TCONS_00040974 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00040974
Unique Name	TCONS_00040974
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	4772

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0002647:8359..17535-

transcript sequence

>TCONS_00040974 ID=TCONS_00040974|Name=TCONS_00040974|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4772bp
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ATTTGTTCCTCCTGGTTCTTCTAGCTCAACAAACGTCTTTGGTCCTCCTG
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TCTTTTGAATACTACAGCGCCTCTGGTTTTACTCAGCGCCCAATAGATCT
GAGAGCTCACGAAAAGTGGAAAGAAAATACCTCggaaactttcattttta
aaagcCCTGATCAATCGAAGAAAGCTCTTTCTATTTTGAAATCAGGTGTT
TACCAGGCATCGAAGGTTGCGAAATATTATACACCACTCCAACCAAGAAG
AGTATGCCCGGTGACTTGTGCTGCCATGGACTTTTGTGTTGCTCCAACAG
AAGAGTCATTGAACTTCAAGTGTCAACTCTGTGGGTTCTCTTTCCACAAA
ATGTGCGTGTTCCCCTCTGACCATCGGAATGAATCATGTGGCTGCCACCG
GATTCCAATAATGAATGACAAAAATAGTTTATCCTGGATTCCGACGGATC
TTCCGAAatggtttgaaaaatatttacatcaAATCAAGAACAATATAGTT
GTTCGTTCGGCAGGAACAGAATCGCCATCGTTTGGTGCAGTTCATTATAT
TAAAGACAGTGAAAAGGTTGATGCATTGATGGTGCAGCTTAATCATGCTT
TTCCTGGTTTTTGTGACGAAGTTATTCGCAAAAAAATCTTACCTGAGGCC
ATTATCTACGTATCGTCGCGAAAAGAAAGCTGTTCAAGGCTGTGTATCAG
GCGCCTACTTAAATATAACGTCACGTAGCAATATGTATATTCAATTATTG
TAGATTTATGCAATGTAcatttggtcaaaataaaatatattcacATTAAT
GTATTCACAATAACTACTCTTA

