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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00039934 ID=TCONS_00039934|Name=TCONS_00039934|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4934bp
TTTTATAATAGGCAATCACATCATCTCAAATTAACTAAATTTTGGCAAAA
CGTTAATTTTAGTCTAAATCATGACAAAACActataatttcatttcaatt
ttaatatttaaaacGTTATATTCcaaattttccttggaaaatacgcactA
ACATCATCTCAATTAAAAAGATCATCTCCGACAAAATTTAGGCAAAACGC
CAAATTCTATTCTATATTCAGGCATAACCTacaattttacttaaaatttc
atttaaaacgCTACACTCcacattttccttggaaaatacgcaatgaTATC
ATCTCAAACCTACTTGATTTATTTCTGACTAAACTTTCAGGCAACACGTT
TAATTCAAGctaaaacgtgaaaatttcatttaaaattcatttaaaacgCA
ATACTCCAAATTTTCCTTGTAGAATACACAATGACATGATCTCATGTTAA
CTCCATCTATTTAGACAAAACGTGAAAACtctattcaaaattttattttc
aaatgcTATACTCCAAATTTTTCCTTGGGGTATGCAATAACGTCATCTCA
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AAATTCAAAGTACATTTCAAATTCATTCAAAACCCAATACTCTAAATTTT
CCTTGTGAAACACATCATCTCAAATTAACTTgatcaatttttgacaaaaa
tttggcaaaacgTTAAACTTTATTCTAAATCCTGACCAAAcgttaaaatt
tcatttaaaaaattttatttcaaaacaataCTCCAAACTTTCCTAAACAT
CATCTCAAATTAAATTGATCATATCCGacaaaaattcagacaaaaCGTCA
AATTCTAATTCTAATTTCAGGCAAAACGTTCAAATTCActtaaaatttca
ttcaaaacgCATACTCCatattttccttcgaaaatacgCAATGACATCAT
CTCATATTAACTCAATttatttctgacaaaatttaGGCTACACATTAAAT
TCAggcaaaacgtgaaaatttcatttcaaattaaaCACACACTATACTCC
TAAAACTACTATAACGTAATATTCCAAATTTTCCTTGAATAATACGCAAT
TACATCATCTCTAACTAACTTGATTTATTTTGGGAAAAACTCAGACACAA
CGTTAAATTTTATTCTATAATTCGGacaaaacgtgaaaatttcattataa
aTTCATCCAAAACGCAATACTCCAACTTTTCCTTACATAATACGCAATGA
CATCATCTTATATTAACAAAACGTCAACTTTTAGTCTAAACCCAGACCAA
ACGAAGAAATTTTATGGAAAATTTTACTTGCAATTCATTTAAAACGTAAT
ACTCCAAATCTTTCTCGGAAAAACGAAAACACGCaatcaaatatatcatt
ttgaCATACCTGAAACCACTGATCAAAAACCAAAACATACAATTTAATAG
ATAACAAATATATCAAAGAGTACACTCATATCAAAACGAAAGATCACACT
AAATCCAGCCATTCTCCAACTAAAACAAATTTCCTTCGGGAATATGGCTC
ACAAAAATTCATCCATTTTCCTCTCAAAATACACAACCAGTAATCAAATC
CTCACTGCTAAGTATAAGAAATATCACGCACATACCAAGATCTAGTGATA
CGTGACTAATATGAATCAACTTATTATTTTCCCAATAAAATTTATACTTT
TCATCCAACATATATATAATCTGATACAGATACGACCAATGTTTCTAAGA
AGACATCACATTCAATTTACACTTTTCACAGCCAACTTTCCTCACAACAA
AATCCTAAACCATCCCATATTTTTGATGAATACAAACAAACAGACATTCT
