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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00036791 ID=TCONS_00036791|Name=TCONS_00036791|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4607bp
CTTTTACTAAGCATCCCATAAAAACCCACGGGCAATCGAATTTTCTTATT
ATCTTGGAAAAAGTTTCATTTCGAATTTCCGCTACTTTTTGGTTAGTTAT
GTTTTGGCACAGTAGTACTATAAAGTCTCCTGATTTCATCTGTATACTTT
CTGTAAAAAACGGGTGCTTTTCGACTCCACCGAGCTACCATCTAGACGCT
TTACTTTTGGTGCAAGTATTTTATAAGTTGCAAGTATTCTATAAATATTC
TCCGAAAAATGTAAACGGAGTTAGTAGCGAGATTTCAACTCATAACAAAT
TTATTTCAATACTTGAAATGAACATTCTCTAGTATTGTTTTTGTTGGATT
CGCTAGTTGTCATGGATGCTTTTGTTCTCCGAGATGTTAAACCCACGGTA
TCCCACAGCGCTTGTTCGTGATTGCGTGAGATGGCGTAAATTTTTGGATA
ATACAGCAGGATCGCATTCAAATGAAGTGCAAGTGTAATCGTGCATCAGC
TTGATTGTAAAAACCACAATTATTACGCGAGTCAAAAATTAGTTATCTTA
GCCAATTCGATTCATAGAGCTTAAGCCTAGTTACCTAGGATAAAcccact
tctcacagacctgatttgattttttcagccattagGGTTAATCATAACTG
GCTGAAACTCGATGTTTTTATAGCTGGGGAttcgaattccattgttttca
agtcgatGGGAAGAATAgcatattttgcagtgaagataggtttatttgat
tatttccaCCGAGGACGATATCTTGGCCAAttcttccagtgggaaggggt
ctcaATGGTAGAATCTTTGAGGTATGGGTGTTAAGATGTAGGTTTTAAAg
cctgattttttttcaaaaaatcgaccCGTGTTTATTGCCTTGATTGACTG
CTATCTTGAGAACTTTCTCGATACTTAATACCCATATTATTGAATGAAAT
GAAATAGCAAGCCGATAAGAGTCTAATCGGAATTATGATTACGCCTCCTT
CACNACCCGTGTTTATTGCCTTGATTGACTGCTATCTTGAGAACTTTCTC
GATACTTAATACCCATATTATTGAATGAAATGAAATAGCAAGCCGATAAG
AGTCTAATCGGAATTATGATTACGCCTCCTTCACCCTAATATTTTGTCCT
CCGAACAGCAATCCATGGCATTGGTGTTGATTCTCTGAACCTCGTTCTAA
AGAATGGTAAAGTATCACTCATTACTACCCTACACAAGATATTTCATTTC
ATTTTTTAATTGATATGTCTCGTGTAAACCAAATCTTTTTGTGAAATGTT
TAAGAAAATTGAGTCTCTTTGAAGGGCATCTTCTATGAGAAAAATAATTA
TAAACTTGAGATCAGAAGGCTTTAATAAGTACTTCTGTACCATAACTGAA
GTCTCGTGAAGCAAAGGATAATATTTCCAAAATTAGTTTGTAATCTATTC
TTCAAATGTCATATTCCAAGGATTATCTTTGCAATCTTGTAAAAGAGTTC
TTAAAATTAAAACAATCAGTAAAAATTGACAAGCAAACAACAAACTTAAA
GCAAAAAGGCTTAAAACTCAATATTTGATTAAAACCTTAGCAAAGGTAAT
CCTTACAGCTTAATTTTAACACCATAGGTACCTGGATTAATGAAATCTGC
ATTGAACATTCTGTTGTCTCCAGAATCGGAACCTTCAGACATTCAGAATT
TTCTTCCTGAAAGACTTCTGGCAATCAAAAAGGTTTCCGACGATGCCAAG
GTTAAATGTTAAGAGGTTGTGAAAGAATTTACGCATGTTATTGAAGTCAT
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CTCTAGAGCATCTAAAACTCAATATCGATAATGCTAAGCGAGAGAGTGAA
CGCTTGGATCAGGTTACAAAAGCGAACAAAAAGGCATTAAAAGACATGGA
AGGACAAGTCAAGAGTGCAAAGGAAGATTGGAAAGATGCAATGGTTTCTA
TGCCAAGTGCTAAAGATTTGATGATGGCATCGCTGACTGAAAGCTTGACA
AGCATCGTTAAAACTGGAGCAAATGCTGCCGTTCAAATGGGAACCCAATA
TGCAAACATGATGACCATGGGTGNTTCTATGCCAAGTGCTAAAGATTTGA
TGATGGCATCGCTGACTGAAAGCTTGACAAGCATCGTTAAAACTGGAGCA
AATGCTGCCGTTCAAATGGGAACCCAATATGCAAACATGATGACCATGGG
TGGAATGGGTGGTATGCCTCCTCAACAAATGGGTGGTATGCAAAATCCTC
