MSTRG.10076.4.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.10076.4.p1
Unique NameMSTRG.10076.4.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000069_pilon:467206..473464+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.10076.4.p1 ID=MSTRG.10076.4.p1|Name=MSTRG.10076.4.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=6259bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000069_pilon:467206..473464+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
AAAATTTAATCCTaacgaaaatttatcccaccATTATCATTAAAGTATTT
AGCATGGTTTTCTTTTCCGTGAACAGTTTCATAAATGAAATGTCCCAGAA
TACGCCTTTAATAATTGGTGTTATGTGAACTACATCTTACTTGTAAGGAT
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CAGGTATTAATATTAACAATTAACGTTTTTTGTAATTCTGCAAAAAGGCT
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GTGtttttttAATCACTCTGTACTTTCAAAGGGCAGATCTGCtcaattta
aaataattaaGGCTAGTCTGTACACATGTGCAGCTGATCTAGCGACAATT
TATCTGCGTTCAGCTAGGAAGTAATCTTAAATAAATGATTTAAAAgttct
gagaaaaaaataaaagtacatGTCAACTCATTTCGGTGTCAATAATTTAT
ATGTTTTAGGATAGAGGTGTTTCATTGTTATATCATGGCATCGGTGCACT
TGCTGTATTTGGTGGAGGTGTCGTTTATTGCTGGATACAAACCTACATGA
CCAACTGCATGCTGAAACTAGCTCTCAATACCAGACGACTATTTTGGATT
AGAGCTACACTATCTACCCTTGCTAccatctttttattttcattcctgaT
TACTATTTATTATGCTAGCAAAGATTTTGCTAATCGTCCTGATTCTGAGA
AAAATATGACCAAATGGAATCCACATGATCCTGGTTTCAAGCTACATGTC
ATCAGCTCATCATGCGAGTGGCTCCTGGGgacatgtttgtttttgtattt
tctatcaTTCACAAAGGAATTCAACAAAATGAAAGTTGGGTTAAGAGTTC
AACGGCATTTGAATTCTGCTGCTCCTTTCTTGGCAAGCACTACTAGCTCA
CAAGATTCTATGTACGCCTAACGGTTTTGTTGTACATAGTTTTGCATTTT
TCTGTCTGTTGACAGAAATTCCGTTCAGTTAAGATACAAAAGCATGATTT
GCATAACCTGATTGCAACATTGACTATAGCTTAGATAGAGTtattttctc
agaaaaaatCTGTCAAAGCTTACAATTATTAGTGATTAAAACCTAGGTAC
TTTAAACACGCTAACTACTTCATTTTCGTTTgccgttttttttaatttcc
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ATTATTTACACGCTGAAGCAAGATCTCTCATGGACTTTGTGTTCGTAAAC
TTTCAAtcagataaatatttttgtaaattcttatTCAAAATCTTAGttta
atttttgggacgatttctttattttagatgtaattttttactattctcat
tctgcttttgtaaatattttttctacttaAACGCTTGTGgattttccacc
attacacattttacaccgattttttgtagattttttaactgatttagcaa
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GTTTCCTGGCTTGATAGTGAATGATTTTCTaattagaaatttgaaaaaaa
aactcaaaaattgtttttcgatAAGTTTCTCTTATAACTAACTGATTCCC
GTTCtcattttcattcattcatagagaaagaaaacgaaatagaaaataca
