TCONS_00038151 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00038151
Unique Name	TCONS_00038151
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	2582

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
protein sequence
transcript from alignment at sc0001785:9260..33478+
coding sequence from alignment at sc0001785:9260..33478+

transcript sequence

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gACAAAAAGAAGAACTCACGTGGAAGGAATTGTAGAACTTAGAACATTTA
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gaaagataatttcaagaTTGGTCCAAAAGctggagaatcaaaatggtggC
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AGGATTATCAATTTGACCATCTGTTTAATATCGAGATCTATAACTTATTA
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gaaaaaatttgaatctcACCAAAGTTGAAAAATCACATCAAATCAATAGT
CCACTTGGATTACCCAAAACGTTCAACAAAACATCGGATTTGCTTTTGAC
ACAACGTCACTACATCACAGGCTATAATACTAAACTTCATATACCGATGT
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TGCCATCCCAACGCATTATTACAAAATGGTGGTCAGGTGTCATGACAACA
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GTTTAAAATTCTTCAGTGAACTATCTGAACAAAAACAAGCAAGAATTAAA
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GGCTCTATAATCTCTGGTTTAGACGGCTCGTGTACTTTTACTTCTGCCTA
TTTTTAActgtagcgagtttatgtatgtgcgttttctgcgacggagacgg
tttGTCTAGATCCTAatcagctgaggacgacg

Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00038151-protein

>TCONS_00038151-protein ID=TCONS_00038151-protein|Name=TCONS_00038151-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=790bp
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DKLASNGVRANFLRPAFPPKTFTNHYTIATGLYPESNGMVANNFYDPDLK
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CPYCNRNVSAKLDHHRKNLNLTKVEKSHQINSPLGLPKTFNKTSDLLLTQ
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IPTHYYKMVVRCHDNSQSIVSCDDLKILTYILPHNQNAMCETKLHSMSKY
INSHISTVRDLELLTGLKFFSELSEQKQARIKTTIDLQPW

