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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00043104 ID=TCONS_00043104|Name=TCONS_00043104|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3009bp
GTTGGATAAACTCAAATAAAATACAACTGAATTTTTGTGACGAAGCGTGT
AGCGTAAAACCCCCAGTGGCTGTTTATTCTGGAGGAAACATTATCTCCGA
ATCAATGGCATCCGTCACCCCGACCTTCGGAGGTTAAAGGTCTTCCCCCT
TTATGTACAAATTTTTTACTAACGAAATTATTTCATCTGCAAGTGTTTGA
CCCTCAAATGTAAGAGATCATAAATTTGAATTATAATTATTGTAATGGAT
TTTTACGAGGTATGAGCTTCATAGCTtcaaaatgttatcaatctaTTAGT
AATTTTCGTTTAAGAAATACCAAATTCATCAACTTGATAAAACACATCCA
CGATTCCATGTTTGATAAGTTGTCGGTGGTGAATGTTGATAAGATCGTTA
ATCTCTAATGACCGGCGTTTGTTTTGGTAATCGATAGTCTTAGTATATTC
TATTGTATTCCTTGGTGGTTGATCGTCTGAGCCATTGATTGATCATCTGT
TTGAAGTCCAGGAAGAAGCTCTTGTCCGATTGTTCCAATgtcataaaaat
aaagaaaggtTGACCGGAGTATACAGGGGCTTATGATTAAATATAGTACg
agaaaatctggaaatttcgGAAAAGTTTGCTAAAGTatgtgaaaatgatt
ttgagtGAATGCAATAGCGAGGATGGTTTAgaattttgaattgtatttaa
AGACATACGAATCATAATTATCACTTAATGATGCGCATGCATAATTAATT
TTCCGTGCGAAATTGTTGAGAACCTGCTTTGATTTGTAACGATGACAAAA
TAGGTAAGCCTCGGGTTTGTAATTTAATTTGGATAGTGACAAATATTTGC
GAAGCCAGTAAATTGGACAGCATTTTGTTCCTGTCTTGCTAATGAAAACG
ATATTACCTTCACGAACTTGGTCGGTTTTTGACTTTGGTAGTAAAACTGT
TGCACCGAAGTTGTCAAAAGTGATTTCCTTTATCTGAATTTGAAGGATTT
CGCTAATTCTAAAAAATCCTGCAAAACCTAGTAAATTGGACAGCATTTTG
TTTAAGTACGCTTAGTTTGATGAGTGAATGCAGCGAGGATGTTTGTAATT
CAAACGCCCTATTTAAAACGTTTTCACAGCGCATGCTTCTCATTATGACG
TAATGATACGCATGCAAAAGTAATTAGCGTGCGAAAATGCACGAGAAtct
gcttttccagcttttttcaaTCGCTGGAAACTTCGCTTCTCGGCTATTTC
TCCTTCCCCGAATGAACAAACAATAAATCACAATAATAGCTACTTTGTTT
GGTATTTGTCTGCAATAACACGagagataaaaaagaaagaagttaTGAGT
TGTACATAATATAgtagcaaaaaaaataaatttaaagttaaattcccaat
gattgaaaaattttgaatcggATTTCAGTTTTATCTTTAATATTGTTGcg
agtttttctttcaaattttgggGGTCATGATCTgtcgaaaattgaaataa
gaaaaatagTAAATTTCGTACCTTTGCACTTTGCCATCTGTAAGACGATG
GGCTTCAAGATGGAGAACGAACCCCTCAAATGCGTTTGTACAGAGACATT
GACGCAAAAGACGTGTTTGCACAGAGGCATTGACACATAAAACACACCAC
GTGTAACGTTGATCGTGATGTAATAAATCTTGCGAATGTAGTCACCAAGT
TTGTCAAcCTTTATTCAAAGCTTCTTTCATCCCATCAACATCCGTCTCTT
CCATGAATTCGAGGGTATCCTCAATCGTTTCCAAGACTGCTGTGTTATGA
GCAAATTGATCTTGATGGCCAGTTTTCTTGAGTACAATGTTGTCGTTGGC
TCTCTTCTTTTCGAGTTTCTTTTTGAGCTTGGCCAGATTGGTCAACTGAT
TCTCAGCAGATTGTACAGAAGCAGCTTTCACTGTGTCCTTGGTGCTTTTC
ATGATTTGTGGGCCAAAGTCTTTTTCAACAACATCATTAACTAGAGTTTT
