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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00038916 ID=TCONS_00038916|Name=TCONS_00038916|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1973bp
CAAGACATGCATGCATAGACTCGCGACTAGCTCAGCGATGACAGTCTACG
TTTAGGTACATATTTGTAAAATAGGGTTAAATATTGTGTATAAGTATATC
TTTTGTGACATAGTTTATCCTTTTTATTAATAATGTTAGTATATGTCATG
CGATTTCTAATTTTTAAAATGCAAACGTCTGTTTGAATagcccttttttt
aaatgacgtcaCGGACATcatttgcctcgttttgaaattattgccatggt
gattaactcccagcggattttattaaaaccacttcctattcataaaagaa
tcaTTTCATGTCTCGAGGACAAAATCACCATGGTacttgtttgaatacga
ggcaagtgatttTCGTggcataatttatgaaaagttctATTAGAATGGTT
TTTTTCTCGGAGTTTCATTATGTTTTGTGGAtggttttaacattttttgt
gTATCAAAATTTTGGATAGCCGTAATATCCCTCTTTATCGTAGAGATTTT
GGCTAAAATTCAATGATCGATATTGAGTCACTTGAACTATGACTTTAGTC
GGCCTTAGTCATATTAATTTGTTCTTGTGATTATGGATATTACGACTATC
AATTACAGTCGATGTACTTATAATTTATTGTTAATTTCGAGGGAATTTTC
ATAATAGCTGAAGGCTACTTTTGGTCAGCACCTCTTAAACCGAGTTTAAT
TAAATTAGGATTTGTTAGCCAAGTATACTTGAAAACTGACGGGTAAACGC
TTGGACGTGACGAAAAACAAGACACGTGTGAGGTGGGGGTTGGCCGTACT
TTTCCTTCACAGCAAGTCACTAAGCAAGTTTTTAACTTCACTTGCCCTCG
GTTGGTTAAATATTTACGGTCAACCTTCATGGAGCAGGTTGAAATTCAGC
TGGGCTCCGTGTTCGTTGATGGCTGTCTTTACGGTTCCCGACGGAATACC
TTCCGCCAGATCCTAATGCTGTTCATTATTCTTTGGAGTAATGACGTAAT
GCTTCGGTGTCAAAAAACACATTTCAATACAGGTTAACTGTATTTACCAT
ATCAAAAAGCAATGTTATTTCATAGTCTGACTCCAAATCAAAACTGCACT
TAAACCATTTCACGCCATTCGATTTGCTTAGTATATTAATGAAGTTCGAG
TGCCATCGAAAAAGCTAAATTCGTCCGTGCTTGAATGAATGATTTTGTCT
ATTGAATCATATCACGATTggtcttatttattttttattaatttataaAT
CATCTAAGGCGAGGTTAAATTGATTAGTTCTTTTCCAGGTAACGCTACAA
AATAGAACATAAGAAGATAACTTCGTGCCTGAATAATGGTTCTGCTTCTG
TCTGGTTTTACATCGCGATTTTTAATATCCCAACCTATTAACATAGTTTA
TGCAAACTTTGTGAAATTCAAGATTACAAGCCTATTTTTTAGCCCTGTGA
AACCTAGTACATATGTGTTAACCGATTTTTAAGTGCCAAAAACGACGTTT
CACAACCTTGTGATCTGCTTATTTGTTCATATGTGAAATGCAAGTTCACC
AGCCTATTTTTCAGCCTTGCGAAAACCAATTTTTTAGATTGAAAGGACTT
AATTCATAAgcttatttcttcattttttatcatttttcttcattgtacat
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GATTAACAAACTCCCAAATTAGACGATAGGAGAGATACGGAAACGAGTTT
TTCCGAATTTGGTATCAATTAGTGAATTTGTGCTAGTTTGTATTGTTATT
CTCAACATCCCAATCTATGGTAACCACAATTAACTCAACCTTGTGAAATG
GAATTTAACAAGCttacttttgaaacttgtgaaaacaatttttacattGC
AAATACTAAATTCACAAATTTGCCTTAGCAAAGAATAAAACATACCCAGG
ATTTGCAAAATCCCAAATCAgac Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0001963:1019..2991 Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00038916 ID=TCONS_00038916|Name=TCONS_00038916|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1973bp|location=Sequence derived from alignment at sc0001963:1019..2991 (Clytia hemisphaerica)
gtcTGATTTGGGATTTTGCAAATCCTGGGTATGTTTTATTCTTTGCTAAG
