MSTRG.11049.1.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.11049.1.p1
Unique NameMSTRG.11049.1.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000079_pilon:152924..172764-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.11049.1.p1 ID=MSTRG.11049.1.p1|Name=MSTRG.11049.1.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=19841bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000079_pilon:152924..172764- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
CAACCCCCGTGACAGTTTGCTTTGCGAAATCGAAAGTAATGGAACATTCG CGAAGATGGAGAGGTTGTTTTGGAAAGGGAGTGATTATTTCGTTAGCCAT TGGCAAATTCCTGCTTTGAAAATCTTCCAATATCTGTCCAATCTTTTGTC TGTTACTTGAGAAAAACTAAACATGGCTCAACTATCATTTGATGAATATG GAAGACCTTTCATTGTCTTGAGAGATCAGGATAAACAGGAAAGATTGACC GGAATCGAAGCATTGAAGGTATGGATTTACACAGTGATTTTAGTTAAAGA ATTTTTGTTTTTTACAGTCTAGGATTATACGAAATCAAGCCGGACACCCC GAAATTAAGGCTGTCCTCATATTCTTAAAGGACATTGATTAAAATCATAT CCCTAAATTTAAGGACAACACAAAATTAAGGGACATAAATTTTCAAACCT CAATTTTTTGAAAACCATCCTTCACACACACCCGATTGGCTTGGAAATGC AAATTACTGATGTTGAAACTTTTCAATATATCTCTGGAGCAAAAAATGCT GTTTTTTTTTTTTGCTCTGGAACACATGCGTTTGCCAGTGTTGCAACTTT TCTGTCAGACAGATATCCGTCCAGTTGAGATACAAATATATCATTTCCGT CTTGCCAGTAAGAGGCTTTTTGGTTCAAATGACTATGTAATCCTAAGCTT TCAGTCCATATTCACAAAACCTAGTTGCAACACTGGTTTGCCAGTCTGAG AAATCCTCTTAATTGTGCGCTTAACACCCGAGGCCATAAACGCGCAATTG CACAGTTAAGATTTACGCAGTGCAACTTCCGAAATTTGGTATTTGTTTAG GCGACCATCAATGATATGTTTTGTCAGTTACATCAATATGCCTTCTTACC TGTCTTTAAAAATATAAATAAAAGTAATCACGGGAAAGGACGCGAAAAAA 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ATAAAGATGGTGAGTGAGCAAGAGATGTCATTCTCTTTAAAAAGTAATAC CTTTAACCAGAGGAATGTAAAGAGATGGAAAAACAGCTTTTCTGATTACT CAAAGTTCAACGATCACTTCTATTGAAAATTCTATTGTAAAAACGTTGAT TAGGTCATTAAATGAAAGTCCAGAAAATGCGGCTCGCTATACAAATCGGA CGGTTTCTACATGATTTGACGATAAAAATGAAAATTTGTTTTTCCTTTTT TGCCGATTACTAGTTCAATTTTTAAGAATTTTACCAATGTATAGCAAAAG AAATTCTTAACGCAATGATATTAAATTGGTTCTTTTAGCGACAACAAAAG AAACCTATTTACTCGACATAAACTCCCTTAAGGGCAAGAGACCTGGTATA TGACGAGCCGTTTTTCCATTGTTTTCAAAAAGCTGTTTTTCCATCTCTTT ACATTCCTCTGCTTTAACAGTTCTTAATTTAGACTAGTAAACTAGTCGGT TATTACTTATAACCTTATAATAAAACTGTCAATCAAATAATGTAAACACT AATTAAATATTCAGCGCGCGTGAGAGAAAAGGAAAATAACCGACTAGAAG CTACTTCCAACGCCTTTTTTTATTCACCTAAAATCGTAAGGAGAGACATA CAGATTTCTGTATGTCTGACCCGTGCGGGATTGCATTTATTTTTCTTTCT GTTTATTGCGTTTTTAGAAATGCTCATTTATTTATATGTTCCCATGTTCA ACGTTACTATGAAATATCATTTAGTCAAAAAAGTTGGATGGATTCTCGAA AACCTAAAAAAAGTTGTAAAATTAAACAACGTTTTTTGAGGGAAGTAGCT TCTAGTCGTTGAAATTCAGAAAAGAGACGCAACTTCACCCCTTCGATTCT TTTTATTTGCTTGATTTTTTGTATATGGGTCTGTTTTTAACGACTAGTTT 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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000079_pilon:152924..172764-

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CAAGGAACCATTGATTGAAACTGCTATGACAACTTTAGGATCCAAAATGA
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ATTATCAAAAACTCCGTGAGTACGAGAAAGAAACCTTTGTGAAAATGATC
AAACAAGTTAAAGACACCGGAGCTAATCTCGCTATCTGCCAATGGGGTTT
TGATGATGAAGCTAACCATCTTCTCTTACAAAATGAATTACCAGCTGTTA
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AGCTGAGATTGCTGTAGATGCTATTTTGTCTGTTGCTGATTTCGAGAGAC
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GATGTGACAATCACCAATGACGGAGCTACCATTTTGGAAAAAATGCATGT
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TAAAACTGTTGCCAATACCCTGAAAACATCCCTTGGCCCAAAAGATGGCT
