TCONS_00038303 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00038303
Unique NameTCONS_00038303
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length526

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00038303 ID=TCONS_00038303|Name=TCONS_00038303|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=526bp
AAGCTAAAATTCACTTGGCGATTTGATACGAAACCAGCTGGCAACACCAT
TGTTTCAACGTCGATCCTGCGTAAAGAGTCAATCCTCAAagTGTCAGTGA
ATCTTACTGGAttactttaaaaatttattgcaaattttttgaagcctggA
GACAACTGAAGCACTAAAATCATCAATGAAGGAAGATGTAAAAACTTTTA
TGGGGATGATTTCNTTACTGGATTACTTTAAacaatttattgcaaatttt
ttgaagcctggAGACAACTCAATCACTAAAATCATTAATGAAGGAAGATG
TAAAAGCTTTTATGGCGATGATGTCATACTCCAAGTACATCAGATTATCA
TAAAATTAACGTTGCTGTGACACCATAATGTGAATCAGCAGATTAAAGAC
TCAAATCGAGTTTCAGTTGTCAAGTCATGAAGTAATACATCACCTACTAC
TTATTTATTAATCTATTACGATGACGATTGCATAGAGTATGTTTGATCCA
CGCAAGGACTCATGTTGGTTTGGCCT
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0001822:12704..22586-

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00038303 ID=TCONS_00038303|Name=TCONS_00038303|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=9883bp|location=Sequence derived from alignment at sc0001822:12704..22586- (Clytia hemisphaerica)
AAGCTAAAATTCACTTGGCGATTTGATACGAAACCAGCTGGCAACACCAT
TGTTTCAACGTCGATCCTGCGTAAAGAGTCAATCCTCAAAGTACAAATTT
TCATTTTATATGGAATGTGTGGTAAAACATTTGTAGATCTTCGGCCCAAC
AAATTATTCTGTTCTTGCCTCGACGCTTTTCTCCTACAAAACCTTAGAAT
TGCAACGTACACTTGCAGAGACTTGAAAAGCGTATTTATAGCTTTAGAGT
TCCAATTAATTACTACACATCTCATTATACACCCCTGTCTCACAGCCCCG
GTGGAACTTTTTTCCTCAGTTGGGATAAAAACTCCCATTAAAATCCGAAT
ATCCGGATATAAATTCTGTTGTTCCAAGAAGAATTCAGTGGGATTTCGAA
TGGGGATGAAAACAAAGTCAATTTATCAGTGGGGCTGAATATACAGGGTA
TTTTCCCACTGGGGACAAAATCTTTCCCAAATTTTCCAGAGGGGCTGGGG
TCCCAGCGGGTCTATGACACAGGGGTGTTATTATCAACAGGTGTCATTCA
AATTCTTTGAAAACTAAACACTGTACAAAGAGTACGAATCTCTTGACCAT
GCAAGAAGTATTATCCCTGTCTGTCCTCATAAACTGATTTGTGGAGTAGA
AGACCAACACCAAATTTAGGTAATATTTAGTAAGTTTTAAGTTTATTAAA
AAGCGCTGGTTTATTTTTTCATAAATATCCCTTTGTAAATTTTGCGGTGC
ATTTTTTGCTCGCGAGTCAAGTAATTGATAAAGCGCTTCCGCAGCATTAA
TCTTTGATAAGCAATTCGGTTGGACTCTAGTGTGACTAACTGGAGTGGCA
CAAACTTGTCGAACAAAATTGCGGGTTATCGAACGGATCAAACCGAAACC
TATTGATCGAACTTAATCGAACACTCACAATTTTTAAAAAAATATTGAGT
ATTCACTTAACTTTAATCGTTTGATTAGATTGATTGTTTGATTGGTTCGA
CAAGTTCGATTGAATAAGCCNGTTTCAACGTCGATCCTGCGTAAAGAGTC
AATCCTCAAAGTACAAATTTTCATTTTATATGGAATGTGTGGTAAAACAT
TTGTAGATCTTCGGCCCAACAAATTATTCTGTTCTTGCCTCGACGCTTTT
CTCCTACAAAACCTTAGAATTGCAACGTACACTTGCAGAGACTTGAAAAG
CGTATTTATAGCTTTNTTCTTTTAGCATACTACAACAGTTTGCTCTAAAG
ATCCTTCTCAAATGTGACAAAACCAGACCTGATCAATCGAACTTTTCAAA