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0002647:8359..17535-

Legend: exon

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00040974 ID=TCONS_00040974|Name=TCONS_00040974|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=9177bp|location=Sequence derived from alignment at sc0002647:8359..17535- (Clytia hemisphaerica)
NNGACTTCAGTCCTCCTGGTTCAACAGACATTGTTGTTCCTTCTGGTTCT
TCTACCTTGACAGACATCTTTGCTCCTGGTTTATCTAGCTCGACAAACGT
ATTTGTTCCTCCTGGTTCTTCTAGCTCAACAAACGTCTTTGGTCCTCCTG
GTAGCAGGCACAAAAGAAAAGAACTTTGTATTGCCACAGGTGTTTATGGT
ATGCCTTGTGAATTATTTCTATTTGTTCAAATAAATCATAAAATGACTTT
TGGTTAATAATTTGAATAGTTTGAAGAGGTGTGTAAAATTAGAAAGTTTA
TATAATGGATTTTAGAGATCAAACAAACAACAAATTCCTTAATACTTTAA
TTTTACATGGCTAAACTTATCATTTTAAAATCATCTTTAGAGATCGAGAA
GAAAGAGCTCCAACCCCATGACGTTGTTTCGGTCTACGGCAACCCTGAAG
ACCAGGATGGCATCCAAAAGTTTTGGCTCTTTAGGGTTTTATCAACGACC
CCGAGAAAGATCCAGGGACATTACCTAATTAAAGAAAACTGCCCTGAATT
CAGAAGAGAATATATGCTTGGCACGACCTGGGAGAAAATCCCTTTTAAAT
CTGTCATAAAAGGAAACAAACAAGCACGGCTATACATAATTAAGATGGAG
CAAGATGACCAAAATAATTTCTTCCTCCAAGCAGCAACGCACGATTTTTT
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AATAGCAGTTACTACAGATACGTAGTAACTGCAAATATATTGTAGTGTTG
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TGATTGAATGAAACTTTGATATGGAAAAAAAGTACCAAATGGGTCAGAAT
TTCAAAAATTACTAAAATTTTGAACCATTAGTTCTGTAATTTTGGGTAAA
AAAGCTAGCAAAGGGTGGTGTATGCAAAATTTTAACTGAAAAGCAGTTAC
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AAAAAGACACTTACACATTTATATAAGGAACAAGTTCATAAGGAACTCAA
GGCTGAAAAAGGTCCAAAAAGTAAGGAATTGTTAAGGAACTGCTCAGGCC
GAGGATAAGAAAACAATTTTTAATGAACAGTAAGATTTTTCACTTGAACT
AGCAATTATCTTGTGTTCTCCAAGTCTTTCGTTGAAATAGTCGATGTTAC
CACCAATTTTCATAGTTTCCTTTGAACTATTAGCTTTGTAAATAAGGAAC
TCGATAAGGAACTTTGAGGCTGAAATTATTTATAAAAATAAGGAACTCAG
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ATGACCCTCTTGGCTATTATCACGTTTCAAGCAAATTTGTTTTCAAATAT
GAGTAGAAAATGTCTTCTGTGTAATGTATAATTTTTTCTGTAATTTTTCA
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CAGTCCTGTTCAGTCCTTCCGTAGAAGTTTTAAAAGGGCACAGAAGGGCA
TGACTAAGATCCAGATTATGTTATTACGTTTATTTTTATTTAGGTTATGT
ATTTAGGAGCAACTTAAATTAGATATGAAAAACGGTCTAATAGAATATTA
TTTTATGGTATTTTTCCTGTCACTTCGAATTAACCACAGATGAGTATTGG
GTTGATCAGAAACAAAGAATAATTGCATAATTTTTTGAATATCTTATGTA
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GGGCTTTATATAAGGTTTTATATAAAATTTATTAATCAGTGGACGGAAAT
AAGACGTAGTTTGAAGAGTGGTTTTTATTTTTGAAAGATGAATAAAATCT
ATCTCAATTTGCACATTGAGTTGTTTATCAATAAGTCTGTTACTAATGTT
TTGCTGTGTTTCCAAGTGACTTCCGCAAACTCTATCTTGAAATTGATTTA