GTCAACCAATAGTTTCCCAAAAAATCTATACTCAACGTTCATTAGCCACA
TTCCAAAAACCACAGATGCACCAAGGGTTGTCTCATGTTTTAAGTTGTAT
CTCTTTGTCTCCATTTTGACACTCTTCAACTCTACCATACTCCAAGATAC
CAAATAAAAGACGTAAACATAATGCACTCAAAAGTTTAAGATCATTTAAA
ACACTAATATAATAGTCAAGTAATCAAAGCGCGCGCAACTTCAGAACCCT
GCACACAAGGACACTACATTTTATACACAACCTTGCAACTTATCTTTCTC
CCTTCAGATGTCTCTCAATCAACAAAGAAACAAAGAGAACACCAACTTAA
CGACCGGACACCACCTACTTACCCACAAACCCAAACATCGACGCCAGAGG
AAATTTGTAACTCCTTACAAAACAACAACATGCAGCCAACCCTCTAAAGA
CCATCGGAACGACTCCATTGAAAACTTGCCCACTTGCACTGAACAACCAA
CAACAATGATGCTTTCCCCACAACCTCCCAGACCCAAACATCAAGTCACC
TTCCAAACAGCGGCTCAAGTCATGTCACCTGACTTGATTATATTGCAGCC
CGAACCACCTAAAAAATTCATTGATCCTCGACGGACAACTCACTCCAATA
TCTCCAATCCAGAATACATCTCCAAAATCCAACCTACCCACATAGACCAA
CCAAATTCACAATACAAATACATACCATCAGCATTCAATTTTCTATCACC
AACACCTCCACAAAACATTCAACGCGTCACAACCTATATCCAACACAAAA
TCAACCTTGAGGCTGTGGAAATGCTACGAAGGATGCGCCCCTAGTCACAA
CACTTTATgctataaaattaattaaaaatatctATAACTATTATTAACAT
TTGTCATGATAATATCTAATTCACTATAAAATGGTTTCACAAAATTAACA
GCTCCTATATCTCTTGCTCTCATCCCTCATTTTCCGGATTCTCATTACAG
TACACTAGATTTCCACTTGGTTCCTTAATTTCTCACTCTCCATACCCATG
AACCACAATAAGCTCTCTCTTAATTATTCTACACCTTCCTTGCCAGAACT
TCTACTCAACTTGCTAGAATTGAAAACGGATTTCAACTAATATCTCTCTT
TCTTACTTTTAAGTCATTAAGACACTCATACTCACACGCCCATGCTCCAC
AATCCAGATAAACATCTACCAGTCTTCTCTGTCTCTGACAGCTTGGATGT
AATGTAACAACTCATCTTTTTATACTTACTTACTATCCTATTTCAGAATT
GACTACCTCACATACGCAAATTCCTTTCGACATCGTGCCACTAAGAACCA
CTTTCATACAGTAGTGGACGAGAAAGAAAGACTGTCAATAACGGATGATA
TTGATGGTCAAGCCTTCTTTCCAATCAACACATGGACCACAAACATTGTT
AGATGCTTTCAAGAAACCCCCACATCTGACACCTCGACATTCAAACTGAT
GACTTTCTTTTATGGCAATGGCGGATCACCTGAACTCCTGTTTTCATACA
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CTATTATGACATTTACCTTCAACGATACATGAAAATCAATGGAACACCCC
ACAATCCAGAACAATGAACCTGNCTTCAACGATACATGAATATCAATGGA
ACACCCCACGATCCAGAACAATGAACCTGTACACAAACCATTCTTATCTG
AACATAAATTTGTCTTAAATCCATTCTGTTGTAATAATATATAATaacat
tataaaaatataaaggGAAAAATCTATTTTGTCTTCAAATCATCATATAT
ATCATTGCCTTCATTTCACAAAAACTCTTCATCTGCTTATAAATAACTCT
GCATTATCTCAACTATTGGATttattttcgacttttcacTACCACACTTC
AAACCTCATATCTGGTCCTTTAATTCCCTAGACTTAGATTTCCACATCAA
CTTCAACTACTCAACCTCATCCTACCCACCCTGGGATTGGGAGCACAACC