CTGATCGAATTAATCAAACACCATCAAACAATTATATTTTAATGTTCAGT
TCAGTTCTGCATCTTGAATACTCCAGCAGTTAGGGTCCAAAATTATCTGT
TCCGTATTATGGAAATAAAATCCTGATAATTGAGCTTATACTTATAGGAT
GTTGTGCGGGAAAATTCACACCGTTATTGCGTGCTAATTTATTCATAGGT
AATATCTGATTTCCCGTTTGCATCCACTGAAGTCTGGAGTAATTACTTTN
ATATAAATTCTGTTGTTCCAAGAAGAATTCAGTGGGATTTCGAATGGGGA
TGAAAACAAAGTCAATTTATCAGTGGGGCTGAATATACAGGGCATTTTCC
CACTGGGGACAAAGNAAGTCTGGAGTAATTACTTTCTTGGAGGTTACTTG
AAATTGATTTTTCTCAGTATCGAGACTACCAATCTTGTTGAGGTACCAGT
GTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTAAG
GGTGCCATGAATGACACAGTGTTTGATTTTTCCTAATTTCTTGCACGGCG
ATGCATAGTCAGGCACAGTAGCAATACCAAAAAATATCACCAAATCTGAC
TAAGAATTTTTTAAGCCATACATGACAGAAATATGTTAAAAATCACGGAT
TTCGCACACTTTGAATTATGTTTTCATTATTTCTCTTTGTTTATTCAGAC
AAACACATTATCCATAGCAATGTTCAAGATTAAGCATGGTTTGGGTGGTC
AAGCTGAGTGATGGACACATATTAGATGTATGTTCGTCCGGCGCCTCATT
GGATAGCCTCTCCTCAGAAGTCAACCCTCTTCCTCCACGCGGTGTCCACC
TGGTTAACACAAATCGAGGGCTCTGGCGACAGGTCAAGTATTCGGCGTCC
TTTACTTGCTGGCTTATTCAGTTTTACTGTGAGGTTTGACTGAAGTGAGA
GTCTGCTGATTTAGGATCGGGGTGGTTTATTGACAAGTGGTTAACACTTT
TTGGTTTCATTGTTCTCTTGATCCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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CTAACACCACTTATAAATATGGTCATTCGTGAAGGTAAAGTTCCTGTAGA
ATGGAATGAATCTTTCATTATCAGTCTGTACAAAGGTAAAGGTGACTCAC
TAGAGTGTGGCAACCGTCGCGGTCTTAAGTTGCTTGAAGTTTCACTTAAA
GTTCTTGAACATATTCTCGAAATTCGTGTCAAAGAGCAAATCTCAATCGA
TGAGATGCAATTTGGCTTCATCCCTGGTCGAGGTACGACTGATGCTATTT
CTATTCTTCGACAGCTACAAGAAAAATATTTAGGCAAAAGGAAAGATATT
GTCTTCGCCTTCGTAGATTTGGAAAAGGCCTTTGATCGCATTCCCAGGAA
GGTACTATGGTGGGCTATGCGTAGCCTTGGTGTCCCTAAATGGATTGTAC
AAACTGTTCAAGCGATTAATAACGGTCCAAAATCGTGTGTCAGGATTAAT
GGTCAGTTTAGTGAAGAATTTAACGCAAAGGTTGGTGTCCATCAAGACTC
AGTCCTAAGTCCTCTGTTATTTATAATTATTATGGAGGCTCTGTCCCGAG
AATTTCGAACTGGCTGTCCCTGGGAATTACCGTACGCTGATGATCTTGTT
ATTGTTGCTGAATCAAAGAATGAGCTCTTGTTAAAGCTTCTTTTGTGGAA
ACAAGGAATTGAAGCTAATTGCCTTATTGTTAACACTCGTAAGACCAAGG
TTACGCACTGCATAATGGCCTGAGTGAAAGACAAAAATTAAGTAAATGAC
CTTGTGGTGTTCTTTATAAGGGTGTAGGAAGCAATTCTATTCTATGTAGT
AGATATCAATGCTACATACACAAACGTTGCTATAGGATAAAAGGTCACCT
AAAAGGAGACTTGAATTATGTATGTCCAGTCTGTTTAAATCATGTTGATG
TACCTCATCCTACTGTTTTTGCTATATATAGTTTAATCTTGAAATTGTAC
AGACATTTTTTTATCTCGGTGATATGATTGAAAACAATGGTGGCTGCTTT
GATGCCATTACTTCCCGTGTCAGGTAGGCATGAAAGAAATTCAGGGAGTT
ACTTCCAATTTTAACAAATAAAAATATTTCTTTCAAGTGTCGTGGTCGTG
TATTTTCATTTGCTGTGAGAGGTGTCATGTTACATGCAAGCACACCTTGG
GCTGTAACTGTGGATGGTTGAAGCAGGCTTGTTCGCAATGATAATGTTAT
GATTAGGTAGATTTCTTCAACGCGTTTGTCAGAAAGGGTCTTTATGACTG
TTCTTTGAGATGGGCTTGACATCGCTCCGATTGACGATTTGCTACGTTAA
GGTAGGCTACGCTGGTTCCAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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TGAAACCCTGGCATTCATTTGCTTAGACCGAGCATAGCAGTGAATATTGT
GTTTACATGCTTTCAGAATGAACAGAGCCAATGACGGGAAATATTTTGAG
CTTGTATTCACAACAATGCAAAAGCAAAAACACCAGAGGAAAAAGGAAAC
AGCGAAAAGACACAAACTTCGCCACCCGCATATTGTGGTCAAGATGACAA
TTTCTGTTGGCCTTTAAAAAGCCTGGAGGTTGATACTTACAGTAACTAAT
TTAGTTTATTTTTTTTCTTTAGGTATAATAGATTAAATAAGCACCAGAAT
ACCCCTGTTCATTCCTTTCATTTTTTTATTACTTTATTTTTTAATAGGTG
TCAGTGAATCTTACTGGATTACTTTAAAAATTTATTGCAAATTTTTTGAA
GCCTGGAGACAACTGAAGCACTAAAATCATCAATGAAGGAAGATGTAAAA
ACTTTTATGGGGATGATTTCNTTACTGGATTACTTTAAACAATTTATTGC
AAATTTTTTGAAGCCTGGAGACAACTCAATCACTAAAATCATTAATGAAG
GAAGATGTAAAAGCTTTTATGGCGATGATGTCATACTCCAAGTACATCAG
ATTATCATAAAATTAACGTTGCTGTGACACCATAATGTGAATCAGCAGAT
TAAAGACTCAAATCGAGTTTCAGTTGTCAAGTCATGAAGTAATACATCAC
CTACTACTTATTTATTAATCTATTACGATGACGATTGCATAGAGTATGTT
TGATCCACGCAAGGACTCATGTTGGTTTGGCCT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_022914XLOC_022914Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00038303-exon-sc0001822-1575043694:22497..22586TCONS_00038303-exon-sc0001822-1575043694:22497..22586Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00038303-exon-sc0001822-1575043694:12704..13139TCONS_00038303-exon-sc0001822-1575043694:12704..13139Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00038303-exon-sc0001822-1510915933:22497..22586TCONS_00038303-exon-sc0001822-1510915933:22497..22586Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00038303-exon-sc0001822-1510915933:12704..13139TCONS_00038303-exon-sc0001822-1510915933:12704..13139Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00038303-exon-sc0001822-1491911889:22497..22586TCONS_00038303-exon-sc0001822-1491911889:22497..22586Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00038303-exon-sc0001822-1491911889:12704..13139TCONS_00038303-exon-sc0001822-1491911889:12704..13139Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0001822supercontigsc0001822:12704..22586 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
2.40589	3.71065	0.506873	0.371922	2.11297	0.834849	3.45329	4.31057	1.60328	0.93455	1.58742	0.968971	0.893191	1.15948	0.635503	0.545593	0.420079	0.602794	0.237941	0.248988	0.324624	0.95004	2.05315	1.39996	1.08144	3.96789	0.767303	0.163777	0.248439	0.839978
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00038303 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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