aaattcaCAGGGTTTAGAAATATACGTGATGTGTGATGGTAAGTCGATAA
TTCTTTTTGAAGTGCTCTGACAATTTTTATTTGCTATGTTAGGtcactga
aagtgaaagtaccCTGAAAATAACAACACAATTTTTCTAAGGTTTTTAGA
TCGGCAATACAATCTTTTTTAtcagaataattttataagaacaatgaggc
ttaaATTGAAATTGCTAAAAGTAgttaaaaacaagataaaacttaATCCG
AAAATTGATTATCCCATTAAAAGTAGTTAAAACGGTTAAAATTAGGTATA
AAGCCTAAAATGTCTCAATTTTGTCCTAAAGTAAGAACAAGGACAATtga
agaacaattcaaggcatgaaaccaaaacaaaattaaaacaacGGAACCTC
CACAATATTTAACGGGCTCTTATTAAAAAGAGTGAATGTGGCATCTGCAT
TCGCGAAAGGGCTTCATTTCCATGTACAACATTAATAATTTATCACATCa
aaaaaaGTATTGTCTCCATCTTGAAGAGAAATTTATGATTAATAATCAAC
TAATTGGGTATGACAGAGAAGTTCTTTCTCTTTTTACACGCCCAAGTATC
GATTTCTTATCCCTTACTTTCAGTATTTTGAAGAAACAAGATTAAAGTCA
AGAACAAAGATGGTAGGATGTCGAGAATTGTTTTGCCGTTTGGGCGTGAT
GCCATTGTTGTTTTCATTGTGTTCCACTGTCACTTTTATTATCACGTACA
GCGTTGCCGTAGCTGATGGTCATGTGTACCCTTTCCTTCCCGCCATCAGT
GATACAGGTATACCTTAAGAGGATCAATTTGCGTGATTTACGCGAATTTC
GCCAAATATCCGAATTTTAGCCAATTATATacaaaacccctaggaaaatg
aaaaaaaaaatttatgaaaataagaCCGATTTGTGAGATTTTGTCCacac
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aaTACTACAGTAACCTCGTCGATGCACGATACATTTATAACCTGTAGTTT
GATGGAAAAGtgatagtctaacttaaattcGGAGGCTTTTGCCCCTTAGT
ATTAAAGTTGTTGGTTATTAAAGTTGAAATTCACttatcaaaaagttaaa
aagtttcaCGTATAAAGGAGTATTAAGTCAgacatttttaagttttttta
atgtaaaaatcttttaaaaactcaTAAAAGGGGGTGTAGAGTTTTAATAT
GAAATAGTCCCGACTCAATGATAGTTTTAATACGTTTTCTGCCGAGAGTG
TACTTGTTGTGGAGGGGTCAAAATACCGGTAGTCCTTAAAAGGGCAATGA
CTTTTGATACGGaaacttttgctttttttattgcattttcgAAATCTACG
TGAAATTTTGCGTCGATTGATATACAATTTCAAGgcatttgtactagtaa
taacatggtttagagggtgatttgggattaataaccccgagttctattga
aaacatttcaaaatagcccaaacgtagtgagggctattttgtaatgtttt
caatgaaatgaGGGAAACgagagaataccatgttattccgcgttaattat
agggtcaaaaaagaattgaagaacactcgatcgttttttttgtttttttt
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TCTTATCTAGATTTGCTTAAAAATTTGtgcgatattttgttaaccaatca
aaatgctctgaagatatcgtacgatacttttcaaccaatagaaattcttg
tttacatcagggcgattacaaaaaagcggggttattacggatttatcgcc
ccgctcgtcccttacaaatctaagctaaatgtaatcaaccatataattag
aGGCAAAATTCAGGAGCCTCTGAAAGCCAAACTTACCCTGAAATTCCAAG
cagtcaatttttcaattccTAAATAAGTGGTCAGCAGTGAACGTGTTAAG
TTAATAAACGATCAAAagtgctttttattttactttcagGTGGTATCAAA
CCCGAGAGCAACATCTTTGGATTTTGTCTGAGCGCTTGTTCATTCCTCGG
ATTCGTCTCAGTTGTCATTCGATATTATCAATATCGATTCGTATCGGAAA
