MSTRG.10200.2.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.10200.2.p1
Unique NameMSTRG.10200.2.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000070_pilon:783749..791970+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.10200.2.p1 ID=MSTRG.10200.2.p1|Name=MSTRG.10200.2.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=8222bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000070_pilon:783749..791970+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
tttacagaaaaattacaaagacGAACTAAATGAACACTATAGCTGAATTG
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CTATAGCTTTTTTAACAACTTTCAGACTGTTACAgtcttgtttaaaattt
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TATTtcagagaaatatttttgaaacgaTTTGAAACTCTTTgactttttat
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TGACGTTGATGGTGTTctatttacttttactttttacaGCATCTTCAAAG
TGATCAGCAAGTCAATGGCAGACTTTTTGTTCAGTATTCTAGTAGAGATT
TTCTTCCTGATTCAAGTATGTATTCTTCTTCATCTAAAATGCCCAATCAG
GGTTGCTTTGCTTGACATTTGTGATTTTTGGTTTGGAGAAAGCAATTCAG
GTCAGACAATTTCCTGTCCTGTCTCTGATGAATTGTCATTCAATAAAAGC
TTTAAAGGAGGTATTTTTGTCTCAATTCAGCTAAATTCATTTAAGTATCA
ATATTTGGTCCAATTTGTTGTGTAAGCTTTGTTTCTTGTCCTGagaagaa
aaagtaaaacaggagttgaatttgTTGGTAATTGgttgttaaagtctttt
gatttagACTTTTTAGTATAACGCAAGATTGCTCTGAATATACTTACTAC
TATCAGTATcaaagatttctagccttctaatatacgaaaattgaatatta
caatagcatacatctcctgtttctttatacctccatgcttaTTCTCTTCC
ACAATAAAGAGTAGGTCATTTTAAATGTATCTTAATGAattaagttaaaa
ttttctcaatttctcTTTACTCTCTCCGTTTATTATGAAAAGAGAATTTA
CTTTAGTGTGGTATCTAATTGGAATATTTTAAGGTGATCAGGGCTTGACT
TTCAATGAATTAGCAAACAAAAGCAAAGTTGCCAAACAAAATAGATCAAG
CACTGATAGATCTTCATAAGTTATGACATCATTCACTAACCATGTTATGT
TAACTtacttttaagttttttttttctaaatagtatttatcatattttta
gGCTCAATTGGTGGGGCTTATACCAGTGTTTGGCACCACTCTCTTATATG
TTCACATGTCTCTCCTATACTCGCTATACGCATTTGAATACACTTGGTCA
AACCTTGGGTGGACCGTTGTACGAAGAGTAGGTTTCATTGAAACTTATTG
GCCCTATTTCACTGGATTTGGTTTTCTCTTGTCTGTATTGACGTACATCT
CAACATCAACAATAGCAAGGTAGTATTGGTTGGTATTCCGTATTGTTTGG
TTTAGTTTGTAACTGAAATGATTTGAAGTGACCTGCAGTTTTAACCCGca
aaaaatcaagtttgaagTGACCTGCAGTTTTAACCCACAAAAAATCAAGT
ATGGTAGTGCCAATTTACCGTCTTCCTAAGTCAAACTTTCTCTttcgctg
aaaaacacaaatGCGTAAAACTGTCATTACATCGTTTGATAAGGCTAGTT
TTAGACAGTGTATAATTATCCTATTTTAAACTTTTCCTTTAGTGCTGGTA
TATTTGGTACTGTTTTCCCAGTATTTATTTTGAGTGCACTGGAAGCAAAG
CCACACGAAGAATGGTAAAACATTATCACTCATgtatactttcaattttt
ttgcacaaGGTGTAAGAACTCTCCTGTTTATTAGGCTACAAAGCTTGCAA
