TCONS_00040013 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00040013
Unique NameTCONS_00040013
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length376

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00040013 ID=TCONS_00040013|Name=TCONS_00040013|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=376bp
TTAAGTATACTTGGCTAACCAGAATCCTAACTTAATTAAACTCggtttaa
aaaatgctgaccaAAAGTAGCGTAAAGCCCTTTCGAAAAATCCCTCGTAA
ATTGTCATAAGGACATTGACTTGAAGTGATAATCGTAGTATCCATAATCA
AAAGAACAAATGAATAAGGTGGACTAAAGTCACAGTTCAAATGACTCAAT
ATCGATCATTGGAATTCCACCAGAATCTCTACGATAAAGAGGGATATTAC
GATTATCCAAAATTTTATCATACAAAAAGGAAGCTGCTAAAACCAAACAC
ACCCTACTAAAGAAATcccaaaaaataaagataaaacaaGACTCCACCGA
TGAAAATTGACGTATTTACAAAACTC
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0002267:13762..19540-

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00040013 ID=TCONS_00040013|Name=TCONS_00040013|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5779bp|location=Sequence derived from alignment at sc0002267:13762..19540- (Clytia hemisphaerica)
TTAAGTATACTTGGCTAACCAGAATCCTAACTTAATTAAACTCGGTTTAA
AAAATGCTGACCAAAAGTAGCGTAAAGCCCTTTCGAAAAATCCCTCGTAA
ATTGTCATAAGGACATTGATGGCTGTCGGTGGCAACGCAAGATGGCGGAC
GTTTAACTGTCAATCTTGTGAAAATTATTTTTGAACATTGAAAATTTGAT
CACGCAACGAATTGCTGAAAAAGAATCAAGTACAAAAATGTTCAAAAGCT
GATTTAGAAGAAAACCATGATTGCAGAAGCCGGTGATCCCGCCACAGTAA
ACAGTACGCATCAAGACGAACCGTCTGTTCCATGTGTAAAGTGTGGAAAA
CTGTTTCGTACTGCTAGAGGTGCTCTTCAACATCAAAGACAATGCAAAAT
AGTCGCAGATCGAGTCCAGTTGTCGAGAACCAGAAGCAGAGCCAGAACCG
CAACCTCAAAACAACATCGAGCGAATCCCAGAGAGATTTTACTGGGGAGA
TATCAAAGGAACTGACTTTGAGAGACTGATAAACAATAGTTATGAAAAGA
TAGTTTATTGGCGAAAAAATCTTTTCAAGTTACCGAGTGGACGTACAGNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCCACCCACGATCACGTCGAAGCATTAGA
GAGGAGACTGCTCCAATGGCGAAGAGGAGATATCGAAGCCCTTGTCAAAG
AGGCCGAGACGCTTCAATCGAGATTGCCAAAGCCGGTCGGAAAGAAAACT
ATTGAAGCTCTATCGAAGCAATTTAAAATAAAAATGGAAAAAGGCGATGT
TAACGGGGCAATCAAACTACTCACCAACAACGTGAGTGGAGGCGTGCTAC
CACTGGACGACCAAACGATCAATCTCCTTCGACAAAAACATCCTGAAGGT
CGCGATACCAATGAAAACAACCTGCTCAATGGTCCAATTCAGCATATAGA
TCCGATTGTTTTTGAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNTTTCGTTATCGGTGGTGTCGAGCTTAAGTCAAATGAAGGAACCACTC
AAGGAGATCCGATCGGTATGGCAGTGTACGCAATTGGAATAACACCTCTT
TTGAATATAGCTATCAATAATTGCAGATATCCCCGATAAAATGGCAGCAT
TCGCCGACGATATAACTTCTGTTGGAAAGCTTCTCTCGTTAAAACTCTGG
TGGTCACGAATTACAACCGTTGGTCCTCACTTCGGCTACTTTCCACAGCC
GACTAAATCGTGGCTTATCGTTAAAGAGGAATACCTAGACGAGGCTGANN
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NNNNNNNNNNNNNTAATCGTTTTGATATCAGCCATGCTCTGTCCTGCAAG
AAAGGAGGCTACGTTACTCTTAGACATAACGAGGTACGAGATATCACTGC
TAAACTTTTGGATGGGGTATGCATCAACGTACGAAACGAGCCGAGACTAA
TCACCCTTGACGGCGAAGGACTGACGCACAAAACCGCNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCTTTTTCAATCGGTCATTTTCGTTAGA
CCCTAGGTTAGACTCATTGTCACTTGCTGCTAGCTACAGTCTAGTGCCAC
TAGCGGTTATTGTTTTCAATTGTTTATTTTATTTATTTATAAAACCAAAT
TTACTCTAATTTATTGCCCCTATTGTAAGTATATATGAAATATAATCCGA
GTTTACTTTCTCAGTACATTGACTTGAAGTGATAATCGTAGTATCCATAA
TCAAAAGAACAAATGAATAAGGTGGACTAAAGTCACAGTTCAAATGACTC
AATATCGATCATTGGAATTCCACCAGAATCTCTACGATAAAGAGGGATAT
TACGATTATCCAAAATTTTATCATACAAAAAGGAAGCTGCTAAAACCAAA
CACACCCTACTAAAGAAATCCCAAAAAATAAAGATAAAACAAGACTCCAC
CGATGAAAATTGACGTATTTACAAAACTC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_024236XLOC_024236Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00040013-exon-sc0002267-1575043694:19427..19540TCONS_00040013-exon-sc0002267-1575043694:19427..19540Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00040013-exon-sc0002267-1575043694:13762..14023TCONS_00040013-exon-sc0002267-1575043694:13762..14023Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00040013-exon-sc0002267-1510915933:19427..19540TCONS_00040013-exon-sc0002267-1510915933:19427..19540Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00040013-exon-sc0002267-1510915933:13762..14023TCONS_00040013-exon-sc0002267-1510915933:13762..14023Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00040013-exon-sc0002267-1491911889:19427..19540TCONS_00040013-exon-sc0002267-1491911889:19427..19540Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00040013-exon-sc0002267-1491911889:13762..14023TCONS_00040013-exon-sc0002267-1491911889:13762..14023Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0002267supercontigsc0002267:13762..19540 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0	0	0	0	22.2045	11.4335	15.7359	12.7086	2.55657	2.77719	2.28841	1.31682	0.141288	0.586917	0	0	0.159479	0	0	0.236315	0.259297	0.479087	0.655595	0.282111	0	0.640657	0.377238	0.123607	0.255244	0
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00040013 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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