TCONS_00068873 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00068873
Unique Name	TCONS_00068873
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	7025

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_49:475468..487511-

transcript sequence

>TCONS_00068873 ID=TCONS_00068873|Name=TCONS_00068873|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7025bp
aataaaagaaacatgcagCTTCCCTTggctttcattggaacttttcttCT
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TACTCACCGATACCGAACAAAGACAACATCTTGGAGATCAAATGTGATGA
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CAATTATTTGATTGTCTTCAATACATGAGGCAACCGGCAATTGGAGGAGA
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TGACTATGTATCGATAGTCGACAGTACTCCTTGATTAGTCTCATACTGTC
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ttactttctttggGAATTGAAAGAGATTTTTTATCCAGTCTTTTTTTGTC
ATGATTTCTCCATGGTCCTTAATGC

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_49:475468..487511-

Legend: exon

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00068873 ID=TCONS_00068873|Name=TCONS_00068873|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=12044bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_49:475468..487511- (Clytia hemisphaerica)
AATAAAAGAAACATGCAGCTTCCCTTGGCTTTCATTGGAACTTTTCTTCT
TATCAGTGTGACTAACGGACAGTCGGGTAGGCATGCATAACAGCCAGAAA
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TATAATGGTTGTCAGTACTCTATCACAGATTTATGTACTGATACAATCAT
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TTTTTACGCCTAAAGTAGTCCAGAAGCTGGAGCTCAACTACTTTTTACCT
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GTTTTTCGACAACAGCTATATATAGGTAGTATTTAATTTTGAAAGATTTT
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TTATTGTTTAAAATACATCTAATAGTTTTGATAGTTTAGTTCCTATTGAT
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ATCTGTATGATCTGAAATGTGGTCCAGTATTGAGGGTTGTTTTGAAAGGT
GGTGCCGTACCATGGGTTACCCCAATGGTGCACGTTACGGTCTACCCCGA
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GTTCAAGCTTTAAATACTCCCCAATAGCAATAAAAATGTTTCCAGAATAA
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CCGATTCGGGTTAAGACAGTCTACTATTTTTTTGCATCAAAAGACTTAGT
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CCATTATTTTGAAATTATTGTAGTTAATTACTGTGGCGAAATGCTGTCTG
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CCTCAGGAAAAACATTTCACCCGTTATTTAGAGTTTTTCATCTTTTCTTT
TTCCCCCTCTTTTGCAAAAATTTTCCAATTTTCCAATTGGAAAAGTCTAC
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CATTACTCTGTTTATTCATTATCTTTTCAGTGACAAACTATAATATCACA
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GATTCAATGACTGATTTATCAAAGGTAAATCTTTTTGGTCTTAACCCAAT
