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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00042019 ID=TCONS_00042019|Name=TCONS_00042019|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=10177bp
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GTAGTAATGACAATGCCTATATTTAGTATTCTAACTTTAACTCTTATTTT
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GGTTTTTAACTCTCCACCAGCATTACATACTTATAACGAATTACCTTTag
ttaaaatttacaaataacGCCTGCGTA protein sequence of TCONS_00042019-protein >TCONS_00042019-protein ID=TCONS_00042019-protein|Name=TCONS_00042019-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=188bp
MRRCRIVFLFINRFLIYXPTPVSALIHAATMVTAGVFLIIRMSPFFEQTP
TILILIVLFGSITAFFTSTIGLTQNDLKKVIAYSTCSQLGYMVMICGFSQ
YNTGLFHLINHGFFKALLFLSAGSIIHALNDEQDFRKMGAMNNITPLTYS
CIVIGSLSLMGLPFLTGFYSKDLIIELIYGEHYLRFAL Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0003150:3..10179 Legend: exonthree_prime_UTRCDSfive_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00042019 ID=TCONS_00042019|Name=TCONS_00042019|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=10177bp|location=Sequence derived from alignment at sc0003150:3..10179 (Clytia hemisphaerica)
TACGCAGGCgttatttgtaaattttaactAAAGGTAATTCGTTATAAGTA
TGTAATGCTGGTGGAGAGTTAAAAACCCATTCTAAGGTTGTTGCTGAGTT
ATATTCATCGTTTGTTCAAGATATAAATCTTTCCTCTCTTACGAAAGCAT
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AGGGTAAAAATGCTTGGAATTCAAATTCTAACATTTCTCTTGAATATTTT
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ATAGACTGTTGACATTAAAGCTCCTAAACAACATAAGACTCCTGATACCT
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AATGTCATAGGAAATCCTATATTAGCTAAAATAAGAGTTAAAGTTAGAAT
ACTAAATATAGGCATTGTCATTACTACACCTCTGAAATATCTTATCGCTC
TTGAATGATGTCTTACATATAATACAGCTGAACTCATAAATAATCCCGAA
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CTTTGAATGACAAAATATAGCTAAAGTTACTAATCCCATATGAGAAACAG
AGGAATAGGCTATCAATCTTTTAATATCAGTTTGTCTACATGTAGTAAAA
CTTGCGTAAATAATAGCGACTAAACTTACCACAATGATAATAGGAGAAAA
ATGTTCAGAAGCAATTGGAAATAAAGGGTAACCGAATCTTATAAAACCAT
ACCCTCCTAATTTTAGTAAAATACCTGCTAGTAATACAGAACCTGCCACG
GGAGCTTCCACATGAGCTTGAGGTAATCAAATATGAAAGGGAATCATAGG
TATTTTAACAGATAAACTGGCAAAAAACCCTAAAAACAACCAAAACTGTA
AAGAAGATGGTATTTCTATAGTGATTAAGCTCAGATAATTTGTTGTACCA
GCTAATGAATATATTTTGAAAATGGATAATAGCATTAATAAAGAACCTAT
TAATGTATAAAAGAAAAAATAAAAGGCTGCTCTTACTTTCTCTTCTCTAG
ATCCTCATATACCTATCATCAGGAACATAGGAATAAGAATTGCTTCAAAT
AATATATAAAATCCTATTATATCCATGATTGAAAATACTCCTATCAATAA
TAATAAAATAATAAACAAACTAATTAAAAATTCTTTTTTTAGATGATCAA
TAGCGTTCCAGCTCATTAATATACATATAGGAATTAAGATCACGCTCAAT
