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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00028248 ID=TCONS_00028248|Name=TCONS_00028248|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1163bp
GTTTACGGACAGATCTAAGAGGAGGGTGGCATCCAGCTGTTTCCATATCC
TTTCACAATACGAAAGTTCAGAAGTGAGTGAAAAAATGCTGTTGTCATGA
AAACAAGACAGGaggagctggttctcaatgtgCAAGCTATTATGTTTATC
AAGATATGAGATTGATGTTATAAACCAATTTTGGAGTGAGATTGGAATAC
AATGATTATTTTCTACCAAAATGTGGTTATGTGAATGTTTTGGTTGCCCG
GTACTGTTGATTTCGGCAACATTCAAAGTGGTATTTTGCTGAAAATGTGG
GTGGTTGTGATTTTCTATTTGGTTAAACTGTTACGTTGGAAAGCTGTGGT
ATGTATGGTTTGATTAATTGTACGGCAATACCAAAATGTGATAAATCGTG
CTTGAGTCAAAGAAATGTAAACTAGAAGGTGACCTAATGAATAATGGTTG
GTGAGTTTTGCTTACTTTATccatgattgtttttttttagatcTTATTGT
CTGGTGCTTGTGAATTTATTTGATTGACTTCTTGAATAATTTCTTGACCT
CTGTAAAGCATAGCTGGTTTAAAGTAAAGCGGATTCTGGCTAAAAGAAAT
TAACGAAGAATAATTATCTTGAATATTGTCTTTGAACATTAAAATCTTAA
CTTTCTAGGTCTTAATTGAAATTTTGTGTGCGAGTTCTGGGCGTGTCTTG
CACATAGCAAGCTAATCTCTTGCGCCATGAATCTCCTCTCtctgaacgtt
agatgaacgtacGACAGACAGTGAAATCCTTACCAACACATAGAGGGGAA
TTATATTTTCCTTTCCAAATACACTCTTCATCCCTTCATCATCCTAAACT
TCGTCGTCATTAGTTACTACACTGTTGtgattctttttcaattttaactt
cCATTGGGCGTTTTTCAACTTAATCTAGCTTTTTGGACAAGTTGGACATG
ATTGAACAGAATTTGAACGAATTTCTTGAAAGAGACGTTTTGTTCTTCGC
ACGACGATGGGTACTTTTTGTCTAATTATTTTTCCCACCAGTATTTCCAA
ACATCGATGAATACCACGACCAAAGTGCTCGCCATTCATTCCAATACAAT
GTTAATCTTGTAGGGTATTCGTTCCAAATTTATGAGAGTGTTGTTGTCGC
GGTTCATGTTGCT Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000671:22770..28433- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00028248 ID=TCONS_00028248|Name=TCONS_00028248|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5664bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000671:22770..28433- (Clytia hemisphaerica)
GTTTACGGACAGATCTAAGAGGAGGGTGGCATCCAGCTGTTTCCATATCC
TTTCACAATACGAAAGTTCAGAAGTGAGTGAAAAAATGCTGTTGTCATGA
AAACAAGACAGGAGGAGCTGGTTCTCAATGTGCAAGGTCAGTTCTTGGTT
CATAAATTGCATTCTCTTTCGAAATTTCCTATACAGTAGGATCTCAATAA
CTTGAATCGTGTTGTGCGCAGTTATGTAATTTTTGCGCAGATATGTAATT
ATTTTGCGCAGTTATGTAAATTCTGCGCAGATAATAGGTAATCATTTTGC
GCAGATATGTAATTTCCAAGCTGCGCAGTTATGTAATTATTTTCTGCGCA
GTTATGTAATTAGAACAGTTTTATGATTACTTTTTTGTGAATTTCAGTCA
TGATAATATGTGAAAAAAAAATTTATCTTGTGGATGAAACTTAGCACAGT
AGGGCTTTGGTACATACCACACCCTTTACAACGTACATTTAACATCCATT
TAACGTCCTTTTCGTGATAATTACTGATAACGATGGAATTTTGAAATGAA
