TCONS_00058819 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00058819
Unique Name	TCONS_00058819
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	3406

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_314:182294..200297+

transcript sequence

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ttatttagtttttagtattaaaagaaaataatcagcggtattgttttaaa
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GGAAACATGGTTGGCTTTAGGTATTATCTGCGGTGTGGTGCTTCTGGTGT
TGATTCTCTTATTGTTGGCTCTGAGAAAACGGATCGTCATCGCTATCCAA
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CTTCCCATTGGTACCATGGTTGATGCAGTTGATCTTGTTCGCTTGGTTTG
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CAGTCGCAAAGTATTTGTTGAAATGCTTGAAATGTTTCTTCTGgtgtttg
gaaaaattcttgaaattcctCAATAAGAACGCATATATTGAAATTGCGGT
ATACGGAAAGAACTTTTGCACATCTGCTAAGAATGCCTTCTTCCTGTTGA
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TAAAAT

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transcript from alignment at scaffold_314:182294..200297+

Legend: exon

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>TCONS_00058819 ID=TCONS_00058819|Name=TCONS_00058819|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=18004bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_314:182294..200297+ (Clytia hemisphaerica)
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aacaatatttgaaaactATGGGGTGTTGTGGAAATGGAGATAAAACTGAT
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tttttttgttttgataaagtaaaaacaattatccCTGATAACCGGAAAAG
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ATTAATTACAGGAGTTGTACTGATGTCATATGTTGTTTATTATTTGCTGT
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ggaaattcaatatttttgggttggaaattttggttttataattgaaggtt
ggaaatttgagcgattaccttaagctgatttggaaaacgtaaattaccca
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ATAGAATAGAGAAAATTGGACGACCGGGGATTCCTTTCCCCTTACTATCC
TGTATTTTGATTGACTGAAATGACTGGAAAGATTATTAATGTTATGATTT
GTATTTTTTAGATTATATAAGACTTTAGTCTTTAAGACTACTATAAAATA
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AAGCTTATGTAACCAGCTTCTTTCTAATCAAGTCTTTTGTGACTGCAGTG
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TAATTGCTGAACTTTAAAGCTGAGAGATCCATTAAGTACAATTTTGGAGT
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AAAACACTTAATTTTACTAGGGGTTGAAATGCTTTAAAATCTTTCATTAC
AGGAAATGTCTGTGGTACTGGCAGCCATGCGTAAGTATTCAAttcatttt
tctgaaaatttggtcaactagatcaaaagttatggtctAAATGctgaaac
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tttccaatgaaaaacGATTGAATAGTcaatagaactcgagaaaattccct
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TATTATTTTGGTCACTGTATGGTTACACTGGTTGGTTAATTGACTGCAAT
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CCTAAGTTGAGTAAAgtaatgaaagtgaaaaaagttgaagggggttctat
