MSTRG.10016.1.p2 (mRNA) -

Overview
NameMSTRG.10016.1.p2
Unique NameMSTRG.10016.1.p2
TypemRNA
OrganismClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon (Jellyfish)

Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at sc0000068_pilon:1149301..1166164+

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>MSTRG.10016.1.p2 ID=MSTRG.10016.1.p2|Name=MSTRG.10016.1.p2|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=mRNA|length=16864bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000068_pilon:1149301..1166164+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
CGCACGAACATACCATACCGTACGAACTAgtcaaaaaaatcgaaagtgct
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ttttctctgctactggcagttatccggggtagagtttggaatattttttt
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TCTATTGTAAAAGAAAACTACAGTTTATTGAATTTAGTAATTTAAAATCC
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GATCTGAAGGTTATTGAACATTTCGAAGATGGACCTTCTGGTAAAATAAT
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TAATCAAGCCTTAAAAGACggtattaaattttttgaatcagATAATGGAG
TGATATTGTCACCTGGAAATGATAATGGAACAATTGAAACGGAATATTTT
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ttcattttcttttaattgattttttactttcgttttttaaTGTGCAGTct
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gttaatattatttttaaactacaaataaatattttgtgaCTCTACTGTAA
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GTGAATTTAATTTATGATGATATTTTGTGCACAGTTCAATGATAATAAAA
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cattgatgacgtcatcattcgtttaaaataccaaaaataggACCCTCTCT
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TGTTGGTAtcatgtattttacagactggcccaaaattgccccttttttgc
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ATgcgtattttacagactggtctgcaaagtaccaaatactcatCAGTTTA
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atcagtcaatacattattttggtcaagtttacattctggtctgtataATA
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TATCTACCACTGGACAAAAGGTCATAACACTTGTccccccccAGATGCTT
AATCCCTactaaaaaaataggaagatgctcgaagggttaagcTGTTTAAA
CTCGAACATTTTTACATCCTGGAAAGAAAAGTTAGATTGTGTTTAAAGAA
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tttttgcttacgttaatttgtaatttcccgcgaacttgtaatttccctcc
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CACTGATTTGTAACAAAAGTAGCTTGATATTCTCTGCatactattttttt
taaatcttcttgattaaaaattgtttgaatataTGATGGACAAGAGcaca
ttgtttgaaatttttctgaagaACTTTATACCAATTTCTAATTGTACCtg
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GTGACACTTTATACCTTCTCTCTTTTCTGCTCTATATAAAAAGAACTGta
tctagaaaataaaattaaataaatcaaGTATTTTCCTCTAAACTTCAGCA
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ATGTTGTTCCTGGTCGTGTTACGTTCAATCAGGTAAAAATGACAATACAG
GATTTGTTTTGTTTCCCATAGTGGTTCatttatgtctgtttttgtatatt
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tttctgtttaacttggcttttatctttactcaatttttaaagttttcttt
ttttgtcttgAATCGGGATTCTTTCTCTATTTCTCCTCAAAACTTGAAAG
ATACAAAGGAATGTGTATTGCATTGAAGTTTGGATTTGTATTGTTTGCAT