CAACTGCTCGTAAGTAACAGCTAGTGTTTCATTTCCAGCAGTAGTTCCAC
CGTCAGTAGATTTTGATTTCTCACTTgattttttagacattttttaaaaa
gaatttttttttcttacacACACATACACAAGTACGCTTAGTTTGATGAG
TGAATGCAGCGAGGATGTTTGTAATTCAAACGCCCTATTTAAAACGTTTT
CACAGCGCATGCTTCTCATTATGACGTAATGAAACGCATGCAAAAGTAAT
TAGCGTGCGAAAATGCACGAGAAtctgcttttccagcttttttcaaTCGC
TGGAAACTTCGCAATCACTTTTCCGAGCACATAAtgccattgacttccaa
gcccgaagggctaaactcgagactcctggatgggaaataaagccACTTAT
TACTCATCCAGAACGCCTGTCCATGGTTTTatcacaaacgccggattgaa
agtaaaatccatcgctagttttcaaaaaacgcagtcctcaaaaacaaagg
aaccgctagatacaatccgtcgtcatgattgcggtgcgttttaggcgcgt
tctggatgggaaataagtggcttcagtGTGGAAGCCTCCGAAGTCTAATT
CATGAGGAAATATTCATAACTGACGTTGGTGATCGGTGTTTTgattaggc
tacgtcatatcttccttcgtttcgagcgtaaaactcctactcttcgtaga
agagtaaggcctaaaagcctggatctgtctattgtgtagactatgtTTTG
ATATGCTGTATCATTTTTGTTCTTATGATGATAATACCgtgacatttttt
ttcaaaattaaaacttttttatttcataagTAAGATTATTATAGTTCTTA
GTAGATATTTATTCAATTGTTTCTTGTAAAGCTTTCTGATATAATGATAA
CGAATTTTTACCATTTCATCATATCATCAGtaacaaaatgaaacaaattt
ttattaaaaaaattaattttgaaatttgcttgttgtgtatttttttagtt
ttatcgGAG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0003916:3603..9670- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00043104 ID=TCONS_00043104|Name=TCONS_00043104|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6068bp|location=Sequence derived from alignment at sc0003916:3603..9670- (Clytia hemisphaerica)
GTTGGATAAACTCAAATAAAATACAACTGAATTTTTGTGACGAAGCGTGT
AGCGTAAAACCCCCAGTGGCTGTTTATTCTGGAGGAAACATTATCTCCGA
ATCAATGGCATCCGTCACCCCGACCTTCGGAGGTTAAAGGTCTTCCTCCC
TTTATGTACAAATTTTTTACTAACGAAATTATTCCATCTGCAAGTGTTTG
ACCGTCAAATGTAAGAGATCATAAATTTAAATTATAATTATTATNGACCT
TCGGAGGTTAAAGGTCTTCCTCCCTTTATGTACAATTTTTTTACTAACGA
AATTATTCCATCTGCAAGTGTTTGACCGTCAAATGTAAGAGATCATAAAT
TTAAATTACAATTATTATAATAATGGATTTTTACGAGGTATGAGTTTCAT
AGCTTCAAAATGTTATCAATCTATTTGTAATTTTCGTTTAAGGAATACCA
AATTCATCACTTTGATAAAACACATCCACGATTCCATGTTTGATAATTTG
TCGGTGTTGAATGTTGATAAGCGTCAATCTCCAATGACCGGCGTTTATTT
TGGTAATCGATCGTCTTTTAGTATATTCTATTGTATTCCTTGGTGGTTGA
TCGTCTNTATCAACTTAAAGATATTAATCAAAGCCATTCTCACGCATAAT
TATACCGCCTAATACACGTTTAGTGGCCTTATATTTCCACTCCTAGATAT
AATATATTTTGCAGTACGATCGGAAAATCTCAATTTAGTGGTCATAAGCA
GATATTCAATAGGTAAAAGTTGGTCATTGAGATTTATTAACCCGAGGTGA
TGTAATATTCAACGAGGCATTTCCTTTAGCTTTGTGGCAATCCTTTGCCT
TGAGAAGTACAAAAACCCAAAACTTAGCGGTAAAGTATTCAGTTTTAAGC
AAATAAAATGTTCAAAGTAACCAAAAGTCATTTGATAATATATTCATCAG