tttcatcattttcaaagaatgatgacGTTTATTAGGCGTTGATGATAAAA
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TGATAATGGTCATTGTGCAAAATACACCTTACAAAGTGAAGCCCGTAAGT
TAAAATTAGAGAAATTGTTCAGAATTTCAATTTAGTTATATCGTATACTT
TTTTATCCAAGCCCCTGAAGTTGATTATAGGGCTAACCTTGGCTGGTCTC
AATAATGCCATTTGTCctttgaaatttgacatttttcaaatgaaattaag
TAAAAAAGGCTTTAGAAAATTAAAGCTATAATGAAGAACTAATCAACAAC
TTGATTAACTATAACTTCAATAGAAAACAGTTTGGAATTTACTGGAATTT
ATAAAATAGCTAGGAAAGTGTATTATAGCTTAACAATTTGTTTTTAGTTG
CATACCGTTGTGTGCCAACAGTGATAGGAGAAACACTGCAAAGCTTTTTG
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tattttcctttatcattaaaaaaaacgGAAAATTGCATAAAGAGTAATTG
GAATTTCACTTGTGACCTTTAATTTGAAGTCTTTAGAAATTACGTTAAAA
ATCTATGTCATATAttgattttcgaaatatttaaaaatcagattttttta
taGAGCACAAGCAGTTTTAGTGAACTTACAAAATCTTGGAGAAAAGGTAT
GCTATACATTAAACCCTCACTATCTAGTTGTGTTTTATCTAACGAGGTAT
CATTCTCAATAGGAGGAACAAACTTTTTATTCTTTGTGTTCTTGTGCCTT
TGTTATGGGTTTCAATAACCCACTGGAACAGGGTACTTTCTAAAATTTTA
CAGTTTGTCAAAAATTTCCTTGTCCCCAGACTGAGGGATACTAGAATCGA
AAAAAAGGTTCTTAAACGTCAAATGACCCTTTTTAGGGTCATCTTATAGT
CAATCCAAGTGGGTCAGTGAGATAGGGGTGTCTTTTCAtaaaaggttttt
gaaattgtacttcaattttcaatttttttaataaacaaaatttttttttt
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TAAGAATTTATGTTCAACTTTTGAACAGATCCTGATTCTATGAAATGTTG
ATCGAACATATGAGTCTTTGGTTATTTTCTAATTATTAGGGGCGTATGGG
GAAACGATAGGAAATGTGAAGAAGTAGCAaagtgaaaattgcattttttt
ctaacaaaatttacattctttttcaaaaaagacaattGTTAGCTCAACAA
AAAAATCGAGTTCTCCGGGGGGAAAGGCAAGATGATATCCCATGATACTC
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ttttCTCCGGGCATGTGAATAGACGTAATAGAAATTCTAAAGTGAACCAT
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CCAAATATACacattcaatttcaaaaaatctcaatTCACTTTGAAAAACC
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CATTAAGACCCCTTCGAACGCTAAACGATGTCTGTCAAAGAAGAACTGTC
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GTGTTTGGATAACGTTCTAAACATTGTTCGGTCACTATAAAAACAAACCC
ACTTACATTGATGatcaattttttcattattcGATTTTTTGTACTATTCA
ACTATATATCTGTAAATGaaacaatgataaaatgaaTATTAAACGTGGAG
TTTAAAGACTTTCTCATAAAGTTTACGCTCTAATTAGATTTTTAAGGGtt
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CCAATAATACTCTGTCAAAGTTCATCTAAACTTATTTAAACGGTGATGGT
GTGGCAAATGCTTTATGGAACCACACTTGATCAGTATAATTTTTGAACTG
CACTTGTTATTGTATAATCAGTTAACCTGAAGAAAGGAACCCAACTAGAT
TTTTCTACTGTACATTTTTTACGTGTTTACGCGGAGGTTTATTGTCTCCT
ATGAATTTAACATAACACTTTATATAATTAATTTATTATaaattttcctt
atttttttcacaaaaaacaatggaaaatatGACTCAACAAACTTTTCCTT
CTCACCTCACCGGTCATTCTTACTAAAAGTATATACCTAAAGAGCCTTCA
TCCTTATCTTATGAACCAAATGATTCTCATGACTATCATACAATGACATT
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TTGATTAACGTAAATCGAAGTTAGCTGTGAGCGAGTCAACGCAAATTTGT
CTAACATTGATAAGCGTATGAGTAATGAAAAAGTCCATTGTCCTGCAGAG