CAGCTTGAAGTCCGAAGAACATTTTTCTACTCAATCATTCAGCTGTCCTT
TGTTTACTGTATAATAGTCTGTTATCAGTTACTACTTATTACATTCATGT
AGTGCGATTTTGACACTGTTTTCACCTAATTATTTTTATAATTTTACGAT
CTGTATTTTTGTTTAACTTTTCAGCTTTTCAATGCAGTATTAATTTTATT
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TTATTTTTTACCTACTGTAATCAGAAATTTGGAATTCAATTTTGCAAACA
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TTTATTGTTGTTTGATGTTACATGAAGCAAAGCTGTTTTAAAAATGACAC
TTTTAACCTTAACATCTTATTCATACCTTCTCTCTGCTGTTGACTTTACT
AAAAATAGTTGAAAAAAGCTTAGGAATGAGATAGCAAAATATTTCCTTCA
ATATAATGATCATTTTCTAGTACTCACCGATACCGAACAAAGACAACATC
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ATTTCTTCTGTTTATATTTTCTTTACACCTGTGTGGCATATATACCTAAA
ATACCGTATTACTTCGAATAAACGCCTGAGGGCGTTTATTAATTTTTTTG
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AATTGTCGTTTTTGATACTCGTTTAAAGGTACAGAATTATTTTAAAAATT
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GTTATCATTTGTGCCTAGCGGTGCGGAGGGGAAACATTATACATTATTTT
TATATAATGTTTTGTAGTATCGGTTCGGAGCTCAAAGGATTATAACAATA
AAGTTAAATTAGTTTTGTTCTTGAAAGATTTTAAATGTGTAGTTTACATT
TATATTTTTTATAGGTCAAAAAAGCTTTCTTCGCACTCGTACATAATTGT
AAGTTTGTTTTTTACAAACAAGCTGCACGTGGGAAGTGTTTGTCTGGGGT
TTTCAACAAGAAACATATCAAAAATTGTCCTTGTAAATGAGCTAATGCCC
ATTTTGAGCGTGTACAGTCATTATGGCTACCATGTGGAAACAACTCAAGT
CAATTAGTCTTCAATGATGGTGAAACGGTTTCGTTTCAATTGCAAAAAAG
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GAGAAGTATTAAACATAAGTTAATCCTGTTTTCTTCAGCTATACGATCAG
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ACAAAAATATTGACACTGATTAAAACCTTCATGGCTCAAAAAAGGAAGTT
ACAGAAAGCATGAATGACCTTTAAACATTTTTTCATTTCTTTTTTTATGT
TGCAGGAATGTTGACCATTACAGACTTTATCAATATATTAATTCGATACT
ATAAATCACCACTGGTAAGCAGACATACTATACTAAACTATAAGGGTCAA
ATAAGAGCCAACAACAATGGGCTGTCCATACAAGGGGGGATGGGTGAACG
TTTTCAATTCAAAAATAAAATCTTCGAAATGAGTAGATAACCCTTGGAAA
AATTATTTTCATACCTTTAAAGTGTGACGGTGGACGAATCTTTTACCCCC
TGGAAAAATAAAAATCACTCTTTTAGACCCCCTGGAAAATGTTCGCCCAT
CTCCGAAATATAAAATGGAATGGCCCAATGTATGTTGTGTTAGAACTAAA
TTATGCACAAATGGATTATTCATTCTGTTGTTATTTGACTGTGTTTATCT
GGACTTTGATTATCACAGGAGAAAATGTGGGAATTAGAAGAACACCAAAT
CGAGACTTGGAGGAGTAAGTAATTATTTGTATGTTAAAGTAAAAATGAAA
ATTATTATAAAATGTGAGAAATATGTCAAACGGTGTCCTCAAATTCTTCA
TTTGGAAGTTTAATACTCTCTCTCCTCTTTGCTTTAGACCTTTTCAAAAA
AAACATCCACTCAACATTATTAAGGATATCACCGACTGAAAGGTAAGTGC
AAATAATCGAATGCTGTTTCTAAATGGAAGAAAGATAGCGTTTATTTTTA
TTCTTCTAAGCTTAGCTTTATGATGCGCTTGAATGAATCGTCCTAGTGTA
GAATCCTATAGCCTAAAGTTTTACTTTTAAGTTTCTGATTTTTGACAGAA
AATTACGGTTGAATCTTTGTATTTCGGTCTTGGCGAGTAATGATAGTTTT
ATTCCCTGTTTCAGCTCAATTTAGAAATTTTTAGATTTGTTTTCTTCTTT
CAGCCTATTTACTGGTGTACAGACACTGATGAAAAACAAAATTCATCGTT
