MSTRG.10175.1.p2 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.10175.1.p2
Unique NameMSTRG.10175.1.p2
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000070_pilon:276608..291529+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.10175.1.p2 ID=MSTRG.10175.1.p2|Name=MSTRG.10175.1.p2|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=14922bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000070_pilon:276608..291529+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
tttttttaacttatGGCTTCAAAGAAAAGGAAATTTTACACAAATAAAAT
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AACAACTTTTTCCCGTTGTTGCGTTCTATTTGTATGCAATTcagtcactt
taaactttcaaggcaaaaaaattctatttgcGGCAAAACACTTCGGGGTT
TGATTTTcatatgattttatttttggtgaGGCTCTTGCTAAATTTCCACT
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TAATGACCTCTAAACAAACTGAGGTAGAAAACTATCCTATCCAGACGTCC
TGGCCCTAGACATTTAATTATACAAGGATGGTTTTTGGAGATATTAATTG
GATGTCGTGGTTTTAACTGCTGTCGAACCATCATCATGATGATCAAACAA
GCTATTTTGCCAAATGTGGATGTATTTAATCAAAAATAGAAAGTCATTCA
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ACGTAATGTAATATTTCTtgagttttgaattttcaatgttttgaatttct
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ACGAATCATGCACGGCGAATACGACTTTCCAGCACCGGAATGGTCTAAAG
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GTTAGAGTCGAAGCAGGGCCAAAGCATCCTGACTAGTAGGCCTTAATAAA
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gccagttttagatctgatattttacttaactttttatttttatttattcg
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TCTCTTTAcctgttatatttttttgaatttcaatattgGTTGGAAAGAAA
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TCTTGCATTCGGCTATATCTTATTGATAGGAGAATCTCTTCATTTTTTGT
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ATAAAAAGCACTCGATTTCTTCGATTCGACGAGAACCAGTTGCTTAGTGC
AGGTTTATGATCAGGGAGGTTTATGATCAGGGAGGTTTGTCATGAGCCGA
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GGCTTCGAGTTATCCTGTACTTCTCTGAGAACAACGGGCTATTTTCATTT
CCTTGAGtacctttttgttttcattgtagcgaggaagaattttgaaatca
gcTGAATTTTACACTCTTAACTGAACTTAAAATCTTTCATTCTTCCCAAc
ccaatcatttttttttttccgatattTTCGGTTTGCTTCGTTGAATaagt
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TGAAACGGAAGAAAGCTCAACTTGAAGGGTACAGTATACTAATCTAAagg
aataaaattttgattatagTGTGTGGTAGCAATCTCACCCCCTTATCTGT
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GACTTGACTTCGACTAAAACTATTGTCCTTTTTAGTAATACCAACGCGAA
TCCAGCTATATCACATTTGtattatttcaaatttgtctAATGTTTGCTTG
TAACCTAGTGCATTAAAATACCTATTCTCTTTAcctgttatatttttttg
aatttcaatattgGTTGGAAGAAACCTACCACCTTGCCACTAGAGTTGCG
GTTTAAAGTCAAACTTAGTCTTTTTCGGGGTTTTCCGTACAAACGACAGA
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TAAAGGATTACGTCATgcatgaataaaatgaattatAATTTGATGCTTTG
GTTTTCCTCTACAGAAGGTCAAAAGATACAGATGGAGGGTCACCGAAGAT
GGCGCGCAGTAATTCTCCTGTGGAGACTTCTGACATGAAAACCTTACGGG
ATATGATTGCTTTTCTTTATATGCCACCTTTGGATAAGAAAAGTATGTAT
ATTTTTAGAGTGAATAAGTGccgtgtactcttaggtgccaaataaacggg
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aatcaggcatTTTGGAGCCAAATAAAGGGACTTCTTTTTgtcaactgaaa
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ttggcaaattttttcgaaaaattaacaagcgggggggggggggggtccgt
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TGGTGTTGAATTAAGCCTCTACGAACTGTTTATGAGGGCAATACcttaaa