GAAATaaaaaaaatagaaattccaTCAACTGTAATTAATATATCACCTCA
ATTTAAGgtacttggttttattaatcaAGAGTAGTTATTAAATACCTGAA
AATTTACTTCCTTTGAGTAGattataacaaaaaaactatttAAGATCAGG
ATAAAAGTGGATCAAAATAAAGCTGTCTTATTTAATTTATCATTAGACGA
TCTTGATACAAAAGCAAGATTTATCACGGCCAaacaagtaaataaaaaaa
gtatctCTATATACATGAAATAGGAGGTAATCCGTTTAAACATCATAATA
AAGTATTAACTAATAATATTAATCCTATACTAAGTGGTAAATAGGTTTTC
CACAATAAACTCATTAATTGATCATACCTTAATCTAGGGAATGAAGCTCT
GACTCAAACGAATAAAAATACTACAAAAGTTCCTTTTATAAATAATATAA
TAGGTGAAATAATTATAAAAGATCAACCTCCTAAAAATATTACAGCAAAT
AAAAAACTCATGAAAATTATATGGGAATATTCGGCTAGAAAGAATAAAGC
AAAAGTCATGGATGAGTACTCTACATTGTAACCTGATACCAACTCTGATT
CACCTTCCGTTAGATCAAAAGGAGCTCTATTTGTTTCAGCTAAACAAgat
ataaaaaacataaaagcaGCGGGTAATAAAGGGAGAATGAATCAAGTTAA
TTGTTCTTGAACTTGAATGATATTAAGTAAATTCATCGTTCCTCCACATA
AAATAACAGAGATTATTATCAACCCTATTGATACCTCATAACTAATCATT
TGAGCAGCTGCTCTTAAAGAACCCATAAAAGCATATTTAGAATTACTAGA
TCATCCTGACATTAGTATAGCATATACTCCTATAGAAGATAAAGCAAATA
TAATCAAAATTCCTAGGTTAATATCACTCATCATGGAGTATAGATTTAAA
GGTAGTAAACCTCATACTACAAGACCTAAAGTCAACGCTAATATAGGTGA
AAAAAAATATAGGAATATACTAACATGATTAGGAATCAccatctcttttg
aaaataatttaacacCATCTGCTAAAGGTTGTAATAACCCGTAAATTCCT
ACTACATTAGGACCTTTTCTTGTTTGAGCATATcctattatttttctttc
tgctAAAGTTAAATAAGCGACAGATATTAAAACTGGTATTGCTACGATTA
GAAACTTTATTAATTCTAATATTATAAATATTATATTATCCATTTAACCT
cttaataaatttaaaaaacgaATTGTTACAGATCCTTTCAACTTAGAAAA
TACAATCATTATAGATAAACCTATAGCAGATTCAATAGCAGCCATTGTCA
TAATAAATATAGATCCTAATTGACCTAAATtattatctgaaaaaaatgaC
CCGTATAATAACGATATGATAATAGAAAGTAACATCATTTCAAAACATAG
TAAAACCATAATTATGTTCGACCTGTTAATAGATATTCCCAACATActta
aaataaataaagataAAGGTAATAAATAAAACTCTAGAGTCATTATTCTC
ATTCTAATCCTCCTTTTACTCATTCATACACTAACCCTAAAGTTAATATa
attaaaaatattattattattcactGTCCTTTTAATGTTATAAAACTGGA
AGAGCAAGACCACGGAAATAAGTATGATATTTCTAAATCAAATACTAAAA
ATAATATTGCAATTAAGAAAAATCTGATTGAAAAAGGTTTTCCAGGTGAA
TGAAAAGGATCAAACCCACATTCATATacagaaactttttctttatcagg
GCTCTTATCTGATAATAAGTAAGAAGCTATTGCTATTATTACAGATAATC
CCACACTAAAAACTAATATTAAGattattatttgaaaatctaataACATC
TCTAATTTATAATTCTTTGATGTTGGTCTGTTAAAACCTGTCTTCTAGTT
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TAATAATAAACTTATTATAATAAAAGGGTATCCATAAAAAGAATATAGAG
ATTTAGCTATAAAATTAACTTGAGATTCTGAGTTTAGGTTtcataaatta
gagtttgaaaaatttacatatatactaaaatctttaaaatataaaagaac
ATATGTTAAAACATTAACAAACACACATACGACtattggaattatgtttg
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ttCCATAAAATTTATTTCAGGGGCAAGTTCCCTTACCCCCACTATGTTAC
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TACTCATACTTGAACCAATTCAATAGGACTTTCTTATTCCTATTTACTAT
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ACGACGACCATGCAGCTCCTGATTATTCAAAAGTAGGTAAGGTATTTCGC