AGTATTGCATATATCTCATTCTAAACACATTACCACCTGCCTCTCCACAA
CTGATCCTTCCACTCCCATTCAACTCATTTCTAAGATTGCAAACACAGGA
ATACTCATCCCCTTACCACAACATTATCTTATCTTCTCTCTCTCTTGTCC
ACAGCTAACATGCAGAGAATCAACCAAGACCAAATCCGTGGATACAAAAC
CCCTACCCTCCACGACCTGTTTCCAACATCGAAACATTGGAAATTGAAAA
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TACAACCATCAACTCGTCCACAATTTATCCAACTACCAACTGTCCCCAGA
AGAAACCTCAGTCCTATCAAAAGGCCTTAATTACTCTCCCAACATGCCAT
CATTTAAACGCCAGTCCAACCCCAATGAAGTCATCCAATCCCTCAAGAAA
AGAATCGACACTACTCTCCATTTTAACCCACCTAACCACAACATCAATCC
TGCCCAACCACAAAATCAAGATCAACTGCAAAATCAAGatcaagaaaata
atcaaacacGCACCAAACAACTACCCTCAAAAGGCCCCAGCAACTGGATA
CCCCCACCATCTGATCACCCTACCATCaatcaatttttcgacgaaCTTCA
AAACGTACAATTTCTTCCTTTCGATGATGGCCATACGCAAAACGACAACC
TCCACTTTTTAATTCCTTTTCGTCGACTAAAGAACAACCATGACATTATT
ATTAAGAAAGCTGATAAAGGAGGTGGTATTGTAATTCTCAACAGACAGGA
TTACATTAACAAGATCTTAAACGAACACCTGAAN Run BLAST on NCBI protein sequence of TCONS_00039934-protein >TCONS_00039934-protein ID=TCONS_00039934-protein|Name=TCONS_00039934-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=225bp
MQRINQDQIRGYKTPTLHDLFPTSKHWKLKIPERHIRRKVIHEFTQDYNH
QLVHNLSNYQLSPEETSVLSKGLNYSPNMPSFKRQSNPNEVIQSLKKRID
TTLHFNPPNHNINPAQPQNQDQLQNQDQENNQTRTKQLPSKGPSNWIPPP
SDHPTINQFFDELQNVQFLPFDDGHTQNDNLHFLIPFRRLKNNHDIIIKK
ADKGGGIVILNRQDYINKILNEHLX Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0002247:12383..17316 Legend: exonCDSfive_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00039934 ID=TCONS_00039934|Name=TCONS_00039934|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4934bp|location=Sequence derived from alignment at sc0002247:12383..17316 (Clytia hemisphaerica)
NTTCAGGTGTTCGTTTAAGATCTTGTTAATGTAATCCTGTCTGTTGAGAA
TTACAATACCACCTCCTTTATCAGCTTTCTTAATAATAATGTCATGGTTG
TTCTTTAGTCGACGAAAAGGAATTAAAAAGTGGAGGTTGTCGTTTTGCGT
ATGGCCATCATCGAAAGGAAGAAATTGTACGTTTTGAAGttcgtcgaaaa
attgattGATGGTAGGGTGATCAGATGGTGGGGGTATCCAGTTGCTGGGG
CCTTTTGAGGGTAGTTGTTTGGTGCgtgtttgattattttcttgatCTTG
ATTTTGCAGTTGATCTTGATTTTGTGGTTGGGCAGGATTGATGTTGTGGT
TAGGTGGGTTAAAATGGAGAGTAGTGTCGATTCTTTTCTTGAGGGATTGG
ATGACTTCATTGGGGTTGGACTGGCGTTTAAATGATGGCATGTTGGGAGA
