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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00039236 ID=TCONS_00039236|Name=TCONS_00039236|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3407bp
GTTTGAATGCAGCAGTAGTTTTAAAGTGAAAAAAGCGATCTTTGTTACCA
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agaccaa Run BLAST on NCBI protein sequence of TCONS_00039236-protein >TCONS_00039236-protein ID=TCONS_00039236-protein|Name=TCONS_00039236-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=566bp
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GYCVDLPIYGDNKTFCGIKNGWTPRLSNETGILILILISAIGWIATVIGV
LKTKTFMYNVYESKKVLDYLAVNTIAGCLPVSSKTAAMKIMITFYGKLIW
DAIDVTFDVILFYDFEKGDLIDSNIARNSVVMWCILAFAIFGACKIFLMI
IWFQSPIGVFENESKEHVHFILNTVFLVFTFLFEDGPELVLEYFFVEKFI
SNQPPWYQLVKDIIMALVAVYFVVDMVWNGIKMFKAGSYKYFGLFLMPIA
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IAVLFVILVTLVIFVINLNYLHLPQQFNPNKDDFDSLYFSKKNRLYYQKQ
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FLALILVDNDKFDLVENIAKLQQEKDQIKEIKEIDNEDRNHNDHDMLLGP
LGHTEFIDQIDGSIVV Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0002050:9393..20777+ Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00039236 ID=TCONS_00039236|Name=TCONS_00039236|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=11385bp|location=Sequence derived from alignment at sc0002050:9393..20777+ (Clytia hemisphaerica)
GTTTGAATGCAGCAGTAGTTTTAAAGTGAAAAAAGCGATCTTTGTTACCA
AGTATAAGGCGTAAAAAGtagttttgtcatttttcaatcaaTCGGGACAC
GACTTGGTTGATGCATAATATTACCTTTAACTCCAATTCTTCGAGGTAAG
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GATAGCAATATCGCAAGAAATTCGGTCGTAATGTGGTGCATTCTTGCATT
TGCTATATTTGGTGCCTGCAAGATCTTTCTTATGATTATTTGGTTTCAAA
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CATATCAAATTATATGACCAGTTTATATTTCAATTTAACGATTGATGTTC
TATTTTTTTCGGTCTGATTTAAAAgtatttgattttaaaaaacattttca
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ACCAATATAATATTTGTGATATGTAAGCTAATATGATTGTTAAACAGTGT
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AATATGATTGTTATAACACCCTGAACTCacaccctgagtatcagaggtta
agttttcaaagaatatattaacctctgaagaccaa Coding sequence (CDS) from alignment at sc0002050:9393..20777+ >TCONS_00039236 ID=TCONS_00039236|Name=TCONS_00039236|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=1701bp|location=Sequence derived from alignment at sc0002050:9393..20777+ (Clytia hemisphaerica)
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CCAAATGTATGGTTTGGGAAACAACAACAATATCACTGATTCAACTAACA
AAACTATTGCTACAAACAAAACTTCTCCACCAAACTTCAACAATGGAACG
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TACTTATTCTAATAAGCGCGATAGGATGGATTGCCACTGTAATTGGTgtg
ttgaaaacaaaaacattcatGTACAATGTCTATGAATCGAAAAAGGTGTT
AGATTATCTTGCAGTAAATACAATAGCCGGTTGTTTGCCAGTCTCTTCAA
AGACAGCTGCCATGAAAATAATGATAACATTTTATGGAAAGTTGATTTGG
GACGCTATTGATGTTACTTTTGACGTAATATTGTTTTACGACTTTGAAAA
AGGCGACTTAATCGATAGCAATATCGCAAGAAATTCGGTCGTAATGTGGT
GCATTCTTGCATTTGCTATATTTGGTGCCTGCAAGATCTTTCTTATGATT
ATTTGGTTTCAAAGCCCAATAGGAGTATTCGAAAATGAGAGTAAAGAACA
TGTCCATTTCATACTAAATACTGTGTTTTTGGTATTTACTTTCCTTTTTG
AAGATGGACCCGAACTCGTCCTCGAGTATTTCTTTGTTGAGAAGTTTATC
AGCAATCAGCCGCCATGGTATCAACTTGTAAAAGATATCATCATGGCGCT
GGTTGCTGTATACTTCGTTGTAGATATGGTATGGAACGGTATTAAAATGT
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ATAACAGTAGTTATGGTTTTACGGGCAgtcgcagctgtttatcaataTGT
TACTGGTAAATTGAATCGTAACTGTCTGGATATACAAGATGGCATGCTTG
TACAAACACCATTTGCGACCGGTTGTCTAAAAGAAATCGATTATGCGATT
ATTGCAGTTCTCTTTGTAATTTTAGTCACTTTGgttatttttgtaattaa
tttaaattatttGCATTTGCCACAACAATTTAATCCAAACAAAGACGATT
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AAGAAACGAAAAAACTTTGGGCGAAAGataatgaaagcttaaaaaagATG
AAAGAGATTATTGAGAATGATAGCAAACAAATAAAGGCATTTGAAGAAGA
GAATTTGAAAAGAGAAGATTTTAAAGGAGTAGAATACAATTACGATTACG
ATAAGGAAGTGTATGAACAACGTAAAAGAAAAGTTCGAATCTTAAAAGAA
TTTTTGgctttaattttggttgatAATGACAAGTTCGATCTCGTCGAAAA
TATCGCAAAGCTACaacaagaaaaagatcaaataaagGAAATAAAGGAAA
TAGATAACGAAGACCGAAACCATAACGATCATGATATGCTTCTAGGACCC
CTAGGACACACCGAATTTATCGATCAAATAGACGGAAGTATAGTCGTGTA
A
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00039236-exon-sc0002050-1491911889:9393..9537 | TCONS_00039236-exon-sc0002050-1491911889:9393..9537 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00039236-exon-sc0002050-1510915933:9393..9537 | TCONS_00039236-exon-sc0002050-1510915933:9393..9537 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00039236-exon-sc0002050-1575043694:9393..9537 | TCONS_00039236-exon-sc0002050-1575043694:9393..9537 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00039236-exon-sc0002050-1491911889:17516..20777 | TCONS_00039236-exon-sc0002050-1491911889:17516..20777 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00039236-exon-sc0002050-1510915933:17516..20777 | TCONS_00039236-exon-sc0002050-1510915933:17516..20777 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00039236-exon-sc0002050-1575043694:17516..20777 | TCONS_00039236-exon-sc0002050-1575043694:17516..20777 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0002050 | supercontig | sc0002050:9393..20777 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
|
