|
|
Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00039636 ID=TCONS_00039636|Name=TCONS_00039636|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1467bp
caaaatcaatTCATTTAACAACTATTTTAAGatacaaaacatttaaaata
acatgaacaaaaatattaaaatgctGGACTTGTATTGGATTGATTTATAA
GTATTGTAATGGAATTTGTCTTTGTCAAAATCGTTAATTATTTGTGGTTA
AGTATTGTTATTGGTGTCATTGTGATGGGATTTATGTTCGTGAAATGATT
GTTAATGTGGATCCATTGCTAACCATCTAAAGAAACAGCCAGTTAATTTG
AATCATCATTGGTATCATGCATACTTTGAATTGGTCCAAAAATACTAAAT
CAAAGTATATACAGagaaaaaacacacaaaaacaGttttccttTTACAGG
ATTACGGCCAAATTTCTCCTCGATCAGTACCAAGTCATGAATGTATGTAT
ATATTCACTAATTGCAAAATGATTATAGCAGCTCTCCCCTACAACAAACA
ACATTGATGTTCTTCAATTGAAAATCAGATCTCGAATCACAGATGGTAGT
TCACCGTTATACTGTTGCTTTTACTGTGGATAAAACATTACCGTCAGTTT
GCTCACATTTaaatatttcattgaaaatttgattattggaaaggttgctG
ATGTTaacgttttcaagaaaattctaCTTGATTTAAAGTGATCAAAAAAT
ACTACATCGTTAAATTAGCTTGTCTGTTGTCTGGATTGGTTTGCCCTTAG
TTTATTGGAAAATCAtgtgtttttttaattctctaCCAATGTAAATAAAT
CCATTGGTTTTGTTTGGTGTGGTTTGTATTCGTTGTTGAAAATCATTGCT
TGGATGGACTTGTACGattaaaaagactttaatttgtTACCAGCTGAATG
ATTAAACGAACCCTTTTTATATAGACAAAATAATTGAACTGTAACTTTTC
ATGTAAATAAATCTATATTtttaaagagttaaaaaatgtttttaaaattc
tcCATTGTtatatttaatattttacttgtttcaaaaaaattgtcaatcaT
TCTGTAATATTTATCCCTTTGATTCCCATGACTCTACTAATTACTCTTCT
CTCTCGGATTAGTTGTGAGTGATATTCAGCGCAGCTAGCTCATTTTATCC
TTAGATACCAAACTCTGAAACAGATGGACAAACGAGTAAGGGAATGAATG
AAAAACGACTTAATCTTgtcctttcaaattttaaatatatCATGATTATA
TTCAAAACAGATCAGGGAAAAGTTCATATTCCTCAAGGTGTTTTAAACAC
TACTTTGAGTGctttatattaaaaaattgttgCAATAGAACGGCTGTGTC
TCCATAATAAATTATGGAAATTGGTAACGTCCAGCCACACATCAGATTCG
ATCTGACAGCTCACACTGTACCATTCTTAGTATCTAGTTTTTAGTATCCA
CGCATTTTATCTTAAGGAACTCATCCTTTGTATCTTTTAATcacttaagc
cggagcttccagcgcag Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0002154:4672..7126+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00039636 ID=TCONS_00039636|Name=TCONS_00039636|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2455bp|location=Sequence derived from alignment at sc0002154:4672..7126+ (Clytia hemisphaerica)
caaaatcaatTCATTTAACAACTATTTTAAGatacaaaacatttaaaata
acatgaacaaaaatattaaaatgctGGACTTGTATTGGATTGATTTATAA
GTATTGTAATGGAATTTGTCTTTGTCAAAATCGTTAATTATTTGTGGTTA
AGTATTGTTATTGGTGTCATTGTGATGGGATTTATGTTCGTGAAATGATT
GTTAATGTGGATCCATTGCTAACCATCTAAAGAAACAGCCAGTTAATTTG
AATCATCATTGGTATCATGCATACTTTGAATTGGTCCAAAAATACTAAAT
CAAAGTATATACAGagaaaaaacacacaaaaacaGGTTAGTGCATCGCAA
GTTTTTTGAACAGCAACAACAATATATTGTATTCTTTCCTCGCTCAATCG
TATCAGGCttcatgttgattttttttcaatattgatGAGTCTCTTTTACA
GAGCTATTCAGGTGTTATAACCTGTTATAACTAGTTTAGCACAAATAAAA
ATgagtacatatttttttattagaacaccaaATATTTCGGCTAGATGGAC
TTATTTTCTTGCAAATTTCCagcctaaaaaatgttcttaagcttgttctt
aatttctttCCAGAACACTTAAGGgtatgttctaataaaaaacgtgtaag
ctaGCCTGTCTATGTAATtgcataaaaatagttttccttTTACAGGATTA
CGGCCAAATTTCTCCTCGATCAGTACCAAGTCATGAATGTATGTATATAT
TCACTAATTGCAAAATGATTATAGCAGCTCTCCCCTACAACAAACAACAT
TGATGTTCTTCAATTGAAAATCAGGTACTTTAATTTCAGTTATTTTCAAG
CTTATTTGCCCAGTTCATTTGATAGATATTATAAATATACTTTTATAGAG
CTCCCGggggggttacttaggcaaaatgggtgccgggtatgtgcgagcca
taagggtaccttttctcattcctcaaaagtctctcaaaggggtacaaatt
