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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00043757 ID=TCONS_00043757|Name=TCONS_00043757|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3834bp
TTTTAGATGAATCTGGTAAAGTCGTTGGTCTCGGATTAAGCTACTTGGTA
ACCAAGCAACAATACCTGGAGGAATTTATCGACATTAATCTTAAGATTGT
AAACAACTTAAGCTACAAAGAAAGTATCCGAAAATATTGCCAACATAGAT
ACGCAATATGCCAGCAATTGACCAAATATTTTGACGAATATAACCTAGAC
AAGATGCTTAGTATTGAGGATAGCGTTGTTGTACCTAAATACAGAGGAAA
AGGTGTCAATAACCGTATGAATGATATCATTTACGAGAAATTTGGACATC
AATATGCTATATTTGGCGAAGGCATGATCCCTGTACAAAGTATGGTGTCA
GGTGGACTCAAACATGAGTTAGAAGCTATAGGAACGTGGGACACAGACAA
CACGTTAACTGTTGATAGACAATTATCTTATGATGGCTATGTTTGCCCTT
TATATTTTAGACCACCCATGCCTTTTCATATTAAATCAAAGTTATAGTTC
TATATATCACATAcataatttataatattaaaATAATTTCGGGATTAATG
ATACACATTATGCTTTTTTGACATGCACGTTAAATCTTACTTTGAAGTTA
CGGTAGAGTTACGTAAGCAAACTtcaaattttacgtacatgtgaacaAAG
CTTTAtgtacttttttatgagaatagttttataagaacaatgaggctcag
aaaataagaacaatttaagaacaaaaatGAGTCTGGGCTAGCTgaatttt
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TACCCTGGCGAAAAGAACAGGATATAAGAACAGACTataagtgccaaaaa
ataagaactgCCGATTCCTAAGAAAGACATACCCGGAGACTCGCACCAAC
CCggtacccctgtctcacagccccggtggaccTTTTTCTCATCAGGGATA
AAAAtgcctattgaaatcccaatggtgatagaaattctattgttccaagg
ttaaaaaattcagtggggatggttttgaagtgcaatttttaaacactgaa
tttcgaatggggatgatataaaagtcaatttcccagtggggctgaaattt
tagggtatcttctcaccggggacgaaatttttgctaaattttccagtggg
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AGACATGTTCTGTCTGTTTAATGATAGTCTTtaatttatttctattttaa
ttaaaattacTAATATTTGTACAAAAATGTTGTATTCAGCTTGATAATTA
CAATGTCAGTAAAGAAACAAGTTTGAAGATTTAACAAAtttatttcgtta
tttttccGCCTTTTACAAAATTACTGTATGGATTTGAGGGATCCGTGAAC
AATATAGTTAGACCAAGCTATATGATTCTTCAGCCTTGCACAGTGCAAAC
TACTTCTTGAATTTTTAAAGTACTAAGACACCAAGAAAGgactagctggg
agacccgtctactctgttcgtgtggtttcaaagtatagcatttagttaaa
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ttttgttGATGCCCAACaatctggtcgcagaattctattggctgttaaac
aattgttgaaatcacgtgatattactgttttgattggaagtgcgcgaacc
tgattggctaaccttatcaacggcttttttggcatgaaattcaaaccaaa
tgtaaacaaattcaaactggatcaaaaataccatactctcaatgagtagc
ttttgatgggatttttgcttatgtgtTTTAAGTTTGAATatagagtatgg
atctccagactaagAAAGGACCTGTATGTCGTTATTTTTGTACTAAAAGC
AAAACGTAGCGAGATAGTAAACATCTGATAAACGTCTATGGCTTAGGTAA
ATTTTAAGTCTGATACAAAGTTTAAGTCTACCTTGATGTGTAGAATACCC
TGTCAATacaaattattgaaattatCGGAATTATTGGTCATGATATGCAA
ATCATTGTATGCAAATACAATGCAAATCATTGTATTCTTGACAAatctaa
aatgtaaaaaaattcttatcaacaaaattaaaaaaattggtaCAGAGTAA
TGatgaatcaaaattttcaaattacaaCTCCTATAGCCTTAAATTCACGA
TTCTTTTTTCCAACGAAGAGTTTACTGAATGTTGGTCAAGATTTGCAAAT
CTGAATCATGTGTTTCTGACAAGTAAAAGAATATAGAAAAATTCTGTGAA