TAATCTCATTCTTTATTGCCAATAGGGAAGGGATACTTTTAGCCAGGGAA
TGGTATTTTCAGTCAAATTTGTAAACGTGGAGGGATGTTAATAAATAGAA
ATAGATACATATTGAAATTGAAATTTTATTTCAAATAGTATAAGCATTTC
GGCTACGCCATAGTCAGTACAAACATCGAATGGTAAAATCACAAATTTCT
ATCTAAAATGTTGAAAAAATCTAAGTTTAAAGTCTAATTATCTACAAATA
AAAATTTCATTTATAAAAGCGCCATACAAACGAATCGATAAAAACGTAAA
TGCTAATAAAATTATTCTTTAGGGTATATTCAAGTAATGCCATTTCTGAA
AAGATTGAATTGTTTTATCTCTAGCTGATTGTTAAGTGAAGGTCCCATGA
TAGCTATAAATGAAGCTTCTAGAAATTTCCTTTTTTGTCGAATACTGGAG
CTTTTAAAATACATCTCCAATGAAAATGATGGGTGTATTTTTCTTTCAGA
TGATTAGCAGGCTCAGAGTTATGCTTGACGTTTTCGGATACATATTGCAT
GAATGTTGAAATGGGCTCTTCCAGAAAAAAACTCATAGGAAGATAGATTG
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TTTGTAATGTCCAGGGGCAAACTTTTGTGTCCAGGGAGTCAATTTGATGC
ATGTTGAGGGGTAAAACACGTGTCCAGAGGGTGAAAAATAGAAATGTCCA
GGGGTACATCACTGAAAAAATAATAAATCCTCCATCCCCCCATGAACGGT
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TTCTCTTCTCCTTAGGTAACTATCGAAAAAGACAAGGCAGCCAAGGTGCA
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GGTTTTGTTGTACATTATAGTCATTTTTTCAATAAGCACTTATCTTCTAC
ATTTTTATATGAAACATTTGCCAGCCATGACCATTAGACGGTACGGCGTC
GTTAGATACCCGGTAATTAAGATTATGCTATAGATTTCATAATATTAAAA
TTGTTTTGAAATTTAGATGGAATACTGGTTCACGCTATGTAAAGCTCCGG
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TACTTCCTGATTCAACATAATTTACATAATTCGATTACTTCGATTCAATT
ACCTTTGCTCCCCAATTTTACGTTCTCTTTGCAAGAAGCACTTGTCTAAG
TCAAATCGATCCGAGCCTCGTAGCAGCCTCGTATTTTTGGACGAGTTATA
AATTTTATCACTTCATTCTTATTTATCAGGTACTTCCAACAAAATGAAAG
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CACGAAGTCGAAGATGTTGACAATGATAAAGTCAAGCAATACCCTAAAGG
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ATGTTTTCAAATAAATCGTTTTTCCTCTACTAAACGTCATCGTCTCATGA
GGCTATACTTTCAATATCAGCCCTTATTTGAAAATAAAGATTGGAAAATA
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TATAATCATGAAGATATTTTTTATTTTTTTAAAAGATAAAAACATCATTT
AGAGCGCTTACAAAAGAGCCTAAATTGTCTTGAGATTTGATAGAAGATGG
TAATTTGTTCCAGGTTGAAACAGCTCTAAAATTGAATGTGTTTACTCCAA
AGGCACTGTTGTATTTTTTATAGAAAGGGAGACAAGGTGTGACCAGAACG
AAGATTATACTTTGATTGTAATGTGACAAATATACAATACATACAAATAT
ACAAAAATAATAAATTCAATGATAAATTTGTACACATTAGGCACATTGGT
CAATCTCTATGGTTGGAAGAAAAAAGGTTCAAAGGAGAAACAGAAAATTG
TTAGATCCTTAGTCAAACCTGGTAAGTTTAAAGGCTTAGGCTACCTGTGA
TTTGCTTTCTTTTATTTAACCTTTGCTTTTTTTATTGATACATACCTGAA
AGAAAGAAATTTTAGCTCACCAGTCATTCCGTCAGCTTCAATGCAATTTT
TCGAAATTAATTTCGGAGCGTAAGGAAACTTTTTTTTTCGAGTTTCTTGT
TTGAGTGCTTTTGCCAAAATTCACCTCTCGAACTCTTGAAACTCTCTAAT
TGGTCAATCGTTTAAATTTTGCGTTTTTCCTTTTTCCATCACTTAAATTA