GTAATTAAGGCCTTTTGATAGGACTGAGGTTTCTTCTGGGGACAGTTGGT
AGTTGGATAAATTGTGGACGAGTTGATGGTTGTAGTCCTGTGTGAATTCG
TGTATAACTTTTCTTCTTATATGGCGTTCTGGAATTTTCAATTTCCAATG
TTTCGATGTTGGAAACAGGTCGTGGAGGGTAGGGGTTTTGTATCCACGGA
TTTGGTCTTGGTTGATTCTCTGCATGTTAGCTGTGGACAAGAGAGAGAGA
AGATAAGATAATGTTGTGGTAAGGGGATGAGTATTCCTGTGTTTGCAATC
TTAGAAATGAGTTGAATGGGAGTGGAAGGATCAGTTGTGGAGAGGCAGGT
GGTAATGTGTTTAGAATGAGATATATGCAATACTGGTTGTGCTCCCAATC
CCAGGGTGGGTAGGATGAGGTTGAGTAGTTGAAGTTGATGTGGAAATCTA
AGTCTAGGGAATTAAAGGACCAGATATGAGGTTTGAAGTGTGGTAgtgaa
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AGATGAAGAGTTTTTGTGAAATGAAGGCAATGATATATATGATGATTTGA
AGACAAAATAGATTTTTCcctttatatttttataatgttATTATATATTA
TTACAACAGAATGGATTTAAGACAAATTTATGTTCAGATAAGAATGGTTT
GTGTACAGGTTCATTGTTCTGGATCGTGGGGTGTTCCATTGATATTCATG
TATCGTTGAAGNCAGGTTCATTGTTCTGGATTGTGGGGTGTTCCATTGAT
TTTCATGTATCGTTGAAGGTAAATGTCATAATAGTACCAGTGATGACCCT
TTTTATCAAGGTTGTTGCTGATCCATCTAATTTGGTCAAAGCGTTTGTTA
ATTTTGTCATGGCGACGGCAATGAGTACTATAGATGTATGAAAACAGGAG
TTCAGGTGATCCGCCATTGCCATAAAAGAAAGTCATCAGTTTGAATGTCG
AGGTGTCAGATGTGGGGGTTTCTTGAAAGCATCTAACAATGTTTGTGGTC
CATGTGTTGATTGGAAAGAAGGCTTGACCATCAATATCATCCGTTATTGA
CAGTCTTTCTTTCTCGTCCACTACTGTATGAAAGTGGTTCTTAGTGGCAC
GATGTCGAAAGGAATTTGCGTATGTGAGGTAGTCAATTCTGAAATAGGAT
AGTAAGTAAGTATAAAAAGATGAGTTGTTACATTACATCCAAGCTGTCAG
AGACAGAGAAGACTGGTAGATGTTTATCTGGATTGTGGAGCATGGGCGTG
TGAGTATGAGTGTCTTAATGACTTAAAAGTAAGAAAGAGAGATATTAGTT
GAAATCCGTTTTCAATTCTAGCAAGTTGAGTAGAAGTTCTGGCAAGGAAG
GTGTAGAATAATTAAGAGAGAGCTTATTGTGGTTCATGGGTATGGAGAGT
GAGAAATTAAGGAACCAAGTGGAAATCTAGTGTACTGTAATGAGAATCCG
GAAAATGAGGGATGAGAGCAAGAGATATAGGAGCTGTTAATTTTGTGAAA
CCATTTTATAGTGAATTAGATATTATCATGACAAATGTTAATAATAGTTA
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ATCCTTCGTAGCATTTCCACAGCCTCAAGGTTGATTTTGTGTTGGATATA
GGTTGTGACGCGTTGAATGTTTTGTGGAGGTGTTGGTGATAGAAAATTGA
ATGCTGATGGTATGTATTTGTATTGTGAATTTGGTTGGTCTATGTGGGTA
GGTTGGATTTTGGAGATGTATTCTGGATTGGAGATATTGGAGTGAGTTGT
CCGTCGAGGATCAATGAATTTTTTAGGTGGTTCGGGCTGCAATATAATCA
AGTCAGGTGACATGACTTGAGCCGCTGTTTGGAAGGTGACTTGATGTTTG
GGTCTGGGAGGTTGTGGGGAAAGCATCATTGTTGTTGGTTGTTCAGTGCA