ATAACGAGGAACATCGACCACGATTGGTGTGCGTCAATAAGATCGCATTG
GTGATAGGTATTGTGTCCACCGGTGGTGCTCTCCTTGTTGCAGCTTTTCA
GGtaattttccataatttttgtGGAATCGGATTAGAGCGAAAATATCGCG
AGATCAAGAATTTCTTAAGTTACTACATTCTTGATACTAGCTTTAATTTT
GAACATTCTCCACAGCCGAAAAGctttgagttttaactctgagttttaac
attagacttaacaCTTAGGACCTTAGCATATCAgaatctcaggatctaaa
agctaaaaaatgttccaataaggctggcTATAttgcctggaagccactta
acccctctcgaatcgaaaaatccaatgaaacaaagtgaaagtactgaaac
tgcaattcttgcccgacctttaaattctgaaaaatgttaaagtacccaaa
attgccaaatatatttcggcgctgatGGTAGATTTGCAGACTTAAGTTAA
ACTCTATGGTAAACGTTTGCATATCGCTGGATCGATAAAGACcagtttat
tcaaagtaattttGATTGGATTTTCAGGATCGTGGTGTATCGTTGAACAT
GCATATCGTTGGTGCGTTGGCTGTGTTTGGTTTTGGTGTGTTATACTGTT
TTGTACAGACTTATCTCTCCTTCAAGATGTTCGCTTGTGGAATGAACTCA
AAAAGAATATGCTTAATACGTTTAACGATCGCTTTCTTTTCGCTTCTCTT
TTTTATTGGAAATCAAGTTTTCGGTAACCTCGCTGGTCAAGCTCGGGACA
GGGACCCACCGACGCAGAAATCACACGATCGGCCGCATTGGTATCCGGAG
GACTCCGGTTTTAAATATAACGTCCTCGGTAATGCATCAGAATGGTTAAT
GGCGCTGTCGTTTTTTGTGTACTTTTTGACATTCATTCCTGAGTTTAATA
AAGTGAAGATGAGTTTTAGTGTGAAGAGTGACGATTATAGCATGTTGTTA
CCCTTTCAACAGAGCGGTGAATCTAAAGACGGGGGTCATGATGATGACGA
TGAAATGATTACTGCTTAGGTTATAATTCTTCGAGTAAACCATCTTTCGT
ATTGGTTAATCGATTTCTGTTTAAAGAATTTTCATGATCTTCTTgaacaa
aaattaaacattCGACATTTCAATGACATGGGTTTTCTAATTGTATTCGG
AAATCTCAGTTTTCCGTCAAATTGATGAAACTCGTGCAACTTATGGTAAC
TAACCTATGTTAGAAAAAATTGTGGATATGTTTTATTTCAACTCttcgat
caacatttttctTAGTTTTGCGATAACGAAAACCGAAAACTTATAATATC
ATAACAACGATAATGATACAATTTTATCAACGATGCCAAAAAttatatta
agaacaagttgtgAACATTTTATAGCTTCactgactctaaaacacccaat
ttcttagcaAATGGCCCAGAAACACACACCAAATGGGGAAGATAAGatca
ttttaagaacatcttaaaactcaaaaagtttattcaaaggcttcaaaatc
ttgaattctaaaaaaaatacgGATAGCTATCGAGGGCAGAGACTTCGGTT
CGCCTTCAACTTGCGTACCTGATACTTTTTACTTTCACGGGGGTTTATAA
TCTAAGAAACCTGTATACTGTATATTTAATTATAGGgaatattttgagaa
ttttattttttcattgtaCGCAAGAATGCActtttctttctaccttagat
tctagctttttattttcattttagattttgaattatttttaaattgaaac
attgattggttctgttattttattcttttagtATCTTAATTCATTTTTCC
ATAAATCCAAGCATGGTCCTGACTATTTTTTCAGCCAATCTCCTGGAAGA
AGATTGTTA

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000069_pilon:467206..473464+

>MSTRG.10076.4.p1 ID=MSTRG.10076.4.p1|Name=MSTRG.10076.4.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=3564bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000069_pilon:467206..473464+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