TACCAGTCATCGATGAAGAAACTGGCAACGCTATGTACATATTGACACAC
AAGAAGATACTTGCATATGTTTATCAACATGTAAGAAGAGAATATATTCA
TGATATGTGCCATTGCAATGTCTTCTAACATTACATCGTGGACCCAACAG
CTGATTGGTACATCCATGGAAGACATTGCAATGGTGCATATCATGAATTA
AAATCTATCAATCCTAACGGTTCAGAGGGTTTGAGTTTTATACCAGAGTT
GAATGACCTCAAATATCTGTACCTTTGTTTGCCAATGCAAAGACTTCAGA
TATTTAACTTCATTCATCACTGATAAGCTGCAAAACAGATCCTCATACAG
ACATTTGATATGAAACACTAGATAGACATACTCTGTCTTTCTCATGCAAA
ACCATACGCCATTTTTGCTGAGTAGACCACAGCTCGGCACTGGCAATTTG
TTTAATATGAACGAACAAACAACTCAAATGGTGGAAAACGAGGAGACAAG
AGGATTGTCTTGATCGATCAACTTGTCGGCACAGAACTGTAGTCTATTTA
TTAAAGATGGCGCATTATTTAGCTCCAGTCAGGAACGAAGTGGCTCATTT
AGTGTTTTATTTAAGGTTTCTGTTGACCCTCTGCAATACATCTAGAATTA
ATTGACAATACTATTGACATATTATTGGGCAGTATTTGCGAAAAATGTTC
ACGTTCGATACAAGACAAGGGGAAAACAGCGGGAATATTTTTGCCTTGCT
TCTAAGCGAGGGTCTAATTAAATTAGATTTATCAAAATTTCATACCATGA
CCATTCTACCTTTTGTTTCTTAGTTGGACGATCTTGTAATGCCAGACTTT
CTTGGCAAAACTATCGAAGAAATTGGTATAGGAACCTATGGAGACATTGC
AACGGTACCCTTTGTTTTAATTTGTTTTGTATCCAGCAAATCATTGTGTT
TTATTTCTTACCAAGAGTATTCAGACACAAAACGGTTCAATTTTCAAGGT
TTTGTTGATTATTAGTAAAACATTTAAAAAAAATCATATTTAATTACAAA
AACTTTTTTCCCAGCATAAGGTATTGAGGTACTGAAAGCGACTGAGTTGT
CGCCGAATATTATGGTAATTTTGATTTACATTTTAACTGTGATTTTAACA
TGCTTTGTTTCTTACTATTAGATAAGTCCAACAGCAAAACTGATCGAAGC
ATTGAACATGTTTCACGAAAGGAAAGTGTCAGCACTGCCAGTTGTCGGAG
AAGATCGAAAATGTGTTGATATCTATTCAAGGTTTGATGTCATGGTATGT
CTCTCTCCAAAGATTTCTCCAAATTGTTCTTCAGATAGTTTATTGTAGTA
CGTAGGTGTTACATCAGGTTCCACTCCGCTCAGAATTACACCTACCTCTA
ACTTTAGCTGCTGTATTTCTCTAAATGTTCTTCTATCTGCTCAATAGTAT
GTATATTTTCGCTTTGATATAATATTTCATAATATTTCAATAAATGACTA
CATCTTACTATACTAAATGAGTTTATGAAAAATGTGTGTAACGCAAGATG
GTAGCTGTTTCGACGACGGGAACCGTCTAGTGACCACTAAAAAGTTTTTG
TTTATTGAATATATTTTTAGTCACGTCTCTAGGTTCTAATATCTTGATAT
TTCTTACCTTTAGAACTTGGCAGCCGAAAGGACGTACAATAATTTGGNTC
TTGATATTCTTACCTTTAGAACTTGGCAGCCGAAAGGACATACAATAATT
TGGACATAACCGTATCAGAAGCACTGTCTTACCGTCAAGTCAGGGTGGAA
GGTATTCACAAATGTTATCCACATGAAACGTTCTACGCAATCATTGATCG
CATCGCAAATGCTAAGGTATATTGTAATATCTCTCCCTACATATTTAATT
GACCAATACAGCTATCAACCACTGACCTTTAATACCATGGACCAAGTTTC
TCAAACTCGGCCAAGCCAAATTTTGGATTGGAGTTTTCTTTTGAAAAGTG
GTACCATAGTGGTAGCACTTCTCCTCAATAGCGGTGTAAATGCATCGAGA
GCGTTAAAACTACTTTTCCTCTGATACTTTAATGATATAGCTCCTTTACA
CTTTGTGTGGTTTGTATAAAAGTCATTTTACGGTTGAAATCAATCATGTG
TAGAATCATGACTGTCTGTATCCAATAACGACTACTTCGCATCGGTTGGG
AAAAAGTTTTGGAGCAATAGGAAGAGGTTTATTGATTCTGATAAACCATG
AAGTTACAGCCTCTATAGTATTCCAATCCTCCTTCAAATATTATTCAATA
GGAGGATTCAAAGAATTCTGTATCAAAAATGAATTTTCTAGCACTAAAGA
ATACACCGTTTAGGAGTCTCGCTATCTTCACGGTACTCCATTGCAGAGAC
CGGTAAAAATGGTAGGTAAAAATGCACACTTTAGTACTGTGAAAGGTTAG
AGGAATGTAAACATTGTGAATTTTTTTCTCTCCTTTAAAGAGAATGATTT
