TCONS_00040597 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00040597
Unique Name	TCONS_00040597
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	264

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0002488:15445..22601-

transcript sequence

>TCONS_00040597 ID=TCONS_00040597|Name=TCONS_00040597|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=264bp
CAGCTgatacaaaagaaataaatgagaaataaaaatgtATGAATTGATCA
TTATTGTTGATGGCGTGGAAATGACACATCAATATGAACAAAGGCCAGGC
TTACAAATGGATGAAGCTGTTGATGCAAATTAACAAAGGACAGACATGAA
AATATCCTGTTGAACGCAAACAATAATGTTCTGTCATTGACCCAGAGTTA
AATCCTTGTGCAGATGAAAAGTTTGAGAAGACAAACGACCAGAATGAAGA
TTCTCACAAACGTA

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0002488:15445..22601-

Legend: exon

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00040597 ID=TCONS_00040597|Name=TCONS_00040597|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7157bp|location=Sequence derived from alignment at sc0002488:15445..22601- (Clytia hemisphaerica)
CAGCTGATACAAAAGAAATAAATGAGAAATAAAAATGTATGAATTGATCA
TTATTGTTGATGGCGTGGAAATGACACATCAATATGAACAAAGGTAAGGC
CCATGACATCTTACCAACTGTTCAACACCTATTATTGAAATTCTTCTCGA
ATTACACGCCTGGAAATGTTCGTCTGCCCCTCGCCCCCGCCCATGTATGC
ATATAAAATGGAATGGCCCAATGATGAAGGATCCTACTCAAGACCTATTA
GGGTACTTGTCTCCCTAATAATTCTACCAGAGTCCTGGTAAACTGACTAA
ATAATGTAAATGAGACTGGATTTTGATATGTTATCCTGCTGTGTCCAGCA
ATGTAGGTTCCGGATATCCTAGACACCCCAATTGCCAATTTCTCTCCTCG
GGTATGGTTTGAAACACTCCACCATAAGAAATATTCATAAAGGGCTTTAA
ATTCAATCTGTGATTTTCCCATATGAAGATTAATACTATATCTTCTCTTC
TCTTTTTTCGATGCTAGGCCAGGCTTACAAATGGATGAAGCTGTTGATGC
AAATTAACAAAGGACAGACATGAAAATATCCTGTTGAACGCAAACAATAA
TGTTCTGTCATTGACCCAGAGTTAAGTAAGTCAAAATATTGGTGTAATTT
GACTTTTTTGAAAGTATCTTGGTGGGTTTTTAGAGTCCACTGGTTCACTA
AGACGGTGTATAATCTTAACTGGACTTTTTACCATCCAATTATGCGCTTT
TTCTTTATAAGTATCTTTACTTTATAAGAATATTCACGTTGAAATTGACC
TAAAGATTAAGAATACTCTAAGACCAATCATAATATTTGGCAACAGAACA
TAAGAATGAATATATCAGGCTAAATTTTGTTTACAAAGACTCGAGCTTCT
ATCTCTTGAGTTTAGAAGATTTTCTGCGATATGCTCCAAATGTATAAGCA
TATTCATTTTTTATTTTTAAACCTGAATATGGCTGAAATATATCACTCAT
TTTTGCTCAAAACTTTTTGAAAAACATATTTTTGCTCGGGATAAGCATTA
CGCGTTAAGTTAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
AAGTAATAATTTCCTGGGAAAAGATTACTGGGGAGTAATTATTTCCCAGT
AAATAATGACTGGAGAGTATAAATTTTGGGGAGTAATATTTTACTGTGAC
ACCGGTTTTTTTTTTTTTTTTATTTCGATGTATTTTACAGAATCTTCGCG
AGTTAATAATTGGATTGAGATTGATGTGCGCGCAAAAACGATTGTTTCGA
ACGTTTTCAATAGCATGTTTACATTCGAAATTCGAATCCCAGACCAGAAA
ATCAAAACAGAAAGAAAGGTAAAAACCAATCTGATGCGCGCATTTTGTAC
AGTCTGTAGATTTATTTTTCACTTTTTCTTTTATAAGATATCTGGTCTAT
ATAACAAAGCTTTTCCTTCAGCTCTACGGGCGAAGCTCAAAAATACAAAT
ATGAACAAAAGGTAAAAGAAAACAACCCGGGGGGGGGGAGGTCAGTCAAA
TTGACCGACGGGTATGTGCGGCGGTTAAGGGTATGTTTTTCAAAATATCA
GAAATGCACTGTAAGGATGGACTTTTGATAAATGCAGAAGAATATTTATT
TGTTTTTTTAACATCTTAGAAAGGAACAACAACACTCCCTTTAGTATTTG
TAGAATCATAAAGAAGTAATGTTCGAAATATTCAATATAACTCTCAAATT
TATTGTATATACATAACTAACATACATTGAAGTCATCTGCAATATCTGTA
GAACTGTATATGAAGCCACAATGAGCAAAGAACACCCAGTGCGGTAAAAA
ATCACACCTCATAGATACCTTATTAGAGGTATTCGATTTCACGCCATTAC
GCCTAGAAAATTTAGTTTTCATGCTCATAATTTTTGTTATATAAACTGTG
TGTTTGGTTGTCAATTAGACTAGAAAACTAGTCGGTTATTACTTATAACC
TCACAATAAAACTGTCAATCAAATAATGTAAACACTAATTAAATATTCAG
CGCGCGTGAGAAAAAAGGAAAATAACCGACTAGAAGCTACTTCCAAAGCC
TTTTTTTCTTCACCTAAAATCGTAAGGAGAGACATACAGATTTCTGTATG
TATGACCCGTGCGGGATTGCATTTATTTTTCTTTCTGTTTATTGCGTTTT
TAGAAATGCTCATTTATTTATATGTCCTCATGTTCAATGTTACTATGAAA
TATCATTTAGTCAAAAAAGTTGGATGGATTCTCAAAAACCTAAAAAAAGT
TGTAAAATTAAACAACGTTTTTTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCCCCCCCCCTG
GATTCTTAATCTTATTTTTTTATTTTTTCTGAGTAATTTATTATCAGAAC
ATGACATCTTTTCAATCCGGTAAACACTTTACTTTCCCGTCTGGATTGGC
AAGAGAAGACATAAATTTGATAATGTGTTTATGTTTTCTTTCAGATCCTT
GTGCAGATGAAAAGTTTGAGAAGACAAACGACCAGAATGAAGATTCTCAC
AAACGTA