TaactcaaaaatttttcttcactCTTTTCTCTTAGAATGGTCGGCAACGA
AAATGGGATTACGTTAAAGTTCACGATTCGTAGGTTTCCTTTCTCTTAAA
CatagtattcatgatatgcaccctTGCAATGTCTTCACACGTCGCATTGC
GTAATATTACGTAATCTGTTCTTGCCGCCATGTTggtttgaataaaaaat
ccgCGGCAAAATAATCAGGTGGCAAATTCAATGTGTTTTGTCTCCCAAAC
CCTTAAAATACACCCAGACCCCTACCTCTCCTTTCTGGGAACTTGATATC
TCAAAATTCAGATTTTACAAGTCACGTCAAATAACATGAAGATAGCAGGT
GCATCCGATATTTCTAAGATATTCTGCACAATGAAAAGAATAAGAAGATT
ATGATGAATTCTATTGCTTTTTTACCTCAAATGATCGATCTGTGtaccaa
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ATTAAATTATACTCTTATTTATTAGCACTTACTTTTTCATTATCATATAA
TTTAGGGTATCCATTTTGATTTACAACAAGACCAGAGATGCATTTGTGTT
GGTAAGACAATTCAGACCAGGTAAAAGGATTAAGTTCACATAATTTTTAC
TCTCCCGCAGTGTGATGATGGGTCTTTCCTTtgaatcaaacaaaaatata
caaacTGGCACCAATTTTGACCTGTTAATACAAACTTGTTGCCATTAGTG
TAGGTTTATGCTAACAAATCTAGCTCCTAAGAGGCCTTGTTAAcataaaa
aggtcaaattaGAAAGATACTGTATACACTTCTTAATACTTGGAACGTTG
AACCTTGCGTCAATTTCTTGGTGCGAGCATTGTGGGGCAACTTACTGTCA
ACCGGATATGCCATTTTATCATAAAGAAAGCCGGTCATGATTAATAATAG
ATATAATAGATCTTTTTCACGCGCAATGCTTACCTCGTTTActaaatatt
gctatggtaactAATTGAAGATTCGAAGAGGAGTTCGTGAGAAGTTTACT
CtataaacaaaattaacaatTGAAGACTTTCAGAgagtcgttgcactcaa
aatattttatgaaacaatTAGTTTTTATTACTTGTTTTCGTTCTTACGTT
GATCATCAATCACGATAAAAACCTTCTTCGTGTTCTTGTAATTCCAGCAC
CTTATCTGAACatcaattccaaaatgttgAAAGAAGAAGTTTCagacatt
gaaaataaatcatctgaaaagaaagatttcaaaacagTTGCTCCCTTTGA
GCTTGGTGTCACTTATGAATTATGTGCTGGTATAGTTGACCAAAAACGTT
CTTTAGTTGAAATAGCACAAAGTGAAATTGAAGAAGAGACAGGTTATATT
GTCCCTTTGGAAAACATCAAACAAATATTCAGACATACTGCGACAGGACA
TTCAGGGAATATGGGTACTGCATTTTATGCTGAGGTGACAGATGACATGA
AAACAGCCAAAGGTGGTGGTGTCCAAGATTCTGGTGAATTCATTGATCTG
TATTACCTACCAAGGACTGATGCTAAAGATTTTGCTCTTGATGAGAGATA
TGTAAAGCCTTCAAGCTTCATTGCAGCCATAatgtggtttttcatcaatc
agcaaaaataaataaaaatgaaaaataatttttatttaagtttcattttc
atttttttttgtagTATTTTGTAATCaatcagtttgaatgataaaaatca
tttttatatttattgGACTGTTAGGGCTTTTCCTCATTTTATTTTCTTCC
TTAGaaatacaatacaataaaatgaaaatgcttttgaTCTTTACCTGTAA
TTTTTAATTAtagaataaacaaaacaaaacatggAAGAATTAAAAATCAG
TGATATGCAACTGGCTCCTTTTGTTGACTCCGACGAATTACCAATCGGAC
GCGTTGCTTTCAAACAGGTGAAACCAGTTAATAGTGGGTGTTCATTGAAA
AAGGGAAATTATATAAATGCAAATTCTGATAATTATGTCCTaacttttca
atttatttttcgaaaatccattATCATTACATTAAGAGTTGAATATCTCT
TGAACAAAGAGCTTCCATctttatatttataatttttcgtTACTCCAGTG
agacaataaattttgagaattttaatctGTTCCCACGTTATTCCAAAAAC
AATCAAtctcttattattattatttgacGAAAGTTTTCTTTTAGGTAGAT
TTACATAGAATTCCCATTTCCGATCAAGATCTCCAAATTTTTATAAAGCT
GAtgaaaatcaatgttttttttctttcagaatgGATGCAAACGCCTTTGG
GATTACGTGGATTACAAAGATCAGTAAGCACTCGTGACAGCGTAttccac
agatatcttatatgaaacaatagatagagctactctgtatttccctaGCA
ACAACAGTTGacgcaaaataatgcgccatcgtTGCTGAAAGTAGACcaca
gttcggtaccggcaatttgcTCAAGCAAAATCATTGAATTCCAAAGTCTA
TCGGCGCGAAAATGATTTAATGTCGACTTTTGCATATGATTTTGACGAGA
TATTTAGCATCATTAGTTTAACATTCGTTCTTTTATCTTAGAATTCAAGC
TCTTGTCTACAACAAAACCAGAGATGCTTTTGTTCTACGCAAAGAATTCA
GACCTGGTATGAAAAATGTATTAAATTATAATCGGAAAGTGATGAGATTG
AACAAGTTCCTTTCTTTCTCTCTCCCACTTTCAACGGAATTCGGCATTTT