ATTTAGCATGATAGGGCTTTGGTACATACCACATCCTTTACAAATGATAA
CATCCATTTAACATCCATTTAAAGTATATTTTCATAATAATTACTAATAT
ACGATTGAATTTTGAAATGGAATTTAACTTAATCCATTTAACCTCTTTTT
TCATGATAACAAGCATTGAATTTTGAAATTTCTATGGTTTATACCACACC
CTTTGATATTGGAAAAAATATTCAACGTCCATTTAGCATGTATTCATTTC
TAGGTTATTTAGGTGTATTTTCAAATAAGGTTTCACACAAGAGATTTAGA
GTATATACTTATAACTTTTTTAACACGTTACATTGACTTTTAAGATTGTT
TTACCTACCTTTTTAAAAAAAATATACAGAAAATTATTTTCAATATCAAC
AGAATGAACCCTGATAATATCAATCCAATATACCCCTGTGTCACGTCTCA
GCTGGAAGAAAACGCTTTAAATTCCATCCCCATTGGAAAAAATGAAATAT
TATATACTATCCCCACACTACTAGGTCAAAAAACATTGACTAAGCCCATG
TTCAATGTATTTCATCGACTGTCATCAAGTTTTATTTACTGTCAATTGTA
AATTATTGACAACAAATTGTTTGCATCGACCATCAATATTTCCTTTCTTA
CAGTCAATGATTTGTTTAGACTGTCAATTATTTTGTTGGCAGCTGTCATT
GTAAGTAATGAGCGGTCAATGCAAAAAATTGTCAATATATTCTTTTAATT
TTCAAGAAAATTGATTGACAGTCAGTGTTAAGTATTTTTTGTCAATAATT
TGATTTTGACAGTCAATAAAACTTGCTGACAGTCAATGAAAAACATTGAA
CATGGGCCTAATCAATGTTTTTTGACCTACCGTAAGGGCATTAATTCTCG
CGGCAACTAATCTTCGCGAGACAGCTCCCACGCGAAATGATTTAATTTTC
GACTGTAAATTTTCGCGAGGATTTAATTTCGCGAATTGGCAAATTTTTTC
AGATTTTCAGATTTTTCGTTAGTTTGATTACGTGATTTTGTCTGTACAGT
AGAGTTTCCATAACTCGAACGGCTACGAGGAATGAAAATTATTCAAATTA
TAGAGACATTCGAGTAATGGAGACTCATTCAAGAGAGTTTCTTTATAGCT
GAAAGAATTTTTAATTTCTTAATTTTCGCGGGGGTTATTTTTCGCGAAAA
AGGCAAAATTCGCGTAATATAATCCCAGCGAAAATTTATACCCTTAAGGT
AGTAGTGTCCATTGTAAAAATAAATCTTAATTGCCCATCCCCACTGGGTA
CTTGTGATTGAAAACACTAAAAATCAATATCCCAATCATAAAATGAAAGG
GATTTTCCATCCCCACTGGGATATTTTTTCCTCAATTTATCCCCCTTGGC
GTTAATAAAAAATTATAACAAAAAAGACGTTGGATGGATACTAAATGGAA
GTTACATACCAGGAGTCGATCATAGTTTCATTTAAAAACTTTCTTAGAAA
CTATCATAAATGGATGTTAAATGGGCATTGCCAAATTCAAAGAGTGTGGT
ATATACCAAAGTCCTATCATGCCAAGTTTCGTTTAAAAATTTAAACCCAA
TCATTAATCATCGTGAAAAAGACGTTAAATGGTGGTGAAATGGATGTTGT
CATTTTCAAACAGTGTGGTATGTACCTAAGTCCTACCTACCATGCCAAGT
TTTATTTAGAAATTCAATCCCAATCATTAATTATCATGAAAAAGACGTTA
AATGGATGTGAAATGGACGTTATCATTTTCAAACGGTGTGGTATGTACTT
AAGCCTTATCGTGCTAAATTTCATTTATAATAAACTAAGTCTATAAGATG
AAAGTTATTTTACATGCTGACTGAAATTCGCAAAAATAATATCATAAAAT
CGTTCGCTTACTTCATAACTGCACAGAAAATAATTACATAGCTGTGCAGC
TCGAAAATTAAATATCTGCGCAAAATAATTACATATCTGTGCAAGATAAT
TACATATCTGTGCAGAAATTACATATCTGTGCAAAAATTACATAACTGTG
CACAACAAATCTCTATATATCTCAAATTTTTCCCTAACTTGTACAGATTT
AACACCCCTTGTTTATTTGATGGAGTAATTTTTTGTTAAAAGATGAATTC
TCATCTTATTTTCAAAGTAATAACATGAGATACACAGGTTTGGTTAAATT
TTAGTAATTCCCAAAAATGTGACAGAGCACAATTTTTGAAGAAAAGTATT