ATGAAATAGATCTAAAACCTATACGTTAATCAGTCTatcatttcaacatt
tttctgtGTATCTAATAGCTGCACTATCTTCATTAATTGCAGTTTTATAT
ATTTACAGTGGGAACCTGATTCCGATTTAAACACACTAAATTCTTTTCTC
TTAGTTGGCTTAGTTCAGTATAAAAGAGCCAAGTTTTCTCTGTTTCTCTC
ATTTTAGTGAATATCCACTGAGGTTGTTTTCATTGGTGATATGGCTGACA
aacaaattgttcttattcagATCACCTGtcaaaagtaaatcaagtaCTGA
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ttgaattttctctcTACGACAGTAAAAGTATGAGAATTTTACTGTGGGTA
GGGTTGAATTTCTCTCCCGTTCAAGTCTCCAATAACAGGGATAGTGTAAA
AAAGGTCCTTGTTGTGAGACTTATATAGTGCTTTATTTTTAAAACCCACC
AAACAAATTGAAATTCGTGGtctatctttccaaaaaagatgTTGCTCTAG
ATTTACTGAATTTTATAAAGGAAAGCTATATAGACTTATCAAGTTACCAA
GGAGTTATACTAGGTATTAATCCTATCTCCCAACGAAAGATCCATCAATT
CTCACCATAAATGGAGCCTCAACTATAATAGTCTTCACCCTCTCTTAGTA
CAGGTTTTAGAAGGGTGTGACGGTTGGTGCGACGGTTGGGGCCAACCAAA
ATAGACTTGGGAATAGCTTATACATTTTCTTATTCATGATCTATCatgtc
ataattttttttcctttgtgCTGCTTGTTTTGTTCTAATAAATGATGGGA
AAAAAGACTAGCAGACTAACAGGGCCATATTTTTAAGAGGTGCAAGAATT
TGGTACTAAATTTTATTGATATTGTTAGTTTCTTAAGAATTTTTTGTGAA
cttgtttattttataaatctataaTTATTCTAAAATTGTAAATACATTGA
ACTATAGTTTTAAATAAATAGCATGTAAATTTTGTAGCTTTCGAGCACTA
AGCAGTACCTATGAAGTGTCACAGCCTCCAGCTCTTGCATAAGTTAGTGC
AAGATCAATCCCAGCTAATACCTCGAAAAATTGATCTAAAAGTTTATAGT
GGTTTCTCCAGCTTCTCAAATCAAGAATTAATAACTGGCCAACTTTAGAT
TTAATCAccaaattaaatcaaaaatggCATATCTGTCAACAAGTAAATTA
AATCTGCGCCAAAGTATTCTTCTTAAAGATACATCTTTTCATTAATAGGG
AATGtctaaaaatgagaaacaagaaaaatataaagtgcTTCGTGTCACCC
AATTGGATGCTGAGCAGATTGACAGTTCAATTTTCAGTCTACTCAAAGAC
TCTTTGGTCAATTCCTTGAAAGCTGAACCGTTTTGTAAATTATTGAACTT
TGAACCAGAGCTATCAGTAAGCTTGCAAGCAGTATTGTGGTATTTCTCTG
TTTACAAACATGGGAAGACAGTCGGTCAAAATATGCTTGGTACCGAATTG
GTTGGGGTGAATGGTAGAAAAATCAATAATATTCAATGTTACGGGCTTTT
ATTTGCTATATTTATACAATGGTTTAAAAATAGAGAAAGTTTATGGGTGA
AGTTGATGGATAAAATGGATTTGAACGGTACATCACTGATGAGAATATTT
AAATATATAGAATCTTGTTCCGAGATTATAGTTTATGTGAATATGTTGTT
ATTTTTGACGAGTGGAAATCATGTATCAGTTATTGAGAGATGTTTAAATT
TGAAGCATGTTTATACCAATAAACCCTACCCGAGATATATCGATTATGAT
TACATACGTAAAGAAATGGTTTGGGATACGACAACAAAGACGATGTTATG
TTTACTGCCcttaattaatttcaaaaaaatttcataccatttgaacagat
tttttaattccaagaaattgattttaaaagatgATAATACTGAAGTACAT
TTGAGTATGTCTTGTTGTTTATGTAATGAAACACTAACAAATCCATACCA
AGTTGGCTGTCCACACTGGTATTGTTATTATTGTTTGATGGCCAACTTTA
TTGATGGTAGTTTTACTTGCATCCTTTGTGGAATGGTTACTGAGACGTTC
AAGCCAGTAATTTTTCAGAAAcgctaattttttgaaatatttttgtattc
tTTTCCGAATCTGAATTAATTGTTATTGTTAATGATCGAGTGAATTTGat
ttatataaaatataaaacagtTGAAGTTAAAGGAGTTGCCTGAACATTGT