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GAAAACCCTAAGGTTGATTTTGTGCGAGACGAATACATGGTAAAGAACAG
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ATCCCAGTTGGTAAAATCCTTGAAGCTGAAACCTTTTTTAATATGATGAA
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aACTAATGAAATTGATTGACAACGCCCTCAAAACAATTGAAGGAATCCAG
AAGCTTCCTGAAAGCGTCGCAACGATTCAAAAACTCTTCGGTCAagcaga
aaaaatcatttctcaATCAGACACGATTGGATCAAGTTTGAAAGTGAAAG
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TAATCCAAATCCAACTCTACCACCATCACAAGCACCATCGGAAAGCTCGG
GCAATCTCTCTCAAAACATGATTGATAATGCTCACAAAAAGGTTGAAGCC
CATCGCTCAGAGTTGAATTCTCTTCGAATTCGcgctgaagaagaaaaaaa
gcgGTTTGATGCATCAGAACAAGCTTTAGCAGAAGAATTGAGGAGATTGG
AGAATTTCAAAAGTGAAGATGCTACAAGTAAACGAATGATCGAAGTCTTG
AACCAGGGATTAGATGCATTGAATAAAGTCAAACAAAAGTGGGTGGATCT
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AGAGTAACTAACATGGCAAAGGAGACTGTCTACCAAACAGCTTATCAAGC
AGTCAAAGTCAACCATGTTGTCAACCATCTTGCTGGCTCgtataaagaaa
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acagaTCCAAGCAAATGCACAGAAGATGGTAAAAGGAGAAGAACTTGATT
TTGGATTTTAAATTCCTTGAGAcattaatattaaaaaaacatgaatCAAT
AAAGGTCTTTTTCCAGAAGTTATCCTAAGAATTCACGAATGTGTTTAAAT
ATCTTATTACTTTACGTTAATTTTTGGTTTTAAtgttaaaatatattttc
tttgatatcagcaatacagttgacgctctcgaAATCGATCTTCACAATAA
CCTAAAAGCCTTTGCTGGATTATAAGAATCGAATGCGTCTATGAGACTTT
TGAAATAACTTCAAGTTATAAATTTCAAGTTAACCGAACTGCCATACTGT
AGAGTTTCAAATTGCTgcttaattttcttataaaattgattTAGGCGATA
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CGACACCTGATTGTTCATTGTAGGAGTAATTGATTTGGTTCTacctcaat
ttttttcttctataaGCATTATCTAATTTGCCTAATAATTTGTTTGGATG
TAATAGCTTTTTATATCCTTTACCCAATATCTCAGtattatgatattttt
tttattctacGGCTGCATAATTTTCAAATTACATAGAAGGAGGCATTTTC
AAGGTTAAAATTGGTCCAACGTGCACATAAGATACCTCAAAATATTCGTA
AGACGAAATGACATATAAAAATGTTTCACTTGTAGGACATCATTGATTAC
ATCATAGAACTTCAATTATAGAACACTttaattaacaaaagaaaatgaaa
gaaatggcTTCAAAATTAATTCTTCAGAAACTCCCAATTCGAGTTGTATG
ATTTACAAAAGGgcgacaaatatttttttaggagTGTGctttgttctcat
ttttttgtATGAAATCTTAATTTGTATCTTatgttaaaatatattttacg
aaaagaa Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0001515:9477..14083- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00036791 ID=TCONS_00036791|Name=TCONS_00036791|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4607bp|location=Sequence derived from alignment at sc0001515:9477..14083- (Clytia hemisphaerica)
CTTTTACTAAGCATCCCATAAAAACCCACGGGCAATCGAATTTTCTTATT
ATCTTGGAAAAAGTTTCATTTCGAATTTCCGCTACTTTTTGGTTAGTTAT
GTTTTGGCACAGTAGTACTATAAAGTCTCCTGATTTCATCTGTATACTTT
CTGTAAAAAACGGGTGCTTTTCGACTCCACCGAGCTACCATCTAGACGCT
TTACTTTTGGTGCAAGTATTTTATAAGTTGCAAGTATTCTATAAATATTC
