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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00035483 ID=TCONS_00035483|Name=TCONS_00035483|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1917bp
AGTCTGTTCATTATAAAAGTACTTTCAGAATATTGGTTTGCATGTTATGC
TATCATTCAGATAATTCATCATGGCAGAATCCAATCCAGATATTTCTAAC
GAAGTTTTCTCGTCTCGGATGCTTTTCAAAACCATACGAAGTAGGTTTCC
AAAGGTTGATTTCCATGGATCAACGATCGGCCTCGATTGCTGTTGTATCG
ACCTCGACCACGACCTCAACAACGACCTCGACCCCGACCTCGACCCCGAC
CTCCACCTCTGTTACGGAACTGCTGTCTGTATACTACATTGGCTTCCTGT
TCTTGGCTCGATTCAGGTGATTCGATTTTGATGCTTTGATTTTGCTCAGG
TTGAATGGGTTTTGCTTGTTGaccgaaaaacttttttaacaaaCTTTTCA
TTTGTTTGTATAGCGAGTCTTGCTTGTTATAATCAGCTCCTGTTAGTACG
AGTAAGCGATCGTTATTTTGAAGTCCTGAATTTTCAAGCAGCTTAAACGC
TAAAACACTCTCAGGTAGTtgcatcttgaattttttggttttgttgtaCC
GCTTTTCAAATTCGAGAATATAACTATCCATtgtatcattttcaattttc
ttgtaTCTGTCAAAGTTCACATAGTGTTCATACACTTCCGCTAGCTCGTC
TTTTTTGAATACTGTGTCAAAAACGCTATTAATGTCTCCACGCCGTCATC
TTTCTTGAGATCGTCCATATTAATCTCATTATTACACTTTGNtatcattt
tcaattttcttgtaTCTGTCAAAGTTCACATAGTGTTCATACACTTCCGC
TAGCTCGTCTTTTTTGAATACTGTGTCAAAAACGTTAATGTCTAAATTAA
TGTCTCCACGCCGTCATCTTTCTTGAGATCGTCCATATTAATCTCATTAA
ACACTTTCTCTCTCNCACTTCCGCTAGCTCGTCTTTTTTGAATACTGTGT
CAAAAACGCTATTAATGTCTCCACGCCGTCATCTTTCTTGAGATCGTCCA
TATTAATCTCATTATTACACTTTGTCTCTGATTTGCGATTTGTCATCCTC
TGGCAACGAGAGTGCAATGACTACTCCTTGCTTCTTCTTTGCGACATTAG
TCACATATGTCCATGCACGCAATTCTTCTACATATCTACTGTAAGGTTTG
TCGTCACCAAATGCTGGGGGCTTATTGAAGTTCTCTGATGTCGCCATTTT
AATAACCACTCGCTGCTACCATGAAAAGTCGCTAATATTCAATGTGATAT
AAGCCCCACAGCCACACCATATACTAATATATATCAGCCTTTAACGATAA
GAACATAAACACGGTTAACAATATTTCCCAAATGCAAGTTTTGGTGGTAA
CGGAGACAGTTTTAATAGCACTTCTTGGCCTTTTCAGTATATGTTTTTTG
ATACTCTCATCAAAATAATGGCACAATAATTGGGACAAAGCCTTAAACAC
CTGTCTTTTCAAAACatgctttaaaattttgaaatcccCGACAAAAAAAC
AAGCGTATTGCTTGAAAATTCACATGTTGATAATAAATCTTAAGTAGTTT
GAGGCcacagaaattttgttttgtctaAGTCATTTTGGGCTCACTCAACT
CACTTCATACTTAAAGATTCATTGGGCCATTAATGACATTAATGCTCAAC
AGGACACTACATTGTTTGACAGAACTGCcaaaacaacaattttgtctttg
TATAATAAAATCACCTTTGATAAATTATATAATAAATATTAATtagtaaa
gaaattttgctaTACAACAATGCAGTAAGTATATTGCagattttattcat
tttttattcagGATACTCactcagatttttcaaaaattatttttgagcaa
tttgTGACActattttatttattgttgTTAAATAGTAATTAAATGGTAAC