aaaaagtattgacctcgatttcaaaaagtattgtcCCGAGGGCAATACGT
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GGTTTTAGCCAATTTTTGTGAATCTTTATAGTCCTAGGCCTCTAAACTGT
TTTTTATTAATGGactaaaaaataatgaatactAATCAAGTTGAATAATA
GTTTGTCGAATTATAGCTAGGCCAATTTAACCTAGAACACATTTCTATCC
TCTCTTATTCAATAGACAGTCCAACATTTGAGGAGTTTTTACGTTTACTA
ACACTGGAAGCCTTGAAGCATAATGATGGTTTAAGAAGGCTGGAAACTGT
ACTCGCGCAAGAACATTGGAATGGtatgaaaatgtttcttttatagGTTC
AATCAACGGTCTCAGGTATCATAGATGATGAAATTCTGAGATTATGAGCG
TTGGATCGGTCAAAAGCGcactaaaaaaatgaaattactcTACTAAATTC
AATACTGTTTAAATTGTAGCAAATTATTGAATTACCGAATCAAGGCAAAT
TCCCGAATTTAAAGgaataaaaattcttaaaatgctGATATTTGCACCAA
TAGCGTTGTGGGTCGACCAAAGTTGGAGCAGACTGAGGATGCAATTTTCG
AAAGTGGGTATTTGGCGCACCCTATTAAAAGTAAATATCTTAGTAAAACT
TACGCGAGCGAAGCGACCACGAAAATTTGTgggtattttttcttattttg
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TAGTTATCAGCGGCACCCCTTGTCTTTTCATAAGAAGCTCGGCCACGGTA
GGGGTGTACTGCCCcttgccaccacgctactgattTGCACCCCCTCTCAA
TAGTTTCGGCATTGTACTAgcattttcaaatcttgaatgaATATACTACG
TTTTTATAAAAGGTTTCTCTTTTAGGTCACGAATATACTCGACCAGTCAA
TAAAAACCATTTAGCAAAGAACTTGAGTGATATTGTCATGCATTATCATT
ACCATCAAAACCACCCTCTAGGATGATCAAGACGAGCGATTTTTCTATTT
GGATAATCAAGACAAAATAATTGCACTCCTTCCTCCTCCTTTTTGAGTAA
TGGAGGCAACACCTTCTATATTGATACCAAGTAAAGAATATTGAATACAT
CAATACAACATGAGAGTCATCAGGAGACACTATCTATTCAGGGTTATCAA
TGCAATTAACTATCCTGGGTTAAAGAAAGGAGACGTGATGTGAAAATGGT
ATTCTTATTAGGCATGATGATATTTATGGCAGTTAAAACGTACGCCCGCC
AATCTGTACGTAAGAAAGAATGCTGTACAAAAGGTTTTATTTACAACCTT
GCACACGCACGTTTTAACAACATAAGTCTTCTCATGTTTAACCTCAAATG
CAAAACTTGTATTGCATAATTTGCTCTTGGGTCATCGAGATATGACGAGA
AGAATGATTATTTGACTGGGTAATcaaggaaaactttttttaaagcaatC
TCGTTGGCTGCATCAAAAAGGGTTATGTTTTCCGGAGCTCAACtcaattg
atttttcaaatcattGCTAGCATTTTAGGTGGCTTTCAATTTTTGCTGGT
GGTTTTCTTACGTACAAATTCGAAGgaatgattttttaatattttattta
gaTGTTTTGTTGTGTGCATTTAATAGTTTGATGGatgtcttttgatttct
tttagtCTCCATAGACTAGTCTTTTAGATTAAGATTTTTGTCCGGTTTAT
GCTAAATCTAAATTCAATTATATGATACTTAATACTATGGCAGtatatta
aaaaactaaaaagaattaaaaaccAACATTTTTATCCGTTACTCCACATA
AGGGGTACACAGAATTGAAGTTGATAGAAAAACTCCTTTAGCTCAGTTTA
GCTTCCTTTTACACTTTTAAATATTATAGAATTGTAAATACctaatgatt
atttttttgtttcctttacaaagaaaaattgtacatatttgtttttaaaa
acttttaaattttgcaatttcataatttttttcttcttgccTATGTTGTT
TATCACGtatagaaatattttaatttttttaattattagaTATTTGATAA
TTTCTACCATATTCAATTTATC

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000070_pilon:276608..291529+

>MSTRG.10175.1.p2 ID=MSTRG.10175.1.p2|Name=MSTRG.10175.1.p2|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=3390bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000070_pilon:276608..291529+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGGCATTGAAATATTTCTATGATGGAATGTCCCAACCTTCGAGGAGTAT
TTTGTTATTTCTCAAGTGTACAAAAATTCCATTTGAACCCTGTGTCACAC
ATGTAGCTAAAGGGCACCATTTAACACCTGAATTCAAAGCTATCAATCCC
AGTGGAAAAGTGCCAGCAATCCAAGATGATAAGTTTAACTTATCTGAAAG
TACTGCTATTTTGAGATATCTTTGTGAGTCAAGGACAGTAGATGATCATT
GGTACCCAAGTGATctacaaaaaagaacaaagctAAATGAATATTTATCA
TGGCATCATACAAATCTACGAATGGGTGCAGCTATGTACTTCAGGACAAC
TACTTTAATTCCACTGTTGACTGGAAATCCTCCAAGAGATggctcaaaat
atttgaaaattttcaatgacTCTATGAGAATGATGGAAGAATATTAttta
aaagatacaccatttaTATTGAGTGACCAGGTCTCCATTGCTGATTTAAT
GGCTGTTATGGAATTCACACAGCTTGAAGTGATGGGACCTAACAAGCCAG