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0001785:9260..33478+

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR

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>TCONS_00038151 ID=TCONS_00038151|Name=TCONS_00038151|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=24219bp|location=Sequence derived from alignment at sc0001785:9260..33478+ (Clytia hemisphaerica)
gACAAAAAGAAGAACTCACGTGGAAGGAATTGTAGAACTTAGAACATTTA
TAAAATGGAGGTAACCTTGTTTTTACACTTAAACGGTTTTGTTCTAAGCt
tagtgatatcgtttgcttcctcatcaattttaattgacaatctttttcac
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GGTATAAAAgtactctctttaattcgagatTCAATTGTAGTAGAGACAAT
GTTCTAGTCTACATCTTCGAAGTTTATCATATTAAAATACTTGTGGAAAT
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TATTGGTTTCTCTAAGCTTTGTATAGGAAGTATGGGTTAACCAAAGTCat
ttattttcgtatttttaaTTCTTCTAGATCAGTACCATGGTCAGCACGTG
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ATCTTTTTTGGCTTTCGGGGAAACAGCAAGTTCATATGACGATAATTTGA
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CGAATTTCACTCGCTTCCGCGAAACTTAGTCCTCGCGAAAAATTTGCAAT
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GAAGCTgatttgcgaaatttttttcgtccaaaaattaatccacttttATT
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ATATTTCGAAGAGCCGGACAAAAAAGGACACAAGTATGGACCTCTCTCGC
CCCaggtaagtaagtaagtctgcgaccgcagtcagaGGCGCGGCCGAAAG
CTCCTCTTTCCATAGCTATATCTACCCGaaagtaggggagggcgccactc
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TTGTTGTATAAATCTTACTTGTATTTTATGTCTTGCCAACATCAAGTTGA
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CTTTTCCTGTTCTTCTGGATTCTCATTATAATAGCAAACTGTTCAAACTC
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ggtttgctgactcagcaaaatcTGAAACTCGAATATGGAAAAAGAATGAA
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GATCACGGTATTTAGACTTATTTAATCTCTACTTTATATAACCAGCAGTA
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TTTCCCCTTATTTGGGTAGGGCTCTGCCACTACCATTTATTGTTGCTATC
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AGAAGCTGGTTTCCACACAGACACGGGAAGTGAAGCTGGTTTCCCCAAGA
CCCCAGGAAATTTAGCTGGTTTCCACAAGCAAGGTAAAAATCTTAAGGTT
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gaaaTATTTAGTCTTCTTAAGAGTTTTTTGTATTGAAGAATGTCTCGTGT
GTTGGTCTCTTGCAAAATCAACTCTCCTTTCTTTTCTTACATGTTactct
ttttttcttctctttcttacAAGGTATGGCGGAAGTCGACTGTAGAAATA
ATGTCACTTTGGTTGATGTAAGAACCTTTCATCCTTTTGCGAGAataatt
ttggttgtttttcgGGAAAAAGAATTACCCCCGATGtagagaaaataaat
tttacaagGCAATGCAGGGTAATAAACTAATTGCTCCTTTTAAGTTCTGC
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TCATTTTCGATGCTCAACAGTAAAGATAAAAGTATGTCTAATTTGTATGT
ACTTTCAAGTACCTAATAAACGCCcttcccccgtttattaatttttcgat
attttctcaAGGTTCCCCCGTTTGTtacaatttaaagatttttccagccc
ccccccttcccagatgagatggagtttttataagatactttaatagtTGA
TCAtttgaggtaataaaaataacgagttctttagaaaaagtaacaaaatt
gttttatcattggttaacgaccaaccaaatcaaataagagcttgtaaaaa
ctccatctcatcccCCCTCGACCGTTTATTAAGAGCAGCTGAGACCAAGT
TATCATTACAGATTCTTACCCAGTTCTTTAGCtcgctttttatgattttg
atctGACAGTGCCCTTCATGTACATACGTCATATTGAAAAATGATGCTCC
TCTGGGTACAATAATGTGTAGCTTTTCTAATTCTATTGTTGTTTTGctgg
ttttttttttgctacacGCCTTTTTCTTTAAGAAGAATTGGAGCACCCCC
TCTCACCATGACCATGTTGAGAAAATCATTTCTTGTAAATTAACACTTTA
GACTTTTGCCGAAATTTCAAGGATGGGAGGTCTATTTGCCTATTTTGGAG
TGACTGTATAATATAtgcatttctttttgttttttaaagacGACACAAAT
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CTATACTGATATAGCGTGGTGACAGGAGAGCAGGGGGCAGCAgaagacta
gcaaactagtctgttaattaatcatgtcagagggcggaaACATGAAGGCG
GCGgtcgtttgctagaataggagctgcgtaggagaacgagcaaaagttgg
tgagaggctgctgattaaatGCATTCAGctttgccgccgacaaaatttct
tcctacgcttacctaactcctacgctcacttttccctgTTCCAGCTCGAC
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TTATTTGCACCTAAGAATTAgcagttttcagccaaaaagtgaaaaatacc
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CGTGGTCATATGGCTCCTTCTGGTGATTTTAATTTCGATGTGGAAAGTGA
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GGATAAAGAcggaatcaaagatgaagaagatgcaccaaaaatATGGGCAA
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TTGGGTTGGATCTGAAGCTGAAATTAAAGgtGTTCGTCCAACATTCTGGA
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ATGATGTCCCTCAAAGACGTTTTCCAGAAGATTATGAAAAAGCGTTAGAG
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GATTTGCTTTTGACACAACGTCACTACATCACAGGCTATAATACTAAACT
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GAACATTGCTCCACAGTACGGCCGCTTCAATCGTTTCTATGGTGCTTGGT
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TATGTTTATTCTGGTTCTATATTTGATATGGATAAAGAcggaatcaaaga
