MSTRG.11043.2.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.11043.2.p1
Unique NameMSTRG.11043.2.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000079_pilon:48495..69471-

Legend: polypeptideCDSexonthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.11043.2.p1 ID=MSTRG.11043.2.p1|Name=MSTRG.11043.2.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=20977bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000079_pilon:48495..69471- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
AACAGGACCGCACTACATTACGCTGCTTCTTGGGGATGCATTAAAACTTT AAATATCTTATTGAGATGTCCTGGTATCGATGTCAACAAACAAGACTACC ATGGCAAAACTCCACTCTATAAAGTAAGTGACTATGGTCATTTCTGTTTG CCGATGTTCAGACCGAGTAACTTTCATGATTTTCTTAAACATGTTTTTGT TTTAGCGAAAATTATGAATAAGGATCAATTCCATCAGGGAAATTCTTCTA CGTTGGTATATTTTTTCAGAGAGCTTGGGCTGTGTTTTTCAATGGAGATT CAATTGAATATTAAACCTCTTTTTGGTGATTCTGGCACCATCAGAACGAG CTCGACAATACACTGTACAATGATAATCATATTTACTACATATGAATAAA TTTCTTCTATTTAGGCCATGGAAATCGGTTCCATCGAGTGCGTCAAAGCG TTGATCAAAGCAGGCGCTAACACACGTATCAAGGCACAAGATTCTCGTGA TGCTTTGACTCATTTATTGCATTTCTATGGTGATGAACGCTTCGAGATGT TCAAACTTCTGTGGGATGTCTCACCAAGAACAAACGTAAGTTACACACCG CACTCTCCCTTTAAGAGGCCTAGGTCCTAGATTAAAATGTGAAGGCATCT TCGACAGGCATTGAGGCAAATTTCTTCCACTTAACATTGTTCAAAGTCTG CTTATAACACTCCCGAAAAATGTGTTCCCATTTCGTCTTCTAGGCTCTTA TCTTAGCTATTTTAATGTAATGGAATAGTATGTTGACTTAAAACTTATTG AAATTTCAATGTTCAATTTTCCAATTTTCTTCACAGGCTGAAAGCAGATT GGGTGAAATGAGCTTTCTACATATGGCTTTGATGAACAATAAACACATTG TCGTTCTGAAGTGTATCGATTACATGTTGCACCAAGGACTCGGTGTGAAC 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ATTCTTTACAGCAAAGTGACCAAAATAAACTTGATTATGCTTTAATATTA TTTCCACAGAGCGTGAGAACTGCATCAATTTGAGCGGGGGTCGACGGAAA TCCATGCAATGCATCAAACCCAACGTTAATTTCTATGAGAACTGTCTAGC AAGTGGAGGCATGGCAGATAGTAAGCTAGATTTATCTAGATACTCAAACT CCACTATCTTTGGATGTTTAAACATATCACAAGAACCAACATTGGTATCA TCAAATCATAAAATGAGATTCTCTAGATATATGAATGACTTGGAACCGAA GAAAGTTGCATCAAACACATCATTGTACTTACGACCAACTCCATCTGAGA AACGAATGAAGACATCTTCCTTGCAATACCCTGAGTCATCAGGAATGCCC GAGGTTCAATCAGAAGTCAATGTTGAATTGAAACATCTGAAAGAAGTCGA AATGGAGGCTAAAGCTCAGTGGAAAGCCAGAGTCGTGTTTAAAGATTGCT TAGAGCTGTGCACTCCAGAGCTTAAGGATGAGTTGAGGAAATTGGACTCC ACCATTAGCGAGGAGGCTTTGGATAAAACCATGATGCGTTTCATGCAGTT CGATTCCGTTCGTCGAAGTTTGACTGAAGTTGAGCGTGTTACAAATATCA TGGACCCAGGACTTTTGTCTGGTGAACGTGTCAAGCATTACCGTGCGATT GTTAATGATTATCTCGGAGAACATGGACTTTCAGATGAACATGTACCAGT AAAGGATCGAGAATCGAGCAACGGTTGCAAGTTGTTTCATGAGATGGACG