CAATTCTTCCATCAATCGAAAAATGGATGGAAAGATGTCAAGCTGCAACT
GATCCTCACTTTTCTGAAATCAATACAGTTGtattaaaagtcaaagaaaa
gttTGCACAAATGTCTTCAAAACTATGAATGGCATTGAAATATTTCTATG
ATGGAATGTCCCAACCTTCGAGGAGTATTTTGTTATTTCTCAAGTGTACA
AAAATTCCATTTGAACCCTGTGTCACACATGTAGCTAAAGGGCACCATTT
AACACCTGAATTCAAAGCTATCAATCCCAGTGGAAAAGTGCCAGCAATCC
AAGATGATAAGTTTAACTTATCTGAAAGTACTGCTATTTTGAGATATCTT
TGTGAGTCAAGGACAGTAGATGATCATTGGTACCCAAGTGATctacaaaa
aagaacaaagctAAATGAATATTTATCATGGCATCATACAAATCTACGAA
TGGGTGCAGCTATGTACTTCAGGACAACTACTTTAATTCCACTGTTGACT
GGAAATCCTCCAAGAGATggctcaaaatatttgaaaattttcaatgacTC
TATGAGAATGATGGAAGAATATTAtttaaaagatacaccatttaTATTGA
GTGACCAGGTCTCCATTGCTGATTTAATGGCTGTTATGGAATTCACACAG
CTTGAAGTGATGGGACCTAACAAGCCAGCAATTCTTCCATCAATCGAAAA
ATGGATGGAAAGATGTCAAGCTGCAACTGATCCTCACTTTTCTGAAATCA
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CTATGAATGGCATTGAAATATTTCTATGATGGAATGTCCCAACCTTCGAG
GAGTATTTTGTTATTTCTCAAGTGTACAAAAATTCCATTTGAACCCTGTG
TCACACATGTAGCTAAAGGGCACCATTTAACACCTGAATTCAAAGCTATC
AATCCCAGTGGAAAAGTGCCAGCAATCCAAGATGATAAGTTTAACTTATC
TGAAAGTACTGCTATTTTGAGATATCTTTGTGAGTCAAGGACAGTAGATG
ATCATTGGTACCCAAGTGATctacaaaaaagaacaaagctAAATGAATAT
TTATCATGGCATCATACAAATCTACGAATGGGTGCAGCTATGTACTTCAG
GACAACTACTTTAATTCCACTGTTGACTGGAAATCCTCCAAGAGATggct
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Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.10175MSTRG.10175Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.10175.1.p2.exon1MSTRG.10175.1.p2.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10175.1.p2.exon2MSTRG.10175.1.p2.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10175.1.p2.exon3MSTRG.10175.1.p2.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10175.1.p2.exon4MSTRG.10175.1.p2.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10175.1.p2.exon5MSTRG.10175.1.p2.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10175.1.p2.exon6MSTRG.10175.1.p2.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10175.1.p2.exon7MSTRG.10175.1.p2.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10175.1.p2.exon8MSTRG.10175.1.p2.exon8Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10175.1.p2.exon9MSTRG.10175.1.p2.exon9Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10175.1.p2.exon10MSTRG.10175.1.p2.exon10Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10175.1.p2.exon11MSTRG.10175.1.p2.exon11Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10175.1.p2.exon12MSTRG.10175.1.p2.exon12Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10175.1.p2.exon13MSTRG.10175.1.p2.exon13Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10175.1.p2.exon14MSTRG.10175.1.p2.exon14Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10175.1.p2.exon15MSTRG.10175.1.p2.exon15Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10175.1.p2.exon16MSTRG.10175.1.p2.exon16Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10175.1.p2.exon17MSTRG.10175.1.p2.exon17Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10175.1.p2.exon18MSTRG.10175.1.p2.exon18Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.10175.1.p2MSTRG.10175.1.p2-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000070_pilongenomesc0000070_pilon:276608..291529 +