TCONS_00039138 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00039138
Unique Name	TCONS_00039138
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	4099

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
protein sequence
transcript from alignment at sc0002021:14160..32901+
coding sequence from alignment at sc0002021:14160..32901+

transcript sequence

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Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00039138-protein

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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0002021:14160..32901+

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR

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>TCONS_00039138 ID=TCONS_00039138|Name=TCONS_00039138|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=18742bp|location=Sequence derived from alignment at sc0002021:14160..32901+ (Clytia hemisphaerica)
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AAAATTGGTATGTTGGAATATTTTATTGTGTGAACACTCTACTAGATGAT
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TTCACCTTGTGGAGGACGAAATTTTCAACGGGGCTCTTTATGCTATCAaa
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AAATGGTGGTCTAAGGTACTATATTTTGCCCAAAAAGAGATTTTCTTATC
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TAATGCTTATACTTGAAAAATAGTCCTTTCAAACCTAGACTTCATCAGTT
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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0002021:14160..32901+

>TCONS_00039138 ID=TCONS_00039138|Name=TCONS_00039138|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=6384bp|location=Sequence derived from alignment at sc0002021:14160..32901+ (Clytia hemisphaerica)
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CGTCTTTCATATGACTAATTTAAAACACTTACGATTTGCCATCGAGGAGT
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TCATATTTCAATCACCCAAAGACGTATTTGTTGATGTCAGAGATGCCGCA
TGTGCCCGCCTTACAATGTTTAACGGTCGCCGTGGTGGTGAGCCCGCACG
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CGTCACTAATTGGAGCATTCAACCTGTCAGAAACTGACCGCAATCTTGCG
TATGACCATTTTGGTCATAGCGAAGAAATGAATAAGTTTGTCTATCAAAT
TCCTCAGGCGGAGCAGCAGCTTCAAAGAACAGGAGAGTTTTTAACGATGA
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ATTTGAAAAATCATTTATTGGTTATGTAAATCGCACTGAAAAAAAATCTA
CTCCAAGTGAACAAGCAATGAAAGATTTCATGAAGACCAACGGGGTGGAT
GAATCTTTGtatggaaaaatcaaaatcaagatcAACAACGAGCGGACCAA
AATCGCAAAACGCGTAGAGGAGCGAAAGGCTGGAATGGAGTGCTAGATGA
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TGCTAAAGTTCAGACAATCTTATGGGGAGAAAAAAGACCTTTCCGTCGTC
TTTCATATGACTAATTTAAAACACTTACGATTTGCCATCGAGGAGTTAAC
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TCATCAAACAGTCTGCTAAAGTTTTAGAGGCGCACTTTCTCATCGAGGGA
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gaaataaaacaacGAGAAAACCAGCAAATCTTCCAGATGAAGACCTTGTT
CAGGAATTGAAGGCGTACATATTGAAAGTCACGCTCAAGTCCAACTTCAT
ATTTCAATCACCCAAAGACGTATTTGTTGATGTCAGAGATGCCGCATGTG
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TACGTCTACCAATGGACTGAAGCCCTAAAAGGTGATTGGATACGTCCAAA
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ACCAAGAAGGGAAAGGATTAAAACAAGTTTGCGTTTTTTTCCCGCCAGAT
TGTGTGGATTCAATGATCTTTTTATGTGACCCCGATGTCAGAAGAGAAGT
AGATATCCCAAAAACGAACACCTTTGTTTTTCCATCAACACAACAAAGTA
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Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_023568	XLOC_023568	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
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Position

The following features are aligned


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Expression

Values :

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Annotated Terms

The following terms have been associated with this transcript:

Vocabulary: **INTERPRO**
Term	Definition
IPR013762	Integrase-like_cat

Vocabulary: **Molecular Function**
Term	Definition
GO:0003677	DNA binding

Vocabulary: **Biological Process**
Term	Definition
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GO Annotation

GO Assignments

This transcript is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
biological_process	GO:0015074	DNA integration
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molecular_function	GO:0003677	DNA binding

Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00039138 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00039138 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

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TCONS_00039138 (transcript) - C. hemisphaerica