TCONS_00039227 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00039227
Unique Name	TCONS_00039227
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	2262

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
protein sequence
transcript from alignment at sc0002049:2561..14641+
coding sequence from alignment at sc0002049:2561..14641+

transcript sequence

>TCONS_00039227 ID=TCONS_00039227|Name=TCONS_00039227|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2262bp
gaaaattttagcattaAAGTGAAAATCATATTTATTAGACTCCTATACAA
TGCAAAAAGAAGATTTACAAAATATGAATCACGCGAAAAAATAAGATAAA
GGAACAATAATGAAAAACCTGAGTAAATACCATGGACGAAATTTTCACAT
TATACCATGGAAACTGTTGTATGGCTTTTGTTAACGCAAATGAAGAAATC
AAATTGGTGCAATGTTATTACATTTGACCTAATATTGAACTTATTGAACT
GAAATGGGACAAACTAGGTCGCAGAAATGAAATTTAACAGTGTTGTTGTT
GCCTGAATGAAGCTGAAGCTGTTTTCAAGCATGGGAAGATAAAAGTGCCT
ACAAGCATTACAGACGATGGCATCAAACAACCCACCCCCTTACAATGCCA
TATTCAGACAAGTTAAAACCCAAGAAGATTTctctgaaaacgaaagcgaa
agtgacgTCAACAATTTAACTTCAATTTACGAAGAAGAGCAAGATGGTCT
CTTTGGTGGACTTTCATTGTTTTATTTCCTCTTACACAGCTCATTTTCAG
CATTGTTTCCATTCTTATCCATCATATTACATCACCGTGGACTTTCATAT
TCACAAATTGGTACCGTCTACACGTTAATGTTTTTAACATCATGCTTATC
GTCGTGTATATGGACCGCTATTGTAAGACAGGCACAAATTAAGCATAGTG
TAATGTTAGTATCGATAGGATCTTGGCTTGTGGCTTATGTTCCGTTACTA
TGGGTTAAAAATCGTGATCCTTTAGTCAACTGTGTAATCACAAAGTCAAA
TACAAGTTTCAATACATCCGAAATATTCTTATCCGGTAATAACCGAACTC
CTAATACTCCTGGCAGCGTttacaaaacatcaaatcaagCTTTTGCAATG
CGAGAAATCATCGATCAATCTCTTGGTGTTCTTCAAGAATGGGGTAACAT
CGAATCTTCATTCTTAATCGTATTAATTGTTATTGTCGCTGCCAGATTAT
TTCAATCCACAACAGACTATTTCTATTTCGAACACAACCGGTTATTGTAT
CCAGAAACTATCCACAAAAAGCTCTCAAAACCTTCATATCATGTTTCAAC
AAAGATCTCCGCAGCTGTTATCACCATATTTGTTGGATATGTTTTAGATT
CTGTTATCTTCTGCAATCCGACCATTGGTCATTTTCAAATCGTTTTCTAC
ATGTTTATCGTTTTTACAGCTTTTGCATTATTTGTACTGTATTTCTTAGA
TTTCAATCATTTTGAAGGATCCTCGATGTCGATCAACATTTGGAGTGATA
ACCGGCAAACTGACATCCAATGTCCATTCGTCTTAAAATCATTACTCATT
ACCGGAATGATCGTTTCTGGATTCACGCGTGGTTCTTATTACACCTTTAT
CTCCATAAGGTTAGCATCCTTCAACGCATATTTTATGCAAATTGGATCTG
TTTTTGCTGTTCATAAAATCACTGAAACTTGTTTGAAAATGTTGCGTAAG
TCACTTTGTCAGCGGTTGGATGCTTATCAGATCTTTATCATTATATTTAC
AATGGATTCTATACGGTATTTATATTTCGGTTATATGGAAACTGGTCTAA
TGGTTTGGTTTCTGTTACCGTTGGAACTTCTGTCTGGTTTTTCAGCATTA
TTATATCCCAACGTATTGCGATGTTTGAAGATCGATAGCGATGGTCTCAT
AAGTGAAAAACTTTTCTTCCTTTCTTATTGGTGCATTGGGTTTAGCATTG
GACCAATCATATTTGGTTTTGGATATGAGATGTTATCAGGCAAtgtcatt
ttcaaaatggtaggaCTGCTGAATTTGACATTGGCATTTTTGTTTGGGTG
TTGTTACTGTTGCCGTGACAACGGTGAAACAAATTTGGATGAGATCAACA
ATAATGATTTTGATAGTTCCGATGAAAACCGATTTCTACTGACTcaggaa
aattctttttaatgGTAACGTTTCTCTTAGATGATTTggtatctatatat
taatatgctaaaacgtgtgtgtttacaacgttttataaaaagtttttgaa
aatctaacaaagctctacaaagcctcctcttcatggcgttgaactttttt
ctcctttcttttataaaatcaaaatcttatcatCAATCAGCAGCTATCTT
TCTTCCGTTGGGTTTTTTCAGCGgggtctccataattcgaacccCCGCAC
GGAGAACACacatttgttcgagttatgaaataAGGTTTATTAGACATTGT
tcactgaaggga

Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00039227-protein

>TCONS_00039227-protein ID=TCONS_00039227-protein|Name=TCONS_00039227-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=531bp
MASNNPPPYNAIFRQVKTQEDFSENESESDVNNLTSIYEEEQDGLFGGLS
LFYFLLHSSFSALFPFLSIILHHRGLSYSQIGTVYTLMFLTSCLSSCIWT
AIVRQAQIKHSVMLVSIGSWLVAYVPLLWVKNRDPLVNCVITKSNTSFNT
SEIFLSGNNRTPNTPGSVYKTSNQAFAMREIIDQSLGVLQEWGNIESSFL
IVLIVIVAARLFQSTTDYFYFEHNRLLYPETIHKKLSKPSYHVSTKISAA
VITIFVGYVLDSVIFCNPTIGHFQIVFYMFIVFTAFALFVLYFLDFNHFE
GSSMSINIWSDNRQTDIQCPFVLKSLLITGMIVSGFTRGSYYTFISIRLA
SFNAYFMQIGSVFAVHKITETCLKMLRKSLCQRLDAYQIFIIIFTMDSIR
YLYFGYMETGLMVWFLLPLELLSGFSALLYPNVLRCLKIDSDGLISEKLF
FLSYWCIGFSIGPIIFGFGYEMLSGNVIFKMVGLLNLTLAFLFGCCYCCR
DNGETNLDEINNNDFDSSDENRFLLTQENSF