GGATTATCGAATTAAATTACATGCTCCTCTAATTGGAAAGTAAACagcca
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CCGCGTCTGCTGGCACTTAATTAGACAAGACTAAAAGAAAATACCATATC
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TTTTATATTAAATGTCCTGATAGGCATCATAATCTGAAATTTACTCACTT
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AATATCAGGCGTTATTAGTAAATGAGTATGCCTTAATGGTTATCTGACTC
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TGATTATTATAGGTAACTCATCTTTTAATAAacaaaattgtaataaaaaa
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ATATATTAGTTCAATAATTAAATCTTTAGAGTAAAAACCAGTTAAAAACG
GTAAACCCATTAAGGATAGGGACCCTATTACTATACATGAGTAAGTTAAA
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AAAAAATAAgatgatttcttttgaaaataaatgattttGACTATTCTTAA
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AATTAAATTGGTTATCTATTATAGTTCATATTAAAAATCATTTGCTTATA
AACCCTGAAAGAGGTGGAATACCTGCTATAGATAAAATAAGAAGTATAAA
AGTAATAGCTAATGCACTATTAATGAATTTTATTCCTCCCATTTCTATTA
TAAAATCACTTTTAATACTACCATTTATAATTACTACAAAAACAGATAAC
ATGGTTAAGATATATATTATAAGATATAAACCTCCAATAGATAAGCTTTG
GTTATTTATTGAAGTTAAACCTAATATTATAAAACCCATATGACTTATAC
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CTACCAAACTTACAATATCTCATGAAGATCCCTCATATATATCTGGGATT
CAAAAGTGAAAAGGAAATAAACttaatttaaaacaaaaagatataGTTAT
TAAAATTATACTACTATATACTATAAAATCTTCTTTTAATAATAGTAGAT
GTTTTAAGTTTAGATCTAAACCATACAAGAATACTATTACTATACTTAAA
AGAAAAAACCCGGAGGATATAGCTCCTAACATAAAGTATTTTAAACCAGC
TTCTGAACTTTTAACAGAGTTTCTATTTTTAGCAATAAGAATAAAAATAG
AGAATGTTTGAAGTTCTAAACCTAAATACAGCAATAATAAATTATCCGAA
ACAACTAAGACTACTGAGCCTAAAAACACCAAGATCAGAAGGCAATtaac
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aaattaagcaaagaaatattaattttcATATGTTAGTTTCAAATAGACTG
GAGTTTCATAAACCTTGATTTAATGTGACTGATAAAAAAACTAAGGATAT
TAATACAATATGTATAAAGTTATTTTT Coding sequence (CDS) from alignment at sc0003150:3..10179 >TCONS_00042019 ID=TCONS_00042019|Name=TCONS_00042019|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=567bp|location=Sequence derived from alignment at sc0003150:3..10179 (Clytia hemisphaerica)
TCATAAAGCAAATCTTAAGTAATGTTCTCCATATATTAGTTCAATAATTA
AATCTTTAGAGTAAAAACCAGTTAAAAACGGTAAACCCATTAAGGATAGG
GACCCTATTACTATACATGAGTAAGTTAAAGGAGTGATATTGTTCATAGC
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TTAAACCTATAGTAGatgtaaaaaatgctgtgaTACTACCAAATAAAact