ACGAAGACAAGAAGACATTGGATAAATTTCAAGAAATCTTGAAAAAGAAA CGAGAAGTTGCCAAATCTGCCAAGGAAAATAAAGGTGATGAGACCTTTTC ATTGTGTTGTTAAAATAACATACCCCGCAATTTATAAGTTTCAAAGAAAA AATTAGTGGTATCTAAACTTAAATGAGAAATGTTTAAAGGGTCTCCTAAG AAGGTCACTGTCAATAATCTAAACATTTTGCGTTACTTTTTGGTTTCACA GATCAAGCGAGTGAGCGAAAAGAAGTTTTGCCACAGCTTCCAATCAAATA TTCTGTCCATCCAGAAACATACAACGACAAAGTAAACAAAGCTGTAGTGC AAGTCAATGCTTCCGTCAAGAGAGCTACGGTCTACGTACCACAAAAAACA GGCAAAGAACGAAAAAGTGTTTTCTATAACCTGAGCAAAAGGTTTGACAC TGATCTCAGGCGACAACATGAGAAAAAGAAGGTCGAACGCGAAAAACAAA CCGGCCTATTTATTGGAAACCGGACAATCGTTCCTGTTCCGAAACATCGA CGTTACGAAGCGTCCGCAATGACGTTAGATGAGCGCCGTGAGAACGCAGA AGAATTGATGGAGAAATTTCGTCACGAAGTCGCGAACTCGTTGACGATTG ACGAAGGTGCCGGTCACCGTATGTCTGCAGATGCGTATTGCAAGTTCTTG ATCGATAACGCGTATGATTACGGTGTACCACCACGTTACGTCGAAGAGCC GCGCGTCCGACGAAAAATTCAAGAAGGCAGTTATCCTAATTGGACAGTAA AAGAGGAGGAACTTTCCGCTATTTTGAGGTATGTCCGTTATTGAATGACA AATCATTCTTTTAATTTCTTTTTACTATGGTAGACAAAAAAAACTTTGTT GATGAACGTAAATTTTTGCTTTGCTGCTCTGTACACAAAAAATGTCTACA CCGTTACAGTTACAATCGTACGTAGTCCGTGTTTATATCGTCTCTTTTGA GAAAAAAGGTTCTACGCCAAACCTTAGTAAGGAAGAAAAGAAACGTTTCT TATCCTCGCCAGGTGACAATCTTCAGGTAACTAAAAATTACTGACATCCC TCTACATATGTATCGATCACTGTAAAAAAAAACTGAAGAAAAACTTATGC CAAACCTTAGAATTTCGGCATAGATATGGGTTCGGGTTTAGGTACAGACA GCTCAAAGCAAATTCGGACACAAAGATTAAAGGATTCATTGTTAATCATT TTACTTTTTCACATTTTTAGATTCGCCTGGAAAGGCAAATTGAAGAAATT ACGTAAAGCGTTGAAAGAAGAGAAATTTCAACAGAAAATCAACAGAGTTG ACGCACAAAAGAGGTAAAATAATGGACTAAAGTAAAATATGAAAGGTAGT TCTGAGCATTTGACGAGTAAGCTAGAAGGGTTCAAATACAAAGCAGAGTA ACCTTGTGCTACGATTATAAAACAAAGCCAAAAGGTTTACTCACCTGGTG TGTTGACTTTCTCTCTGTCTAATTCGATCTTCAGGGGACCTAAGATTTTT CTTCAAATTGGAGAAATACTCGAATTACAGAGAGTAATTTGAACCACTTT TTCAACCAAAGGGGACCAATATTTTAGTTCAAATTACAGAATGATTCAAA TAATAGAAGTTTAAGAGAGTTGACTATATTAATTTTGGACTGTTCTCAAA GCAAAACTTATGAACAAGTCATCCATTATTTTCCGTATTTACACTCTAAT GAGGTGATTTTATATCCATGGGGACAATATCTTTCAATGTGTTTCTTTTC ACTTTAACAGGACCGCACTGCACTTCGCCGCTTCTTGGGGATGCATTAAA ACTTTAAATATCTTATTGAGATGTCCTGGTATCGATGTCAACAAACAAGA CTACCATGGCAAAACTCCACTCTATAAAGTAAGTGACTGGTGTCACCGGT GTTAGGTAGCTTTCAAGATTTTCTTAAGACAGGTTATTGTTTTAGTGAAA ATTATGAATAAAGATTAGTAATTCTATCAGGGAAATTCTCCTACGTTGGT ATATTTTGTGACTCGTTTTCAGAGATTTTGAGCTGTGTTTTTCAATGGAG ATTCAATTGATCATTAAATCTCTTTTTGGTGATTCTGGCACCATCAGTTA ACATCACGAACTCGAAAATACACTGGATATACAGTGTACAGTAAACATAT TAACACATATGTTGAACTTTCTCTCGTTTAGGCCATGGAAATCGGTTCCA TCGAGTGTGTCAAAGCGTTGGTCAAAGCAGGCGCTAACACACGCATCAAG GCACAAGATTCTCGTGATCCTTTAACTTATCTGTTGCATTTCTATGGTGA