MSTRG.10039.3.p1 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.10039.3.p1
Unique NameMSTRG.10039.3.p1
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000068_pilon:1446080..1458721-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.10039.3.p1 ID=MSTRG.10039.3.p1|Name=MSTRG.10039.3.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=12642bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000068_pilon:1446080..1458721- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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TTTAACGGGGTTGGAGAGCCAAGTAATAAGACATTGTAGGATAGGATAGT GTATATTTTCCAATACACACCACTTTCCATCAACCCTTAGACTTGATTTG CCGTCAGCCGAACGACTCTTCTCACAACTTACCGACCTAAAAACTTTTAT TGCTATTTCGACGAAGAGATTTTTCTTCAAAAATTACAAAATGTAGACAA AAATTCTATGAGACACCAAAATAAAAAGAATTTCCTACCGACCGAACCAC CTATAATCTAGGGCTGGTTGACGTCAATCCAAGAATTCCTAATTTCCAAT CCAAGTACAGCTTTTTTTATACTTTGTACTTTATACTCTTTGTGTAGGTA AAATCATTGTCGTGTCCTGTCATTGATGGAAATTGATTTTCTTTTTCTAA TTTTTAGTTGATAGTTGCGTTAGATGACAGTCAAGTAGCCAGCTTACAAA GATTGTACGATCGTGGTCGGTCAAATGGTGTCGAAGGTTTGACGTTAGTC ACCAAAGATGAAATCAAACAAATAGAACCCTATTGTGAGGTAAGACATTT TGCTGTTATTTATAATCAAAACTTTAGGACCTACAAAATTTTCAGCTCTT AAAGGAATTATACGGTGTTATATACACCCGACTCGTCTGAATCTGATGTC AGCAAAATTTTAATAAAAGAGTCCTTTCAAATTTGTAAATAAAAGGAAGA AAAAAATCTTGCTCCACATTTTTCTTTATTCATTACAAAAGATTCTATTT ATTTCAATCTGCTGAATCAACATACATTATAACTATGTAAAAGGTCATGG CTTTAAGGGAAAATCTATCTGGCTTTTGAAATTAAAAAAGGTTAAAAGAA TTGTGGAAAAATGAAATTTGCAGGGTTGAAAAAAAATATGTACTGTTAGG TTCCAAATAAACGGGGAGGTTCGAATAAACGGGGGGGGGGGGGGTTCGAA AATTTTCTAGATTTTAATAAACGGGGGGGACCTAATTGCCGGGGGGGTTG GAAATTGTACTTCTGAAACCCAAAAATAAGGTAAAAATAGGCTAAAATCA GGCTATTTAGAGCAAAACAAGGGGCCTTCTCTTTGAAAATATTCTTAGAG ATTAATAAACGGGGGGGGGTCCTAATAAGGTCCGGGGAGGTCGGAAAATT TTCGAAAAATTAACAAGCGGGGGGGCCCGTTTATTTGGAATCTAAGAGTA CATTACATCATATAAGTTCATTTGCAGAAAAATCATTTATGTTATTTTCT TTAAAAAAAGATAAGAAGAAAGAAGAAGAAGAAAAGAATAGCTTCTCTGT AATCTCATAACAGATCATCCATTCTGCGCGCACTGTGCGAATCTGTCTCT TTTGGAGCCATGGCCTTTAGAATGCATACATCATCTATTCTGCGCACTCT ACACTCTGCTCTAAAGTAACATGGCAAATATGTGTGAATGTGTCTCTTTC GGTGCCATGGTGCCAGTGCGGAGAAAATCTGCTCGAAGATTAGACTCTCC CTTGATATTTATAAACGGTTGTAATATCCGTGATAGAAAATAATGTACAA TATGTGTACTATATTAGCTCAAATTTGGTGATAAAACTCATAAACTGACA TTTCTACATCAAATAACTTCTGAACTTGAACTTTATAAAGACAACCGTCA AAATGTCGTACACTACTGTGTATTTTATGTTCATATAACTTCTGTTTATA GTAATAATACTCGCTTCAAAGTCTTCGTTATAGTTTTTCGAGAGCCTTCA GATTTTATGATTGGCTTTGGCCTAAATTTAGTTTGAAATTTCTATAAAAA TTGAACCCTTGAGCTGTTGCCTAGATTTCAACCGAATGTGTCCACCAAAT TAGGCCTACTTTTATTTTTCTTAAGAGCCCTCCTTTTATCAATCCACAGC GTATTAGACATGCCTGTTCTAAATTTGCACGATTTGTATGAAGCTTGTTA CCAGTTAGGCCTACTGAAAGCATATGTTTTTTTTTTACATTTTACTTATA TTTTAATTTTAGGGCGTGGCAGGCATTTTTTCACCAAACACAGGAATCGT TGATTATGCACGGGTGGCAAGACATTATGCAAAACGATTCCAATCAATGG GTGGAATGGTTGCCAGTAATTATGAGGTAAGCATCCATCTTTATAAATAT TTACTATTATTTGGCAAAGTCTTTTTTTACGAGACTTTGTTAAAAGCCCC ACGATCTATTGATCGCTACATCAAGACTATAGGGTTTTGTACAGGCGCTT ACAAAACTCACTCATTGGCGGTTTTGAGGCCTTCAAAAAGAAGGTTACGA AGTCATCAAATAGAATACTTGTACAGTGGATTCTCGCCAATTCGAGCTTC TCTCATCCAGATCGTTCTATAATTCGAAATAATTCTCAGTCCCCGACAAG GGAAAGCCATCGTAAAATGCTCTCTTTATTACGAATCTTTCTATAATTCG