Cacaaaagtggcatgaaactgccagtatcagaataaaaaagtttttgttt
ttttctttctgactttaaaatataaaataattttttttaacgttGGAGAA
ACTCGGGGGAAGGGGGTTCATCATTTAATCATAATGCCTGtatattttga
tgtattattttaaaaatgaattgtaatttattatgaatatttttttgaca
ttCTTTATTAGCTTCCAAATTATTCTAGCCTTAACTGAAATTGCTAAGAT
CTTTTAATCAAgatattctatcaaaatttcaaaatcttaaacgTTGTATA
ACCTATTGCCATGTCCTCttattgttttagatttttgattGAGTTTCAAA
CCAGTTTTATTCTGATCCTCTT

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000070_pilon:783749..791970+

>MSTRG.10200.2.p1 ID=MSTRG.10200.2.p1|Name=MSTRG.10200.2.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=876bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000070_pilon:783749..791970+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGtctaaaaatgagaaacaagaaaaatataaagtgcTTCGTGTCACCCA
ATTGGATGCTGAGCAGATTGACAGTTCAATTTTCAGTCTACTCAAAGACT
CTTTGGTCAATTCCTTGAAAGCTGAACCGTTTTGTAAATTATTGAACTTT
GAACCAGAGCTATCAGTAAGCTTGCAAGCAGTATTGTGGTATTTCTCTGT
TTACAAACATGGGAAGACAGTCGGTCAAAATATGCTTGGTACCGAATTGG
TTGGGGTGAATGGTAGAAAAATCAATAATATTCAATGTTACGGGCTTTTA
TTTGCTATATTTATACAATGGTTTAAAAATAGAGAAAGTTTATGGGTGAA
GTTGATGGATAAAATGGATTTGAACGGTACATCACTGATGAGAATATTTA
AATATATAGAATCTTGTTCCGAGATTATAGTTTATGTGAATATGTTGTTA
TTTTTGACGAGTGGAAATCATGTATCAGTTATTGAGAGATGTTTAAATTT
GAAGCATGTTTATACCAATAAACCCTACCCGAGATATATCGATTATGATT
ACATACGTAAAGAAATGGTTTGGGATACGACAACAAAGACGATGTTATGT
TTACTGCCcttaattaatttcaaaaaaatttcataccatttgaacagatt
ttttaattccaagaaattgattttaaaagatgATAATACTGAAGTACATT
TGAGTATGTCTTGTTGTTTATGTAATGAAACACTAACAAATCCATACCAA
GTTGGCTGTCCACACTGGTATTGTTATTATTGTTTGATGGCCAACTTTAT
TGATGGTAGTTTTACTTGCATCCTTTGTGGAATGGTTACTGAGACGTTCA
AGCCAGTAATTTTTCAGAAAcgctaa
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.10200MSTRG.10200Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.10200.2.p1.exon1MSTRG.10200.2.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10200.2.p1.exon2MSTRG.10200.2.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10200.2.p1.exon3MSTRG.10200.2.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10200.2.p1.exon4MSTRG.10200.2.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10200.2.p1.exon5MSTRG.10200.2.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10200.2.p1.exon6MSTRG.10200.2.p1.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.10200.2.p1MSTRG.10200.2.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000070_pilongenomesc0000070_pilon:783749..791970 +