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ATCCTACACCTTCTCAT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00042019-exon-sc0003150-1491911889:3..10179 | TCONS_00042019-exon-sc0003150-1491911889:3..10179 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00042019-exon-sc0003150-1510915933:3..10179 | TCONS_00042019-exon-sc0003150-1510915933:3..10179 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00042019-exon-sc0003150-1575043694:3..10179 | TCONS_00042019-exon-sc0003150-1575043694:3..10179 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0003150 | supercontig | sc0003150:3..10179 . |
Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
| Term | Definition |
|---|
| IPR001750 | ND/Mrp_mem |
Blast
BLAST of TCONS_00042019 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: COX1 (Cytochrome c oxidase subunit 1 OS=Homo sapiens GN=MT-CO1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 606.29 bits (1562), Expect = 0.000e+0 Identity = 349/507 (68.84%), Postives = 421/507 (83.04%), Query Frame = 1
Query: 8620 R*VFSTNHKDIGTLYIVFGAFSGMVGTALSMLIRLELAGPGAMFGDDHLYNVIVTAHAFVMIFFLVMPVLIGGFGNWLIPLYIGAPDMAFPRLNNXXXXXXXXXXXXXXXXXXVEQGAGTG*TVYPPLSGPQTHSGGSVDMAIFSLHCAGASSIMGAINFITTIFNMRAPGLTLDKLPLFV*SVLITAFXXXXXXXXXAGAITMLLTDRNFNTTFFDPAGGGDPVLYQHLFWFFGHPEVYILILPSFGIISQIIPVFSSKDQIFGYLGMVYAMLAIAFLGFIV*AHHLFTVGMDVDTRAYFTAATMIIAVPTGIKIFSWIATMYGGKIRFTTPML*AVGFIFLFTLGGLTGIVLANGSLDIMLHDTYYVVAHFHYVLSLXXXXXXXXXXXXXXXXXXXYNYNEVYGKIHF*ITFIGVNLTFFPQHFLGLAGMPRRYSDFPDTMAT*NLXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXYDAFVREERFIS*TNDEYNSATTLEWVFNSPPALHTYNE 10140
R +FSTNHKDIGTLY++FGA++G++GTALS+LIR EL PG + G+DH+YNVIVTAHAFVMIFF+VMP++IGGFGNWL+PL IGAPDMAFPR+NN+SFWLLPP+LLLLL S++VE GAGTG TVYPPL+G +H G SVD+ IFSLH AG SSI+GAINFITTI NM+ P +T + PLFV SVLITA LLLLSLPVLA ITMLLTDRN NTTFFDPAGGGDP+LYQHLFWFFGHPEVYILILP FG+IS I+ +S K + FGY+GMV+AM++I FLGFIV AHH+FTVGMDVDTRAYFT+ATMIIA+PTG+K+FSW+AT++G ++++ +L A+GFIFLFT+GGLTGIVLAN SLDI+LHDTYYVVAHFHYVLS+GAVF + GF F F+GY ++ Y KIHF I FIGVNLTFFPQHFLGL+GMPRRYSD+PD T N++SSVGS IS+ V+ IF+I++AF + + + N LEW++ PP HT+ E
Sbjct: 5 RWLFSTNHKDIGTLYLLFGAWAGVLGTALSLLIRAELGQPGNLLGNDHIYNVIVTAHAFVMIFFMVMPIMIGGFGNWLVPLMIGAPDMAFPRMNNMSFWLLPPSLLLLLASAMVEAGAGTGWTVYPPLAGNYSHPGASVDLTIFSLHLAGVSSILGAINFITTIINMKPPAMTQYQTPLFVWSVLITAVLLLLSLPVLAAGITMLLTDRNLNTTFFDPAGGGDPILYQHLFWFFGHPEVYILILPGFGMISHIVTYYSGKKEPFGYMGMVWAMMSIGFLGFIVWAHHMFTVGMDVDTRAYFTSATMIIAIPTGVKVFSWLATLHGSNMKWSAAVLWALGFIFLFTVGGLTGIVLANSSLDIVLHDTYYVVAHFHYVLSMGAVFAIMGGFIHWFPLFSGYTLDQTYAKIHFTIMFIGVNLTFFPQHFLGLSGMPRRYSDYPDAYTTWNILSSVGSFISLTAVMLMIFMIWEAFASKRKVLMVEEPSMN----LEWLYGCPPPYHTFEE 507
The following BLAST results are available for this feature:
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