AGTTGCTGTACATCTTCTTATCCAATCTACAGGGTGTCCTTTTAAAAAAG
TACTTTGTCAGACCACTTCTTAGTTCTATAAGTAGAAGAATAATAAGAAG
TTTCTTCTAAATACAGATCACAATAATGCAACAATGAAGCACAAAAGGTA
GAGATTAACATTGTGATTACCGTAATAAAATAATTAACATTTCATTCAAT
GAAtgtcttttttaaaaaacaattaaagATCGAAGTAATTAAAAAGagta
ctttttatatttttgattgtgATACAAAcgcaaatattttttcaataacg
ATTTTCAGGACACCCTGTAGTGTGAATCCATATCCTTGTACTTTGCGAGT
TTGGAGAAATACTCCAGGTAATTTTTTGTCTATTCCTTTTATTTACAGCA
CCTTATCTGAACATCAATtccaaaatgttaaaagaagaagtttcagacat
tgaaaataaatcatCTGAAAAGAAAGAATTCAAAACAGTTGCTCCCTTTG
AGCTTGGTGTCACTTATGAATTATGTGCTGGTATAGTTGACCAAAAACGT
CCTCTAGTTGAAATTACAAAAGATGCAATCTCTCAAATGATGGGTTATAA
CGTAGAAGAGAAACAAATCAAGCGAATTTATCAGACCAATCATGTTGGAT
ATTCAGGTGACCGATGTGATATATACATTGTGGAAGTGACAGATGAAATG
TTGATAAAAGATTTCAAACCTGATGCTGATCTcgttgaatatttttattt
gtcaaGGAATGATGCTCAGGAGTTTGCAACGAGTGATGAATACGTGAAAA
ATAGTAATGTTATTGCATCTATATTATGGTGTTTCTTGCACAATATCTTT
TGAGCTTGTGGTTGGCTCATAATGTTTcatcattttaaaaagaataatca
AATATGTTTGAGAGATTCTGCCGAAAGATACTTTGTCGACTAAAACCAAT
AAAATCGAAATCTTTCGAAAAATGTTCAAAGTATGCGAGGGGTCTGGAGC
CTTGTTTATATAAAGAGATTTCGCCAAGGACCTTGGAATGGGTTGCAAGt
tgaaaattgtaaataaatatCATGCATTTAAATGTTTTGACTTAATTCTA
CATGGGAATCTATCTGGCTTTTCCAATATACAGTGTGtctcaaaaaaagt
caaaaaaattttatataaactaaaatcctcataatttgtGCCAAATTTTA
GTCCACGAATACTTATTTTTCAGTATCAAAAACCTTTGCACTCATCTTTG
GGAATTTggatatctattgattgaacagagaattattgtcttatttcaat
tattctatACCCAGTTTAGATgttgagttttgaggattttactgtGTAtt
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TTCTTATTTTTACGTAATAATGATATAGTTTGCAAAACATTGAGATAaac
ttttctcaattttttttcccaaaGAGATATTATATTATGAAGTTTATGTA
TTGACAACATTACTGTAACGACTATTTAATTGCAACAAAGTTGATTTTGA
TCTTTTACCAATTG

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000068_pilon:1149301..1166164+

>MSTRG.10016.1.p2 ID=MSTRG.10016.1.p2|Name=MSTRG.10016.1.p2|organism=Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon|type=CDS|length=2604bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000068_pilon:1149301..1166164+ (Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilon)
atggAAGAATTAAAAATCAGTGATATGCAACTGGCTCCTTTTGTTGACTC
CGACGAATTACCAATCGGACGCGTTGCTTTCAAACAGaatgGATGCAAAC
GCCTTTGGGATTACGTGGATTACAAAGATCAAATTCAAGCTCTTGTCTAC
AACAAAACCAGAGATGCTTTTGTTCTACGCAAAGAATTCAGACCTGCACC
TTATCTGAACATCAATtccaaaatgttaaaagaagaagtttcagacattg
aaaataaatcatCTGAAAAGAAAGAATTCAAAACAGTTGCTCCCTTTGAG
CTTGGTGTCACTTATGAATTATGTGCTGGTATAGTTGACCAAAAACGTCC
TCTAGTTGAAATTACAAAAGATGCAATCTCTCAAATGATGGGTTATAACG
TAGAAGAGAAACAAATCAAGCGAATTTATCAGACCAATCATGTTGGATAT
TCAGGTGACCGATGTGATATATACATTGTGGAAGTGACAGATGAAATGTT
GATAAAAGATTTCAAACCTGATGCTGATCTcgttgaatatttttatttgt
caaGGAATGATGCTCAGGAGTTTGCAACGAGTGATGAATACGTGAAAAAT
AGTAATGTTATTGCATCTATATTATGGTGTTTCTTGCACAATATCTTTTG
AatggAAGAATTAAAAATCAGTGATATGCAACTGGCTCCTTTTGTTGACT
CCGACGAATTACCAATCGGACGCGTTGCTTTCAAACAGaatgGATGCAAA
CGCCTTTGGGATTACGTGGATTACAAAGATCAAATTCAAGCTCTTGTCTA
CAACAAAACCAGAGATGCTTTTGTTCTACGCAAAGAATTCAGACCTGCAC
CTTATCTGAACATCAATtccaaaatgttaaaagaagaagtttcagacatt