CAAAAATTAATCGCTGGTCAAAAATTATTCGGCTATTCATGATATCCACC
CTTGCAATGTCTTCCACGTTCTCCACTATTTCTCCTTTTCGAAATGAAAC
AAACAATAAAAAAAGATAGTTGTTTCTACTTTTTGTTTGGTATTTGCTTG
CATTAACACTCGCGGTAAAAAAAATGTTTAACAAAATCGGTAGTAAAATT
ACAAGTTGGATAAACTCAAATAAAATACAACTGAATTTTTGTGACGAAGC
GTGTAGCGTAAAACCCCCAGTGGCTGTTTATTCTGGAGGAAANNNNNNNN
NNNNACAAGTTGGATAAACTCAAATAAAATACAACTGAATTTTTGTGACG
AAGCGTGTAGCGTAAAACCCCCAGTGGCTGTTTATTCTGGAGGAAACATT
ATCTCCTAACCAATGGCATCCGTCACCTCGACCTTCGGAGGTTAAAGGTC
TGCCTCCCTTTATGTACAAATTTTTTACTAACGAAAATATTCCATCTGCA
AGTGTTTGACCGTCAAATGTAAGAGATCATAAATTTAAATTATAATTATT
ATAATAATGGATTTTTACGAGGTATGAGNGTAAAATTACAAGTTGGATAA
ACTCAAATAAAATACACCTGAATTTTTGTGACGAAGCGTGTAGCGTAAAA
CCCCCAGTGGCTGTTTATTCTGGAGGAAACATTATCTCCGAACCAATGGC
GTCCGTCACCCCGACCTTCGGAGGTTAAAGGTCTTCCCCCTTTATGTACA
AATTTTTTACTAACGAAATTATTTCATCTGCAAGTGTTTGACCCTCAAAT
GTAAGAGATCATAAATTTGAATTATAATTATTGTAATGGATTTTTACGAG
GTATGAGCTTCATAGCTTCAAAATGTTATCAATCTATTAGTAATTTTCGT
TTAAGAAATACCAAATTCATCAACTTGATAAAACACATCCACGATTCCAT
GTTTGATAAGTTGTCGGTGGTGAATGTTGATAAGATCGTTAATCTCTAAT
GACCGGCGTTTGTTTTGGTAATCGATAGTCTTAGTATATTCTATTGTATT
CCTTGGTGGTTGATCGTCTGAGCCATTGATTGATCATCTGTTTGAAGTCC
AGGAAGAAGCTCTTGTCCGATTGTTCCAATGTCATAAAAATAAAGAAAGG
TTGACCGGAGTATACAGGGGCTTATGATTAAATATAGTACGAGAAAATCT
GGAAATTTCGGAAAAGTTTGCTAAAGTATGTGAAAATGATTTTGAGTGAA
TGCAATAGCGAGGATGGTTTAGAATTTTGAATTGTATTTAAAGACATACG
AATCATAATTATCACTTAATGATGCGCATGCATAATTAATTTTCCGTGCG
AAATTGTTGAGAACCTGCTTTGATTTGTAACGATGACAAAATAGGTAAGC
CTCGGGTTTGTAATTTAATTTGGATAGTGACAAATATTTGCGAAGCCAGT
AAATTGGACAGCATTTTGTTCCTGTCTTGCTAATGAAAACGATATTACCT
TCACGAACTTGGTCGGTTTTTGACTTTGGTAGTAAAACTGTTGCACCGAA
GTTGTCAAAAGTGATTTCCTTTATCTGAATTTGAAGGATTTCGCTAATTC
TAAAAAATCCTGCAAAACCTAGTAAATTGGACAGCATTTTGTTTAAGTAC
GCTTAGTTTGATGAGTGAATGCAGCGAGGATGTTTGTAATTCAAACGCCC
TATTTAAAACGTTTTCACAGCGCATGCTTCTCATTATGACGTAATGATAC
GCATGCAAAAGTAATTAGCGTGCGAAAATGCACGAGAATCTGCTTTTCCA
GCTTTTTTCAATCGCTGGAAACTTCGCTTCTCGGCTATTTCTCCTTCCCC
GAATGAACAAACAATAAATCACAATAATAGCTACTTTGTTTGGTATTTGT
CTGCAATAACACGAGAGATAAAAAAGAAAGAAGTTATGAGTTGTACATAA
TATAGTAGCAAAAAAAATAAATTTAAAGTTAAATTCCCAATGATTGAAAA
ATTTTGAATCGGATTTCAGTTTTATCTTTAATATTGTTGCGAGTTTTTCT
TTCAAATTTTGGGGGTCATGATCTGTCGAAAATTGAAATAAGAAAAATAG
TAAATTTCGTACCTTTGCACTTTGCCATCTGTAAGACGATGGGCTTCAAG
ATGGAGAACGAACCCCTCAAATGCGTTTGTACAGAGACATTGACGCAAAA
