGAAATGATCAATTTGAGAG TTTTGGACTTTTGAGTGAACATTTGGGTTAAAATTGCATTTCTTCCTCAA AGCTTAACACTAAATCTCTAACAAATGAAGCAGTTTTTTATGTTAACCAA ATACAAAATGACTATATTCTTATCAAATTTTGTGAAATTCACCCTAGGGG TATTCTTAGGGTATTCTTACGATTTGGCCAATTTCACCCTGATATTCTTA TGGAAGATATTCTTATAAAAAAGCGTGTATCGTAAGAATATAACCATCAT GGAATTAGGTAACAAAATCTAAGAATACCATTTACAGTAATTTTAACTGT AAATTGCCAGTTTTCCCCCAGTAAGACTCAAAATTTGTCATTTTTTGCTT CAGATGTGTATTTCCAGTTAAATTTTGGTTAAATTTCGACCCTAACTTAA GAAAATACCCTAAAGGGCTACTTAGACTACACAATATATTGACGAACAAT ATTCGACAATATGGTTTGCGGACCGTAATGTACGAAGTAAACAACAGGTA CTCTATTATAAAAAGGAATTTTCTTTCGGTAAACAATCCCCCTTTATTGT TGGAATATTGCAAATCGAGCTGACAATATATTGCGGACACCTTTTCAATA TATTGCCGACATTCAGCAATATATCATCAATATATTGCCTGACAATATAT TGTGTAGTGTATGTAGCCCTTGAATATTTTAGTATGATTTTCCCAAAAAA AGTTAAGAATATCCATGATGAAATGCAAAACAATTCTTGTTAAAAAACGT GTGTATGGGTTGATTTTTCCGAAAATTACAAAGTGACCCCCCTTACAAAT TAAGCACAACAGAGTAGGTACATCAGCACTGATTTTCAAGCAAAGTAAAT AAAATCCTGGCGAAAATCCTCCTTATTCCTTCCTATATGCTTTAGAATAT TTTTGACACGAAATTATCTATTAAGAGACTTTCTTTAAGTGTTCATGGAT ACTAGAAAATTATAGCGTTTAGCTTATGTACTTCCTCCTTGTAATTATGA CTTATTTTAAAGGCCTGTTCACATCATGCGAAAAACCTTTAATGTCGAAA TAACAAAACAAAATAAATTTGTAAATTAATATCGAAATAGCCAGACGATG ATTGGAAAAAAAAACATAATCAATCCATTCGTCTTGATTTTCCACGAAAA ACAATAAACGTTGCATCGTTGCTTCGTCAAATTCACCAAGACTCATCCAG TTGAATCTTTGATTGTCATATTTGCCGTGTCAATTCAAGACAGACTTAAG TCCATTTTTTCGAAAATTGACTTAAGACCATAACCCCCTATTTCAGCATG CACGCTTTCCAAAAACGGCCTTAAGTCCACAGAATTCTAATGGGAAAGAG GTGTATTTTGCAATTCAAAAAAAAAAAATTTAGAATGTTCCATAATATAT CAACCATAAACAGCCTTAAGTCCTAAATGTTAGTGCAAATTTTATTTCCT ATGAAGCATTGACATGAAATGTGTAGCCTTAAGTCCAACACATCTCAACC TTTAAAGTCAATTATCTCAAAATGGAAAAAATGGACTTAAGGCTATCTTG AATTGACACGGCGTAGAGTCGCATAGATACAGCCTGATTAAAGGACAAAA TTGAAAATAAGCTGACGCTTGGTGAAAGTTAATAATCATCATAAAACTGA AACTGAAACTTAGTTTATTTATCCAATGTAGACCAGGCCTTAGTCTTAAT CATACTTCTCCATTCTATATGTTTCAGGGGCATTACGTAATTGGAACAGG AAGACAGATTGAATGAAGAAGAGGTTAATTACCGTACAAAATTACTCTCA ACCAATTAAAAATAAATCGATCTGTTAAATCTATGCTATTGACATTTTGT GTTATGTACTGTGACAGTGTTGGCGACGAGGCAGATTTTTTTGAGGAAAG TTATTGGTTCTTTAATTGAATGTTCAACATCAAAGATGAATCTAAAGCAG CGAATCTTTGGTATTGTTTTCCTACTTGCATTCATAGCTTTTCTTGGATA TATCTCGGTCAATAGTCTAAATCCTGAATTTGACGATGTATTAATGAATC GAGAGAACCTTCATGGCGATTTACTAGCAAGATCAAGAAATAGATATCAA AACAAGTATTTGTTATCGGTGGAAAGGTTAAAATCAGAAGTTCATCGAGC TAGGAAAAAGTTTCTATTATGGCTACAGTATTTGCAATTAAACAAGAAAC GCAAAAATATTACGATGGATGTCATGAATGAAGGGCATCAAGTCAATTGT AAAGATCTAACATTACTTTTTATGGTGTCTTCAGAACTTTCTCACGAAAC ACGACGAGATGTGATCCGTTCAACATGGATGAATCAAACACATTGGAGTG ATTACCGACAAAAACGAAAAATATCTTTCGGTATGTTGTTTATAGTAGGC CGATCAAGTAATGAGACGAAAATGAACACTTTAATGGCTGAATCAAAACG GCATGGTGATTTATTAATCCTTGATTTGGAGGAAAGTTTTTATAGTTTAT CGTATAAAGTTATGATCGGTTTCCAGTGGATCACCGACCATTGCCATGGT TACCGATTCTTATTAAAAGGTGACGATGACATTTTCGTCAATATTCACTC TTTGATGAATCTTTTACACGAACCAAAAACACCAAAAACTCATCTATATG TTGGTAATACCATGTCTGTAGCTGAGGTTGTACGAAACGGGCGTTATGGC GTTTCAAGGGAGGAATATACGCGTGATAATTATCCGAGATATAATTCCGG TGGTGGTTTTGTTCTTTCAAGTGATGTTGTCCGTAATATGATTCCACATT