caaaagttagtctctgaaagggtcccaaaatcacaaaaatcaaaaatttc
cagaatttggaaaaaatggaccaaaatttaggaaaaagtctctcaaaggg
tcccaaaatcaccaaaattttgtctctcaaagggtcccaaaatcacaaaa
atcaaaaatttccagaatttggaaaaaatggaccaaaatttaggaaaaag
tctctcaaagggtcccaaaatcaccaaaattttgtctctcaaagggtcaa
ttttcgattttcggctcggacatacccgtcacctcgcaaacctagtaccc
ccccgggataGAGCTCTACTGTATACCGTGaactttgatttgttttgaaa
tcgaTCTGTATTGGCATTTGAAATCATTGCCAACCGTTTATAGTGTGCTT
CTAGCTCCATAATGAATTCTATTATTATCCATAATGAATTCTTTTATTAT
TTCTATTATGCATTAGATCTCGAATCACAGATGGTAGTTCACCGTTATAC
TGTTGCTTTTACTGTGGATAAAACATTACCGTCAGTTTGCTCACATTTaa
atatttcattgaaaatttgattattggaaaggttgctGATGTTaacgttt
tcaagaaaattctaCTTGATTTAAAGTGATCAAAAAATACTACATCGTTA
AATTAGCTTGTCTGTTGTCTGGATTGGTTTGCCCTTAGTTTATTGGAAAA
TCAtgtgtttttttaattctctaCCAATGTAAATAAATCCATTGGTTTTG
TTTGGTGTGGTTTGTATTCGTTGTTGAAAATCATTGCTTGGATGGACTTG
TACGattaaaaagactttaatttgtTACCAGCTGAATGATTAAACGAACC
CTTTTTATATAGACAAAATAATTGAACTGTAACTTTTCATGTAAATAAAT
CTATATTtttaaagagttaaaaaatgtttttaaaattctcCATTGTtata
tttaatattttacttgtttcaaaaaaattgtcaatcaTTCTGTAATATTT
ATCCCTTTGATTCCCATGACTCTACTAATTACTCTTCTCTCTCGGATTAG
TTGTGAGTGATATTCAGCGCAGCTAGCTCATTTTATCCTTAGATACCAAA
CTCTGAAACAGATGGACAAACGAGTAAGGGAATGAATGAAAAACGACTTA
ATCTTgtcctttcaaattttaaatatatCATGATTATATTCAAAACAGAT
CAGGGAAAAGTTCATATTCCTCAAGGTGTTTTAAACACTACTTTGAGTGc
tttatattaaaaaattgttgCAATAGAACGGCTGTGTCTCCATAATAAAT
TATGGAAATTGGTAACGTCCAGCCACACATCAGATTCGATCTGACAGCTC
ACACTGTACCATTCTTAGTATCTAGTTTTTAGTATCCACGCATTTTATCT
TAAGGAACTCATCCTTTGTATCTTTTAATcacttaagccggagcttccag
cgcag
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00039636-exon-sc0002154-1491911889:4672..5006 | TCONS_00039636-exon-sc0002154-1491911889:4672..5006 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00039636-exon-sc0002154-1510915933:4672..5006 | TCONS_00039636-exon-sc0002154-1510915933:4672..5006 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00039636-exon-sc0002154-1575043694:4672..5006 | TCONS_00039636-exon-sc0002154-1575043694:4672..5006 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00039636-exon-sc0002154-1491911889:5353..5495 | TCONS_00039636-exon-sc0002154-1491911889:5353..5495 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00039636-exon-sc0002154-1510915933:5353..5495 | TCONS_00039636-exon-sc0002154-1510915933:5353..5495 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00039636-exon-sc0002154-1575043694:5353..5495 | TCONS_00039636-exon-sc0002154-1575043694:5353..5495 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00039636-exon-sc0002154-1491911889:6138..7126 | TCONS_00039636-exon-sc0002154-1491911889:6138..7126 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00039636-exon-sc0002154-1510915933:6138..7126 | TCONS_00039636-exon-sc0002154-1510915933:6138..7126 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00039636-exon-sc0002154-1575043694:6138..7126 | TCONS_00039636-exon-sc0002154-1575043694:6138..7126 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0002154 | supercontig | sc0002154:4672..7126 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
|