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0002049:2561..14641+

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00039227 ID=TCONS_00039227|Name=TCONS_00039227|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=12081bp|location=Sequence derived from alignment at sc0002049:2561..14641+ (Clytia hemisphaerica)
gaaaattttagcattaAAGTGAAAATCATATTTATTAGACTCCTATACAA
TGCAAAAAGAAGATTTACAAAATATGAATCACGCGAAAAAATAAGATAAA
GGAACAATAATGAAAAACCTGAGTAAATACCATGGACGAAATTTTCACAT
TATACCATGGAAACTGTTGTATGGCTTTTGTTAACGCAAATGAAGAAATC
AAATTGGTGCAATGTTATTACATTTGACCTAATATTGAACTTATTGAACT
GAAATGGGACAAACTAGGTCGCAGAAATGAAATTTAACAGTGTTGTTGTT
GCCTGAATGAAGCTGAAGCTGTTTTCAAGCATGGGAAGATAAAAGTGGTA
TGATTGTTTTCTCCATATTTTGCGTGCAAGTTTTTCAGTAGAGGAAGAAT
TTTTTGTTCTTCTACTTTTTTTCATTCTCACTTCTTGACCTTCTtataac
atatttttgattatgGTTTAAAGTGTTTTTATGGTAACTTTTCAAAATAG
TCACTTCAGGGAAGGGGAAACTATGTTTTGACTGAATCAACAGTTTTGCT
TGGTtgaaccccggggggggggtactagggttggcgaatgaggggtatgt
gcggacggaaACTccaaaatcgacccttagagagactgatttttgctgaa
aaggtgacccttagagagactttttgattttttttttcgatttttcaaaa
aagtcatacccttagagagactttattacaattttttctctggaaatcaa
aaaatttcctaaaaatactgaattttccgacccttagagagactaattta
aaactttctgattttccgacccttggagagactttgaaaggtgaaaaacc
gatccttaccgtccgcacatacagtactcatcatccatttttgcctaagt
accccccccccccgggggttgaANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGTTGCACACCATTTTGACTGAAATTGA
AGCCGTGTTGAACTGTAGACCGTTGACGTATGTTGGTGCCGATGATGAGA
TCGAATGCCTGACACCATCACATTTGATTTGTGGGAAAAGAATCATCAGC
CTCCCAACCGGACAAGTCGTGAAAACGTTGGAAGAAAGCTATCAACacgt
caaaaaatgttttgaagatGCGCGGGAAAGATGGTACCGAGAATACCTCA
CAGAGTTGAGAGTACATCACAAGAAAGTCAAGAAATTCGAAACCCCAAAA
GTTGGGTCTTTAGTTTTGGTTAaggatgaaaacaaaaagagacAACTATG
GAATGTGGGtaagattgaaaatttaatttttggaaGGAAAAATGTTGTTC
GAGGAGCCTTGATTAGTTTCGGCATTGAAGGCAAACATAAGGTCAAACGT
CCCCTTGAACTGCTGTACCCCCTAGAGGTCCATGGGTGggattcttttca
tttttcaggacaAGAAACATCAACAGGATTACCAAATGAAATGCAACAAT
CTAAGAATCATGTCAGTGTAGAGAAGGAATCCCAGCCAATTATACCGGCT
GTTgttcaaaatttagttttttctccTAAACATCACACATCTATCTCTTC
TAAACCATCAATTGTTGCCTCTTTTGAACCTTCAATTGTTGCCACTTCTG
GTCcatcagttcctgtcgtctctggtctatcagttcctgtcgtctctggt
ccgtcagttcctgcCGTCTCTGGTctatcagttcctgtcgtctctggtct
atcagttcctgtcgtctctggtccgtcagttcctgtcgtctctggtccgt
cagttcctgccgtctctggtccgtcagttcctgcCGTCTCTGGTTCGTCA
GTTCCTGCCGTCTCTGGTTCGTCAGTTCCTGCCGTCTCTGGTCTATCAGT
TCCTGTTCCTAtcgtctctggtccgtcagttcctgtcgtctctggtccgt
cagttcctgcCGTCTCTGGTTCGTCAGTTCCTGCCGTCTCTGGTctatca
gttcctgtcgtctctagtctatcagttcctgtcgtctctggtccgtcagt
tcctgtcgtctctggtccgtcagttcctgtcgtctctggtccgtcagttc
ctgcCGTCTCTGGTCTATCAGTTCCCGTCGTCTCCggtccgtcagttcct
gtcgtctctgatCCGCTCATTCCTGTCGCTTCTGGTTTATCAGATTGTTA