TCCGAAAAATGTAAACGGAGTTAGTAGCGAGATTTCAACTCATAACAAAT
TTATTTCAATACTTGAAATGAACATTCTCTAGTATTGTTTTTGTTGGATT
CGCTAGTTGTCATGGATGCTTTTGTTCTCCGAGATGTTAAACCCACGGTA
TCCCACAGCGCTTGTTCGTGATTGCGTGAGATGGCGTAAATTTTTGGATA
ATACAGCAGGATCGCATTCAAATGAAGTGCAAGTGTAATCGTGCATCAGC
TTGATTGTAAAAACCACAATTATTACGCGAGTCAAAAATTAGTTATCTTA
GCCAATTCGATTCATAGAGCTTAAGCCTAGTTACCTAGGATAAACCCACT
TCTCACAGACCTGATTTGATTTTTTCAGCCATTAGGGTTAATCATAACTG
GCTGAAACTCGATGTTTTTATAGCTGGGGATTCGAATTCCATTGTTTTCA
AGTCGATGGGAAGAATAGCATATTTTGCAGTGAAGATAGGTTTATTTGAT
TATTTCCACCGAGGACGATATCTTGGCCAATTCTTCCAGTGGGAAGGGGT
CTCAATGGTAGAATCTTTGAGGTATGGGTGTTAAGATGTAGGTTTTAAAG
CCTGATTTTTTTTCAAAAAATCGACCCGTGTTTATTGCCTTGATTGACTG
CTATCTTGAGAACTTTCTCGATACTTAATACCCATATTATTGAATGAAAT
GAAATAGCAAGCCGATAAGAGTCTAATCGGAATTATGATTACGCCTCCTT
CACNACCCGTGTTTATTGCCTTGATTGACTGCTATCTTGAGAACTTTCTC
GATACTTAATACCCATATTATTGAATGAAATGAAATAGCAAGCCGATAAG
AGTCTAATCGGAATTATGATTACGCCTCCTTCACCCTAATATTTTGTCCT
CCGAACAGCAATCCATGGCATTGGTGTTGATTCTCTGAACCTCGTTCTAA
AGAATGGTAAAGTATCACTCATTACTACCCTACACAAGATATTTCATTTC
ATTTTTTAATTGATATGTCTCGTGTAAACCAAATCTTTTTGTGAAATGTT
TAAGAAAATTGAGTCTCTTTGAAGGGCATCTTCTATGAGAAAAATAATTA
TAAACTTGAGATCAGAAGGCTTTAATAAGTACTTCTGTACCATAACTGAA
GTCTCGTGAAGCAAAGGATAATATTTCCAAAATTAGTTTGTAATCTATTC
TTCAAATGTCATATTCCAAGGATTATCTTTGCAATCTTGTAAAAGAGTTC
TTAAAATTAAAACAATCAGTAAAAATTGACAAGCAAACAACAAACTTAAA
GCAAAAAGGCTTAAAACTCAATATTTGATTAAAACCTTAGCAAAGGTAAT
CCTTACAGCTTAATTTTAACACCATAGGTACCTGGATTAATGAAATCTGC
ATTGAACATTCTGTTGTCTCCAGAATCGGAACCTTCAGACATTCAGAATT
TTCTTCCTGAAAGACTTCTGGCAATCAAAAAGGTTTCCGACGATGCCAAG
GTTAAATGTTAAGAGGTTGTGAAAGAATTTACGCATGTTATTGAAGTCAT
TGAAGAAGTTCAACTGGGTGCGCTTGCCAAGCAGACCGATGTAAAAACTG
CTCTAGAGCATCTAAAACTCAATATCGATAATGCTAAGCGAGAGAGTGAA
CGCTTGGATCAGGTTACAAAAGCGAACAAAAAGGCATTAAAAGACATGGA
AGGACAAGTCAAGAGTGCAAAGGAAGATTGGAAAGATGCAATGGTTTCTA
TGCCAAGTGCTAAAGATTTGATGATGGCATCGCTGACTGAAAGCTTGACA
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TGCAAACATGATGACCATGGGTGNTTCTATGCCAAGTGCTAAAGATTTGA
TGATGGCATCGCTGACTGAAAGCTTGACAAGCATCGTTAAAACTGGAGCA
AATGCTGCCGTTCAAATGGGAACCCAATATGCAAACATGATGACCATGGG
TGGAATGGGTGGTATGCCTCCTCAACAAATGGGTGGTATGCAAAATCCTC
AGCAAGCACCAAACCAAAATGTGCAGTATCCAGCACAAGACACACTTGTA
GAAAACCCTAAGGTTGATTTTGTGCGAGACGAATACATGGTAAAGAACAG
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AAGGTGATATCAAACTAAGAGAAAAAGTGGTTGAAAAAGGAGACAAAGAT
ATCCCAGTTGGTAAAATCCTTGAAGCTGAAACCTTTTTTAATATGATGAA
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AACTAATGAAATTGATTGACAACGCCCTCAAAACAATTGAAGGAATCCAG
AAGCTTCCTGAAAGCGTCGCAACGATTCAAAAACTCTTCGGTCAAGCAGA
AAAAATCATTTCTCAATCAGACACGATTGGATCAAGTTTGAAAGTGAAAG