TGAACGCTTCGAAATGTTCAAACTTTTGTGGGACGTCTCACCAAGAATAA ATGTAAGCTATACACCGCAATCTCCCTTTAAGAGGCCTTAGAACCTAGGC ATCTTAACAACATCTTCAGTTTGTATTTTTAGCATCAAGAAGCATTTTGG GATAAAATACTGTACTCTCTTAAAAGTAACATTGTTTATTTTCTGCATGA AAAACTGGATCCATTTCGTCGATTTTAGCTATTTTTGATCAAATGAAATT GTAGGCTTATTGAAATTTCAATTTTCTCCACAGGGGAAAAGCAGATTGGG CGAAATGAGCTTTCTACATATGGCTTTGATGAACAATAAACACATTGTAG TTCTGAAGTGTATCGATTACATGTTGCACCAAGGACTTGATGTGAACGCC AGAGAAGGCAACGGTCGGTAAGTGATTGCAACCATATTATGTTCTACGAG TATCTGCTTTGTTTTGTTGGAAGAAACTCTCCTACATGAGGAAATCTCAT GTCCAAGTGGCGGAAAAGATAACATTGCTCACATTCAAATTCATATCTTA TGACATATTCGTTTAAAGACAAAATGGAATAAATGTATCAATACGCAATT CCCATGCTTTAACTCTTTCAACTTCAACTTATAGAACCGCAGCTCATATT GCAGTCATTGATGGACGAGCAGATATTCTTCAATTATTGATGGCTCACCA GATGAACCCTCTTTACGAAGATCTCGACAATAAGACTGTCATCGATTATG CTCAACCCGACTCAAAGTAAGTATCTTCGTACAATCGATTATTTATCACA CGATTGCAATCGAAAGGAAACGAACACCAGACCAAATCAAATTAAATCGA ATCTAATTCATCAATTAAGATTTCATTGTCGAATTTGTTTCCAAGTAGTT GGCATTTTACCGTTTTCGATTTAGTTCGATGTATATTCTAGGAGTGATAG AATTCCAACCGAATTCATAAAAATTGCGCAATCAAGGTTTGGATGACATT CTGAATCTAAAGCTAATGATTATAAGTCATCTTCCGTTCTCTTCGTTTTT CAGGATTTACAACCTCTTGCAAAATTACTTCGAGTACGGTCCAGGCGACA TTGCAGAAGCCTCAAACCTCCGTGATGGCTCAAACAAACAAAATGTGTAA GCAAGTAAATTTCAATAGAATATTTTTTACGTGTTCCCCTTATAATTAAC TAGACCTGATTGTTAAAGAAGTCAATCGGGAATGTGTTCAAGTAATGAAG ACAAGTAAATTGACAATCCTTTCAACAAAAAGATCTGTCTGGAACTAATT TTTAATGTTTTGAAGTGAAAACATTCTTCTGTTGTTGGCACTTGACACAA ACTCATCGTACAACATTTTAATCACCCTCTTTTTTTTCGTTTTCAGGCGA CAAGCAGAGGAATACAGAACCAAATATTTCGGTCATCAATTTCTCTGATT TCATTCATCAGCCGTAGCGTCGCATTTTATATATTCTTTATCAAACGTAT ATTTAATATTCTCATAAAAATCAAAAAAATTTAACCTAGGATTTTGTACA TAACTTTTATATAAATAATTTTGTTTTTTCTTCGCAGATTTTTTTCCCAT TTCTCAATTTTTGTAAATTATTCTTCTCATCATGGATTTGTTTTTATTAT TTACCTTGTAAATATATACCTATACCG

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000079_pilon:48495..69471-

>MSTRG.11043.2.p1 ID=MSTRG.11043.2.p1|Name=MSTRG.11043.2.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=4230bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000079_pilon:48495..69471- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
GCGACAAGCAGAGGAATACAGAACCAAATATTTCGGTCATCAATTTCTCT
GAGATTTACAACCTCTTGCAAAATTACTTCGAGTACGGTCCAGGCGACAT
TGCAGAAGCCTCAAACCTCCGTGATGGCTCAAACAAACAAAATGTAACCG
CAGCTCATATTGCAGTCATTGATGGACGAGCAGATATTCTTCAATTATTG
ATGGCTCACCAGATGAACCCTCTTTACGAAGATCTCGACAATAAGACTGT
CATCGATTATGCTCAACCCGACTCAAAGCTGAAAGCAGATTGGGTGAAAT