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tttttcctcagtggggataaaaattcatattgcaatctcaatggggatag
aaattctatttaatttttgttccaaggttaaaaaatccagtgaggatggt
tttgaagtgcaatttttaaacattggatctcgaatggggatgaaatcaaa
gtcaaattcccagtggggctgaaatttcagggtattttcctactGGGGAC
gaattttttggcaaattttccagtggggctacGGGTcctagcgggtctgt
gacacagaggtGTTTAGGGTAGAGCTACAAATTACAATTTAGATTTATGT
ACATGTGTAAGTGGTTTAAAAAATAACGGGCAAAGATAACCATCATAAGA
TAATTGTCGGTCAATACATAACCATCCATCTGAGTCCCAGGTTCCTATGA
CATCTAACTCATGTTTGAGTCCTCCTGACGTCACAATATTTTGTACAGGC
ATCATCTCTTCGGCAAAGAAAGCATGCTTGTGACCAAACTCCGCCATCAT
TAATTCATACatattattatttattcctCGACCTCTATATTGGGGTAAGA
CAACGGCATCTTCTGTATAAACCATCTGATCAATATTGTATTCGTCAAAA
AATCTTGCAAGTGGATAACAAACTGCATATCTGTGTTGGCAATATTTTCG
GATACTTTCTTTGTAGCTTGAGTCATTCACGACCCGAAGATTAAGGTCAA
TAAAAGTCTCCTGAAAGTCTTGCTTAGTTACCATGTAGCTTAATCCGAGA
CCAACAACTTTACCAGCCTCGTCTAAAGTTACCAtagaaaaattttcgaa
tttggGATTCTTTGCTAGGTTAGGATGTAAGACATTTTCAATATGTGCAT
ATTTCAATCTTTCATCTTGTGTGATTTCCATACGTTTTAAGTAAATTGGT
ATTAAGTgttcatctaaaattttttgtACTTCCCCAGAATGCTTTTCAAT
GTTGTATTCCACGATTtcaagtttgttttgtttttggctTTTCGGTACca
tctttctcttttctttatttctacGAAATATAAACTAAAATTATCAGCGA
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tatNTAACTCAAGGATGTCAAGACACATCAAGATTGTTTTCCTTACATAT
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ttatatCTAAGAAACGTTGCATTCTTAAGAAAATAACAATTTGTTTATAC
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CCCTATATGTAATtcctttttaaatcaaaagataaaaattcaGCGGGAAA
CAGAGAAATGGGGAGAAATGGTATTTCATATTAG Run BLAST on NCBI protein sequence of TCONS_00043757-protein >TCONS_00043757-protein ID=TCONS_00043757-protein|Name=TCONS_00043757-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=239bp
MVPKSQKQNKLEIVEYNIEKHSGEVQKILDEHLIPIYLKRMEITQDERLK
YAHIENVLHPNLAKNPKFENFSMVTLDEAGKVVGLGLSYMVTKQDFQETF
IDLNLRVVNDSSYKESIRKYCQHRYAVCYPLARFFDEYNIDQMVYTEDAV
VLPQYRGRGINNNMYELMMAEFGHKHAFFAEEMMPVQNIVTSGGLKHELD
VIGTWDSDGWLCIDRQLSYDGYLCPLFFKPLTHVHKSKL Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0004533:2693..6526 Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00043757 ID=TCONS_00043757|Name=TCONS_00043757|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3834bp|location=Sequence derived from alignment at sc0004533:2693..6526 (Clytia hemisphaerica)
CTAATATGAAATACCATTTCTCCCCATTTCTCTGTTTCCCGCtgaatttt
tatcttttgatttaaaaaggaATTACATATAGGGTATAATGCTAGCTGAA
TGATAATTCTGACTTGATTGAACATAATGGTGGAGAAACTTGGTGAAAAG
ACTGCTTTATGGCAGCGATTATATGTTGCTGTAGGTATAAACAAATTGTT
ATTTTCTTAAGAATGCAACGTTTCTTAGatataaaacaaacaaagacaAT
TTTTATGCGTGCGGAGATAAAACAAATTATTGACATATGTAAGGAAAACA
ATCTTGATGTGTCTTGACATCCTTGAGTTANataaaaaaaattattgaca
tATGTAAGGAAAACAATCTTGATGTGTCTTGACATCCTTGAGTTAAATGG
