|
|
Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00036330 ID=TCONS_00036330|Name=TCONS_00036330|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=387bp
TAAGCACCCAAGTAAATAAGCAACCAAattGATGAATGCATCTGGAGATC
AACTAATCACAAAAATCAATCTTGACGATGGATACCGAACTTCATTACCT
ATTTTCTACctatttattttcattatctACATACACCCGTCACGAGACAA
CAGGTCCCAATCGACTATTCTCTACAAGACCAGAAGGAAAACGAAtgata
ttttaaaatatatagTATATTCTAACAAATGTACAATATTCTTCTTCTTT
AAGAAATTTATACTTTAATATGACATATCTCTTTcatcttttattgaaaa
atccaTTAAACACTCGGTTGAAGTCATTTCCAATTATTTTcccaagaaaa
aatatttattctacAGCAAGAATATTCGATAGATTAT Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0001443:50340..57888- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00036330 ID=TCONS_00036330|Name=TCONS_00036330|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7549bp|location=Sequence derived from alignment at sc0001443:50340..57888- (Clytia hemisphaerica)
TAAGCACCCAAGTAAATAAGCAACCAAGTAAGCTTAAAGGTTACACAGAC
AGATAAGTATTTAGTTTTTTCTCAAACTGCGTGATCATTTTATGCACTTG
ACTTGCGATTGTGTTGATACTTTTTGGTTTCTCTTTTTTTTAAATCATTT
TTGTAGCTTTTTGTATCTGTAATATGTGGGAACTTCTAAGAGAATTTTTT
TTAAAGTTTTGCGTTTACTTTCTCCTATGAAGATGCTGTACCCATACCGA
TACCGATACCAATACCGATATCCAATTGCCGCTGTTACCGAAATCGTTCA
AATTTTAATAGTAAGCACCCAAGTAAATAAGCAACCAAGTAAGCTTAAAT
AAAGGTTACACAGACAGATAAGTATTTAGTTTTTTCTCAAACTGCGTGAT
TATTTTATACACTTGACTTGCGATTGTGTTGATACTTTTGGGTTTCTCTT
TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAAACTGTATGGGT
GTTCAGCTGAATGGAAGATACTTTCAATACTTCCCCAATTCATATTATGC
TGACACAGTCATCCATCAAGATAGAATAAATCAACTTCCAGACGAGGCCG
CTCAGCTGCCAGGACTAAAAGTTGTTGAAACACAGGAGGACATGACAGAA
GATGAAAAAGGACCTGCTCCCAATCAATTTTTCATTCCATTCAACGAGGG
AGATGACAGTGTTACTGGGTCAGGCATCACCTGTCCTGTCGATCCACAGG
ATGCTGATAAGGAGCTCAAGATGATCATACAAAAAATGACTGGATCTGAA
GAAATTCTACATCAAGGCGGTGTTGCATCCGCTGATTGGGATCGAACTCG
AGAAGTTCCCATAAAGGAATTGAAAACGCCTGGTTTTTTTACCATGGTTG
CTCCTGACATCTTTGTCAATGGAAGTTGTGACATCACCTGCAAGAAGTTG
GTAACTGTACATCTCGACGAATGGATACAACATATTTATTTTGTTGGGGA
AGATCGTGTTCCAAAGCATCCATTTCTGAAATTTCTTCTCCATAACCTGA
AATTACGGCAACAGGCACTTGACCATGGAAGCTTTTTGGTCGCACAGCAG
TTGAATGATGCACATCTGACAATTGACGAACTCAGAACAAATCTGAATGA
AAACAATGATCAGAGTGTCCCACTCAAGATCATAANNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTCCAAT
GATACCAAATTTATAAAGATTAAAGAATTCCTTCAAAAGTTATAGGTAAA
AGAAAAAAGAGTGCACACTTATCGTGAATAGATTGATGAATGCATCTGGA
GATCAACTAATCACAAAAGTTTGAAATTCAACTTTATTAATTAGTTATAT
CGTTTTCGAGTGCTTTAATCTACTAGCAAGTTGAGTATTTCTAATGACTA
TTATTGCTTATGTGGGACTTTCCAAAATGTGATTTGTAAATGGTTAAAAC
CCAATGCTATCTACTTTATATCTTAATTTTACTTCTGCAGATCAATCTTG
ACGATGGATACCGAACTTCATTACCTATTTTCTACCTATTTATTTTCATT
ATCTACATACACCCGTCACGAGACAACAGGTATTACTTATAGTAAATCGG
ATTTATTTTTACTTATCAGCGTTTGAAAAATCTTTTTTGCGATTCTTCCA
AGAATAACTTGTAACAGTTCCTGTAAATTTTCGTCTAAACTTTAAAGTGT
ATTTTAAGCNACAGGTATTACTTATAGTAAATCGGATTTATTTTTACTTA
TCAGCGTTTGAAAAATCTTTTTTGCGATTCTTCCAAGAATAACTTGTAAC
AGTTCCTGTAAATTTTCGTCAAAACTTTAAAGTGTATTTTAAGCAAAATC
TGATTACTTGCTAAAATTAATTATGTGCGATATTTACTTTTTACCTTTCC
TGTTTTTACTTGCAGGTCCCAATCGACTATTCTCTACAAGACCAGAAGGA
AAACGAATGATATTTTAAAATATATAGTATATTCTAACAAATGTACAATA
TTCTTCTTCTTTAAGAAATTTATACTTTAATATGACATATCTCTTTCATC
TTTTATTGAAAAATCCATTAAACACTCGGTTGAAGTCATTTCCAATTATT
TTCCCAAGAAAAAATATTTATTCTACAGCAAGAATATTCGATAGATTAT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00036330-exon-sc0001443-1575043694:57862..57888 | TCONS_00036330-exon-sc0001443-1575043694:57862..57888 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00036330-exon-sc0001443-1575043694:51171..51207 | TCONS_00036330-exon-sc0001443-1575043694:51171..51207 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00036330-exon-sc0001443-1575043694:50910..50998 | TCONS_00036330-exon-sc0001443-1575043694:50910..50998 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00036330-exon-sc0001443-1575043694:50340..50573 | TCONS_00036330-exon-sc0001443-1575043694:50340..50573 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00036330-exon-sc0001443-1510915933:57862..57888 | TCONS_00036330-exon-sc0001443-1510915933:57862..57888 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00036330-exon-sc0001443-1510915933:51171..51207 | TCONS_00036330-exon-sc0001443-1510915933:51171..51207 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00036330-exon-sc0001443-1510915933:50910..50998 | TCONS_00036330-exon-sc0001443-1510915933:50910..50998 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00036330-exon-sc0001443-1510915933:50340..50573 | TCONS_00036330-exon-sc0001443-1510915933:50340..50573 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00036330-exon-sc0001443-1491911889:57862..57888 | TCONS_00036330-exon-sc0001443-1491911889:57862..57888 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00036330-exon-sc0001443-1491911889:51171..51207 | TCONS_00036330-exon-sc0001443-1491911889:51171..51207 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00036330-exon-sc0001443-1491911889:50910..50998 | TCONS_00036330-exon-sc0001443-1491911889:50910..50998 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00036330-exon-sc0001443-1491911889:50340..50573 | TCONS_00036330-exon-sc0001443-1491911889:50340..50573 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0001443 | supercontig | sc0001443:50340..57888 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
|