GAGCTTTCTACATATGGCTTTGATGAACAATAAACACATTGTCGTTCTGA
AGTGTATCGATTACATGTTGCACCAAGGACTCGGTGTGAACGCCAGAGAA
GGCAACGGACGGCCATGGAAATCGGTTCCATCGAGTGCGTCAAAGCGTTG
ATCAAAGCAGGCGCTAACACACGTATCAAGGCACAAGATTCTCGTGATGC
TTTGACTCATTTATTGCATTTCTATGGTGATGAACGCTTCGAGATGTTCA
AACTTCTGTGGGATGTCTCACCAAGAACAAACAACAGGACCGCACTACAT
TACGCTGCTTCTTGGGGATGCATTAAAACTTTAAATATCTTATTGAGATG
TCCTGGTATCGATGTCAACAAACAAGACTACCATGGCAAAACTCCACTCT
ATAAAGCGACAAGCAGAGGAATACAGAACCAAATATTTCGGTCATCAATT
TCTCTGAGATTTACAACCTCTTGCAAAATTACTTCGAGTACGGTCCAGGC
GACATTGCAGAAGCCTCAAACCTCCGTGATGGCTCAAACAAACAAAATGT
AACCGCAGCTCATATTGCAGTCATTGATGGACGAGCAGATATTCTTCAAT
TATTGATGGCTCACCAGATGAACCCTCTTTACGAAGATCTCGACAATAAG
ACTGTCATCGATTATGCTCAACCCGACTCAAAGCTGAAAGCAGATTGGGT
GAAATGAGCTTTCTACATATGGCTTTGATGAACAATAAACACATTGTCGT
TCTGAAGTGTATCGATTACATGTTGCACCAAGGACTCGGTGTGAACGCCA
GAGAAGGCAACGGACGGCCATGGAAATCGGTTCCATCGAGTGCGTCAAAG
CGTTGATCAAAGCAGGCGCTAACACACGTATCAAGGCACAAGATTCTCGT
GATGCTTTGACTCATTTATTGCATTTCTATGGTGATGAACGCTTCGAGAT
GTTCAAACTTCTGTGGGATGTCTCACCAAGAACAAACAACAGGACCGCAC
TACATTACGCTGCTTCTTGGGGATGCATTAAAACTTTAAATATCTTATTG
AGATGTCCTGGTATCGATGTCAACAAACAAGACTACCATGGCAAAACTCC
ACTCTATAAAGCGACAAGCAGAGGAATACAGAACCAAATATTTCGGTCAT
CAATTTCTCTGAGATTTACAACCTCTTGCAAAATTACTTCGAGTACGGTC
CAGGCGACATTGCAGAAGCCTCAAACCTCCGTGATGGCTCAAACAAACAA
AATGTAACCGCAGCTCATATTGCAGTCATTGATGGACGAGCAGATATTCT
TCAATTATTGATGGCTCACCAGATGAACCCTCTTTACGAAGATCTCGACA
ATAAGACTGTCATCGATTATGCTCAACCCGACTCAAAGCTGAAAGCAGAT
TGGGTGAAATGAGCTTTCTACATATGGCTTTGATGAACAATAAACACATT
GTCGTTCTGAAGTGTATCGATTACATGTTGCACCAAGGACTCGGTGTGAA
CGCCAGAGAAGGCAACGGACGGCCATGGAAATCGGTTCCATCGAGTGCGT
CAAAGCGTTGATCAAAGCAGGCGCTAACACACGTATCAAGGCACAAGATT
CTCGTGATGCTTTGACTCATTTATTGCATTTCTATGGTGATGAACGCTTC
GAGATGTTCAAACTTCTGTGGGATGTCTCACCAAGAACAAACAACAGGAC
CGCACTACATTACGCTGCTTCTTGGGGATGCATTAAAACTTTAAATATCT
TATTGAGATGTCCTGGTATCGATGTCAACAAACAAGACTACCATGGCAAA
ACTCCACTCTATAAAGCGACAAGCAGAGGAATACAGAACCAAATATTTCG
GTCATCAATTTCTCTGAGATTTACAACCTCTTGCAAAATTACTTCGAGTA
CGGTCCAGGCGACATTGCAGAAGCCTCAAACCTCCGTGATGGCTCAAACA
AACAAAATGTAACCGCAGCTCATATTGCAGTCATTGATGGACGAGCAGAT
ATTCTTCAATTATTGATGGCTCACCAGATGAACCCTCTTTACGAAGATCT
CGACAATAAGACTGTCATCGATTATGCTCAACCCGACTCAAAGCTGAAAG
CAGATTGGGTGAAATGAGCTTTCTACATATGGCTTTGATGAACAATAAAC
ACATTGTCGTTCTGAAGTGTATCGATTACATGTTGCACCAAGGACTCGGT
GTGAACGCCAGAGAAGGCAACGGACGGCCATGGAAATCGGTTCCATCGAG
TGCGTCAAAGCGTTGATCAAAGCAGGCGCTAACACACGTATCAAGGCACA
AGATTCTCGTGATGCTTTGACTCATTTATTGCATTTCTATGGTGATGAAC