TACGAGTGGTGGTataaaaattttttgagaaaggTCGCTGATAATTTTAG
TTTATATTTCgtagaaataaagaaaagagaaagatgGTACCGAAAagcca
aaaacaaaacaaacttgaAATCGTGGAATACAACATTGAAAAGCATTCTG
GGGAAGTacaaaaaattttagatgaacACTTAATACCAATTTACTTAAAA
CGTATGGAAATCACACAAGATGAAAGATTGAAATATGCACATATTGAAAA
TGTCTTACATCCTAACCTAGCAAAGAATCccaaattcgaaaatttttcta
TGGTAACTTTAGACGAGGCTGGTAAAGTTGTTGGTCTCGGATTAAGCTAC
ATGGTAACTAAGCAAGACTTTCAGGAGACTTTTATTGACCTTAATCTTCG
GGTCGTGAATGACTCAAGCTACAAAGAAAGTATCCGAAAATATTGCCAAC
ACAGATATGCAGTTTGTTATCCACTTGCAAGATTTTTTGACGAATACAAT
ATTGATCAGATGGTTTATACAGAAGATGCCGTTGTCTTACCCCAATATAG
AGGTCGaggaataaataataatatGTATGAATTAATGATGGCGGAGTTTG
GTCACAAGCATGCTTTCTTTGCCGAAGAGATGATGCCTGTACAAAATATT
GTGACGTCAGGAGGACTCAAACATGAGTTAGATGTCATAGGAACCTGGGA
CTCAGATGGATGGTTATGTATTGACCGACAATTATCTTATGATGGTTATC
TTTGCCCGTTATTTTTTAAACCACTTACACATGTACATAAATCTAAATTG
TAATTTGTAGCTCTACCCTAAACacctctgtgtcacagacccgctaggAC
CCgtagccccactggaaaatttgccaaaaaattcGTCCCCagtaggaaaa
taccctgaaatttcagccccactgggaatttgactttgatttcatcccca
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tttttaaccttggaacaaaaattaaatagaatttctatccccattgagat
tgcaatatgaatttttatccccactgaggaaaaagttccactggggctgt
gtGACAGGGGTGTCTCTAAATATGTGTCTTTTTCTTCACAGAATTTTTCT
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CAACATTCAGTAAACTCTTCGTTGGAAAAAAGAATCGTGAATTTAAGGCT
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tttttaattttgttgataagaatttttttacattttagatTTGTCAAGAA
TACAATGATTTGCATTGTATTTGCATACAATGATTTGCATATCATGACCA
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AAGGTAGACTTAAACTTTGTATCAGACTTAAAATTTACCTAAGCCATAGA
CGTTTATCAGATGTTTACTATCTCGCTACGTTTTGCTTTTAGTACAAAAA
TAACGACATACAGGTCCTTTcttagtctggagatccatactctatATTCA
AACTTAAAacacataagcaaaaatcccatcaaaagctactcattgagagt
atggtatttttgatccagtttgaatttgtttacatttggtttgaatttca
tgccaaaaaagccgttgataaggttagccaatcaggttcgcgcacttcca
atcaaaacagtaatatcacgtgatttcaacaattgtttaacagccaatag
aattctgcgaccagattGTTGGGCATCaacaaaaatacccggctactctg
ttatttctatcgATATTTCTacattattattcgttttaactaaatgctat
actttgaaaccacacgaacagagtagacgggtctcccagctagtcCTTTC
TTGGTGTCTTAGTACTTTAAAAATTCAAGAAGTAGTTTGCACTGTGCAAG
GCTGAAGAATCATATAGCTTGGTCTAACTATATTGTTCACGGATCCCTCA
AATCCATACAGTAATTTTGTAAAAGGCggaaaaataacgaaataaaTTTG
TTAAATCTTCAAACTTGTTTCTTTACTGACATTGTAATTATCAAGCTGAA
TACAACATTTTTGTACAAATATTAgtaattttaattaaaatagaaataaa
ttaAAGACTATCATTAAACAGACAGAACATGTCTTTTACTTTTCACAATA
CAaccttgtgtcacagacccgctgggaccccagccccactggaaaattta
gcaaaaatttcgtccccggtgagaagataccctaaaatttcagccccact
gggaaattgacttttatatcatccccattcgaaattcagtgtttaaaaat
tgcacttcaaaaccatccccactgaattttttaaccttggaacaatagaa
tttctatcaccattgggatttcaataggcaTTTTTATCCCTGATGAGAAA