GACGTGTTTGCACAGAGGCATTGACACATAAAACACACCACGTGTAACGT
TGATCGTGATGTAATAAATCTTGCGAATGTAGTCACCAAGTTTGTCAACA
TAAAAGGAAAGAAAAATGATGTTACAGAATAGAAGCCTGCAAATCCGTCA
GTTATACATTTTGTGTTGAATAGGAAACAGCGTTGACGGCAGATGTTCCT
GGGTAATACTCACGAGAACAGTTGCTTTAGCGTTTTGGTTATTGGAAATT
CGATCGATAGTAATTTGTCCATAGCTTGATTATATAATTAAAAATCTCAT
TATCGATAGACCAATTATCTGTGTCGGTAGATTTGGAAATTAAATCTGCT
GTTTTATTCATGTCCCTTGGTATCCAAGTAGGGTAAATTCCGACGTTATG
AGATAAGCAGATGTTGAAAAATTTCTATTGCAAGATTTTGTAGGTGTTGT
TTTGTGCTACCGCGGCTGATTATTTTACAAACATCGTTGTCCGTGAACCA
CTCAATTATTTCGTTTTCGAGAAGTTTGGAAAGGACGTCAAAAATATTTA
ACTGCGAGAAGTTCACGACAAGTTGAGCTAGTTGTATTTCATGTCTACCA
AAATTTCCTTTTGCTATGGTGTTTCCTAACTTTTCTACCGCGTAACCTCC
ATAGCCTGTACCACTTGTGTCCGAAAAGATGACCTTCGTAATTCTTGGTT
TAGTTTTAATTCTAAAAGCTTTTACGTTTTATAAATTGGGTTGCCAAAAT
TGAAGTTCTTGAATAACGTCAAAATTTATTAATCGTCTTTTATCCCAGTG
AGGTAAATTAGCAAAACGAAGGAGAGAAGTTTTGATAATTTGTTGCATCA
TCCATTTTTGACATTTATTATTAAAGAAGGTAAAATGGCACAGTTGAAAT
AGAATAGAAGATCAGGTACGTTTATATCATTAGCTCTCATTAATACTAAT
CTAATTACAACAAGGCAAAATTGTAATCAATTTTTAAAACTAACGCAACG
TAAATTAGCTACTGTATTTCAAAAGTTGAAAAAATTGTTCTGAATATCTG
AAAATCTTCTATTTTTTGTTAAAGTTATTTTCCATCCCTTGACGATTTAG
AATTTGAATTGGACGACGAACTTTTTGTTGCTGTTGGTGAGGACATTAAC
TTTGTCGAGTGGNGTTCTGAATATCTGAAAATCTTCTATTTTTTGTTAAA
GTTATTTTCCATCCCTTGACGATTTAGAATTTGAATTGGACGACGAACTT
TTTGTTGCTGTTGGTGAGGACATTAACTTTATCGAGTGGGCCAAAGGTGA
CGAAGATTCAAAAAAAGGACAGTGGCTGACGTAGTGCCCTACTCTTTTGC
ATGAATAACAGACCACCTCATCCATACGGCTCCTTTGTTCAGTTCTAGAT
TTGATTGCCTTGGAGTATTCTCCATCAGGTTCCTCTATTCTTGGCTTTTT
ATATATACGTTCTTTAACTTGCTCTGCATTTTTAATAGCCCTCTTAAGCC
TCTTTTCCTCCACGTCTCCGGATGTAAGATCGCTTGCCTTAAATTCGTTG
ACAGTAAGCCACCCATATGTGTCGGCGATTCTAATATGTTGAATACGAGT
CTCTAGTAATCTCTTACCTTTATTCAAAGCTTCTTTCATCCCATCAACAT
CCGTCTCTTCCATGAATTCGAGGGTATCCTCAATCGTTTCCAAGACTGCT
GTGTTATGAGCAAATTGATCTTGATGGCCAGTTTTCTTGAGTACAATGTT
GTCGTTGGCTCTCTTCTTTTCGAGTTTCTTTTTGAGCTTGGCCAGATTGG
TCAACTGATTCTCAGCAGATTGTACAGAAGCAGCTTTCACTGTGTCCTTG
GTGCTTTTCATGATTTGTGGGCCAAAGTCTTTTTCAACAACATCATTAAC
TAGAGTTTTCAACTGCTCGTAAGTAACAGCTAGTGTTTCATTTCCAGCAG
TAGTTCCACCGTCAGTAGATTTTGATTTCTCACTTGATTTTTTAGACATT
TTTTAAAAAGAATTTTTTTTTCTTACACACACATACACAAGTACGCTTAG
TTTGATGAGTGAATGCAGCGAGGATGTTTGTAATTCAAACGCCCTATTTA
AAACGTTTTCACAGCGCATGCTTCTCATTATGACGTAATGAAACGCATGC
AAAAGTAATTAGCGTGCGAAAATGCACGAGAATCTGCTTTTCCAGCTTTT
TTCAATCGCTGGAAACTTCGCAATCACTTTTCCGAGCACATAATGCCATT