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GCACCATCAGGCAGCTCGGGCAATCTCTCTGNAGGAATCTCTCAATTCAA
TAATCCAAATCCAACTCTACCACCATCACAAGCACCATCGGAAAGCTCGG
GCAATCTCTCTCAAAACATGATTGATAATGCTCACAAAAAGGTTGAAGCC
CATCGCTCAGAGTTGAATTCTCTTCGAATTCGCGCTGAAGAAGAAAAAAA
GCGGTTTGATGCATCAGAACAAGCTTTAGCAGAAGAATTGAGGAGATTGG
AGAATTTCAAAAGTGAAGATGCTACAAGTAAACGAATGATCGAAGTCTTG
AACCAGGGATTAGATGCATTGAATAAAGTCAAACAAAAGTGGGTGGATCT
TCTTCAATTCTTTACGTCACTGTCTAACTTGATAAATTCAACACTGGCTC
CCTCATTGAATATGTTTGTTGCTGACGCAGAGAAAGTCGCTCAGTCCGCA
AGAGTAACTAACATGGCAAAGGAGACTGTCTACCAAACAGCTTATCAAGC
AGTCAAAGTCAACCATGTTGTCAACCATCTTGCTGGCTCGTATAAAGAAA
TTTCAAAGAAATATCTCATGCCGTTGTGTTTAAAGTTGGATGAAATCCTT
ATTTTAGATGCTAATCAAGATAAAGCAAAGCTCGAAAAATTGAGATTAGA
ATTGGGCGCAGAATGCAGAAAAGCTCAGGAAGACATCAAGAGAATTGTAG
ACAAGCACCACGAGGAGTTTCTTGCAAACTGCCACAAGAAAACATCAGCA
ATCGATACAGAGATGAGGGCAATTGCACCTATTACCGAAGAGAAGAAGAA
ACAGATCCAAGCAAATGCACAGAAGATGGTAAAAGGAGAAGAACTTGATT
TTGGATTTTAAATTCCTTGAGACATTAATATTAAAAAAACATGAATCAAT
AAAGGTCTTTTTCCAGAAGTTATCCTAAGAATTCACGAATGTGTTTAAAT
ATCTTATTACTTTACGTTAATTTTTGGTTTTAATGTTAAAATATATTTTC
TTTGATATCAGCAATACAGTTGACGCTCTCGAAATCGATCTTCACAATAA
CCTAAAAGCCTTTGCTGGATTATAAGAATCGAATGCGTCTATGAGACTTT
TGAAATAACTTCAAGTTATAAATTTCAAGTTAACCGAACTGCCATACTGT
AGAGTTTCAAATTGCTGCTTAATTTTCTTATAAAATTGATTTAGGCGATA
CGATTAGGATTTTTAAAGTTCGACTGTTTAACACAGCAAATTTTCAAAAC
CCTTTTGTGAAAATTGAAATTTAATTTCTCACGATAGGTCAAATCCCTTT
CGACACCTGATTGTTCATTGTAGGAGTAATTGATTTGGTTCTACCTCAAT
TTTTTTCTTCTATAAGCATTATCTAATTTGCCTAATAATTTGTTTGGATG
TAATAGCTTTTTATATCCTTTACCCAATATCTCAGTATTATGATATTTTT
TTTATTCTACGGCTGCATAATTTTCAAATTACATAGAAGGAGGCATTTTC
AAGGTTAAAATTGGTCCAACGTGCACATAAGATACCTCAAAATATTCGTA
AGACGAAATGACATATAAAAATGTTTCACTTGTAGGACATCATTGATTAC
ATCATAGAACTTCAATTATAGAACACTTTAATTAACAAAAGAAAATGAAA
GAAATGGCTTCAAAATTAATTCTTCAGAAACTCCCAATTCGAGTTGTATG
ATTTACAAAAGGGCGACAAATATTTTTTTAGGAGTGTGCTTTGTTCTCAT
TTTTTTGTATGAAATCTTAATTTGTATCTTATGTTAAAATATATTTTACG
AAAAGAA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00036791-exon-sc0001515-1575043694:9477..14083 | TCONS_00036791-exon-sc0001515-1575043694:9477..14083 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00036791-exon-sc0001515-1510915933:9477..14083 | TCONS_00036791-exon-sc0001515-1510915933:9477..14083 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00036791-exon-sc0001515-1491911889:9477..14083 | TCONS_00036791-exon-sc0001515-1491911889:9477..14083 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0001515 | supercontig | sc0001515:9477..14083 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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