ATGTATTTTGAAGAAACAAGATTAAAGTCAAGAACAAAGATGGTAGGATG
TCGAGAATTGTTTTGCCGTTTGGGCGTGATGCCATTGTTGTTTTCATTGT
GTTCCACTGTCACTTTTATTATCACGTACAGCGTTGCCGTAGCTGATGGT
CATGTGTACCCTTTCCTTCCCGCCATCAGTGATACAGGTGGTATCAAACC
CGAGAGCAACATCTTTGGATTTTGTCTGAGCGCTTGTTCATTCCTCGGAT
TCGTCTCAGTTGTCATTCGATATTATCAATATCGATTCGTATCGGAAAAT
AACGAGGAACATCGACCACGATTGGTGTGCGTCAATAAGATCGCATTGGT
GATAGGTATTGTGTCCACCGGTGGTGCTCTCCTTGTTGCAGCTTTTCAGG
ATCGTGGTGTATCGTTGAACATGCATATCGTTGGTGCGTTGGCTGTGTTT
GGTTTTGGTGTGTTATACTGTTTTGTACAGACTTATCTCTCCTTCAAGAT
GTTCGCTTGTGGAATGAACTCAAAAAGAATATGCTTAATACGTTTAACGA
TCGCTTTCTTTTCGCTTCTCTTTTTTATTGGAAATCAAGTTTTCGGTAAC
CTCGCTGGTCAAGCTCGGGACAGGGACCCACCGACGCAGAAATCACACGA
TCGGCCGCATTGGTATCCGGAGGACTCCGGTTTTAAATATAACGTCCTCG
GTAATGCATCAGAATGGTTAATGGCGCTGTCGTTTTTTGTGTACTTTTTG
ACATTCATTCCTGAGTTTAATAAAGTGAAGATGAGTTTTAGTGTGAAGAG
TGACGATTATAGCATGTTGTTACCCTTTCAACAGAGCGGTGAATCTAAAG
ACGGGGGTCATGATGATGACGATGAAATGATTACTGCTTAGATGTATTTT
GAAGAAACAAGATTAAAGTCAAGAACAAAGATGGTAGGATGTCGAGAATT
GTTTTGCCGTTTGGGCGTGATGCCATTGTTGTTTTCATTGTGTTCCACTG
TCACTTTTATTATCACGTACAGCGTTGCCGTAGCTGATGGTCATGTGTAC
CCTTTCCTTCCCGCCATCAGTGATACAGGTGGTATCAAACCCGAGAGCAA
CATCTTTGGATTTTGTCTGAGCGCTTGTTCATTCCTCGGATTCGTCTCAG
TTGTCATTCGATATTATCAATATCGATTCGTATCGGAAAATAACGAGGAA
CATCGACCACGATTGGTGTGCGTCAATAAGATCGCATTGGTGATAGGTAT
TGTGTCCACCGGTGGTGCTCTCCTTGTTGCAGCTTTTCAGGATCGTGGTG
TATCGTTGAACATGCATATCGTTGGTGCGTTGGCTGTGTTTGGTTTTGGT
GTGTTATACTGTTTTGTACAGACTTATCTCTCCTTCAAGATGTTCGCTTG
TGGAATGAACTCAAAAAGAATATGCTTAATACGTTTAACGATCGCTTTCT
TTTCGCTTCTCTTTTTTATTGGAAATCAAGTTTTCGGTAACCTCGCTGGT
CAAGCTCGGGACAGGGACCCACCGACGCAGAAATCACACGATCGGCCGCA
TTGGTATCCGGAGGACTCCGGTTTTAAATATAACGTCCTCGGTAATGCAT
CAGAATGGTTAATGGCGCTGTCGTTTTTTGTGTACTTTTTGACATTCATT
CCTGAGTTTAATAAAGTGAAGATGAGTTTTAGTGTGAAGAGTGACGATTA
TAGCATGTTGTTACCCTTTCAACAGAGCGGTGAATCTAAAGACGGGGGTC
ATGATGATGACGATGAAATGATTACTGCTTAGATGTATTTTGAAGAAACA
AGATTAAAGTCAAGAACAAAGATGGTAGGATGTCGAGAATTGTTTTGCCG
TTTGGGCGTGATGCCATTGTTGTTTTCATTGTGTTCCACTGTCACTTTTA
TTATCACGTACAGCGTTGCCGTAGCTGATGGTCATGTGTACCCTTTCCTT
CCCGCCATCAGTGATACAGGTGGTATCAAACCCGAGAGCAACATCTTTGG
ATTTTGTCTGAGCGCTTGTTCATTCCTCGGATTCGTCTCAGTTGTCATTC