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ACAACACGTCATTGAAACACTCCACGGAAAGCGTCAACAAATCACACTGG
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TTGCGACCGGTGGTCGTATCGTACCAAGATTCAATGAATTGACATCTGAC
AAACTCGGTAATGCCGGTGTCGTTCGTGAGCTCACTTTTGGCACCACTAA
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GCCCTTCTGGAACATGCTGAATCATTACTCGACAAAGGTATCCACCCAAT
TCGAATTGCTGATGGTTATGAACAAGCTTCTCAAATTGCTGTTGCCCACT
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ATTTTGGAAAAAATGCATGTTGAACACGAGATTGCAAAACTGTTAGTCGA
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TCGAGCCACATCATGGCTGCTAAAACTGTTGCCAATACCCTGAAAACATC
CCTTGGCCCAAAAGATGGCTCAACTATCATTTGATGAATATGGAAGACCT
TTCATTGTCTTGAGAGATCAGGATAAACAGGAAAGATTGACCGGAATCGA
AGCATTGAAGATATGAAAGAACAACACGTCATTGAAACACTCCACGGAAA
GCGTCAACAAATCACACTGGCCACCCAACTTGTCCGTATGATCCTCAAGA
TTGATGACATCCGGAAAACCCACGGTGACGGGAGGCAATAGGTTGCTTCT
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TGCGTCCACGCTGGTACCAATGATCTTGGATGAAGGTAAACGAAGTATCC
ATGATGCCCTTTGCGTTATTCGTAACCTCGTACGTGATAACCGTATTGTG
TATGGAGGTGGCGCCGCTGAAATCGCTTGCTCCCTTGCGGTCAGTGCCGA
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TCAATGAATTGACATCTGACAAACTCGGTAATGCCGGTGTCGTTCGTGAG
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ACTCCGTGAGTACGAGAAAGAAACCTTTGTGAAAATGATCAAACAAGTTA
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ATGCCAAAATCCTTGCTGGTGCCCTTCTGGAACATGCTGAATCATTACTC
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TCCAAAATGAATGGACAAAATTTTGGTTTCACCTGACAATGATGTGACAA
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ATTGCAAAACTGTTAGTCGATCTATCTAAATCACAAGATGATGAAATTGG
TGATGGTACCACTGGTGTTGTCGAGCCACATCATGGCTGCTAAAACTGTT
GCCAATACCCTGAAAACATCCCTTGGCCCAAAAGATGGCTCAACTATCAT
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ATTGAAACACTCCACGGAAAGCGTCAACAAATCACACTGGCCACCCAACT
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TCCCATTGAAACTACATCGAAAGTGAAAGCTATGCAAGTCGCACAAAACA
ATCCACGATTAGGTGTTGATTGCGTCCACGCTGGTACCAATGATCTTGGA
TGAAGGTAAACGAAGTATCCATGATGCCCTTTGCGTTATTCGTAACCTCG
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TCCCTTGCGGTCAGTGCCGAAGCTGATAAGCTCATTGCTATTGCGACCGG
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ATGCCGGTGTCGTTCGTGAGCTCACTTTTGGCACCACTAAAGACCGTATG
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TCAGTTGAAGATTATCAAAAACTCCGTGAGTACGAGAAAGAAACCTTTGT
GAAAATGATCAAACAAGTTAAAGACACCGGAGCTAATCTCGCTATCTGCC
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AAGATATGAGTCATCCTCAAATGCCAAAATCCTTGCTGGTGCCCTTCTGG
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GATGGTTATGAACAAGCTTCTCAAATTGCTGTTGCCCACTTGGACAAAAT
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CTGCTATGACAACTTTAGGATCCAAAATGAATGGACAAAATTTTGGTTTC
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TCATGGCTGCTAAAACTGTTGCCAATACCCTGAAAACATCCCTTGGCCCA
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TGAGAGATCAGGATAAACAGGAAAGATTGACCGGAATCGAAGCATTGAAG
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GACATCTGACAAACTCGGTAATGCCGGTGTCGTTCGTGAGCTCACTTTTG
GCACCACTAAAGACCGTATGTTGGTCATTGAGGATTGCAAAAACACGAGA
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CTATTTTGTCTGTTGCTGATTTCGAGAGACGAGATGTTGATTTTGAACTG