AAggtccaccggggctgtgagacaggggtaccGGGTTGGTGCGAGTCTCC
GGGTATGTCTTTCTTAGGAATCGGcagttcttattttttggcacttatAG
TCTGTTCTTATATCCTGTTCTTTTCGCCAGGGTAAAATTGAGATACGCTA
GCcttattttactactttaacccttaatttcctaaaaattcAGCTAGCCC
AGACTCatttttgttcttaaattgttcttattttctgagcctcattgttc
ttataaaactattctcataaaaaagtacaTAAAGCTTtgttcacatgtac
gtaaaatttgaAGTTTGCTTACGTAACTCTACCGTAACTTCAAAGTAAGA
TTTAACGTGCATGTCAAAAAAGCATAATGTGTATCATTAATCCCGAAATT
ATtttaatattataaattatgTATGTGATATATAGAACTATAACTTTGAT
TTAATATGAAAAGGCATGGGTGGTCTAAAATATAAAGGGCAAACATAGCC
ATCATAAGATAATTGTCTATCAACAGTTAACGTGTTGTCTGTGTCCCACG
TTCCTATAGCTTCTAACTCATGTTTGAGTCCACCTGACACCATACTTTGT
ACAGGGATCATGCCTTCGCCAAATATAGCATATTGATGTCCAAATTTCTC
GTAAATGATATCATTCATACGGTTATTGACACCTTTTCCTCTGTATTTAG
GTACAACAACGCTATCCTCAATACTAAGCATCTTGTCTAGGTTATATTCG
TCAAAATATTTGGTCAATTGCTGGCATATTGCGTATCTATGTTGGCAATA
TTTTCGGATACTTTCTTTGTAGCTTAAGTTGTTTACAATCTTAAGATTAA
TGTCGATAAATTCCTCCAGGTATTGTTGCTTGGTTACCAAGTAGCTTAAT
CCGAGACCAACGACTTTACCAGATTCATCTAAAA Coding sequence (CDS) from alignment at sc0004533:2693..6526 >TCONS_00043757 ID=TCONS_00043757|Name=TCONS_00043757|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=720bp|location=Sequence derived from alignment at sc0004533:2693..6526 (Clytia hemisphaerica)
atgGTACCGAAAagccaaaaacaaaacaaacttgaAATCGTGGAATACAA
CATTGAAAAGCATTCTGGGGAAGTacaaaaaattttagatgaacACTTAA
TACCAATTTACTTAAAACGTATGGAAATCACACAAGATGAAAGATTGAAA
TATGCACATATTGAAAATGTCTTACATCCTAACCTAGCAAAGAATCccaa
attcgaaaatttttctaTGGTAACTTTAGACGAGGCTGGTAAAGTTGTTG
GTCTCGGATTAAGCTACATGGTAACTAAGCAAGACTTTCAGGAGACTTTT
ATTGACCTTAATCTTCGGGTCGTGAATGACTCAAGCTACAAAGAAAGTAT
CCGAAAATATTGCCAACACAGATATGCAGTTTGTTATCCACTTGCAAGAT
TTTTTGACGAATACAATATTGATCAGATGGTTTATACAGAAGATGCCGTT
GTCTTACCCCAATATAGAGGTCGaggaataaataataatatGTATGAATT
AATGATGGCGGAGTTTGGTCACAAGCATGCTTTCTTTGCCGAAGAGATGA
TGCCTGTACAAAATATTGTGACGTCAGGAGGACTCAAACATGAGTTAGAT
GTCATAGGAACCTGGGACTCAGATGGATGGTTATGTATTGACCGACAATT
ATCTTATGATGGTTATCTTTGCCCGTTATTTTTTAAACCACTTACACATG
TACATAAATCTAAATTGTAA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00043757-exon-sc0004533-1491911889:2693..6526 | TCONS_00043757-exon-sc0004533-1491911889:2693..6526 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00043757-exon-sc0004533-1510915933:2693..6526 | TCONS_00043757-exon-sc0004533-1510915933:2693..6526 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00043757-exon-sc0004533-1575043694:2693..6526 | TCONS_00043757-exon-sc0004533-1575043694:2693..6526 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0004533 | supercontig | sc0004533:2693..6526 . |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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