gaaaataaatcatCTGAAAAGAAAGAATTCAAAACAGTTGCTCCCTTTGA
GCTTGGTGTCACTTATGAATTATGTGCTGGTATAGTTGACCAAAAACGTC
CTCTAGTTGAAATTACAAAAGATGCAATCTCTCAAATGATGGGTTATAAC
GTAGAAGAGAAACAAATCAAGCGAATTTATCAGACCAATCATGTTGGATA
TTCAGGTGACCGATGTGATATATACATTGTGGAAGTGACAGATGAAATGT
TGATAAAAGATTTCAAACCTGATGCTGATCTcgttgaatatttttatttg
tcaaGGAATGATGCTCAGGAGTTTGCAACGAGTGATGAATACGTGAAAAA
TAGTAATGTTATTGCATCTATATTATGGTGTTTCTTGCACAATATCTTTT
GAatggAAGAATTAAAAATCAGTGATATGCAACTGGCTCCTTTTGTTGAC
TCCGACGAATTACCAATCGGACGCGTTGCTTTCAAACAGaatgGATGCAA
ACGCCTTTGGGATTACGTGGATTACAAAGATCAAATTCAAGCTCTTGTCT
ACAACAAAACCAGAGATGCTTTTGTTCTACGCAAAGAATTCAGACCTGCA
CCTTATCTGAACATCAATtccaaaatgttaaaagaagaagtttcagacat
tgaaaataaatcatCTGAAAAGAAAGAATTCAAAACAGTTGCTCCCTTTG
AGCTTGGTGTCACTTATGAATTATGTGCTGGTATAGTTGACCAAAAACGT
CCTCTAGTTGAAATTACAAAAGATGCAATCTCTCAAATGATGGGTTATAA
CGTAGAAGAGAAACAAATCAAGCGAATTTATCAGACCAATCATGTTGGAT
ATTCAGGTGACCGATGTGATATATACATTGTGGAAGTGACAGATGAAATG
TTGATAAAAGATTTCAAACCTGATGCTGATCTcgttgaatatttttattt
gtcaaGGAATGATGCTCAGGAGTTTGCAACGAGTGATGAATACGTGAAAA
ATAGTAATGTTATTGCATCTATATTATGGTGTTTCTTGCACAATATCTTT
TGAatggAAGAATTAAAAATCAGTGATATGCAACTGGCTCCTTTTGTTGA
CTCCGACGAATTACCAATCGGACGCGTTGCTTTCAAACAGaatgGATGCA
AACGCCTTTGGGATTACGTGGATTACAAAGATCAAATTCAAGCTCTTGTC
TACAACAAAACCAGAGATGCTTTTGTTCTACGCAAAGAATTCAGACCTGC
ACCTTATCTGAACATCAATtccaaaatgttaaaagaagaagtttcagaca
ttgaaaataaatcatCTGAAAAGAAAGAATTCAAAACAGTTGCTCCCTTT
GAGCTTGGTGTCACTTATGAATTATGTGCTGGTATAGTTGACCAAAAACG
TCCTCTAGTTGAAATTACAAAAGATGCAATCTCTCAAATGATGGGTTATA
ACGTAGAAGAGAAACAAATCAAGCGAATTTATCAGACCAATCATGTTGGA
TATTCAGGTGACCGATGTGATATATACATTGTGGAAGTGACAGATGAAAT
GTTGATAAAAGATTTCAAACCTGATGCTGATCTcgttgaatatttttatt
tgtcaaGGAATGATGCTCAGGAGTTTGCAACGAGTGATGAATACGTGAAA
AATAGTAATGTTATTGCATCTATATTATGGTGTTTCTTGCACAATATCTT
TTGA
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.10016MSTRG.10016Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilongene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.10016.1.p2.exon1MSTRG.10016.1.p2.exon1Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10016.1.p2.exon2MSTRG.10016.1.p2.exon2Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10016.1.p2.exon3MSTRG.10016.1.p2.exon3Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10016.1.p2.exon4MSTRG.10016.1.p2.exon4Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10016.1.p2.exon5MSTRG.10016.1.p2.exon5Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10016.1.p2.exon6MSTRG.10016.1.p2.exon6Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10016.1.p2.exon7MSTRG.10016.1.p2.exon7Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
MSTRG.10016.1.p2.exon8MSTRG.10016.1.p2.exon8Clytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
MSTRG.10016.1.p2MSTRG.10016.1.p2-proteinClytia hemisphaerica_ch_hm2_pilonpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000068_pilongenomesc0000068_pilon:1149301..1166164 +