TTTTGTTTTCAGGATTTTCTTATTAGAATTTTCTGATTTCTTTTATTTTT
TAATTTAAGACCAATTAAATAATCCATCATGACACATGAATTTTCAGCTG
GTATTTGAAAATCTATTTATATGTCCCTAACTAAAGTTTCAGCCTTTTTA
AAGGCTTTTTTTAAAAGGAATTCCAATCAAATTTTAGATTTTGAAGCATT
TTATTCTTGTTTTGGCATTTTCTATATATTTTAGTGCTTATTTAAATTTA
ATGACCATCATCTGTTCTGATGGATTCGTAGTTTCAATCTTATGTTCAAT
AATGTTGAGTATAACTTGTTTCTTCTTAATTCATAGCTATTATGTTTATC
AAGATATGAGATTGATGTTATAAACCAATTTTGGAGTGAGATTGGAATAC
AATGATTATTTTCTACCAAAATGTGGTTATGTGAATGTTTTGGTAAGCAT
ATCTTCCAAAATGTAATTTCATACTCTTGTTCCAACCAAAACTTTTGATG
AAACACTGGGGTGTGCTTATTATGCCTATTAATTTCAAATTTTGGTAAAT
CATTTTGATCAGAAATTGCAGATTATTTGATTTGATTTTTTCAGCAAAAT
GCATGCGCTTCGGTCAAATATCAACCTTGTAATATAAAAAAGATTTAACA
TTTTCACGTATTTACATTTTATTGATGGGCTTTTATAGAAATTGTCTGTA
CCCCCTGTTGAAGCTATCCATTTTTGAGCTCCACAGCCCCCTGGATGTAT
GGCTTTAAAATAAAGATTCCCTGATGGATATCCCCTTACTCTGCTCTAGA
CCCCCTGGATATCCAAGCATTCTGTCTAGACTCCCTGGATAAATTTTGCA
TTATACTCTAGGCCAACTTGATATCCTTAAAAAAAGTCCTCTTGAATACC
AATGAACTCTTTCGACATTAATTGTAATTCTTGTATTGAGCCAAATGGAT
ACTTCTCAATAGTTCTAGCATCACAATAAAACAAATGAATGATATGAAAT
AATAGAAATAACTGATTTCTTTTTTCCTGCTACAGATAAAGTTTCTTTAA
TATCAATAATTCCAAAGGTATACAAAAGATTGTAAGAACATCAAGAAACA
TTGAATACTTTTAGAATAGTTATTTTCCTTCAAAAATACATGAAAAATCA
ATGCCATTTTCCTTCATACAAAGAACGTCGAAATCATTTTCCTTCAAAAG
CGGTCAAAAGTACAAAGAAGTTTCTTTAATGTCNAGAATACTTAAAGAAT
GGTTATTTTCCTTCAAAAATACATGAAAAATCAATGTCATTTTCCTTCAT
ACAGAGAACGTCGAAATAATTTTCCTTCAAAAGTACAAAGAATATAGGGT
TTATTCTTCTTATAAATAAAGATCTTAGAATGTTGGATTTGTTTTCCTTC
GGAAAATAAAAATAATATNGATCTTAGAATGTTGGATTTGTTTTCTTCGG
AAAATAAAAAGAATATCAGGTTCATTCTCCTTGTAAAGTACAGATGATCT
ACTATAGTCATAACAATTTCAAAGAGTGGTCAAAGCAATCTTTTCACAAA
TTGTGCTAGAATGCCTAAAAGCAACCCCAGGCCTTACCCGAAACTTCGAA
TTTCTCATAAAAAATGTTTAATTCATGCTCAAATATTGAAAGTTTTTTTC
TGATCCTCAGTGAAATATTTGAATTCATANTTAAAAAATATTTAATTCAT
GCTCAAATATTGAACGTTTTTTTCTGATCCTCAGTGAAATATTTGAATTC
ATAAAAATCGATTCGAAAAACAGAAAGAAAACAATCACTAAAAGTATCTT
ATTGTACTCTTTCAAGTTCCAACTACAAGCATCTGAACTTGAAAAGATAC
ATAATCGTCTCTTTAATTTTGATAGGGTTACCCACACATCTTATGATTTT
TTATGTTTCGCTCACTTTACTGTATATGTCTTTCTTTCATCAGGTTGCCC
GGTACTGTTGATTTCGGCAACATTCAAAGTGGTATTTTGCTGAAAATGTG
GGTGGTTGTGATTTTCTATTTGGTTAAACTGTTACGTTGGAAAGCTGTGG
TATGTATGGTTTGATTAATTGTACGGCAATACCAAAATGTGATAAATCGT
GCTTGAGTCAAAGAAATGTAAACTAGAAGGTGACCTAATGAATAATGGTT
GGTGAGTTTTGCTTACTTTATCCATGATTGTTTTTTTTTAGATCTTATTG