AGATATTTGAACATGATATCAATGATAATTTTATAAGTCTCTCCTGAAAA
TTTCACAAAAATTCATCAAGATGAAAGAAAGTTATGATTAAAAGGAGTTC
TTTACATACCGTTTTTCTGCTATGTTTCCTTATGAGAACCAGATGTTTAC
CTACCGTTTTTTTACGGAGGAGAGTGAATTTTCCGTGGTCGCTAAAATCA
AAACAATAGAAAATTGGATTGACGCGTGCGCAGTCGACACTCCTAAACGG
TGTATTAAAAGTTTTTTTCTTCTTCTTCATTTTTCATCTTCAAAACTTTA
TGACTTATTATTCTATTATGCTCTTTATAATCATTTTATCTGTATATGAT
TTGTTACATTTGAAGCAATAGGAATAAAAATAAAAATTAGTGCACACTGA
AAGCGGATGGACTTTAATCTTCTACATAAAACTTTAATTTGATTCACTGT
CGTATTGATTTTTTAGGTACATCGTTTAATTGTGGAAGACAGTGATCATT
GCATCAAGGGTATTGTATCATTATCAGACATTCTCAGGTTCTTGGTGGAC
CCTCCTAAAATGGCAGAAAGTTCTGTTTCTTGATGTCTACTCTAAGATTC
TGTGTTGTTGCTGCTACATGAGATTGGTTTTGATTAATTTGACGTCCTCT
CAATTTGATTGGATGGTGGATTTGCTGGTGGATTGGCTTTATCGAGGATT
AATTGAGAATATGACCCGAATCGAATCATCAGACTTGAATGGGATCATCA
TCCGACACGAAACGATATCCAATTATTTGATTGTCTTCAATACATGAGGC
AACCGGCAATTGGAGGAGAAAATACGCATCATTACGGCTCACTCCACAAC
CTGCACCTTGTTTTTATACCATTCGTTAACCCACACTACGTCTACGCCGT
TTAGATTGTAGAGATTGATTTAGAGATTTAGAATAATTAGAAAAAACATT
ATATAAACAGTATCCATGTTAAGAAATCAGCAATTTTTACAAGTTTTATT
CAGTTCGATTTTAATAATCTAATTTATTGCTCTTTGCTCAAATGATTATA
AGGAATTACAATACCTACACACGTACTGCTGGCTACGATTGACCATTTTA
TGCTTTTTAGAAAACGTTCGAATGATTTTTTTTTTGAAATTTTTTGAATA
TATTTCAATATTCTTTAAGTGGATAAGAAGAAGGAACTTTTAGAAAGTTG
CCAATCCATTTTCTAGATATATAATAACATATTAATAGTCATTGCTATTT
ATTTTTATACCGGGTGTGCCACAAATAAGTTACCCTCTTTGATTTGATAT
TGTAGGCATTTGACTTGATATTTTTCAAAGATTATTTCGGAATCATTCAG
AAGAAAGCCTAACTTAAAATTTGGTGTATTACTTCTAATTTTAATTCATT
AGTTCAAAAGTTATGTTCAAAAACCTAAAATATCAATTAAAAAAATGACA
GAAAAAGGCGAAAAACGAGAGTATTTTAAATTGGTTGTAATAAAAAGAGG
CACAAAACGATTTTATGCATCAGAAAATGTATTTCCATTATGTAAAAAGC
ACTTATTTACAAGATTATGCATCTCTGTAAATACATTCCATCATCTGTGA
ATCGAGATGAGCTGCAACAGTTCAAACGAAGCATTTTTCTCAAAACTTTC
ACCTTCTCCACCTTTCTCAACGATGTCACACAGCAGAAAAACTTCTGGAA
ACTCATAGGAAGATGTTGAAAATTTTGTGGGGCTTGAAGCATTCGGCATC
TTGTTTATGCCCAAGGGAAAACAGAAGTAAAAAAAGACAATAGAGATAAA
GAAAACATAAAGAGTGTTACAAGGCAAGACATTGTACTTTAATGTTTTGG
TAAAAGAGAAGTCGTTTCTCTCATAAATTGATACCCTTGTTTTTAGTCTT
TTTTGACATTTTTTAAAATTGACATTTTAGGATTTTGAACATAACTTTTG
AACCAATGAAGTAAAATTAAAGAATAATACACCAAATTTTAAGTTAGGCT
TTCCTCTGAATGATTCTGAAAAACAATCTTTGAAAAATCTTTCTGCTACT
GCCTGCAATATCAAATCAAAGAAAGTAACTTATTTGTGGCACACCCGGTA
GTTAATTTAGTGATAGAAATCTTATCAAGGCATCGCTCAATCAAGGATCG
GGTCTGGTCACTTACTTCTTGCTATTGTGGACACTTAAAAAGGAATAAGA
AGTCGGAGTCTTATTGTATCTTAGACCAAATCATGATTTGTATGAAAAAA
TTATTTCACTACACTCATCTGACTATGTATCGATAGTCGACAGTACTCCT
TGATTAGTCTCATACTGTCTATAGTAGATTTTAGTTTGTAGGTTTGTATT
ATTTATTATTTCTATAAAAAAAAACATCACGACCATTTATCCATTCATTT
TCTCACTGAAATCTTTTTTTTACTTTCTTTGGGAATTGAAAGAGATTTTT
TATCCAGTCTTTTTTTGTCATGATTTCTCCATGGTCCTTAATGC