AACAAAATAGACTTCCCGTTCCACGTTGAATTAGCATGAATTAACTGTAC TTTAGAATTTTGCTGGACAATTCCTTTTTACTACTTTGTAAGCAAGTTTT GAGCTATACGTTCTCAACTAAAAAAGCGTCTAAAAGTAGTTAAATGTGCA TCGAATCAACGTTGTGTTTTACTTTTAGGTTCAAGATATCAAATATCGAA CAGACATCAAATCTGTTGGTGTTGAAATCACTGGTAAATCACAGGTATCA TGCACCTTATTGTAGATAATTTTCGATAATTTTTTCACCTAATTTCTTTC GTCTTCCTAAGGGAAATTTCGGGTTATAATTTTGTCACGCATAAAGGGGC CAAATTTCGCGAAAATCGCGAAAATTAATTCACTTAAGGGTATAGAAATC TTTATAAAGGCTATTTACCAGTGGTTTTCTTTTTGTTAGTTATTGACCAT ATTGTTAATGCACACAAAGCTAGTTTTGCTTAAGCTATGAAAGGTATCAT TAAAATTAGAGATAATTATCAGCTCACGGGAATTACATTCATTCGTAGGG TACAGGATCCTTTGAGCTGTGATTCTATTTCTCTTCTACTGTAGAAGTAC TTACTGTTTTCTAATAACGAATTTATGAAGAGATGTTTGTCTGCAACGGA GATTGTTGGCTTCTAATTTGTTTTTTTGATTTTTCGGGTCCAAACTGCGG GTTTTGCCAAATCGCTTCAGCCACTTCTCTCTCCTCAAAAGTGCAAATAT ATAAACTTGCAAATATCGATGAACTGACCAACTTACGTTACGTAATTTGT GACTAATGTCGACATCCCTTTTCTAATTTCAATACCCTTCTTTAGGGGTA GGAATAATAGGAAGGTCGGAATTGCTGATTGAAACTAATTTTCTTTGCTT ATGATCGCTATCAGAGAGGAAATATTATTTTGCCCATCAGTGATTCCGAT CTTCCTATTATTCCTATATCTAAGAAAGAATGTCGAAATTAGAAGAGATA TGTCGACATTAGACCAACTTACGGTACAATACACCTTTTCGACCGTAGCT TCTAATTGCCGCGCGGGCATTTTTTACCACCCTAAACTCGATCCAATCCT TTTTTTACACTTCTTTCTATTGTCTTTCGGTGCGAAAAAAAGACTGGGAC GGTTTTAGGGTGGTAAAAAATGCCCGCGCGGTAATTGGCGGCTACAGTCG AAAAGGTGTATAGTAACGCACACTTAGTATCGCAAAATACCATTTTTAAT TATTTTTACTTTCATATCAATCAGCCACCAATCAAATCACGGTACGTGAT CACGTGTGGTGGTCTACAATCTGATCGTATTGCTAAAATGACTGGATGCT 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AAAAATATAACTAATATCGGCTAACTTTTTTATAAATCTGCTTCTTGCAA GTTATTAACTTTGTTGCACTGAAATATTCTATAGAATGCATGGATATGTC GTCTTAGGACTTGGATGTTACAATTTATTATTTCAAATCTTTAGGGGACC TTCTGGTGTTCGTGCACAAGCTCTTCACACGAACGGTAGTCTTGAAAACG ATTTCATATTCGATACGGGAAGAGGTGCCATCGGAAATCATTGTTTACAC GTCCGGAACGCCCCTTCACCGGCGGCCACGTCATCTTTAGCTATTGCGGA AATGATAGTTGATAAAGTGGAAGAGAATTGGAGCGATCTGAAAAAATAGG GTATTTTTCTCGTGTAGTATGAACAACATTTTCAGGGTTTAACCTTGAAG AAAGGTTGAGCGATCCGAGCAGACTTGAGAAAATAAAGCACTGTTTATTT CTATTAGACAGTATTATAGCTTAAAAACAAGCATTTGTGTTGTTAGTTTA CTTGTTTTCAAGCTATAATAAGTAATAGTTATCGGACAGTTGCGAGTACA ATATGAGAAATAGTTTATTACGAGTAAAATATACGGACAATCCGGAACGA GTGAAGTATTTCTCATATTGTACGAGCAAATATCTGATAACTGGTTTATC GGTGACCCCAAAAATGCACTTTTTGTGTTGGAGAAAAGCGCAAGGCACTT TTGTAGCAATGTGACGTTAGATTGCTTCTACCGCTACAATGCAACAACAA TTTTTCGTCAATTTATATTTTGTACATGGAAAATACAAGATATATTATTT TTTAACCAATCAGATCCCTGTATCTTCCTATCAGAGGTGACTACCCGTTA CTTATAAACATAGCTAAAACACCCGCTGTTCACAGACCCGGTAGGATTTT TTCAGCTAATGGGGATAAAAATAACGGACTGGAACTCGATGGGGATTGAT 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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000068_pilon:1446080..1458721-

>MSTRG.10039.3.p1 ID=MSTRG.10039.3.p1|Name=MSTRG.10039.3.p1|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=11640bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000068_pilon:1446080..1458721- (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
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AGAGGGAAGGTTATGGATTAACTGACTTCAATACGAAAGATTTTCTCGAA
TCGATTGCTTACAGCCACCAATCAAATCACGGTACGTGATCACGTGTGGT
GGTCTACAATCTGATCGTATTGCTAAAATGACTGGATGCTCGTCCGATCC