TATTTTTTTACAGTTGAGTCAAAAGGTTGCATTAACTGGAAAACTTGTCC
GTTGTTATCTTGGTGGCCCAGCGATGTTCCGTTCAAAAACCCAACTGGAA
CTCCCAAGATGACAGTTGTTGAGTGTGACAAAGTGATCACCAGTTTTGTT
TACGGAGAACTTGTTCACTTGCCCGAAGATTTGATTTTGGAATCGGAAGA
GGTGAACTGGATTTTACTTGAGTGAGGTTTGACAGAGTGAATTATCATTC
GTTGATGCAGTTTTGTATTGGCCTCCGGGGCTAAAACTAATATTATGATT
TCAATTCCATTTTTAGCGTTACTCTAACGTCCATTGTCGTTATCTTTTGG
GAAATATTTCGAGAATGGGAACTTCAGACATCGTCTCTCTTCTGAATAAA
TTACAAAACGTCCTACCAGAGCATCTGTATGACATGCACTCAAATGATAT
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CTCTAGACGGCTGACTTTGACTTTTTCTGTGAAAACACAGATGAATGTGA
CATTGGAGTTAAACTAATGTGTTAGTATATTTTTGTGTTTCATTCCTTTC
ACTTTGCTGGCGAAGTTATCAAAATATATCAAAAATTTGCTGCAGTTACC
ACTACTAATTTTACTTTTACGTTTTCTGTCATGTTTTTATTCAGGACACG
GAATTCAAAGGAAGTAATTGGGTTCGAGCCTGTCAATGTTTCAAGAGACG
GTGACAGTTTCTACCGAACCATTTCAATGCTTTATTATGGTGAAGAAAAT
TCATTTGATTTAATAAAACTTGGAATTATCGCTTTCGGAATTGTCAACGC
AGAGCAATTATCTTCGATTGTAAGTCTTTTCAGGGGCCTAGTCTTATTAC
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CCTTATAAACGGGGGTGTGGAATAAGTGGGGTGGGTGTAAACAATCTCAA
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GGCTAATCCAGATGAATAAGGGCAATATAAAGAGGAACTTTCAAAATATT
TTCCCAAAAATTAATAAACGAGGGGGTTGGAATAAGAATGTCCTGAGTGG
AAAATTTTCGAAAAATTAATTAGCGGGAGGACGCTTATTAGTCACCCGAG
AGTACACAATACAACTTACAACGGATATTTATTTCCTTGAAAACATTTGA
ATACAATACAAAATAACTATATAAAATAAATTTTCTTATTACTATTGAAT
GAATCCCTTAACTGCAACGTAGTGCAGTTCACTATAGTTCTCAACCTGTG
GTATCTTTTAATTTAGCTGAATATTTGTTCACAAGATTTGAGAGATTCGT
TGTTTAATAAAGCGGCTTCGTCCGACGGAGATCAAGGTATACATTATAAA
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AAATTTTTGTGATTTGCGTGTACAGTTTAAGTTTAATGGGACAAAACTTA
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GGGTACTACATCCCTTTTTAATATTTGTCGCTTGTGTTGCGATAGTATAT
CATAATTTCTCTCTTTAGGTTCTTTTGAATACTACAGCGCCTCTGGTTTT
ACTCAGCGCCCAATAGATCTGAGAGCTCACGAAAAGTGGAAAGAAAATAC
CTCGGAAACTTTCATTTTTAAAAGCCCTGATCAATCGAAGAAAGCTCTTT
CTATTTTGAAATCAGGTGAATTTTATAATTAATACTTACAATCATATTTT
AGAAGCGGAATCCATCCCATTGTTTTTGTAGCAGGATTATTGTCATGTTG
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TCGATTAAAATAGATTTTACAGTTATTTTACGTATCGTTAAACCAGCAGA
TGATATTTTCTCTTTGCAATTTCAAAACCAGGGAAAGGACTGGTGACCTC
CCCAACCTTAGGGTAGACATCTACAGGAAAATGGAGCTTTAGGGTCGCCC
TCGACTGCGGTCGCAAAATTTACTAAAAACAAAGTGTAATTACTTTCACA
TTATTTTGCAGGTGTTTACCAGGCATCGAAGGTTGCGAAATATTATACAC
CACTCCAACCAAGAAGAGTATGCCCGGTGACTTGTGCTGCCATGGACTTT
TGTGTTGCTCCAACAGAAGAGTCATTGAACTTCAAGTGTCAACTCTGTGG
GTTCTCTTTCCACAAAATGTGCGTGTTCCCCTCTGACCATCGGAATGAAT