GATATTATCAATATCGATTCGTATCGGAAAATAACGAGGAACATCGACCA
CGATTGGTGTGCGTCAATAAGATCGCATTGGTGATAGGTATTGTGTCCAC
CGGTGGTGCTCTCCTTGTTGCAGCTTTTCAGGATCGTGGTGTATCGTTGA
ACATGCATATCGTTGGTGCGTTGGCTGTGTTTGGTTTTGGTGTGTTATAC
TGTTTTGTACAGACTTATCTCTCCTTCAAGATGTTCGCTTGTGGAATGAA
CTCAAAAAGAATATGCTTAATACGTTTAACGATCGCTTTCTTTTCGCTTC
TCTTTTTTATTGGAAATCAAGTTTTCGGTAACCTCGCTGGTCAAGCTCGG
GACAGGGACCCACCGACGCAGAAATCACACGATCGGCCGCATTGGTATCC
GGAGGACTCCGGTTTTAAATATAACGTCCTCGGTAATGCATCAGAATGGT
TAATGGCGCTGTCGTTTTTTGTGTACTTTTTGACATTCATTCCTGAGTTT
AATAAAGTGAAGATGAGTTTTAGTGTGAAGAGTGACGATTATAGCATGTT
GTTACCCTTTCAACAGAGCGGTGAATCTAAAGACGGGGGTCATGATGATG
ACGATGAAATGATTACTGCTTAGATGTATTTTGAAGAAACAAGATTAAAG
TCAAGAACAAAGATGGTAGGATGTCGAGAATTGTTTTGCCGTTTGGGCGT
GATGCCATTGTTGTTTTCATTGTGTTCCACTGTCACTTTTATTATCACGT
ACAGCGTTGCCGTAGCTGATGGTCATGTGTACCCTTTCCTTCCCGCCATC
AGTGATACAGGTGGTATCAAACCCGAGAGCAACATCTTTGGATTTTGTCT
GAGCGCTTGTTCATTCCTCGGATTCGTCTCAGTTGTCATTCGATATTATC
AATATCGATTCGTATCGGAAAATAACGAGGAACATCGACCACGATTGGTG
TGCGTCAATAAGATCGCATTGGTGATAGGTATTGTGTCCACCGGTGGTGC
TCTCCTTGTTGCAGCTTTTCAGGATCGTGGTGTATCGTTGAACATGCATA
TCGTTGGTGCGTTGGCTGTGTTTGGTTTTGGTGTGTTATACTGTTTTGTA
CAGACTTATCTCTCCTTCAAGATGTTCGCTTGTGGAATGAACTCAAAAAG
AATATGCTTAATACGTTTAACGATCGCTTTCTTTTCGCTTCTCTTTTTTA
TTGGAAATCAAGTTTTCGGTAACCTCGCTGGTCAAGCTCGGGACAGGGAC
CCACCGACGCAGAAATCACACGATCGGCCGCATTGGTATCCGGAGGACTC
CGGTTTTAAATATAACGTCCTCGGTAATGCATCAGAATGGTTAATGGCGC
TGTCGTTTTTTGTGTACTTTTTGACATTCATTCCTGAGTTTAATAAAGTG
AAGATGAGTTTTAGTGTGAAGAGTGACGATTATAGCATGTTGTTACCCTT
TCAACAGAGCGGTGAATCTAAAGACGGGGGTCATGATGATGACGATGAAA
TGATTACTGCTTAG
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.10076MSTRG.10076Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.10076.4.p1MSTRG.10076.4.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.10076.4.p1.exon1MSTRG.10076.4.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10076.4.p1.exon2MSTRG.10076.4.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10076.4.p1.exon3MSTRG.10076.4.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10076.4.p1.exon4MSTRG.10076.4.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10076.4.p1.exon5MSTRG.10076.4.p1.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000069_pilongenomesc0000069_pilon:467206..473464 +