tgaagaagatgcaccaaaaatATGGGCAAAAAACGTGACAGGATCTGTTG
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CAATCCATTGTGTCATGTGACGATTTGAAGATTTTAACCTACATTTTACC
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ACATCAACTCACACATCTCAACAGTTCGTGATTTGGAGCTACTGACTGGT
TTAAAATTCTTCAGTGAACTATCTGAACAAAAACAAGCAAGAATTAAAAC
AACCATTGATCTTCAACCATGGTGAATGGAGACAGACGTCAAAGCGAAAT
ATCAACTTCAACATAACGATTCAACGATCAGCCTACAAATGAAGTCAAAG
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GGTGATTTTGATAGCGGTAATATCCACAACAACCGTCGTCCTCTTGAAAA
ACAATACTGGTGAAGCTGCACAATTGAGAGAAAATATTGATCATAGTGGA
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GACACGTGGTATTACCCCAAACTTGGATAAATTAGCTTCCAATGGAGTTC
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TACACAATTGCAACGGGTTTATATCCAGAATCGAACGGAATGGTAGCCAA
CAATTTTTATGATCCAGatttgaaagataatttcaagaTTGGTCCAAAAG
ctggagaatcaaaatggtggCTTGGTGAACCAATTTGGGTGACAGCAAAT
AAGAGCGGTTTAAATACTGCTTCGTTTTATTGGGTTGGATCTGAAGCTGA
AATTAAAGgtGTTCGTCCAACATTCTGGAAGAAATTTGACGCATCAGTAC
CATGGTCAGCACGTGTGAATCAAGTCATTGATTGGATGAAATTACCGGTG
AATGAAAGCCGTCCGGAATTCATCACGTTATATTTCGAAGAGCCGGACAA
AAAAGGACACAAGTATGGACCTCTCTCGCCCCagGTAACCGAAATGATCA
AAAAAGCAGACCAGACGATCGGAAATTTGATGTCTAAAATGCACGAAAAT
TTGCTCGATAATCAAGTCAACGTCATTGTGGTTTCAGATCACGGTATGGC
GGAAGTCGACTGTAGAAATAATGTCACTTTGGTTGATAAAACAAATACGT
CGTTATTTTATTACCAAGGCTTGGGATCATTTTCGATGCTCAACAGTAAA
GATAAAAacGACACAAATACAATTTACAACAATTTAAGGTGTTCTTCAAA
GAATTTGAACATTTACAGCAAGATAAACGATTATATGCCAAAACGATTCC
ATTTCACCAATAGCAGGAGAATTGGTGACGTAACAATTGTACCTAATGCA
CATTGGAGTGTTATATTAAAAGACAACGGAAGATGTTATCCCGACAGAGG
ATCACACGGTTTCGATAACCTAGACGAAGATATGAAGGCTATTTTTGTTG
CTTCTGGACCTTCATTCAAAGAGGATTATCAATTTGACCATCTGTTTAAT
ATCGAGATCTATAACTTATTAACAGATTTACTGAAGATATCTGGTGCTCC
CAATAATGGAACACAAGGAAGTTTACGGCACTTTCTACACGAAGATTTCT
TAGCTTCTTTGATTGAAGCAAAAGGCGAATTGAAAGACGTTAAAGCAAAT
GAAGTATATGATGTCCCTCAAAGACGTTTTCCAGAAGATTATGAAAAAGC
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CTGCGAAGTTGGATCAccacagaaaaaatttgaatctcACCAAAGTTGAA
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AACATCGGATTTGCTTTTGACACAACGTCACTACATCACAGGCTATAATA
CTAAACTTCATATACCGATGTGGGTAGCGTACAGGCTAACAGAAAAGCAA
TTGTTAACAAACGTAAAACGTTCGAATTGTTTCCGTAAAGACATTCGATT
GACCGACAATGAAACTTCTTCATGTGATATGTACTATAAATCTGGAATGG
ATCGTGGTCATATGGCTCCTTCTGGTGATTTTAATTTCGATGTGGAAAGT
GAACAAGACACCAATGTTTTATCGAACATTGCTCCACAGTACGGCCGCTT
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GGGCATTGAAATATAAAGAGATTTATGTTTATTCTGGTTCTATATTTGAT
ATGGATAAAGAcggaatcaaagatgaagaagatgcaccaaaaatATGGGC
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AAGATTTTAACCTACATTTTACCTCATAATCAAAACGCAATGTGCGAAAC
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CAAAAACAAGCAAGAATTAAAACAACCATTGATCTTCAACCATGGTGAAT
GGAGACAGACGTCAAAGCGAAATATCAACTTCAACATAACGATTCAACGA
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AACAACCGTCGTCCTCTTGAAAAACAATACTGGTGAAGCTGCACAATTGA
GAGAAAATATTGATCATAGTGGAAGGAAAATCACccttttgatttctttg
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CACCCAAAACCTTCACTAATCATTACACAATTGCAACGGGTTTATATCCA
GAATCGAACGGAATGGTAGCCAACAATTTTTATGATCCAGatttgaaaga
taatttcaagaTTGGTCCAAAAGctggagaatcaaaatggtggCTTGGTG
AACCAATTTGGGTGACAGCAAATAAGAGCGGTTTAAATACTGCTTCGTTT
TATTGGGTTGGATCTGAAGCTGAAATTAAAGgtGTTCGTCCAACATTCTG
GAAGAAATTTGACGCATCAGTACCATGGTCAGCACGTGTGAATCAAGTCA
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TGATGTCTAAAATGCACGAAAATTTGCTCGATAATCAAGTCAACGTCATT
GTGGTTTCAGATCACGGTATGGCGGAAGTCGACTGTAGAAATAATGTCAC
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CATTTTCGATGCTCAACAGTAAAGATAAAAacGACACAAATACAATTTAC
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ACGTAACAATTGTACCTAATGCACATTGGAGTGTTATATTAAAAGACAAC
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TTACTGAAGATATCTGGTGCTCCCAATAATGGAACACAAGGAAGTTTACG
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AATTGAAAGACGTTAAAGCAAATGAAGTATATGATGTCCCTCAAAGACGT
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GGATTACCCAAAACGTTCAACAAAACATCGGATTTGCTTTTGACACAACG
TCACTACATCACAGGCTATAATACTAAACTTCATATACCGATGTGGGTAG
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TGTTTCCGTAAAGACATTCGATTGACCGACAATGAAACTTCTTCATGTGA
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Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_022800	XLOC_022800	Clytia hemisphaerica	gene