GAAAATTGTTCCCTTCCGTGGTGATTACTTGGTCTTGAAACCAGAAAAAT
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GGCAGGCATTTTTTCACCAAACACAGGAATCGTTGATTATGCACGGGTGG
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AATTATGAGTTGATAGTTGCGTTAGATGACAGTCAAGTAGCCAGCTTACA
AAGATTGTACGATCGTGGTCGGTCAAATGGTGTCGAAGGTTTGACGTTAG
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TTTTAGAAAAAGAGGATCAGTTAGATGAACATTAGTCTCTTCAATAAAAC
TTTGAACCAGCTGAAGGGCCTGAAGCAATCTTCCTTTGGAGTTGGAAGAA
GCTTGAATGGAACTATTTCAATAACAAGAAACTCTTGATGGTTTTCGAAA
TCTACTTAAAACGAATTGGAAATTTGCAGCACGCGAACTATACAATGGTT
TTGTGATCAGTAAAACAGTCGAAAGTGCCAAGAAATTCATTCCATCGTTA
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GTTCATTTCACACCAAGGATGGATGGGAGCATTTGGCTCGGTCCCAACTC
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TGATCACGTGTGGTGGTCTACAATCTGATCGTATTGCTAAAATGACTGGA
TGCTCGTCCGATCCGAAAATTGTTCCCTTCCGTGGTGATTACTTGGTCTT
GAAACCAGAAAAATCTCATATGGTCACTACCAATATTTACCCGGTTCAAG
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AAATCACAGGGCGTGGCAGGCATTTTTTCACCAAACACAGGAATCGTTGA
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GAATGGTTGCCAGTAATTATGAGTTGATAGTTGCGTTAGATGACAGTCAA
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GTGAGCTTATCACCAGACTGGTCACAACAGTGGTGTCATTCATGCAGGAA
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CTCTTCAATAAAACTTTGAACCAGCTGAAGGGCCTGAAGCAATCTTCCTT
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TTAGTTTTCTTGGCGTTCATTTCACACCAAGGATGGATGGGAGCATTTGG
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TGACTTCAATACGAAAGATTTTCTCGAATCGATTGCTTACAGCCACCAAT
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TTTGCAGCACGCGAACTATACAATGGTTTTGTGATCAGTAAAACAGTCGA
AAGTGCCAAGAAATTCATTCCATCGTTAACTGTTGATGACTTTGTTAGGT
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TATGCAAAACGATTCCAATCAATGGGTGGAATGGTTGCCAGTAATTATGA
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TAAAACTTTGAACCAGCTGAAGGGCCTGAAGCAATCTTCCTTTGGAGTTG
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CAACTCTATTCTTGCGTTCAAGAGGGAAGGTTATGGATTAACTGACTTCA
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TTAGAAAAAGAGGATCAGTTAGATGAACATTAGTCTCTTCAATAAAACTT
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ATCAAATATCGAACAGACATCAAATCTGTTGGTGTTGAAATCACTGGTAA
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Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.10039MSTRG.10039Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.10039.3.p1MSTRG.10039.3.p1-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.10039.3.p1.exon10MSTRG.10039.3.p1.exon10Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
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MSTRG.10039.3.p1.exon4MSTRG.10039.3.p1.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10039.3.p1.exon3MSTRG.10039.3.p1.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10039.3.p1.exon2MSTRG.10039.3.p1.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10039.3.p1.exon1MSTRG.10039.3.p1.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000068_pilongenomesc0000068_pilon:1446080..1458721 -