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TGCATGTTGTTGTTTTGTAAGGAGTTACAAATTTCCTCTGGCGTCGATGT
TTGGGTTTGTGGGTAAGTAGGTGGTGTCCGGTCGTTAAGTTGGTGTTCTC
TTTGTTTCTTTGTTGATTGAGAGACATCTGAAGGGAGAAAGATAAGTTGC
AAGGTTGTGTATAAAATGTAGTGTCCTTGTGTGCAGGGTTCTGAAGTTGC
GCGCGCTTTGATTACTTGACTATTATATTAGTGTTTTAAATGATCTTAAA
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TAGAGTTGAAGAGTGTCAAAATGGAGACAAAGAGATACAACTTAAAACAT
GAGACAACCCTTGGTGCATCTGTGGTTTTTGGAATGTGGCTAATGAACGT
TGAGTATAGATTTTTTGGGAAACTATTGGTTGACAGAATGTCTGTTTGTT
TGTATTCATCAAAAATATGGGATGGTTTAGGATTTTGTTGTGAGGAAAGT
TGGCTGTGAAAAGTGTAAATTGAATGTGATGTCTTCTTAGAAACATTGGT
CGTATCTGTATCAGATTATATATATGTTGGATGAAAAGTATAAATTTTAT
TGGGAAAATAATAAGTTGATTCATATTAGTCACGTATCACTAGATCTTGG
TATGTGCGTGATATTTCTTATACTTAGCAGTGAGGATTTGATTACTGGTT
GTGTATTTTGAGAGGAAAATGGATGAATTTTTGTGAGCCATATTCCCGAA
GGAAATTTGTTTTAGTTGGAGAATGGCTGGATTTAGTGTGATCTTTCGTT
TTGATATGAGTGTACTCTTTGATATATTTGTTATCTATTAAATTGTATGT
TTTGGTTTTTGATCAGTGGTTTCAGGTATGtcaaaatgatatatttgatt
GCGTGTTTTCGTTTTTCCGAGAAAGATTTGGAGTATTACGTTTTAAATGA
ATTGCAAGTAAAATTTTCCATAAAATTTCTTCGTTTGGTCTGGGTTTAGA
CTAAAAGTTGACGTTTTGTTAATATAAGATGATGTCATTGCGTATTATGT
AAGGAAAAGTTGGAGTATTGCGTTTTGGATGAAtttataatgaaattttc
acgttttgtCCGAATTATAGAATAAAATTTAACGTTGTGTCTGAGTTTTT
CCCAAAATAAATCAAGTTAGTTAGAGATGATGTAATTGCGTATTATTCAA
GGAAAATTTGGAATATTACGTTATAGTAGTTTTAGGAGTATAGTGTGTGt
ttaatttgaaatgaaattttcacgttttgccTGAATTTAATGTGTAGCCt
aaattttgtcagaaataaATTGAGTTAATATGAGATGATGTCATTGcgta
ttttcgaaggaaaatatGGAGTATGcgttttgaatgaaattttaagTGAA
TTTGAACGTTTTGCCTGAAATTAGAATTAGAATTTGACGttttgtctgaa
tttttgtCGGATATGATCAATTTAATTTGAGATGATGTTTAGGAAAGTTT
GGAGtattgttttgaaataaaattttttaaatgaaattttaacgTTTGGT
CAGGATTTAGAATAAAGTTTAAcgttttgccaaatttttgtcaaaaattg
atcAAGTTAATTTGAGATGATGTGTTTCACAAGGAAAATTTAGAGTATTG
GGTTTTGAATGAATTTGAAATGTACTTTGAATTTTGGAACAAAATTTGAC
GTTTAGTCTAAATTTTAATCTAGAATAGATTACTTAATTTGAGATGATTG
TAATGGCGTGTTTACCAAGGAAAGTTTGGAATATTATGTGTTGGATCAAT
TTTGAGTAAATTTAACGTAGTTTCTAAATTTAGAATAGAAATAAACGTAT
GCCTGAATTTCTGTTGGAAGTGATCCAGTTAATTTGAGATGACGTTATTG
CATACCCCAAGGAAAAATTTGGAGTATAgcatttgaaaataaaattttga
atagaGTTTTCACGTTTTGTCTAAATAGATGGAGTTAACATGAGATCATG