GACTTCCAAGCCCGAAGGGCTAAACTCGAGACTCCTGGATGGGAAATAAA
GCCACTTATTACTCATCCAGAACGCCTGTCCATGGTTTTATCACAAACGC
CGGATTGAAAGTAAAATCCATCGCTAGTTTTCAAAAAACGCAGTCCTCAA
AAACAAAGGAACCGCTAGATACAATCCGTCGTCATGATTGCGGTGCGTTT
TAGGCGCGTTCTGGATGGGAAATAAGTGGCTTCAGTGTGGAAGCCTCCGA
AGTCTAATTCATGAGGAAATATTCATAACTGACGTTGGTGATCGGTGTTT
TGATTAGGCTACGTCATATCTTCCTTCGTTTCGAGCGTAAAACTCCTACT
CTTCGTAGAAGAGTAAGGCCTAAAAGCCTGGATCTGTCTATTGTGTAGAC
TATGTTTTGATATGCTGTATCATTTTTGTTCTTATGATGATAATACCGTG
ACATTTTTTTTCAAAATTAAAACTTTTTTATTTCATAAGTAAGATTATTA
TAGTTCTTAGTAGATATTTATTCAATTGTTTCTTGTAAAGCTTTCTGATA
TAATGATAACGAATTTTTACCATTTCATCATATCATCAGTAACAAAATGA
AACAAATTTTTATTAAAAAAATTAATTTTGAAATTTGCTTGTTGTGTATT
TTTTTAGTTTTATCGGAG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00043104-exon-sc0003916-1575043694:9532..9670 | TCONS_00043104-exon-sc0003916-1575043694:9532..9670 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00043104-exon-sc0003916-1575043694:6422..7990 | TCONS_00043104-exon-sc0003916-1575043694:6422..7990 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00043104-exon-sc0003916-1575043694:3603..4903 | TCONS_00043104-exon-sc0003916-1575043694:3603..4903 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00043104-exon-sc0003916-1510915933:9532..9670 | TCONS_00043104-exon-sc0003916-1510915933:9532..9670 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00043104-exon-sc0003916-1510915933:6422..7990 | TCONS_00043104-exon-sc0003916-1510915933:6422..7990 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00043104-exon-sc0003916-1510915933:3603..4903 | TCONS_00043104-exon-sc0003916-1510915933:3603..4903 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00043104-exon-sc0003916-1491911889:9532..9670 | TCONS_00043104-exon-sc0003916-1491911889:9532..9670 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00043104-exon-sc0003916-1491911889:6422..7990 | TCONS_00043104-exon-sc0003916-1491911889:6422..7990 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00043104-exon-sc0003916-1491911889:3603..4903 | TCONS_00043104-exon-sc0003916-1491911889:3603..4903 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0003916 | supercontig | sc0003916:3603..9670 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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