AATACTCTGCTCAATAATTACTGTACGACCTCTTTTATACGTATGTTTTT
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TTATGATGAGGtatgttttgttttcttggGCTTTTCACTGTTATAGAGAT
AGAGTACAAAGGATGTTACATTTCAGCCCTATTTCGCATATCATATATTA
GACTCCCGGTTGGCTGCTCGTTCCGGCGACATACTTATAACTTGCAAAAT
ATGCAAAGTATTGTACACAGGCAAATACTTGCCAACTATATATTTATTTC
TCTCTATACAGATGGGTTGCAGGTTTGATGGTTTGGTTGACTACTTACCT
TGTTCTCACCATCATTGGCTATGGTAAGTCTTCTACGATGTCTTTATGAG
CCCCCCCCCAAGTGGAGTCCCCGatcatcacgcctaaaaaaaataaaatc
acgcCATCCAACTGAAATATTCTCTAAGTACGccattaaacaaaaaaaat
tgaactcgTAGATCAAGCAATCATGCcaacaaaattgaaatattcgaaaa
aataaCCAGAAAACAACATGGCAAACTAGTTCGTTGACTTTAAAAACTTG
ACAGGCCTTCAAGTGAAATCTGTATGCAGATGCATAGgctaactagtgtg
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GTCCAAGACAATCATGCCATGCATGCACATTCCCTTTCTGAAAACAAGCG
ACATAGGATCTGAAAATGATTCTTACTCGTAGTTGTATGTGAACTACTTT
AGACTGTTTATGTCGGGTAAAATGTGCCAAAGACGTAACATATCAAACAG
CtacgaaaaaaataaacaaaaaatgaaaccaaGTTAAATTTGTTTAAATC
ATATCATCATGTTAACTTAGTCAAATTAATTAAACtgtttcatttttctc
catCCACATAACTAGCatagaaaaaacaatttatcctTCTGTGCACAGCA
AAATCTAAACgagacgaattttcttcctttttccaTTATTAAGAAAACTC
AGTCATAATTTTCCTTTACCCCCAGGTTTCAGTTTGAAATATCTCCGCAG
TTggtataaaaaaatttacaactcGTTTCTTTTGGTTGTAAGGAGTATTA
TAGTTAGTTGATCACTTACTTATAAACCACCATGTTTTGACTGGTCTTTT
ATGATTTAATATATATAATCCCTGTATACTATTATATCCATAATCCTGTT
AGCCTGACCCCAAAATACCCAACAGCCAACCAACATTTGACAAGCTAACA
AATTACCAGAAAAATCATTGCCTCAAGTAAAATATCAACAGATTTTTTTG
ACAGGAATTTCAACCAGTCAGGATGtcaataataaacttcttaaagaaaa
cattttaaataGAAAtcctcatttttttataaataaacgtCCATGTCAAA
GTCTAAAGAAGGATAAAGAAAACTTGTTTTGTTGGTAATAGGCTTTTCAG
GCGAAAATCATTTCTCCTTTCCAAACATTCAAAGACAAAAGAGTCTTGTT
GTTGAGAAAATGAAATATGTATAAGAAAGTTGGTCGATTTATAATAAGAT
TTTTCGTCTTTCCTTTAAATCCTTTTCACGCCTATTTTCCTCAATTCCTT
TTACGCGTTCCTTGGTAAATTTTTGAAAGCCAACGTCAAAACAAAGGGCA
CATAACACAAGATTTCTTTCTATTATTTCAGCTACATATTACTGTCTGAT
GGAGTATAAGAGACTTGCGGATATCGATACCTCCTCCATCGAATTCGAAT
TCTTAAGCAATGTCAGCTCGTACGCCGATAAAAAGGAAACATGGTTGGCT
TTAGGTAAGGATTTTATTATCCCCTATTCTCTTTATCTGTCAATACTTGT
TTACGTCATTACGTCATCAGTATTAATATTTACAAGGTTTACAATGGAAA
TTATTTAGTTTTTACCGACAGTTTCCAACTTTAAAGTAAACATCAATTCT
CTTGAACTATGGTAATGTAGGTTAAATAGTCGATCACCAGGCCAGTCCCA
GCCCCGAAATGCTTGCCACCGTATACTCTCCAGTTTCTTCGAAAAAAGAA
GTGACTAACGCTTTAGGTAGTTCGACCGCTAAAAAGGAATGAAACAAAAG
TTTCAATCAGCAATCTTCTCCTTTGGGGCCCTTTGGGTTCACACGGCATT
tacttttgttctttttgtgTAGGTATTATCTGCGGTGTGGTGCTTCTGGT
GTTGATTCTCTTATTGTTGGCTCTGAGAAAACGGATCGTCATCGCTATCC
AACTCATCAAAGAAGGCTCAAAGTTAGAAAAGATATCTTGTGTCTTCTAA
GCTTCCTAATAAAGTGGATCTTTTTTTGCTATTTGAACCTTCATCGAACC
AGATTCAATTTTGCTGCCAAGAGAAACTTTCATAAATGATCTTAATGATC
TTAATTTTTCTTCGtcaattcgaacaaattagatgCCTATTTCAAGTTCG
AATCGACAAGAATCAAAGGTAACTTTTTAGTGAATAAAGGTATAAACTTA
TTACTTCAACTGTATCATAGAAAAGCAAGATGAttctttttaagaaatat