TCAATATAATCAAGATGAATTGATTGCACTTCCACGCACTCTAAAAAGAG
ATTTACGAACAATTTCTACTGGTCCATCGACATGTAAACCAGTACATACA
ACAAGAAAAACGTCCAATGAACAACAGTTGTCAAACagtaaaacaaaatt
gaatccATTAGCAAAGACTTATAACTTGAGATCGTTGCGATCCAAAACTT
CTTCTTCGGGAGTGTAAAGATTCTTACATCTGTTACATAATCTGCGTGCT
TTTCGCGCGCTTACAGTTTCACGATAATCGGAATGAGCCGTCGTACGGAT
GAGGCGGAATAGATTATATCGACTTTGTTTTCTATTGTTATTTTATATTT
TACGGGGAGATCGAGATTGGCTCGATCATTCTCTCACTGAACACTTTAGA
TATCAGATGTCTTAGATTTTATATCATGTAAAGAATCATAAACTACTATA
TCAATCGCTTCACTTTAATCCAACCCAACAACTTGTACACAGTGTTCACT
GATTTAAACTACTATCATGCTTTTGGTATCACATATTATatcaaagttta
aatttttcaccttTAGCCTACAAGCATTACAGACGATGGCATCAAACAAC
CCACCCCCTTACAATGCCATATTCAGACAAGTTAAAACCCAAGAAGATTT
ctctgaaaacgaaagcgaaagtgacgTCAACAATTTAACTTCAATTTACG
AAGAAGAGCAAGATGGTCTCTTTGGTGGACTTTCATTGTTTTATTTCCTC
TTACACAGCTCATTTTCAGCATTGTTTCCATTCTTATCCATCATATTACA
TCACCGTGGACTTTCATATTCACAAATTGGTACCGTCTACACGTTAATGT
TTTTAACATCATGCTTATCGTCGTGTATATGGACCGCTATTGTAAGACAG
GCACAAATTAAGCATAGTGTAATGTTAGTATCGATAGGATCTTGGCTTGT
GGCTTATGTTCCGTTACTATGGGTTAAAAATCGTGATCCTTTAGTCAACT
GTGTAATCACAAAGTCAAATACAAGTTTCAATACATCCGAAATATTCTTA
TCCGGTAATAACCGAACTCCTAATACTCCTGGCAGCGTttacaaaacatc
aaatcaagCTTTTGCAATGCGAGAAATCATCGATCAATCTCTTGGTGTTC
TTCAAGAATGGGGTAACATCGAATCTTCATTCTTAATCGTATTAATTGTT
ATTGTCGCTGCCAGATTATTTCAATCCACAACAGACTATTTCTATTTCGA
ACACAACCGGTTATTGTATCCAGAAACTATCCACAAAAAGCTCTCAAAAC
CTTCATATCATGTTTCAACAAAGATCTCCGCAGCTGTTATCACCATATTT
GTTGGATATGTTTTAGATTCTGTTATCTTCTGCAATCCGACCATTGGTCA
TTTTCAAATCGTTTTCTACATGTTTATCGTTTTTACAGCTTTTGCATTAT
TTGTACTGTATTTCTTAGATTTCAATCATTTTGAAGGATCCTCGATGTCG
ATCAACATTTGGAGTGATAACCGGCAAACTGACATCCAATGTCCATTCGT
CTTAAAATCATTACTCATTACCGGAATGATCGTTTCTGGATTCACGCGTG
GTTCTTATTACACCTTTATCTCCATAAGGTTAGCATCCTTCAACGCATAT
TTTATGCAAATTGGATCTGTTTTTGCTGTTCATAAAATCACTGAAACTTG
TTTGAAAATGTTGCGTAAGTCACTTTGTCAGCGGTTGGATGCTTATCAGA
TCTTTATCATTATATTTACAATGGATTCTATACGGTATTTATATTTCGGT
TATATGGAAACTGGTCTAATGGTTTGGTTTCTGTTACCGTTGGAACTTCT
GTCTGGTTTTTCAGCATTATTATATCCCAACGTATTGCGATGTTTGAAGA
TCGATAGCGATGGTCTCATAAGTGAAAAACTTTTCTTCCTTTCTTATTGG
TGCATTGGGTTTAGCATTGGACCAATCATATTTGGTTTTGGATATGAGAT
GTTATCAGGCAAtgtcattttcaaaatggtaggaCTGCTGAATTTGACAT
TGGCATTTTTGTTTGGGTGTTGTTACTGTTGCCGTGACAACGGTGAAACA
AATTTGGATGAGATCAACAATAATGATTTTGATAGTTCCGATGAAAACCG
ATTTCTACTGACTcaggaaaattctttttaatgGTAACGTTTCTCTTAGA
TGATTTggtatctatatattaatatgctaaaacgtgtgtgtttacaacgt
tttataaaaagtttttgaaaatctaacaaagctctacaaagcctcctctt
catggcgttgaacttttttctcctttcttttataaaatcaaaatcttatc
atCAATCAGCAGCTATCTTTCTTCCGTTGGGTTTTTTCAGCGgggtctcc
ataattcgaacccCCGCACGGAGAACACacatttgttcgagttatgaaat
aAGGTTTATTAGACATTGTtcactgaaggga