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_042921	XLOC_042921	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_49	supercontig	scaffold_49:475468..487511 -

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
8.25248	7.42799	6.32293	7.1429	10.4341	7.74998	10.1103	10.6735	6.92326	6.71445	6.32979	6.12998	6.16514	5.82555	4.89537	5.04526	7.55906	6.99298	3.91036	4.74832	2.45023	3.58248	14.0334	6.60772	6.88739	7.64201	3.53161e-05	2.6158	8.09924	7.76629

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00068873 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: AAKG2 (5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-2 OS=Homo sapiens GN=PRKAG2 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 306.605 bits (784), Expect = 3.099e-89
Identity = 142/234 (60.68%), Postives = 184/234 (78.63%), Query Frame = 1

Query: 4138 YATFLKKHSCYDIIPNSSKIVVFDTRLKVKKAFFALVHNSIRSAPLWDSNEQDFVGMLTITDFINILIRYYKSPLEKMWELEEHQIETWRNLFKKNIHSTLLRISPTESLFTGVQTLMKNKIHRLPVIDEETGNAMYILTHKKILAYVYQHLDDLVMPDFLGKTIEEIGIGTYGDIATISPTAKLIEALNMFHERKVSALPVVGEDRKCVDIYSRFDVMNLAAERTYNNLXLDI 4839
            Y  F++ H CYDI+P SSK+VVFDT L+VKKAFFALV N +R+APLW+S +Q FVGMLTITDFINIL RYYKSP+ +++ELEEH+IETWR L+ +     L+ ISP  SLF  V +L+KNKIHRLPVID  +GNA+YILTHK+IL ++   + D+  P F+ + ++E+GIGTY +IA I P   +I+ALN+F ER++SALPVV E  K VDIYS+FDV+NLAAE+TYNNL + +
Sbjct:  261 YMRFMRSHKCYDIVPTSSKLVVFDTTLQVKKAFFALVANGVRAAPLWESKKQSFVGMLTITDFINILHRYYKSPMVQIYELEEHKIETWRELYLQETFKPLVNISPDASLFDAVYSLIKNKIHRLPVIDPISGNALYILTHKRILKFLQLFMSDMPKPAFMKQNLDELGIGTYHNIAFIHPDTPIIKALNIFVERRISALPVVDESGKVVDIYSKFDVINLAAEKTYNNLDITV 494

HSP 2 Score: 84.3445 bits (207), Expect = 3.750e-16
Identity = 44/83 (53.01%), Postives = 57/83 (68.67%), Query Frame = 3

Query: 4851 NLAAERTYNNLDITVSEALSYRQVRVEGIHKCYPHETFYAIIDRIANAKVHRLIVEDSDHCIKGIVSLSDILRFLVDPPKMAE 5099
            NLAAE+TYNNLDITV++AL +R    EG+ KC   E    I+DRI  A+VHRL+V +    I GI+SLSDIL+ L+  P  A+
Sbjct:  480 NLAAEKTYNNLDITVTQALQHRSQYFEGVVKCNKLEILETIVDRIVRAEVHRLVVVNEADSIVGIISLSDILQALILTPAGAK 562

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00068873 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00068873 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
AAKG2	3.099e-89	60.68	5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-2 OS...	[more]

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TCONS_00068873 (transcript) - C. hemisphaerica