tACCGTGGATATGAAATGATTTAGCATTTATGAATAACCATTAGCAGCAA
CTTTCAGCGAAAATGTATTTGCGCCATTTTAGGTGTTTATCTTCAATGTT
GTCAACCTTGTTCTTCCCATTGGTACCATGGTTGATGCAGTTGATCTTGT
TCGCTTGGTTTGTGGCAGTCATGGTATATCTGGTCACTTCTGGAGTGGCA
GAgtacaaagaaataaaaaacaatacgCTAACTGAAGGCATCTGTTCGGC
TATTGTAAGTCAATTCAGTGTCGGGTAAGGGGTGGGTTTTTAGATGTCTT
ATAACTGGGTAATTCTGTTTATTTCTTATCACTCACTCTAGACTAAAATC
CGTCTATTTGAGATATAAATACAAGATTTCTGTCTTTTNTGTTTATTTCT
TATCACTCACTATAGAATAAAATCCGTCTATTTGAGATATGAATACAAGA
TTTCTGTCTTTTCATAACTCCGTTTTTCCAGCCCATAACTTTCTTTCCAA
CAAAAATGTCTCACAAGGCTCAAATGTCTCACAATGGCTCAAATGGCTCA
CTAaactaataaatttcaaaattttaaagctaaaaaaagtTACTTCAATT
TCACTCCCTTCTTTTTTATTCAGGACGCTGCAGCAgatgaatttggaaaa
aatgtcaCTTGCAGCTTCCAACAATACAAAACTGACGAGTAAGTACCAAA
AAGGAACTAAATTGCATGATACTtgctaaaacaaaaaataaaacagaCTT
AACTTCTTTGAAATATACCAATTCATCGAACAGCTACATGGTCTGCCGGT
CTGTAAATCACCAAAAAACCGAAGCAGCGTACTATACGTAATCCAGACTA
GAAATTGAAAGCAATAAgagtttttgcatttttgcatCAGAAAACGCTTC
AAGTGTACATTCAATTTCTTTCACCGCCACTTATGGTATGAAACAATGTA
AAATCCGTACATTTTTGCTTCGACCTCAATGAGCATCTCTTAAGTTAAAA
ATCCGTTAAAAACAACAGCGCTGAAACCTAAACTCCTCTCGGATATGTTA
GTCCCGTCTGTCAGCAGGATGCCCTAGGTTTGTATCTTACTAAATTAATC
AAAGTTGACTAGATTTTCATTTCAAGCTAAGAGTTTCAGGGTGCCTCAAC
ACCAAATTATTGAAATGGAGGAAAACAAAACTCTAATTGTGAATCAAGAA
TTTAGTCATATCCAAAGTTTCTCATTAATACAAATGCgttcaatttcttt
ctttctttccagTAACATTTTGCGCTTACAAATCTTCCACTTGTTTGGAT
GGTTTTGGATAATGAATTTCATCATCGCGTTCGGACAATGCGCTTTAGCT
GGTGCTTACGCTTCATGGTATTGGGCATGGGACAAAAAGACGGTAATTTC
TGCcttttggtttattttttgggaaattggTCTTAGAACTGTTTGTTAAA
TGTGGCCCGGACAGtaaaagcaatttttaaaatcaaatcgtTCACAGAAA
GTAGCAAAAATCTGTGCTAATCTTCTACTGGGACCGAATTATTCCATTAC
CGCGTCTCAGCAATTGAGTTTAATGCGTTTCCCAGTAAACAAAACACCCT
ATATTCCAAATTTTATCTGCCGGACCAAACCATGATTGGCTTTCGGCTTA
CAGATCCCAGCCTCCTCTCTCAATAAGAATACTCTTCTAACAGGCCTCTC
TGTGGGAATTTTGGGGACGTTAATAATTTCGTTATTGCGGAAATTGGCCG
TACTTTCTTCGAAATTTAGTAAAACTTGCAAAATCTTTTCCAGATTTTGG
CAAAATGGCTCATAAGCCGAAAGCAAAATCGTAttgaaattaaaacattt
ttaccctgaatttcggaaatcacaaCACAAttcttcggtatttcggaaat
cagaaTCCTTGTACGCCTCTCCCGCAAATAAATTAAGGCGTAAACTTGAA
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CATAAAATTTCATTCTAGTTTTCATTCTTCCTACATCAAACAGAACGTGT
TTTTCACCGACCTTCAAATTATGATCTAACTTTTTGGATTAACACATTTA
TGTTAAAGTCTCAATGGCtgttcataactttttttcaaattatgatTTAT
CTCTTATACAGGATGTTCCCAAACTTCCACTTATGTATTCGATGGGCCGA
ACTCTAAGGTATTGTATCCCTCCCCTTTTTCATTCATCATTCTTTTAATG
TTATACTTCTCCTATAATCAAACTAACTTTAATCCTCAATTAGTCTAACG
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TCTGTGTTTTTAGTGACCCGTAAAGTCAGTCATTCGATCCTTTTAATAGC
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TGctcttttatttttaagggGGTATGCCAAAGTTTCAAGTCTATAGTTTC
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gcATACTGTTCCCTataataaaacttgaaatatttttactgtcTAATCTA
AAAT

