TCONS_00034775 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00034775
Unique NameTCONS_00034775
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length3755

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00034775 ID=TCONS_00034775|Name=TCONS_00034775|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3755bp
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TTTCT
Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00034775-protein

>TCONS_00034775-protein ID=TCONS_00034775-protein|Name=TCONS_00034775-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=924bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0001217:33152..43254-

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00034775 ID=TCONS_00034775|Name=TCONS_00034775|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=10103bp|location=Sequence derived from alignment at sc0001217:33152..43254- (Clytia hemisphaerica)
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ACACATTTTTAAAACCTATCGTGACTGACCTATTAAATGGCTGGAAAGGT GTGATGCTCAAGGATGGAATATATGGCAAAAGTTTGTACAAGTATGCACT AATAAGCCTATCCAGTGACATCCCAGCTACACGTAAATGTTGTGGTTTTC TTGGATTCTCAGCAAAGCTTGGTAAATATATTTTGTTTTCCTCCAGAGTT TTCTTTAAAGCTCTATGTAAGGTGTAAACAGCGATAAAATCAGTCTCCTA AAATTACATGTTTTCACCATATACTTTAATCAGAAATTTTTGCGAGAACA ACTTTATCGCTAATTAGCAAATCACAAAAATTTTGATTTGGTGTGGATTT ATTTTAGTAAATCACGTTTTTTTTTAATTTAGCGTGGATTAATTTTAACG AAAAGAAGAAAATGTAGTGTAGACTGAATCATGTAACATTTTTGATATTT AAGTTTTTTTTCAATTTTTCAGGTTGTAGCAAATGTTTTAAGAAATTTCC AACAAAGAATTTTGGAGATAAAACTGATTACTCCGGCTTCGATATTGAAA ATTGGGATTTACGAACTGGAAAACAACACAAGGTAGCTGCTGGCTTGATA GAAAGGTGCAAAACCAAGACAGGGAAGGAAAAGATGGAAAAACAGCTTGG AGTGAGATTTTCACAATTGTTTGATTTACCTTACTTTGATCCAATTGAGA TGCACGTCATAGACCCAATGCATAATCTCCTGTTAGGTAAGATTTTTTAC TTAATGCCTTCAATTCGACACATGGTTTTAGGTTACAATTCGTTCCCTGG GTGGAGTATTGAAATTCAAATCTCAGGCTAAAGGCTTATTTATTATTGTG ACTCACTGAAGGAATATTGCTACGTACTGTTTACACCCTAAAGATTCCTT AGATTTGCAAGGCTAATTTTTTAACTTGTCAAAGGGCTTGATCCTTTATA ACAATTTGGTTGCTTGCAAAGAATGTATATTAAGCATAGGTTTTACCGAG AAAATATTTTTTGAAGTTTTGATTTTAAAGAGTGAATCGTCTAAAATTTC CCATATTTGCTACATTTTTTTTTTCTCAATCTCTATTTCAAAACACCTCT CCCAACTGAGATATTCCAGGTTATGGACCTAGATTAAAATTCTTTCCAAA TTGTACCAAAATTACAGAATAAGCCTAAAGTTTCTTCTCTATTTTAAGGA ACTGGTAAATTATTGATAAAACTTTGGCTGAAAACTGGAACTTTGACGGA ACAGAAGCTGAAAACAATCGACAGGTTGCAAAACCATATTAAAGTTCCAA GTGGTTACAGCAAGATGGCTAGACATATATCAAAGTATTACAAGAGGTTC AAAGCAGAAGAATGCAAAACATTTCTTCTGATTTACTCTTTGTACTGTTG CAAAAGGATTCTCGGACGTAAAAAGTTAGCAAACTTAACAAAATATGTCA ATGCATGTCGTTTGCTGTGTCGCAAGTCAATTAAGAAGGAGGATATCAGT CGCGCTCATGAGTTGCTTCTAGATTTTTGCAAAGGATTTCAAGAGTTATA TGGTAAAGAAAATTGCACCCCGAATATGCATCTTCACTTGCACTTGAAAG AATGTTTGGAAAATTTTGGTCCAGTTTATGCCTTCTGGTGCTTCTCCTTT GAAAGGTATAACGGGACACTGGGTAATTTCCACACCAATAATTACAACAT TGTATCAACTTTCATGAAAAAGATTGTCTTGAGTCAAAATATATCGTCCA TGGACCACAGTTTGTATGACTCATTTTTGAAACCAAAGTCTGCTCCTCGA CAAATACAAAGTCGGAAGAAAAAGGAAAAGTCTTTTCTTGATGATCAACA CAAACATATTGCCTCAGCCCTGTCAATGGAACAAGTAAACCTTTCAACGT 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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0001217:33152..43254-

>TCONS_00034775 ID=TCONS_00034775|Name=TCONS_00034775|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=13875bp|location=Sequence derived from alignment at sc0001217:33152..43254- (Clytia hemisphaerica)
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GAACAGAAGCTGAAAACAATCGACAGGTTGCAAAACCATATTAAAGTTCC
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TCAAAGCAGAAGAATGCAAAACATTTCTTCTGATTTACTCTTTGTACTGT
TGCAAAAGGATTCTCGGACGTAAAAAGTTAGCAAACTTAACAAAATATGT
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GTTTTATACTTATGTGAGGCTTTCTGATATAAAGACAAAGTTTATATGTA
TAAAAAAAAACTGCACCTTTAAAAGGAACGATTTAATTTATCGACGGAAA
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AAGATGGAAAAACAGCTTGGAGTGAGATTTTCACAATTGTTTGATTTACC
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TGTGGATGTTGAATGCCCTCGAGCAAAATGTTTGGCATTGGTTTTGCGTG
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GTTGTTTGCCCTCAGTGTAATTCTTTATACAAATTCGACAATTGTTTTGA
AACTAGAAAAGGACATAGTAAAAAGACAGTGAAATCCTGTACCTTCAAAC
CACCATTTACAAGAGCTGTTCAATGTAACACAAAATTATTGAAAGTTCGA
TTTACAGCAGCTGGAAACACAACATATGTACCGAAGAAAATCTATTGTAC
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AAGAGCTTCTTCTAGAATCTAAAAAAGCAACACAAGACGATAATGTAATT
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GGAATTATTTTTCACTGATAAGAGAAATCTAGGGTTGATGATGAATATTG
ACTGGTTCCAACCTTTCACCAACTCAGATTACTCACTGGGTGTCATTTAT
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AATTGTTTGCGGGATTATTCCTGGCCCTAAGGAACCATCAAAAAATGTTA
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AGATTACTCACTGGGTGTCATTTATATGGTACTGCTGAACCTACCACGTG
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
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The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
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TCONS_00034775-proteinTCONS_00034775-proteinClytia hemisphaericapolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0001217supercontigsc0001217:33152..43254 -
Expression

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Values :
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Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
IPR004242Transposase_21
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00034775 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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