TCONS_00038548 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00038548
Unique Name	TCONS_00038548
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	237

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0001878:17757..26220-

transcript sequence

>TCONS_00038548 ID=TCONS_00038548|Name=TCONS_00038548|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=237bp
GCTCAATCAGCTCAAAAGATTTCCCTTCCAAAGTAACTCGTTTGGTTTGT
GATTCTTTGAAACTTCCATTGAACATTTTATCGAAGTAAGGTGAAGCCAG
GGATAATATCATGGAATGAACGTGAAGCTCTTTTTCTTCAACAACCAAAA
CTGCATCGCTGCTTTGCCATGCTTCCAAAAATGGTCCACCTTGTTTTGCA
GATGCTTCTGTCATATCTTTCTCTTTCTGTatcttta

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0001878:17757..26220-

Legend: exon

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00038548 ID=TCONS_00038548|Name=TCONS_00038548|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=8464bp|location=Sequence derived from alignment at sc0001878:17757..26220- (Clytia hemisphaerica)
GCTCAATCAGCTCAAAAGATTTCCCTTCCAAAGTAACTCGTTTGGTTTGT
GATTCTTTGAAACTTCCATTGAACATTTTTTCGAAGTAAGGTGAAGCCAG
GGATAATATCATGGAATGAACGTGAAGTTCTTTTTCTTCAACAACCAAAA
CTGCATCACTGTTTTGCCATGCTTTCGGAAATGGCCCTTTATAAGCCGCC
TCTTCTTCCTTTTTACTACTCCTGTTTCTTAAAAAACAAATACACGTTAT
TTTTTTATAAGAAGATCCAAAACTTTTAGAACATCCAAAACTTTTAGAAC
ATCCAAAACTTGTAGAACCCTCAGATGTTTTTAACTTAAGTATTAAGCCT
AAAAGTGTTCTTAACATGTTATTAATTTCACCATTTTGTAAGTATTTGTT
ACCATTGTGGAATCCGCCAAGCCTTAGAATGTACCTTCACAATTTCACAT
CATCAAATATGCTGAATTTTTCTAAGTGAATGTTTTTACTCCAAGATGAT
CCTAATTACCCATCATGTCCCGTTCACGTACTCACTCTGAAAGTCATGGC
TTTTCTCAAGCTGGCGTGTCGTTTTAATGATTTTCATTCAGATTTTCGAC
AAACATGATATGAGTTTTGTGAGCATTGATTAGTCAAAACTAACAATCGC
CCCAAAATTAAAAGCCGATCATAAACAATCGCGTTCGCTTGTGTATTAGG
CAAAGACAATGTGATTTAGAATGTTTCTGCGCTAATAAACAACCAAGTCA
GATCTTCACATTTATGTGTTAGTGTGTGAAGAATTGATGTTCTATTTTAA
GATTTCATACTTTCAGTGCCGTAGCAACTGGGGGGGGGGGNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNACTAGAGCTCAAATTTTCAAAATTTCCCCCCTCGGGCCAAACCATG
GTTGGCCCTCGCGGTGTCACTAAACTTCAGCCCCCCCCCAATATGAAGAT
GCTTCCTACGGCACTGTACTTTTACACATTGATACGTAGAAAATAGATAA
AAAAGACTCCTAGCAATGTTTTTTTTATATAAATTACTTTTTTAAGGAGA
TATTTTATTTTAAGAAAATTATGTTGATCCACACAAATGATCGATGTAGT
GACAATAAACTTTGTTACCGTTGAATCAATCCTTAGGTAAAGTACACGTT
TCTTTTTTATAAGAACGTCAAAAAATTTCGAAGCCTTCGGATGTTCTTAG
TTTTTTGGATTTTAAGCCTAAAAATGTTCTTAAAATGTTCTTATTTTCAG
CATTTTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNCGAGATTTTATCATTAGTTTTTTCTGATTTTT
TGCTCAAAGATGCGTGTTAACAATGCCCTAAACATGGCCGAGTCCGATTT
TTCAGAAAATTTTTTTTCCGGTAGAAAATGCCTGAAATATGCCGGAAATC
GCCGTTTTTCTAGATTTTCATTGGACTTTTCCCTATAATTGGTTGTTTTT
TCATTCAAAAACATTATTAATAGCAATGCCCACCATCGAGCATGTTTCAA
TTTTCAATAAAATTGATTTTTGAAGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTCTTTATTT
TTGCAGATTTTCATTGGATTTTTTCCTTATATTTCTATATTTTTCACTAC
ACAAAAACATTATTGATAACAATGCTCACTATCAAGCATGATTCAATTAT
TTTTTTTCATTCACATTGCTATCTAACTTTCATCATCAGGTAGGTCCATT
CAGCATATAGCTTGTTCTTATTTGGCACGCCCTCAAAGAGAGCAATTAAT
CGTTAATCACACTCTTCAATGCGGTGCCAATGTTTACAAAATTGATTTTA
ATGTTTTTTTCTTACATTTTCTTTGTATCGAACGTTTTAATTGCATCCGA
AATTTATTTTGTGAGAAAGAAAATCAATAAACAACATTAAAAGAAAGACA
CAGAGAGAAGAGAAGAATATAAAATTCTCAGTGTAATTTCTGTAATCTAT
ATACTAAAAGTCTAATTCTCTATGAGCCGTGGGGTGGCCATTATGGATTT
TTTTCCAATTTATATTTTAGATCAAGCTCCGAGCGGGAAAACAGTAAAGT
GCTCTTTTTTCGAGGCGGAGTACGTTTCTTTTGAGACACGTCACCGGAAA
ATAGCCTACGGTTCCTTGCCGATCGGGAAACGTCGCGCAGTTCGGAAGCG
TATCTCCGTTTTCGAAATACTACTTTACTGGTAATTTTCGTAAAAGTAAA
TAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGCTTACAATAT
ACAATTTTTACCTTCCCCCACCATCCAAAGGGCTTTTGATGTGTTCAACA
ACACTCTACTCGGCGGGTGCGACGCCGGGTGACGGCTAGTTTACTTTCCT
AACTGAGAAAAAGTAGTGAAAGCCATTGTGCGATTAGCTCGTAATCACAT
AATAACTCGTCCAATTCGAAAATTGCACTCGTGATTTTTTTGTTTCGAAT
TTTATCGAAAATTAATAACAAAAAAATCACTCGTGCAATTATATTCGAAT
TGCACTCGTTATCATGTGATTACATATACTTATTCTAAGCCCAGTTAATA
TGACGAGTTTTGGGGATTTTACTTTATGCAAAAATTTGTGCGCTTTCTTT
GGGACACATCGTAGTGATAAACCAGGTTTTCTACAGAACTTTAAATACAA
GCTAAGTTTTTTATCTTTGTTTAAATATAAACCTCTAATAACTACAGAGT
ACATGCTAAGACTGCAACTTGTTACTTGAGAAAGTGTCTGAATCACCCGG
GGGCTGAATCACCAAGACAAGGCGTAATTATTTTCCAGAAAGATGATCAG
TATCAAAATCAAAATCCAGAAAAGATTTCGCATACCGATTTCACAGCCAA
AATTAGGATAAATGATCTTCAACATTTGTCTGATCAAATCGAAGGACTTT
CCCTCCAAAGTCACTCGTTTGGTTTGCGATTCCTTGAAACTTCCATTGAA
CATTTTATCGAAGTAAGGTGAAGCCAGGGATAATATCATGGAATGAACGT
GAAGCTCTTTTTCTTCAACAACCAAAACTGCATCGCTGCTTTGCCATGCT
TCCAAAAATGGTCCACCTTGTTTTGCAGATGCTTCTGTCATATCTTTCTC
TTTCTGTATCTTTA