TCAATTGGATAACACCGTTAAAGATTGATGATGCTTACATGGGTGGGTTA GTGTTAAAAGCAGGTATCGATTGTATCAATGATGAACGCTTTCACATGTA TGATAAAGGATGTGTGTTTAGGAATCAGACTATAGTTTCCCATACAGGAG ATAAAATCGTCATTAAGCCTCACTGTGCTAAACATTTAAACGACGAAGCA TTGAGACATGGTTTATTTGAAATTGATAACAATTTAGTGTAATATTTTAT GTAGTTTTTCCGATATTGACTTAGAGTTTATGACTGTTTTAGAATCTCAA ACGTGGGAGGGGAGCATTCGATTTCAAAACGACGGTATGTGCCGCGCAAA ATCTGCTTTTCCAAATCGTACCCTTACAGTGCAGTTCAATATGGCTGAAA GGTACCCTTTCAGTTGCTTTTATCTTGATTTACCCAACCCTTATAGTGCA CTATACTTCTCAGCTGTAAATCTGCGT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000080_pilon:1275339..1298665-

>MSTRG.11232.1.p1 ID=MSTRG.11232.1.p1|Name=MSTRG.11232.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=1107bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000080_pilon:1275339..1298665- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGAATCTAAAGCAGCGAATCTTTGGTATTGTTTTCCTACTTGCATTCAT
AGCTTTTCTTGGATATATCTCGGTCAATAGTCTAAATCCTGAATTTGACG
ATGTATTAATGAATCGAGAGAACCTTCATGGCGATTTACTAGCAAGATCA
AGAAATAGATATCAAAACAAGTATTTGTTATCGGTGGAAAGGTTAAAATC
AGAAGTTCATCGAGCTAGGAAAAAGTTTCTATTATGGCTACAGTATTTGC
AATTAAACAAGAAACGCAAAAATATTACGATGGATGTCATGAATGAAGGG
CATCAAGTCAATTGTAAAGATCTAACATTACTTTTTATGGTGTCTTCAGA
ACTTTCTCACGAAACACGACGAGATGTGATCCGTTCAACATGGATGAATC
AAACACATTGGAGTGATTACCGACAAAAACGAAAAATATCTTTCGGTATG
TTGTTTATAGTAGGCCGATCAAGTAATGAGACGAAAATGAACACTTTAAT
GGCTGAATCAAAACGGCATGGTGATTTATTAATCCTTGATTTGGAGGAAA
GTTTTTATAGTTTATCGTATAAAGTTATGATCGGTTTCCAGTGGATCACC
GACCATTGCCATGGTTACCGATTCTTATTAAAAGGTGACGATGACATTTT
CGTCAATATTCACTCTTTGATGAATCTTTTACACGAACCAAAAACACCAA
AAACTCATCTATATGTTGGTAATACCATGTCTGTAGCTGAGGTTGTACGA
AACGGGCGTTATGGCGTTTCAAGGGAGGAATATACGCGTGATAATTATCC
GAGATATAATTCCGGTGGTGGTTTTGTTCTTTCAAGTGATGTTGTCCGTA
ATATGATTCCACATTTCAATTGGATAACACCGTTAAAGATTGATGATGCT
TACATGGGTGGGTTAGTGTTAAAAGCAGGTATCGATTGTATCAATGATGA
ACGCTTTCACATGTATGATAAAGGATGTGTGTTTAGGAATCAGACTATAG
TTTCCCATACAGGAGATAAAATCGTCATTAAGCCTCACTGTGCTAAACAT
TTAAACGACGAAGCATTGAGACATGGTTTATTTGAAATTGATAACAATTT
AGTGTAA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11232MSTRG.11232Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11232.1.p1.exon8MSTRG.11232.1.p1.exon8Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11232.1.p1.exon7MSTRG.11232.1.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11232.1.p1.exon6MSTRG.11232.1.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11232.1.p1.exon5MSTRG.11232.1.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11232.1.p1.exon4MSTRG.11232.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11232.1.p1.exon3MSTRG.11232.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11232.1.p1.exon2MSTRG.11232.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11232.1.p1.exon1MSTRG.11232.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11232.1.p1MSTRG.11232.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000080_pilongenomesc0000080_pilon:1275339..1298665 -