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_024715	XLOC_024715	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
TCONS_00040597-exon-sc0002488-1575043694:22509..22601	TCONS_00040597-exon-sc0002488-1575043694:22509..22601	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00040597-exon-sc0002488-1575043694:21977..22084	TCONS_00040597-exon-sc0002488-1575043694:21977..22084	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00040597-exon-sc0002488-1575043694:15445..15507	TCONS_00040597-exon-sc0002488-1575043694:15445..15507	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00040597-exon-sc0002488-1510915933:22509..22601	TCONS_00040597-exon-sc0002488-1510915933:22509..22601	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00040597-exon-sc0002488-1510915933:21977..22084	TCONS_00040597-exon-sc0002488-1510915933:21977..22084	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00040597-exon-sc0002488-1510915933:15445..15507	TCONS_00040597-exon-sc0002488-1510915933:15445..15507	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00040597-exon-sc0002488-1491911889:22509..22601	TCONS_00040597-exon-sc0002488-1491911889:22509..22601	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00040597-exon-sc0002488-1491911889:21977..22084	TCONS_00040597-exon-sc0002488-1491911889:21977..22084	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00040597-exon-sc0002488-1491911889:15445..15507	TCONS_00040597-exon-sc0002488-1491911889:15445..15507	Clytia hemisphaerica	exon

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0002488	supercontig	sc0002488:15445..22601 -

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
3.09145	6.63224	0	2.7396	0.833799	1.31776	0	0.744185	0	3.22685	1.87923	0.823556	4.52326	0	2.4576	3.39092	1.85659	4.28163	1.97177	0.687772	3.58679	2.62427	6.38028	3.86707	0.663831	1.18491	1.6956	4.52397	2.05876	0.699185

Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00040597 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00040597 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

You are here

TCONS_00040597 (transcript) - C. hemisphaerica