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_023126	XLOC_023126	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
TCONS_00038548-exon-sc0001878-1575043694:26147..26220	TCONS_00038548-exon-sc0001878-1575043694:26147..26220	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00038548-exon-sc0001878-1575043694:17757..17919	TCONS_00038548-exon-sc0001878-1575043694:17757..17919	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00038548-exon-sc0001878-1510915933:26147..26220	TCONS_00038548-exon-sc0001878-1510915933:26147..26220	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00038548-exon-sc0001878-1510915933:17757..17919	TCONS_00038548-exon-sc0001878-1510915933:17757..17919	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00038548-exon-sc0001878-1491911889:26147..26220	TCONS_00038548-exon-sc0001878-1491911889:26147..26220	Clytia hemisphaerica	exon
TCONS_00038548-exon-sc0001878-1491911889:17757..17919	TCONS_00038548-exon-sc0001878-1491911889:17757..17919	Clytia hemisphaerica	exon

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0001878	supercontig	sc0001878:17757..26220 -

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0	0	0	2.09128	0	0	0	0	4.13229	3.38331	6.54642	0	14.6653	12.978	20.6496	12.3149	2.36838	5.75991	13.7747	10.8632	0	0	0	0	0	0.987513	15.2724	15.4704	0.0858514	0.433385

Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00038548 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00038548 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

You are here

TCONS_00038548 (transcript) - C. hemisphaerica