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CAGTGCTTGTCAAGGGTGTCATTGTTGATAAAGATATGAGTCATCCTCAA
ATGCCAAAATCCTTGCTGGTGCCCTTCTGGAACATGCTGAATCATTACTC
GACAAAGGTATCCACCCAATTCGAATTGCTGATGGTTATGAACAAGCTTC
TCAAATTGCTGTTGCCCACTTGGACAAAATTAGTGACTCCTTTGAAGTGA
ACCCTAACAACAAGGAACCATTGATTGAAACTGCTATGACAACTTTAGGA
TCCAAAATGAATGGACAAAATTTTGGTTTCACCTGACAATGATGTGACAA
TCACCAATGACGGAGCTACCATTTTGGAAAAAATGCATGTTGAACACGAG
ATTGCAAAACTGTTAGTCGATCTATCTAAATCACAAGATGATGAAATTGG
TGATGGTACCACTGGTGTTGTCGAGCCACATCATGGCTGCTAAAACTGTT
GCCAATACCCTGAAAACATCCCTTGGCCCAAAAGATGGCTCAACTATCAT
TTGATGAATATGGAAGACCTTTCATTGTCTTGAGAGATCAGGATAAACAG
GAAAGATTGACCGGAATCGAAGCATTGAAGATATGAAAGAACAACACGTC
ATTGAAACACTCCACGGAAAGCGTCAACAAATCACACTGGCCACCCAACT
TGTCCGTATGATCCTCAAGATTGATGACATCCGGAAAACCCACGGTGACG
GGAGGCAATAGGTTGCTTCTTTGGAACAGTACGCTATGCACGCATTTGCT
GATGCTTTGGAAAATGTACCAAATGCATTAGCTGAGAACTCTGGTTTAAG
TCCCATTGAAACTACATCGAAAGTGAAAGCTATGCAAGTCGCACAAAACA
ATCCACGATTAGGTGTTGATTGCGTCCACGCTGGTACCAATGATCTTGGA
TGAAGGTAAACGAAGTATCCATGATGCCCTTTGCGTTATTCGTAACCTCG
TACGTGATAACCGTATTGTGTATGGAGGTGGCGCCGCTGAAATCGCTTGC
TCCCTTGCGGTCAGTGCCGAAGCTGATAAGCTCATTGCTATTGCGACCGG
TGGTCGTATCGTACCAAGATTCAATGAATTGACATCTGACAAACTCGGTA
ATGCCGGTGTCGTTCGTGAGCTCACTTTTGGCACCACTAAAGACCGTATG
TTGGTCATTGAGGATTGCAAAAACACGAGAGCTGTTACCATCTTCATTCG
AGGTGGAAACAAAATGCAAATTAAAGACTGCAAATTGGCTATCCTCACCT
GTCCATTTGAACCACCAAAACCAAAAACCAAACATAAGTTGGATGTCACT
TCAGTTGAAGATTATCAAAAACTCCGTGAGTACGAGAAAGAAACCTTTGT
GAAAATGATCAAACAAGTTAAAGACACCGGAGCTAATCTCGCTATCTGCC
AATGGGGTTTTGATGATGAAGCTAACCATCTTCTCTTACAAAATGAATTA
CCAGCTGTTAGATGGGTCGGTGGACCAGAAATTGAATGCAAGTCGTTGTC
ATCGTCAATTAGCTGAGATTGCTGTAGATGCTATTTTGTCTGTTGCTGAT
TTCGAGAGACGAGATGTTGATTTTGAACTGATCAAAATGCAAACCAAAGA
AGGTGGAGAATTAGATGATACAGTGCTTGTCAAGGGTGTCATTGTTGATA
AAGATATGAGTCATCCTCAAATGCCAAAATCCTTGCTGGTGCCCTTCTGG
AACATGCTGAATCATTACTCGACAAAGGTATCCACCCAATTCGAATTGCT
GATGGTTATGAACAAGCTTCTCAAATTGCTGTTGCCCACTTGGACAAAAT
TAGTGACTCCTTTGAAGTGAACCCTAACAACAAGGAACCATTGATTGAAA
CTGCTATGACAACTTTAGGATCCAAAATGAATGGACAAAATTTTGGTTTC
ACCTGACAATGATGTGACAATCACCAATGACGGAGCTACCATTTTGGAAA
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TGAGAGATCAGGATAAACAGGAAAGATTGACCGGAATCGAAGCATTGAAG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11049MSTRG.11049Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11049.1.p1MSTRG.11049.1.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11049.1.p1.exon10MSTRG.11049.1.p1.exon10Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11049.1.p1.exon9MSTRG.11049.1.p1.exon9Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11049.1.p1.exon8MSTRG.11049.1.p1.exon8Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11049.1.p1.exon7MSTRG.11049.1.p1.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11049.1.p1.exon6MSTRG.11049.1.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11049.1.p1.exon5MSTRG.11049.1.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11049.1.p1.exon4MSTRG.11049.1.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11049.1.p1.exon3MSTRG.11049.1.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11049.1.p1.exon2MSTRG.11049.1.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11049.1.p1.exon1MSTRG.11049.1.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000079_pilongenomesc0000079_pilon:152924..172764 -