TCONS_00037560 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00037560
Unique NameTCONS_00037560
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length416

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00037560 ID=TCONS_00037560|Name=TCONS_00037560|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=416bp
AATCGATCCGTAAAGAAAAACTTGTCGCCGAGCTTGGCCTAACCGATGAA
GATTTCCAACAAACAGCACTGCTTTCACCCCTTGAAAGGTTGTATCAGGA
TTTCAAATGCAATCTTTATAATGAAGGCACGATAGCTTGGAGAGAAAACG
GACGATTTAAGCAATGCCTCTTTATGAACGATTATGATTCAATGAGTGGA
AAATTCAAGtTCAACAACTTCGTTATCGTGAGGAGAATAGGCGAAACAAC
AAAATGTACATGTGGAATCCACAGAGCCTTCTCTCTTTCACTATCAAAAG
TGATGAATGGGATGGAATCGATTGTTGCCATGTCCGTGCATTGAATGATA
TCTATTCTGAGtttaaCATTGGACCTTCTGGGTCAGATGATGTACATTCC
TACTGTCAACCTGCCG
Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00037560-protein

>TCONS_00037560-protein ID=TCONS_00037560-protein|Name=TCONS_00037560-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=113bp
SIRKEKLVAELGLTDEDFQQTALLSPLERLYQDFKCNLYNEGTIAWRENG
RFKQCLFMNDYDSMSGKFKFNNFVIVRRIGETTKCTCGIHRAFSLSLSKV
MNGMESIVAMSVH
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0001655:33789..40274+

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00037560 ID=TCONS_00037560|Name=TCONS_00037560|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6486bp|location=Sequence derived from alignment at sc0001655:33789..40274+ (Clytia hemisphaerica)
AATCGATCCGTAAAGAAAAACTTGTCGCCGAGCTTGGCCTAACCGATGAA
GATTTCCAACAAACAGCACTGCTTTCACCCCTTGAAAGGTTGTATCAGGA
TTTCAAATGCAATCTTTATAATGAAGGCACGATAGCTTGGAGAGAAAACG
GACGATTTAAGCAATGCCTCTTTATGAACGATTATGATTCAATGAGTGGA
AAATTCAAGGTATTATATCTCGACTTAGGTCTCTCTGTTCTCTCTCAGAA
CAAATTGACTGACGGCATTTGCATGAGTTCAAGGTGTGTCATTCAAGGTT
TTCGAAATGGAATGTGGGTGGGACTCGACTGTAGTAGATTTTGGATGATG
TCAGTAAATTATGTGTAAATCTTCTATATAAGCATTGCTTTGTAAGCTAA
AGATCTGAAACAAGCTGCCTTGTTCACACCAAAAGATCGTTTTTTCTTTA
CTGAGTGtaattttatctttattttagtTCAACAACTTCGTTATCGTGAG
GAGAATAGGCGAAACAACAAAATGTACATGTGGAATCCACAGAGCCTTCT
CTCTTTCACTATCAAAAGTGATGAATGGGATGGAATCGATTGTTGCCATG
TCCGTGCATTGAATGATATCTATTCTGAGGTAAAGACTAGCTTATGTTAC
TTAGTTGATGCAGAAAAAACTtcctttttcttatctttttttattttcta
tcagCTCGCGATATTTAGTGTCTTTTTAATGCATaatgtttatcaaagaa
aataaCATTCCCCAATGTACACAATTTTTAAAGCAATCCTTGGTGCTAGA
TAATGCCAAAAATACCACTTTtctagaaatttttgttttttttcttattc
tcaaGTGTATGGTTGAGCCCTTAGCCCACCCTCagcaattaaaaaatata
ttttattttttagtttaaCATTGGACCTTCTGGGTCAGATGATGTACATT
CCTACTGTCAACCTGCCGATGTTGTTGGTATTACAAATACTATAATGTCG
GAGAAGATCACTACTGGATTGAATGCTGTTGTGCAAGATGTTCTTCCACA
GCAATCAAAAAATGACAAAGTGGAAAAGTTTGCTGTGAGAGCATCTACAC
ACAACATCGTCCACTTGTTTAAAGGTAACAAAAACGGTCACATTTACATC
AGATGCTGCTCATGGCTATGCGCCAGTACGTGCAGGAGGAAAGTCAACTT
ACGAACCCTTGACGAGAAGACTGCCCTCACACGGAATTGTTTAAAAGTTA
CATGTCAACCAACTGGGACAAGCACAAGCTATCGAGAGAGGTGCGTACAG
TTGAACCAACTGGGGATGAAACTGTTGACGAGGCTCCAAATGATGATTCA
AATGATGCGGATTTATGACTATGACGGCGATGATGATTTAAGCCATCAAT
TTCActtccatattttttttctagataTTGTAGTCAAATACTAAAATCTT
TGACCAATCCTTACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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TTGATGCAGAAAAAACTtcctttttcttatctttttttattttctatcag
CTCGCGATATTTAGTGTCTTTTTAATGCATaatgtttatcaaagaaaata
aCATTCCCCAATGTACACAATTTTTAAAGCAATCCTTGGTGCTAGATAAT
GCCAAAAATACCACTTTtctagaaatttttgttttttttcttattctcaa
GTGTATGGTTGAGCCCTTAGCCCACCCTCagcaattaaaaaatatatttt
attttttagtttaaCATTGGACCTTCTGGGTCAGATGATGTACATTCCTA
CTGTCAACCTGCCGATGTTGTTGGTATTACAAATACTATAATGTCGGAGA
AGATCACTACTGGATTGAATGCTGTTGTGCAAGATGTTCTTCCACAGCAA
TCAAAAAATGACAAAGTGGAAAAGTTTGCTGTGAGAGCATCTACACACAA
CATCGTCCACTTGTTTAAAGGTAACAAAAACGGTCACATTTACATCAGAT
GCTGCTCAGGGCTATGCGCCAGTACGTACAGGAGGAAAGTCAACTTACGA
ACCCTTGACGAGAAGACTGCCCTCACACGGAATTGTTTAAAAGTTACATG
TCAACCAACTGGGACAAGCACAAGCTATCGAGAGAGGTGCGTACAGTTGA
ACCAACTGGGGATGAAACTGTTGACGAGGCTCCAAATGATGATTCAAATG
ATGCGGATTTATGACTATGACGGCGATGATGATTTAAGCCATCAATTTCA
cttccatattttttttctagataTTGTAGTCAAATACTAAAATCTTTGAC
CAATCCTTACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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AGACTAGCTTATGTTACTTAGTTGATGCAGAAAAAACTtcctttttctta
tctttttttattttctatcagCTCGCGATATTTAGTGTCTTTTTAATGCA
TaatgtttatcaaagaaaataaCATTCCCCAATGTACACAATTTTTAAAG
CAATCCTTGGTGCTAGATAATGCCAAAAATACCACTTTtctagaaatttt
tgttttttttcttattctcaaGTGTATGGTTGAGCCCTTAGCCCACCCTT
agcaattaaaaaatatattttatttttttagtttaaCATTGGACCTTCTG
GGTCAGATGATGTACATTCCTACTGTCAACCTGCCG