CATGTGGCTGCCACCGGATTCCAATAATGAATGACAAAAATAGGTAACAT
CTATTAGCATGGTCATGGAGGCCGTAAACTTTTTTGTTTTGACGATTTAA
TTTATGACCTTGTCTACCTACATTCTTTGCATACAAAATTTGGGATACAA
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TGGCCTTGTTGCCACTCAATCTAGGTAGTAATTTTTAGACATTGGTTATG
ACCTTTTTAACTTTTTTTTTTGGACTTATCAGTTATCAAAAGTAAAATTT
ATGGCTTAGAATATTTTTCTTTTTTCACAGTTTATCCTGGATTCCGACGG
ATCTTCCGAAATGGTTTGAAAAATATTTACATCAAATCAAGAACAATATA
GTTGTATGTACAAATTTAAGTTGATAATCCAAGGCGACAGATAGCTTGCC
TTTCATGGTTTTTTATCGAAACAGTGTTAATTCTTTTCTTTTTGAGTTTT
TATTTTGTGCTTATAGCACTTTTTTGGAATTTGATATAAGCATTGCTGGC
TCAGAATTGGAGATGAATGTTTTGCGAAATACGTCGCTTGACAAAAAATT
GCGATGCACTAATATACCATTATCCCTTATTCAGGTTCGTTCGGCAGGAA
CAGAATCGCCATCGTTTGGTGCAGTTCATTATATTAAAGACAGTGAAAAG
GTAAGGAATTATTACTTTAAAAGACATTCCCCGATCTCAGTCTTGCCGTA
GCCAAAAGTAGGTTGGTCTTTTTCTTGTCTGTCTAATTACAAAAACTAAA
CACTCTCGTTCAGCAATAGTTTTGAAGACGGATTTAATGAGAAAATTCCA
ATGTTTCTTTTAGGTTGATGCATTGATGGTGCAGCTTAATCATGCTTTTC
CTGGTTTTTGTGACGAAGTTATTCGCAAAAAAATCTTACCTGAGGTTAGC
TTTTCTTCTTTCCCTCCCAGCGATGAACCTTTAAACGAATCAATTTTCGT
GGTAACTAATTTTCGCTGACATATCTTTCGCGTTTTTGCGTGTCTACCGC
AAAAATTAGGTCGGTAAAATACAATTTTTATTTTCAAATCAACATACAAC
CCCTACAAAGAAAGAATATAGGTGAAAAATGGGTGTAAACCGCGACTATT
TTTTCCACGAAAAGTGATAATACACAAATTTTCTATTAGCAGATTCATGT
AAAAAAGATATGTTTATGTGTGCAATTTTCAGCCAATCAGAGCTTTACAT
GACGTTTTTGGTGACTTTTTTACCAGTATCTGCTAATATGAAATTCGTGT
ATTCTATACCGTGAAAATTGGTTTCGTGAAAATTAGTCAACTCATTGTAT
CCTTTTGTGTTGATTTATATGTCTTTTGATTATGGAAACTGTCTACTGGG
ATGTTTGGGATTGATGTCTACCGTATGATTACGATTTCCTTAGCACTAGT
TTCGTTTGAACTTCTTATACACTTCATAATTATGATAATATCTTCATTTC
AGGCCATTATCTACGTATCGTCGCGAAAAGAAAGCTGTTCAAGGCTGTGT
ATCAGGCGCCTACTTAAATATAACGTCACGTAGCAATATGTATATTCAAT
TATTGTAGATTTATGCAATGTACATTTGGTCAAAATAAAATATATTCACA
TTAATGTATTCACAATAACTACTCTTA

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_025017	XLOC_025017	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0002647	supercontig	sc0002647:8359..17535 -

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
7.65889	8.29794	4.88299	5.47339	40.5461	30.1582	51.6665	39.8714	24.5174	45.0267	30.0913	20.7383	24.8527	24.6845	13.7465	24.7365	21.8998	20.3541	8.0174	13.7902	19.7425	20.8655	16.1292	10.1455	21.2152	11.2705	26.1144	16.1736	46.7365	41.4152

Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00040974 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00040974 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

You are here

TCONS_00040974 (transcript) - C. hemisphaerica