TCTGGTGCTTGTGAATTTATTTGATTGACTTCTTGAATAATTTCTTGACC
TCTGTAAAGCATAGCTGGTTTAAAGTAAAGCGGATTCTGGCTAAAAGAAA
TTAACGAAGAATAATTATCTTGAATATTGTCTTTGAACATTAAAATCTTA
ACTTTCTAGGTCTTAATTGAAATTTTGTGTGCGAGTTCTGGGCGTGTCTT
GCACATAGCAAGCTAATCTCTTGCGCCATGAATCTCCTCTCTCTGAACGT
TAGATGAACGTACGACAGACAGTGAAATCCTTACCAACACATAGAGGGGA
ATTATATTTTCCTTTCCAAATACACTCTTCATCCCTTCATCATCCTAAAC
TTCGTCGTCATTAGTTACTACACTGTTGTGATTCTTTTTCAATTTTAACT
TCCATTGGGCGTTTTTCAACTTAATCTAGCTTTTTGGACAAGTTGGACAT
GATTGAACAGAATTTGAACGAATTTCTTGAAAGAGACGTTTTGTTCTTCG
CACGACGATGGGTACTTTTTGTCTAATTATTTTTCCCACCAGTATTTCCA
AACATCGATGAATACCACGACCAAAGTGCTCGCCATTCATTCCAATACAA
TGTTAATCTTGTAGGGTATTCGTTCCAAATTTATGAGAGTGTTGTTGTCG
CGGTTCATGTTGCT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00028248-exon-sc0000671-1575043694:28298..28433 | TCONS_00028248-exon-sc0000671-1575043694:28298..28433 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00028248-exon-sc0000671-1575043694:25192..25297 | TCONS_00028248-exon-sc0000671-1575043694:25192..25297 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00028248-exon-sc0000671-1575043694:22770..23690 | TCONS_00028248-exon-sc0000671-1575043694:22770..23690 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00028248-exon-sc0000671-1510915933:28298..28433 | TCONS_00028248-exon-sc0000671-1510915933:28298..28433 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00028248-exon-sc0000671-1510915933:25192..25297 | TCONS_00028248-exon-sc0000671-1510915933:25192..25297 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00028248-exon-sc0000671-1510915933:22770..23690 | TCONS_00028248-exon-sc0000671-1510915933:22770..23690 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00028248-exon-sc0000671-1491911889:28298..28433 | TCONS_00028248-exon-sc0000671-1491911889:28298..28433 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00028248-exon-sc0000671-1491911889:25192..25297 | TCONS_00028248-exon-sc0000671-1491911889:25192..25297 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00028248-exon-sc0000671-1491911889:22770..23690 | TCONS_00028248-exon-sc0000671-1491911889:22770..23690 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000671 | supercontig | sc0000671:22770..28433 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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