TCATTGTGTATTCTACAAGGAAAATTTGGAGTATTGcgttttaaatgaat
tttaaatgaaattttcacgttttagCTTGAATTAAACGTGTTGCCTGAAA
GTTTAGTCAGAAATAAATCAAGTAGGTTTGAGATGATAtcattgcgtatt
ttccaaggaaaatgtgGAGTGTAGcgttttaaatgaaattttaagtaaaa
ttgtAGGTTATGCCTGAATATAGAATAGAATTTGGCGTTTTGCCTAAATT
TTGTCGGAGATGATCTTTTTAATTGAGATGATGTTagtgcgtattttcca
aggaaaatttgGAATATAACgttttaaatattaaaattgaaatgaaatta
tagTGTTTTGTCATGATTTAGACTAAAATTAACGTTTTGCCAAAATTTAG
TTAATTTGAGATGATGTGATTGCCTATTATAAAA Coding sequence (CDS) from alignment at sc0002247:12383..17316 >TCONS_00039934 ID=TCONS_00039934|Name=TCONS_00039934|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=675bp|location=Sequence derived from alignment at sc0002247:12383..17316 (Clytia hemisphaerica)
NTTCAGGTGTTCGTTTAAGATCTTGTTAATGTAATCCTGTCTGTTGAGAA
TTACAATACCACCTCCTTTATCAGCTTTCTTAATAATAATGTCATGGTTG
TTCTTTAGTCGACGAAAAGGAATTAAAAAGTGGAGGTTGTCGTTTTGCGT
ATGGCCATCATCGAAAGGAAGAAATTGTACGTTTTGAAGttcgtcgaaaa
attgattGATGGTAGGGTGATCAGATGGTGGGGGTATCCAGTTGCTGGGG
CCTTTTGAGGGTAGTTGTTTGGTGCgtgtttgattattttcttgatCTTG
ATTTTGCAGTTGATCTTGATTTTGTGGTTGGGCAGGATTGATGTTGTGGT
TAGGTGGGTTAAAATGGAGAGTAGTGTCGATTCTTTTCTTGAGGGATTGG
ATGACTTCATTGGGGTTGGACTGGCGTTTAAATGATGGCATGTTGGGAGA
GTAATTAAGGCCTTTTGATAGGACTGAGGTTTCTTCTGGGGACAGTTGGT
AGTTGGATAAATTGTGGACGAGTTGATGGTTGTAGTCCTGTGTGAATTCG
TGTATAACTTTTCTTCTTATATGGCGTTCTGGAATTTTCAATTTCCAATG
TTTCGATGTTGGAAACAGGTCGTGGAGGGTAGGGGTTTTGTATCCACGGA
TTTGGTCTTGGTTGATTCTCTGCAT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00039934-exon-sc0002247-1491911889:12383..17316 | TCONS_00039934-exon-sc0002247-1491911889:12383..17316 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00039934-exon-sc0002247-1510915933:12383..17316 | TCONS_00039934-exon-sc0002247-1510915933:12383..17316 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00039934-exon-sc0002247-1575043694:12383..17316 | TCONS_00039934-exon-sc0002247-1575043694:12383..17316 | Clytia hemisphaerica | exon |
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0002247 | supercontig | sc0002247:12383..17316 . |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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