AATAAATGATATACAAC Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0001316:17787..24868- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00035483 ID=TCONS_00035483|Name=TCONS_00035483|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7082bp|location=Sequence derived from alignment at sc0001316:17787..24868- (Clytia hemisphaerica)
AGTCTGTTCATTATAAAAGTACTTTCAGAATATTGGTTTGCATGTTATGC
TATCATTCAGATAATTCATCATGGCAGAATCCAATCCAGATATTTCTAAC
GAAGTTTTCTCGTCTCGGATGCTTTTCAAAACCATACGAAGTAGGTTTCC
AAAGGTAAATCAAATTTCAACAAATTGTTTTGAAGAGTTGCTTCTACAAA
AAGAATCTGAAGAAACTGTTTTAGTTGTAGATGTTCGAGAAAGGCAAGAA
CAATCCATCAGCAGTTTAGAGAATGCTGTTTTCATTTCACCGAATAATCA
GAATATGGACAAAATCTTATGTCTTATCGAATCCAAACCAATATCAAATG
TTGTTGCATTCTGCTCAATGGGTTATAGATCTTGTGAATTTGTTCAAAAA
TTGTACAAATGTTTGGATACTTCTAAAAGAAGTAGTATAACTTTGTACAA
TCTTGAAGGTGGCCTTTTCAAGTGGGCAAATGAAAATAAACGCATTGTTG
ACGATAAAGGTATGGAAACAAGCTTTGCACATCCTTACAATGTTGTTTGG
GGAAAGTTTTTAGAGTATGACAAAAGGAAGTATCAATTAGATGAAAAATG
ATATTATCTGTCATATTTTATGTTTTGAACCAGGTTTGAATAATTCAAAA
TTTGGCGTCAACTGATAATATGGATTGTTATTTTTGTTAAAATTATTTAG
AGCTGGTGCAAAATTGTTGTTTAGGCCTTTCTGTTAGGAGTAGTATATAT
ACGTACGAATTCACATGAAGTTTGTGCATTCCTTATATAAACATGATAAT
AAAGTTTTAACAAGCTGTTCAAAGTTTACTGTAAGTAAACCCTGATATAT
CATACCTTAAGGGAACTTTTGTTGGTGAAAACTGATTTTGACGAACGGTC
GATTCAAAAAAAAATATTTAATTTTGGCGAGAATTAATTTTGGCGAGCCA
GGAATTTTTTTAATTTTAGCGAGAACTTGTTTTGGCGAATCAACGGTTTT
TAAATTTTGGCGAGAACTTATTTTGGCGAATGACAGCGTAAATCTGTTCT
ATTTTGCCTTGTTTGAAGCTTTTTTTGTGAACTCAAGAAGTTATTTAGGC
AAAATACCAAAATTTTTAATTTTGGCGAAAACTTAATTTGGCAAATCAAC
GATTTTTTTTAATTTTGGCGAGAACTTAATTTGGCGAATGACCTAAAAAT
TTTATTTTGGTGGGAACTAAATTTGGCGAATTTCGAGTTCGCTCGCCGAA
ATTTCGCCAAAATTAGTTCTCGTCAAAATAAGTTCCATTACGGTAACAAA
ATGAGTTCAGTTCATATAATTGATCACTTTGGTATTTGTTGATGACTTAA
GGGTTCCCCTGTCTTTTCCATTTTGGTTGCCTAACTGCTGAAACTGATCG
ATTTTAGCTGATTGTGCTATTCAGCTTAAATTTTAAATTTAAAATTAGTG
GAAAAAAAGTCACAGCCACACCATATACTAATATATATTAGCCTATAACG
ATAAGAACATAAACATGGTTAACAGACTCCCCTCTTTTAACTCTTTTAAG
AAGAGAGATAATCAGGTCGTCACATAAAATAAACTATCAAAACATATTAT
CATTTGTATCATGTCCGCCAAGCAAAGCATACCAATAAAACAAATATCAA
AACCAAAGATCAATGGACGGTCATGTGTAACAGGTCCATTTGAACATATT
CAATATCAACTGGAACCAATTAAAACAATTATATCCATCAATAATCGATC
GTGTACCAGAAATTTGATTTCAATAACTCAAAATCATCATAAATTTTCAA