GCAAATTTGTGAATTTAGTATTTGCaatgtaaaaattgttttcacaagtt
tcaaaagtaaGCTTGTTAAATTCCATTTCACAAGGTTGAGTTAATTGTGG
TTACCATAGATTGGGATGTTGAGAATAACAATACAAACTAGCACAAATTC
ACTAATTGATACCAAATTCGGAAAAACTCGTTTCCGTATCTCTCCTATCG
TCTAATTTGGGAGTTTGTTAATCCCAAATGTTTTACGAACTTATAATGAC
TTTTacaatgaaaaaatatacatatgtacaatgaagaaaaatgataaaaa
atgaagaaataagcTTATGAATTAAGTCCTTTCAATCTAAAAAATTGGTT
TTCGCAAGGCTGAAAAATAGGCTGGTGAACTTGCATTTCACATATGAACA
AATAAGCAGATCACAAGGTTGTGAAACGTCGTTTTTGGCACTTAAAAATC
GGTTAACACATATGTACTAGGTTTCACAGGGCTAAAAAATAGGCTTGTAA
TCTTGAATTTCACAAAGTTTGCATAAACTATGTTAATAGGTTGGGATATT
AAAAATCGCGATGTAAAACCAGACAGAAGCAGAACCATTATTCAGGCACG
AAGTTATCTTCTTATGTTCTATTTTGTAGCGTTACCTGGAAAAGAACTAA
TCAATTTAACCTCGCCTTAGATGATttataaattaataaaaaataaataa
gaccAATCGTGATATGATTCAATAGACAAAATCATTCATTCAAGCACGGA
CGAATTTAGCTTTTTCGATGGCACTCGAACTTCATTAATATACTAAGCAA
ATCGAATGGCGTGAAATGGTTTAAGTGCAGTTTTGATTTGGAGTCAGACT
ATGAAATAACATTGCTTTTTGATATGGTAAATACAGTTAACCTGTATTGA
AATGTGTTTTTTGACACCGAAGCATTACGTCATTACTCCAAAGAATAATG
AACAGCATTAGGATCTGGCGGAAGGTATTCCGTCGGGAACCGTAAAGACA
GCCATCAACGAACACGGAGCCCAGCTGAATTTCAACCTGCTCCATGAAGG
TTGACCGTAAATATTTAACCAACCGAGGGCAAGTGAAGTTAAAAACTTGC
TTAGTGACTTGCTGTGAAGGAAAAGTACGGCCAACCCCCACCTCACACGT
GTCTTGTTTTTCGTCACGTCCAAGCGTTTACCCGTCAGTTTTCAAGTATA
CTTGGCTAACAAATCCTAATTTAATTAAACTCGGTTTAAGAGGTGCTGAC
CAAAAGTAGCCTTCAGCTATTATGAAAATTCCCTCGAAATTAACAATAAA
TTATAAGTACATCGACTGTAATTGATAGTCGTAATATCCATAATCACAAG
AACAAATTAATATGACTAAGGCCGACTAAAGTCATAGTTCAAGTGACTCA
ATATCGATCATTGAATTTTAGCCAAAATCTCTACGATAAAGAGGGATATT
ACGGCTATCCAAAATTTTGATAcacaaaaaatgttaaaaccaTCCACAAA
ACATAATGAAACTCCGAGAAAAAAACCATTCTAATagaacttttcataaa
ttatgccACGAaaatcacttgcctcgtattcaaacaagtACCATGGTGAT
TTTGTCCTCGAGACATGAAAtgattcttttatgaataggaagtggtttta
ataaaatccgctgggagttaatcaccatggcaataatttcaaaacgaggc
aaatgATGTCCGtgacgtcatttaaaaaaagggctATTCAAACAGACGTT
TGCATTTTAAAAATTAGAAATCGCATGACATATACTAACATTATTAATAA
AAAGGATAAACTATGTCACAAAAGATATACTTATACACAATATTTAACCC
TATTTTACAAATATGTACCTAAACGTAGACTGTCATCGCTGAGCTAGTCG
CGAGTCTATGCATGCATGTCTTG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00038916-exon-sc0001963-1491911889:1019..2991 | TCONS_00038916-exon-sc0001963-1491911889:1019..2991 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00038916-exon-sc0001963-1510915933:1019..2991 | TCONS_00038916-exon-sc0001963-1510915933:1019..2991 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00038916-exon-sc0001963-1575043694:1019..2991 | TCONS_00038916-exon-sc0001963-1575043694:1019..2991 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0001963 | supercontig | sc0001963:1019..2991 . |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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