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_037059	XLOC_037059	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_314	supercontig	scaffold_314:182294..200297 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0	0	0	0	0.161201	0	0.298703	0.444683	0	0.258623	0	0.164524	0	0	0	0	0	0	0.259188	0	0.26094	0.580539	0	0	0	0	0	0.555405	0	0

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00058819 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: CTL2 (Choline transporter-like protein 2 OS=Homo sapiens GN=SLC44A2 PE=1 SV=3)

HSP 1 Score: 396.741 bits (1018), Expect = 1.557e-122
Identity = 264/624 (42.31%), Postives = 385/624 (61.70%), Query Frame = 2

Query:  137 DGKPA--GKYGKSKKYDPNFAGPIKNRSCTDVICCLLFAVYVIGMLAVGFLAYTWGDPKKLLFPTDSHGNVCGTG--SHADQKYLFFFDLLECLPTSVQSVTDVTSLSITGCKTPQVCVKECPTTNWYY---KTSNDKS--KLFCKDNTPMNQSISDLVDNGHCAKYTLQSEALAYRCVPTVIG--ETLQSFLDTTGPITTDGRNVTTETIGWARVAQAVLVNLQNLGEKLIADVRETWYWVLGGFGISMVVSLLYIIMMRWVAGLMVWLTTYLVLTIIGYATYYCLMEYKRL---ADIDTSSIEFEFLSNVSSYADKKETWXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXQLIKEGSKCLSSMLSTLFFPLVPWLMQLILFAWFVAVMVYLVTSGVAEYKEIKNNT--LTEGICSAIDAAADEFGK---NVTCSFQQYKTDDN----ILRLQIFHLFGWFWIMNFIIAFGQCALAGAYASWYWAWDKKTDVPKLPLMYSMGRTLRYHCGSLAFGSLIIAIVQIIRAALEYLEYKLKGSGKEPSPVAKYXXXXXXXXXXXXXXXXXXXNKNAYIEIAVYGKNFCTSAKNAFFLLMRNILRVAVLDKVTDFLLFIGKLTVTGAMG 1939
            D +P   GK+G  +KYDP F GPI NR CTD+ICC+   + ++G +AVG +A+T GDP+K+++PTDS G  CG     + ++ YLF+F++++C    V        L    C TPQ+CV++CP     Y   ++S D    K FC      N+ +++++ +G C    + S+ LA RC P +      L    +TT       R   T+ +  A+ A  VL   + L  ++  D   +WYW++ G  I+M +SLL+II++R++AG+MVW+   +V+ ++GY  ++C MEY RL   A  D S ++  F ++   Y   ++TWLA  II  ++ +++ILLL+ LRKRI+IAI LIKE S+ +  ++ +L +PLV + +  +  A++ +  V+L TS  A YK   ++    T   C+     +    +   N  C F  Y  +      +L LQIF+ F +FW+ NF++A GQ  LAGA+AS+YWA  K  D+P  PL  + GR LRYH GSLAFG+LI+AIVQIIR  LEYL+ +LK +  +    AK L+ CLKC FWCLEKF+KFLN+NAYI IA+YG NFCTSA+NAFFLLMRNI+RVAVLDKVTDFL  +GKL + G++G
Sbjct:    3 DERPHYYGKHGTPQKYDPTFKGPIYNRGCTDIICCVFLLLAIVGYVAVGIIAWTHGDPRKVIYPTDSRGEFCGQKGTKNENKPYLFYFNIVKCASPLV--------LLEFQCPTPQICVEKCPDRYLTYLNARSSRDFEYYKQFCVPGFKNNKGVAEVLQDGDCPAVLIPSKPLARRCFPAIHAYKGVLMVGNETTYEDGHGSRKNITDLVEGAKKANGVL-EARQLAMRIFEDYTVSWYWIIIGLVIAMAMSLLFIILLRFLAGIMVWVMIIMVILVLGYGIFHCYMEYSRLRGEAGSDVSLVDLGFQTDFRVYLHLRQTWLAFMIILSILEVIIILLLIFLRKRILIAIALIKEASRAVGYVMCSLLYPLVTFFLLCLCIAYWASTAVFLSTSNEAVYKIFDDSPCPFTAKTCNPETFPSSNESRQCPNARCQFAFYGGESGYHRALLGLQIFNAFMFFWLANFVLALGQVTLAGAFASYYWALRKPDDLPAFPLFSAFGRALRYHTGSLAFGALILAIVQIIRVILEYLDQRLKAAENK---FAKCLMTCLKCCFWCLEKFIKFLNRNAYIMIAIYGTNFCTSARNAFFLLMRNIIRVAVLDKVTDFLFLLGKLLIVGSVG 614

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00058819 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00058819 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
CTL2	1.557e-122	42.31	Choline transporter-like protein 2 OS=Homo sapiens...	[more]

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TCONS_00058819 (transcript) - C. hemisphaerica