ATACCTATCTCATTAATATAAACCAAAACCTTTCTCACCATGCAATAAAC
ATATCAAAATACCGATATCAAATAACATTTAACAAAACTCTCATGGTTGA
CGCAACATTCCGGAAACAAGAACTTGGTTTAGATTGCGGGATGACGCTCC
CCGTTTCGCAAGGGAGTCAGCTAATTGCTTCGCAGCTTCGATCCACTTGA
TGGACATTTTATTATCATGTATCATTTCGTTTCTTCTCTGAAACCATTGT
TGTCGAATGAACATTTTGTACGAGAGACTTGTTATCAGCAAATGATTTTA
TGGGGATTCGATTCTGTTGATCAGATTTTCCGTAAATCAATTCTGTTAGA
AGGTGTCCGATAACGAAAACACCTTCACAACCATCAGCAAGTGACAATGT
TTCTACAGCAAGAGTGCTTCTTACAATACGTTTAATCTTTGTAGACGACC
AGGAGGTGGGACAGCATTTATCTCCTTCGCCGAAGAGAAAAACAACTCGA
CCACCAGTGCTGGAAGTTCTGTCAGGGAGATTTGCGAACGATGCATCATT
GAATAACATAAGTATGAGAATACGAAGTTCTCCAAGACGCGGGCACTTGA
TTTGTAACACTTCAGATTTCAACTTTCTCATGACTTTATTCGTTTGAAGT
AAATGATCGACTGTAGCTCGGTTGGTTATCATACTCAGTTCGAGAACGCC
ATACGAAAGATCTGGTCGTGTCTGCGTTGCCACCCAATTCAATTGACCTA
TTGCTGTTCTCAAAAGTTTTTCCTCTTCGGATGTCACTTTATCGTTTTTT
CTTAACTTTCTTGATGGTGAGATTGGGATCTCCTTGATTGATTTTACGTA
CATCGATTGCCATAAAGTTGTTTCATTTTGGTTAGTCGAAACTTCTAAAC
CAATGTATTTGAATATGTCAGTTGCCTTAGAACCAACTTTGTAAGTTTCA
CACACCTTTTTCACAACAGTTTTTAAGAAGGTCTGTGAACCAGAGTACAA
AAAGTCATCAACATGCGAGATAAACATTCCTGCAAGCTGGTTGGATGAAT
CACACGGCATGAACAGCGCTTTGTCGATGGTCGATTGTATACATCCAAGT
TGTAAAAGTGTTTCTCAAATTGTAAAATACCAATTTCGAGATGCATCATT
GAGCCCATATACTACTTTCCGTAGCTTCCAAACTATGTTCTCAGCTACTT
TAGCTTCCTTGGGCGGTTTGACAAAAACCTCACGATTTATGTCTTCTCCT
TGACTTTATGTCAATCATCTCTAAAGGTCATTGCTTTGTGGATGAAATGG
CAAAGCACGTACGAAGAGAGTCTTTGGAAATTGTTGATGAATCACTGGGA
ATGTTGGAAGTCTCTTCAAATCCTCTCACTACTAGTCGAGCTATGATTAC
TAGATTAGGTTCCGGTTGTTTTTCAGTTACTACCCATCTTGTTGAAATTA
AAGGTTGATTCTTGAATTCGACCTGATCGTAAACATCAAAAGTTTTCCAG
TTTAGAAGCTCTTTTTCTTTGGCTTATTTAACTAGTTCTTTCTCTCGATC
ATTGGCAGCACGAAATATCGCATTGTAATTGACACTTTCACCATAAACCT
TTTTATCCTCCCGTTCAACTGAGGAGAAATCAAGGCATAAACGTTCATTA
TTGTCCAATGTTTCAACATTAAACCACGAAGCAAATTTTCCTGTCTCTTT
ACCCCCTCTACTGATTATTCGTGCAGATTTCCATTGCTCTGAATTTTTAT
CTTTGATCCTCACAATATCTTGTAACTTTGGAAGATGCTTTTCTTTAGGG
CCAGAGTTAAGCGGGTAATGTAGTGGTCTCGACAGAGGTTGGTGGTATTG
GTTCATCATCACAATGTTCTTGTGGTGATTGGTCCCAGGTTCATCGATAA
TACCATCAGAGTCTATTGGACTAGATTTCTTCGAGGTAATCTTGTTAATT
TCATCCTTGGTTTGGTCACTGGTTTTGTTGCTAAATTCTTCGCCGACTTT
GAGGATTCGACAGTTAGGGACTCTGACGTAAACACTTCCGTGATGAACAA
AGATAGTTTTGCCGTCTTGACCGATAACTTTTCCTGGACTCATCCATTTG
TTACTCGATTCTCGTTTGTGGAATACAGGATCACCAGTTTCAAACTTTTC