GCTTCGAGATGTTCAAACTTCTGTGGGATGTCTCACCAAGAACAAACAAC
AGGACCGCACTACATTACGCTGCTTCTTGGGGATGCATTAAAACTTTAAA
TATCTTATTGAGATGTCCTGGTATCGATGTCAACAAACAAGACTACCATG
GCAAAACTCCACTCTATAAAGCGACAAGCAGAGGAATACAGAACCAAATA
TTTCGGTCATCAATTTCTCTGAGATTTACAACCTCTTGCAAAATTACTTC
GAGTACGGTCCAGGCGACATTGCAGAAGCCTCAAACCTCCGTGATGGCTC
AAACAAACAAAATGTAACCGCAGCTCATATTGCAGTCATTGATGGACGAG
CAGATATTCTTCAATTATTGATGGCTCACCAGATGAACCCTCTTTACGAA
GATCTCGACAATAAGACTGTCATCGATTATGCTCAACCCGACTCAAAGCT
GAAAGCAGATTGGGTGAAATGAGCTTTCTACATATGGCTTTGATGAACAA
TAAACACATTGTCGTTCTGAAGTGTATCGATTACATGTTGCACCAAGGAC
TCGGTGTGAACGCCAGAGAAGGCAACGGACGGCCATGGAAATCGGTTCCA
TCGAGTGCGTCAAAGCGTTGATCAAAGCAGGCGCTAACACACGTATCAAG
GCACAAGATTCTCGTGATGCTTTGACTCATTTATTGCATTTCTATGGTGA
TGAACGCTTCGAGATGTTCAAACTTCTGTGGGATGTCTCACCAAGAACAA
ACAACAGGACCGCACTACATTACGCTGCTTCTTGGGGATGCATTAAAACT
TTAAATATCTTATTGAGATGTCCTGGTATCGATGTCAACAAACAAGACTA
CCATGGCAAAACTCCACTCTATAAAGCGACAAGCAGAGGAATACAGAACC
AAATATTTCGGTCATCAATTTCTCTGAGATTTACAACCTCTTGCAAAATT
ACTTCGAGTACGGTCCAGGCGACATTGCAGAAGCCTCAAACCTCCGTGAT
GGCTCAAACAAACAAAATGTAACCGCAGCTCATATTGCAGTCATTGATGG
ACGAGCAGATATTCTTCAATTATTGATGGCTCACCAGATGAACCCTCTTT
ACGAAGATCTCGACAATAAGACTGTCATCGATTATGCTCAACCCGACTCA
AAGCTGAAAGCAGATTGGGTGAAATGAGCTTTCTACATATGGCTTTGATG
AACAATAAACACATTGTCGTTCTGAAGTGTATCGATTACATGTTGCACCA
AGGACTCGGTGTGAACGCCAGAGAAGGCAACGGACGGCCATGGAAATCGG
TTCCATCGAGTGCGTCAAAGCGTTGATCAAAGCAGGCGCTAACACACGTA
TCAAGGCACAAGATTCTCGTGATGCTTTGACTCATTTATTGCATTTCTAT
GGTGATGAACGCTTCGAGATGTTCAAACTTCTGTGGGATGTCTCACCAAG
AACAAACAACAGGACCGCACTACATTACGCTGCTTCTTGGGGATGCATTA
AAACTTTAAATATCTTATTGAGATGTCCTGGTATCGATGTCAACAAACAA
GACTACCATGGCAAAACTCCACTCTATAAA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11043MSTRG.11043Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11043.2.p1MSTRG.11043.2.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.11043.2.p1.exon6MSTRG.11043.2.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11043.2.p1.exon5MSTRG.11043.2.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11043.2.p1.exon4MSTRG.11043.2.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11043.2.p1.exon3MSTRG.11043.2.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11043.2.p1.exon2MSTRG.11043.2.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.11043.2.p1.exon1MSTRG.11043.2.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000079_pilongenomesc0000079_pilon:48495..69471 -