The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
TCONS_00038151-protein	TCONS_00038151-protein	Clytia hemisphaerica	polypeptide

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0001785	supercontig	sc0001785:9260..33478 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Annotated Terms

The following terms have been associated with this transcript:

Vocabulary: **INTERPRO**
Term	Definition
IPR020821	Extracellular_endonuc_su_A
IPR001604	DNA/RNA_non-sp_Endonuclease
IPR017849	Alkaline_Pase-like_a/b/a
IPR002591	Phosphodiest/P_Trfase
IPR018524	DNA/RNA_endonuclease_AS
IPR017850	Alkaline_phosphatase_core

Vocabulary: **Molecular Function**
Term	Definition
GO:0046872	metal ion binding
GO:0003676	nucleic acid binding
GO:0016787	hydrolase activity
GO:0003824	catalytic activity

Vocabulary: **Biological Process**
Term	Definition
GO:0008152	metabolic process

GO Annotation

GO Assignments

This transcript is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
biological_process	GO:0008152	metabolic process
molecular_function	GO:0003824	catalytic activity
molecular_function	GO:0016787	hydrolase activity
molecular_function	GO:0046872	metal ion binding
molecular_function	GO:0003676	nucleic acid binding

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00038151 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: ENPP3 (Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 3 OS=Homo sapiens GN=ENPP3 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 404.445 bits (1038), Expect = 4.172e-126
Identity = 251/745 (33.69%), Postives = 385/745 (51.68%), Query Frame = 1