GCTATGACTTCGCAACTGATGTCTTAAGGCTCGTCTGATTTGTTCAGATG
ATTCTGCTTGTATGAACGCTCGTCTCCCGGAATGTAAGCCATTACGGTGT
TTGTAAAATTGTTCAGATATGGTTGTCCCTTCGAAAGCTGGTGGCTTATC
AATGATCGCAGATGGTAGGTTAGGATTTTGCCCAAACAGGAGTTGATATG
AGCTATATCCAGAGTTCATTTGTAGACAGTTTTTAGCATGAATTGCTCAC
ACTAGCAGACACTAGAGCAATTTCGAGTTTCATCTTGGGATTTTTTTCCA
AAATCTTTGTAAACATTCGTCAACAACGGCATGGTTATGTTCGCATAAAC
CATTCTGCCAGGGACTTTGCGCCGCAGTATTGCGTACTTCAATGTTGAGA
TTTGCACACATGTCCTTGTATTCCTCGTTGGCAAATTCGCCTCCGTTATC
TACAAGAAATTTCTCTGGACAACCAAATAAACCCTTTAAACAGTTTGGCG
AAGGGTGAGCAAATTGTTTATGAAGTTTTGTAATAACATTGGAAATTTCC
TCATCACTCTCAACACCGGTAAAACAACATTAAATGTCAATAGATGTGTC
TCTTAACGGAATACAATAATGACCTGCTGACGTACTTTGAAGGTTAACAG
TTTTTCCATAAACTTCAGCTTTATCATTCACTAAGTCTAATTTCATCCCT
GCTTTTTTCATTGCGGAATTACTCAAAAGCATGGGTATATCACTCTCAAT
TATGTCTGTTTCGATTGTACATTTCTGTCCTGCAAGATAACAAGGTAACA
CTGTTTTGCCTGTTGATTGGAGTCGTTCACCATCTCCGAATTTATACACG
GTATCACTGTCCTTGTAAATAACTTCAGCTTTCTCAACTTCATTTAATGA
GTCAACGAAACATTCAATCCAGTCTTTTCCAGCAACCGTCGACGAGCATC
CACTGTCAAGGACAGCAGAGTTAGTAGATTCAGTCAACAGAACGTTCAAT
TCGTTATTGTTTTGCCCTGTGAATAGAGCAAACTGTTCAGTCTCGATAAG
GAAAGATTGTTCCATATTTTCATACGCATGTGGGTAATCTTTCACAAAAT
GTAACTTTGAGTCACACATCATACAACGCTTCACATTTCCTTCTCCGTNT
AATCTTTCACAAAATGTAACTTTGAGTCACACATCATACAACGCTTCACA
TTTCCTTCTCCGTCTAATGGATTTGACTTTCGTCCTGTTGCAGGTTGATT
TCCATGGATCAACGATCGGCCTCGATTGCTGTTGTATCGACCTCGACCAC
GACCACGACCTCGACAACGACCTCGACCCCGACCTCCNTCTAATGGATTT
GACTTTCGTCCTGTTGCAGGTTGATTTCCATGGATCAACGATCGGCCTCG
ATTGCTGTTGTATCGACCTCGACCACGACCTCAACAACGACCTCGACCCC
GACCTCGACCCCGACCTCCACCTCTGTTACGGAACTGCTGTCTGTATACT
ACATTGGCTTCCTGTTCTTGGCTCGATTCAGGTGATTCGATTTTGATGCT
TTGATTTTGCTCAGGTTGAATGGGTTTTGCTTGTTGACCGAAAAACTTTT
TTAACAAACTTTTCATTTGTTTGTATAGCGAGTCTTGCTTGTTATAATCA
GCTCCTGTTAGTACGAGTAAGCGATCGTTATTTTGAAGTCCTGAATTTTC
AAGCAGCTTAAACGCTAAAACACTCTCAGGTAGTTGCATCTTGAATTTTT
TGGTTTTGTTGTACCGCTTTTCAAATTCGAGAATATAACTATCCATTGTA
TCATTTTCAATTTTCTTGTATCTGTCAAAGTTCACATAGTGTTCATACAC
TTCCGCTAGCTCGTCTTTTTTGAATACTGTGTCAAAAACGCTATTAATGT
CTCCACGCCGTCATCTTTCTTGAGATCGTCCATATTAATCTCATTATTAC
ACTTTGNTATCATTTTCAATTTTCTTGTATCTGTCAAAGTTCACATAGTG
TTCATACACTTCCGCTAGCTCGTCTTTTTTGAATACTGTGTCAAAAACGT
TAATGTCTAAATTAATGTCTCCACGCCGTCATCTTTCTTGAGATCGTCCA
TATTAATCTCATTAAACACTTTCTCTCTCNCACTTCCGCTAGCTCGTCTT
