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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00036362 ID=TCONS_00036362|Name=TCONS_00036362|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2933bp
cgagaatcgccggattccatgaatttctcgagttgttctcgtattattct
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ATGTAGCAGCTAAGAAATATATTACatacattttgaaaatcttcgaaaat
aatatggtttttcaatatttttccgGATAAGGC Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0001449:50169..53101+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00036362 ID=TCONS_00036362|Name=TCONS_00036362|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2933bp|location=Sequence derived from alignment at sc0001449:50169..53101+ (Clytia hemisphaerica)
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00036362-exon-sc0001449-1491911889:50169..53101 | TCONS_00036362-exon-sc0001449-1491911889:50169..53101 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00036362-exon-sc0001449-1510915933:50169..53101 | TCONS_00036362-exon-sc0001449-1510915933:50169..53101 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00036362-exon-sc0001449-1575043694:50169..53101 | TCONS_00036362-exon-sc0001449-1575043694:50169..53101 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0001449 | supercontig | sc0001449:50169..53101 + |
Blast
BLAST of TCONS_00036362 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: TM136 (Transmembrane protein 136 OS=Homo sapiens GN=TMEM136 PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 96.6709 bits (239), Expect = 1.127e-21 Identity = 66/208 (31.73%), Postives = 105/208 (50.48%), Query Frame = 2
Query: 1136 WFTLYLMLRVLSG-KPEEWCNRTLTLLHSLVICRMIEYSAYTDGN-PLHRIGGTNTVMEEKILMFACSYFIFDTIWLLFVKSDEDPLILAHHAVGVLMLPLSHWYGSSGAEICVALWGGELTNPFLQYRFYLK----YYTMQGSRLAFWNDFVFAVVFLIIRVIFFTVLCYQFMVAPKTHTLIKAFGLLFYFVGLSWSYKIIGFIQRK 1741
W +LY+ L+ + EW R +T H ++ + Y + DG P G NT ++ +L YFIFD W ++ +S E L+LAHH + +L + ++ G SG E+ L+G ELTNP LQ R++L+ Y++ G + DF+F +F +R+ L + MV+P +KA G+ Y V + + I F RK
Sbjct: 16 WLSLYISFCHLNKHRSYEWSCRLVTFTHGVLSIGLSAYIGFIDGPWPFTHPGSPNTPLQVHVLCLTLGYFIFDLGWCVYFQS-EGALMLAHHTLSILGIIMALVLGESGTEVNAVLFGSELTNPLLQMRWFLRETGHYHSFTGDVV----DFLFVALFTGVRIGVGACLLFCEMVSPTPKWFVKAGGVAMYAVSWCFMFSIWRFAWRK 218
The following BLAST results are available for this feature:
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