Query:  238 GEAAQLRENIDHSGRK---------ITLLISLDGFRAEYLTR--GITPNLDKLASNGVRANFLRPAFPPKTFTNHYTIATGLYPESNGMVANNFYDPDLKDNFKIGPK-AGESKWWLGEPIWVTANKSGLNTASFYWVGSEAEIKGVRPTFWKKFDASVPWSARVNQVIDWMKLPVNESRPEFITLYFEEPDKKGHKYGPLSPQVTEMIKKADQTIGNLMSKMHENLLDNQVNVIVVSDHGMAEVDCRNNVTLVDKTNTSLFYYQGLGSFSMLNSKD------KNDTNTIYNNLRCSSKNLNIYSKINDYMPKRFHFTNSRRIGDVTIVPNAHW-SVILKDNGRCYPDRGSHGFDNLDEDMKAIFVASGPSFKEDYQFDHLFNIEIYNLLTDLLKISGAPNNGTQGSLRHFLHEDFLASLIEAKGELKDVKANEV--YDVPQRRFPEDYEKALEKCDDCKCPYCNRNVSAKLDHHRKNLNLTKVE--KSHQINSPLGLPKTFNKTSD-LLLTQRHYITGYNTKLHIPMWVAYRLTEKQLLTNVKRS--NCFRKDIRLTDNETSSCDMYYK-SGMDRGHMAPSGDFNFDVESEQDTNVLSNIAPQYGRFNRFYGAWYYLENATRSWALKYKEIYVYSGSIFDMDKDGIKDEEDAPKIWAKNVTGS-VAIPTHYYKMVVRCHDNSQSIVSCDD-LKILTYILPH---NQNAMCETKLHSM--SKYINSHISTVRDLELLTGLKFFSE 2370
            GE + L EN D + +            +L S+DGFRAEYL     + PN++KL + G+ + ++R  +P KTF NHYTI TGLYPES+G++ NN YD +L  NF +  K      WW G+P+W+TA   GL  A+++W GSE  I G  P+ +  ++ SVP+  R++ ++ W+ LP  E RP F T+YFEEPD  GH  GP+S +V + ++  D   G LM  + +  L N VN+I+++DHGM +  C     + D      F+Y   G    + + +        ++  I  NL C   + +    +   +PKR H+  + RI  V +  +  W +V  K N  C    G+HG++N    M+AIF+A GPSFKE  + +   NIE+YNL+ DLL+I  APNNGT GSL H L   F           +   A EV  + V     P   E       DC CP+     S +L+   + LNLT+ E   + ++N P G P+   K  D  LL  R Y++G+   + +PMW +Y + +    + +  +  +C R D+R+  +E+  C  Y     +  G + P    N   +S+ D  + SN+ P Y  F + +   Y+        A +   + V SG IFD + DG     DAP    K++  + V IPTHY+ ++  C + S +  +C   L +L +I+PH   N  +  E K  ++   +   +HI+ VRD+ELLTGL F+ +
Sbjct:  135 GETSWLEENCDTAQQSQCPEGFDLPPVILFSMDGFRAEYLYTWDTLMPNINKLKTCGIHSKYMRAMYPTKTFPNHYTIVTGLYPESHGIIDNNMYDVNLNKNFSLSSKEQNNPAWWHGQPMWLTAMYQGLKAATYFWPGSEVAINGSFPSIYMPYNGSVPFEERISTLLKWLDLPKAE-RPRFYTMYFEEPDSSGHAGGPVSARVIKALQVVDHAFGMLMEGLKQRNLHNCVNIILLADHGMDQTYCNKMEYMTDYFPRINFFYMYEGPAPRIRAHNIPHDFFSFNSEEIVRNLSCRKPDQHFKPYLTPDLPKRLHYAKNVRIDKVHLFVDQQWLAVRSKSNTNC--GGGNHGYNNEFRSMEAIFLAHGPSFKEKTEVEPFENIEVYNLMCDLLRIQPAPNNGTHGSLNHLLKVPF----------YEPSHAEEVSKFSVCGFANPLPTESL-----DCFCPHLQN--STQLEQVNQMLNLTQEEITATVKVNLPFGRPRVLQKNVDHCLLYHREYVSGFGKAMRMPMWSSYTVPQLGDTSPLPPTVPDCLRADVRVPPSESQKCSFYLADKNITHGFLYPPAS-NRTSDSQYDALITSNLVPMYEEFRKMWD--YFHSVLLIKHATERNGVNVVSGPIFDYNYDG---HFDAPDEITKHLANTDVPIPTHYFVVLTSCKNKSHTPENCPGWLDVLPFIIPHRPTNVESCPEGKPEALWVEERFTAHIARVRDVELLTGLDFYQD 853

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00038151 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00038151 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
ENPP3	4.172e-126	33.69	Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase f...	[more]

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TCONS_00038151 (transcript) - C. hemisphaerica