TTTTGAATACTGTGTCAAAAACGCTATTAATGTCTCCACGCCGTCATCTT
TCTTGAGATCGTCCATATTAATCTCATTATTACACTTTGTCTCTGATTTG
CGATTTGTCATCCTCTGGCAACGAGAGTGCAATGACTACTCCTTGCTTCT
TCTTTGCGACATTAGTCACATATGTCCATGCACGCAATTCTTCTACATAT
CTACTGTAAGGTTTGTCGTCACCAAATGCTGGGGGCTTATTGAAGTTCTC
TGATGTCGCCATTTTAATAACCACTCGCTGCTACCATGAAAAGTCGCTAA
TATTCAATGTGATATAAGCCCCACAGCCACACCATATACTAATATATATC
AGCCTTTAACGATAAGAACATAAACACGGTTAACAATATTTCCCAAATGC
AAGTTTTGGTGGTAACGGAGACAGTTTTAATAGCACTTCTTGGCCTTTTC
AGTATATGTTTTTTGATACTCTCATCAAAATAATGGCACAATAATTGGGA
CAAAGCCTTAAACACCTGTCTTTTCAAAACATGCTTTAAAATTTTGAAAT
CCCCGACAAAAAAACAAGCGTATTGCTTGAAAATTCACATGTTGATAATA
AATCTTAAGTAGTTTGAGGCCACAGAAATTTTGTTTTGTCTAAGTCATTT
TGGGCTCACTCAACTCACTTCATACTTAAAGATTCATTGGGCCATTAATG
ACATTAATGCTCAACAGGACACTACATTGTTTGACAGAACTGCCAAAACA
ACAATTTTGTCTTTGTATAATAAAATCACCTTTGATAAATTATATAATAA
ATATTAATTAGTAAAGAAATTTTGCTATACAACAATGCAGTAAGTATATT
GCAGATTTTATTCATTTTTTATTCAGGATACTCACTCAGATTTTTCAAAA
ATTATTTTTGAGCAATTTGTGACACTATTTTATTTATTGTTGTTAAATAG
TAATTAAATGGTAACAATAAATGATATACAAC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00035483-exon-sc0001316-1575043694:24715..24868 | TCONS_00035483-exon-sc0001316-1575043694:24715..24868 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00035483-exon-sc0001316-1575043694:17787..19549 | TCONS_00035483-exon-sc0001316-1575043694:17787..19549 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00035483-exon-sc0001316-1510915933:24715..24868 | TCONS_00035483-exon-sc0001316-1510915933:24715..24868 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00035483-exon-sc0001316-1510915933:17787..19549 | TCONS_00035483-exon-sc0001316-1510915933:17787..19549 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00035483-exon-sc0001316-1491911889:24715..24868 | TCONS_00035483-exon-sc0001316-1491911889:24715..24868 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00035483-exon-sc0001316-1491911889:17787..19549 | TCONS_00035483-exon-sc0001316-1491911889:17787..19549 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0001316 | supercontig | sc0001316:17787..24868 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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