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0002049:2561..14641+

>TCONS_00039227 ID=TCONS_00039227|Name=TCONS_00039227|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=1596bp|location=Sequence derived from alignment at sc0002049:2561..14641+ (Clytia hemisphaerica)
ATGGCATCAAACAACCCACCCCCTTACAATGCCATATTCAGACAAGTTAA
AACCCAAGAAGATTTctctgaaaacgaaagcgaaagtgacgTCAACAATT
TAACTTCAATTTACGAAGAAGAGCAAGATGGTCTCTTTGGTGGACTTTCA
TTGTTTTATTTCCTCTTACACAGCTCATTTTCAGCATTGTTTCCATTCTT
ATCCATCATATTACATCACCGTGGACTTTCATATTCACAAATTGGTACCG
TCTACACGTTAATGTTTTTAACATCATGCTTATCGTCGTGTATATGGACC
GCTATTGTAAGACAGGCACAAATTAAGCATAGTGTAATGTTAGTATCGAT
AGGATCTTGGCTTGTGGCTTATGTTCCGTTACTATGGGTTAAAAATCGTG
ATCCTTTAGTCAACTGTGTAATCACAAAGTCAAATACAAGTTTCAATACA
TCCGAAATATTCTTATCCGGTAATAACCGAACTCCTAATACTCCTGGCAG
CGTttacaaaacatcaaatcaagCTTTTGCAATGCGAGAAATCATCGATC
AATCTCTTGGTGTTCTTCAAGAATGGGGTAACATCGAATCTTCATTCTTA
ATCGTATTAATTGTTATTGTCGCTGCCAGATTATTTCAATCCACAACAGA
CTATTTCTATTTCGAACACAACCGGTTATTGTATCCAGAAACTATCCACA
AAAAGCTCTCAAAACCTTCATATCATGTTTCAACAAAGATCTCCGCAGCT
GTTATCACCATATTTGTTGGATATGTTTTAGATTCTGTTATCTTCTGCAA
TCCGACCATTGGTCATTTTCAAATCGTTTTCTACATGTTTATCGTTTTTA
CAGCTTTTGCATTATTTGTACTGTATTTCTTAGATTTCAATCATTTTGAA
GGATCCTCGATGTCGATCAACATTTGGAGTGATAACCGGCAAACTGACAT
CCAATGTCCATTCGTCTTAAAATCATTACTCATTACCGGAATGATCGTTT
CTGGATTCACGCGTGGTTCTTATTACACCTTTATCTCCATAAGGTTAGCA
TCCTTCAACGCATATTTTATGCAAATTGGATCTGTTTTTGCTGTTCATAA
AATCACTGAAACTTGTTTGAAAATGTTGCGTAAGTCACTTTGTCAGCGGT
TGGATGCTTATCAGATCTTTATCATTATATTTACAATGGATTCTATACGG
TATTTATATTTCGGTTATATGGAAACTGGTCTAATGGTTTGGTTTCTGTT
ACCGTTGGAACTTCTGTCTGGTTTTTCAGCATTATTATATCCCAACGTAT
TGCGATGTTTGAAGATCGATAGCGATGGTCTCATAAGTGAAAAACTTTTC
TTCCTTTCTTATTGGTGCATTGGGTTTAGCATTGGACCAATCATATTTGG
TTTTGGATATGAGATGTTATCAGGCAAtgtcattttcaaaatggtaggaC
TGCTGAATTTGACATTGGCATTTTTGTTTGGGTGTTGTTACTGTTGCCGT
GACAACGGTGAAACAAATTTGGATGAGATCAACAATAATGATTTTGATAG
TTCCGATGAAAACCGATTTCTACTGACTcaggaaaattctttttaa

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_023637	XLOC_023637	Clytia hemisphaerica	gene

The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
TCONS_00039227-protein	TCONS_00039227-protein	Clytia hemisphaerica	polypeptide

The following exon feature(s) are a part of this transcript:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
TCONS_00039227-exon-sc0002049-1491911889:2561..2907	TCONS_00039227-exon-sc0002049-1491911889:2561..2907	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00039227-exon-sc0002049-1510915933:2561..2907	TCONS_00039227-exon-sc0002049-1510915933:2561..2907	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00039227-exon-sc0002049-1575043694:2561..2907	TCONS_00039227-exon-sc0002049-1575043694:2561..2907	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00039227-exon-sc0002049-1491911889:12727..14641	TCONS_00039227-exon-sc0002049-1491911889:12727..14641	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00039227-exon-sc0002049-1510915933:12727..14641	TCONS_00039227-exon-sc0002049-1510915933:12727..14641	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00039227-exon-sc0002049-1575043694:12727..14641	TCONS_00039227-exon-sc0002049-1575043694:12727..14641	Clytia hemisphaerica	exon

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0002049	supercontig	sc0002049:2561..14641 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.25133	0.140689	0.133812	0.0413914	0.780448	0.663955	3.88281	4.72422	3.36487	2.2663	3.34233	2.07339	0.384027	0.550888	0.431128	0.703754	0.42683	0.662384	0.934445	1.19582	0.746762	0.673691	0.262571	0.25586	0.354788	0.234328	0.144637	0.077465	0.311407	0.26017

Annotated Terms

The following terms have been associated with this transcript:

Vocabulary: **INTERPRO**
Term	Definition
IPR024989	MFS_assoc_dom
IPR020846	MFS_dom

Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00039227 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00039227 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

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TCONS_00039227 (transcript) - C. hemisphaerica