Coding sequence (CDS) from alignment at sc0001655:33789..40274+

>TCONS_00037560 ID=TCONS_00037560|Name=TCONS_00037560|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=684bp|location=Sequence derived from alignment at sc0001655:33789..40274+ (Clytia hemisphaerica)
TCGATCCGTAAAGAAAAACTTGTCGCCGAGCTTGGCCTAACCGATGAAGA
TTTCCAACAAACAGCACTGCTTTCACCCCTTGAAAGGTTGTATCAGGATT
TCAAATGCAATCTTTATAATGAAGGCACGATAGCTTGGAGAGAAAACGGA
CGATTTAAGCAATGCCTCTTTATGAACGATTATGATTCAATGAGTGGAAA
ATTCAAGtTCAACAACTTCGTTATCGTGAGGAGAATAGGCGAAACAACAA
AATGTACATGTGGAATCCACAGAGCCTTCTCTCTTTCACTATCAAAAGTG
ATGAATGGGATGGAATCGATTGTTGCCATGTCCGTGCATTGATCGATCCG
TAAAGAAAAACTTGTCGCCGAGCTTGGCCTAACCGATGAAGATTTCCAAC
AAACAGCACTGCTTTCACCCCTTGAAAGGTTGTATCAGGATTTCAAATGC
AATCTTTATAATGAAGGCACGATAGCTTGGAGAGAAAACGGACGATTTAA
GCAATGCCTCTTTATGAACGATTATGATTCAATGAGTGGAAAATTCAAGt
TCAACAACTTCGTTATCGTGAGGAGAATAGGCGAAACAACAAAATGTACA
TGTGGAATCCACAGAGCCTTCTCTCTTTCACTATCAAAAGTGATGAATGG
GATGGAATCGATTGTTGCCATGTCCGTGCATTGA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_022320XLOC_022320Clytia hemisphaericagene
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00037560-proteinTCONS_00037560-proteinClytia hemisphaericapolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00037560-exon-sc0001655-1491911889:33789..33997TCONS_00037560-exon-sc0001655-1491911889:33789..33997Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00037560-exon-sc0001655-1510915933:33789..33997TCONS_00037560-exon-sc0001655-1510915933:33789..33997Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00037560-exon-sc0001655-1575043694:33789..33997TCONS_00037560-exon-sc0001655-1575043694:33789..33997Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00037560-exon-sc0001655-1491911889:34266..34417TCONS_00037560-exon-sc0001655-1491911889:34266..34417Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00037560-exon-sc0001655-1510915933:34266..34417TCONS_00037560-exon-sc0001655-1510915933:34266..34417Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00037560-exon-sc0001655-1575043694:34266..34417TCONS_00037560-exon-sc0001655-1575043694:34266..34417Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00037560-exon-sc0001655-1491911889:40220..40274TCONS_00037560-exon-sc0001655-1491911889:40220..40274Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00037560-exon-sc0001655-1510915933:40220..40274TCONS_00037560-exon-sc0001655-1510915933:40220..40274Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00037560-exon-sc0001655-1575043694:40220..40274TCONS_00037560-exon-sc0001655-1575043694:40220..40274Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0001655supercontigsc0001655:33789..40274 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
1.02834	2.00559	0.194057	0.379708	0.462258	0.913207	1.10174	0.412576	0.722136	1.07338	0.173641	0.799014	0.683917	0.236751	0.681247	1.77548	1.54394	1.31874	0.364383	1.1439	0.497129	0.484964	0.196512	0.357317	3.12824	3.12033	0.23501	0	0	0.193814
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00037560 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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