TCONS_00028247 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00028247
Unique NameTCONS_00028247
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length3242

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00028247 ID=TCONS_00028247|Name=TCONS_00028247|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3242bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000671:19509..28433-

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00028247 ID=TCONS_00028247|Name=TCONS_00028247|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=8925bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000671:19509..28433- (Clytia hemisphaerica)
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AGAATGAACCCTGATAATATCAATCCAATATACCCCTGTGTCACGTCTCA GCTGGAAGAAAACGCTTTAAATTCCATCCCCATTGGAAAAAATGAAATAT TATATACTATCCCCACACTACTAGGTCAAAAAACATTGACTAAGCCCATG TTCAATGTATTTCATCGACTGTCATCAAGTTTTATTTACTGTCAATTGTA AATTATTGACAACAAATTGTTTGCATCGACCATCAATATTTCCTTTCTTA CAGTCAATGATTTGTTTAGACTGTCAATTATTTTGTTGGCAGCTGTCATT GTAAGTAATGAGCGGTCAATGCAAAAAATTGTCAATATATTCTTTTAATT TTCAAGAAAATTGATTGACAGTCAGTGTTAAGTATTTTTTGTCAATAATT TGATTTTGACAGTCAATAAAACTTGCTGACAGTCAATGAAAAACATTGAA CATGGGCCTAATCAATGTTTTTTGACCTACCGTAAGGGCATTAATTCTCG CGGCAACTAATCTTCGCGAGACAGCTCCCACGCGAAATGATTTAATTTTC GACTGTAAATTTTCGCGAGGATTTAATTTCGCGAATTGGCAAATTTTTTC AGATTTTCAGATTTTTCGTTAGTTTGATTACGTGATTTTGTCTGTACAGT AGAGTTTCCATAACTCGAACGGCTACGAGGAATGAAAATTATTCAAATTA TAGAGACATTCGAGTAATGGAGACTCATTCAAGAGAGTTTCTTTATAGCT GAAAGAATTTTTAATTTCTTAATTTTCGCGGGGGTTATTTTTCGCGAAAA AGGCAAAATTCGCGTAATATAATCCCAGCGAAAATTTATACCCTTAAGGT AGTAGTGTCCATTGTAAAAATAAATCTTAATTGCCCATCCCCACTGGGTA CTTGTGATTGAAAACACTAAAAATCAATATCCCAATCATAAAATGAAAGG GATTTTCCATCCCCACTGGGATATTTTTTCCTCAATTTATCCCCCTTGGC GTTAATAAAAAATTATAACAAAAAAGACGTTGGATGGATACTAAATGGAA GTTACATACCAGGAGTCGATCATAGTTTCATTTAAAAACTTTCTTAGAAA CTATCATAAATGGATGTTAAATGGGCATTGCCAAATTCAAAGAGTGTGGT ATATACCAAAGTCCTATCATGCCAAGTTTCGTTTAAAAATTTAAACCCAA TCATTAATCATCGTGAAAAAGACGTTAAATGGTGGTGAAATGGATGTTGT CATTTTCAAACAGTGTGGTATGTACCTAAGTCCTACCTACCATGCCAAGT TTTATTTAGAAATTCAATCCCAATCATTAATTATCATGAAAAAGACGTTA AATGGATGTGAAATGGACGTTATCATTTTCAAACGGTGTGGTATGTACTT AAGCCTTATCGTGCTAAATTTCATTTATAATAAACTAAGTCTATAAGATG AAAGTTATTTTACATGCTGACTGAAATTCGCAAAAATAATATCATAAAAT CGTTCGCTTACTTCATAACTGCACAGAAAATAATTACATAGCTGTGCAGC TCGAAAATTAAATATCTGCGCAAAATAATTACATATCTGTGCAAGATAAT TACATATCTGTGCAGAAATTACATATCTGTGCAAAAATTACATAACTGTG CACAACAAATCTCTATATATCTCAAATTTTTCCCTAACTTGTACAGATTT AACACCCCTTGTTTATTTGATGGAGTAATTTTTTGTTAAAAGATGAATTC TCATCTTATTTTCAAAGTAATAACATGAGATACACAGGTTTGGTTAAATT TTAGTAATTCCCAAAAATGTGACAGAGCACAATTTTTGAAGAAAAGTATT TTTTGTTTTCAGGATTTTCTTATTAGAATTTTCTGATTTCTTTTATTTTT 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CATTTGGTTCACTTCTACAATAAAGGAATCATTTTGTTTCTTTCCGAGAG ATTTGAAACCTTATGATCAAACCGGGGGATTTATTTCGGTCAGTTCATAT CTGTTTACTGGTCATAAACACTTTGAACAGGGAGCTGGGGTCATACTAAA TGACATAACGCCATAATAAGTAGTAGCTGTTTCTTTAAAGCCAACAGTTT TATACCACACCACCATCTCTTTGCAGCTTTCCTGAAGTAAATCTAGGGTA TCACACCCTAGCCTGGATATCTAGACCGTAAACTTTCACTATCTAGTTTT TTATAATCTTGTCTCTGGTTTACTGTCTCTGGTTCAACTAACTCGTCTGC AGGGATATTCGTCTGTCCATCCCCTGTTTGTGAATACGTTTGTTGGGTCT ACATTCATTTGTACCTTTTCTTTGCTTCAATAGGTGGTACTACCCAGCTA ACTGCTGGTACAAGCAAATATGAAAAAATACTTGTACTACCCAGCTCACT GCTGGTACAATCAAATGTGAGAAAGTACTTGTATTACCCAGCTCACTGCT GGTACAATCAAAAGAATGCTGGAAGAAAACATACGGACGTTAGTACGGTC AAGACAAAGATTTGACGTCAAATCACATTAGAGCTGACAGTTAGTTGATC TTAAAGCGGTTGTATTTCTTTGTGTGTTTTAGTCAGAGAGTTGTTGTAAT ACAATTTTTGCTCAGAACTTCATGCTCTATCAGATGGTACCAACCATTTT CGTTTGTTTTGACTTTTGAAAATAAGCTATTTTCCTACCCCTTATTTTCC CTTGCAGTTTTGCCAATGGCGTCACTATTTTGGTCATAAAAAGTTTACCG GGCCTAATCTGCGTCCTCCCTCTCAAAAATATCTTGTAATATACTGTTAT TTGGAATAGACTAAAAATGATTAGGTCGTAGAAAAAATGTCACGGAACCC CAGGCTTGGCCTCCTACTAAGTAGGAAACAGAAAGTGCATTAGACTACTA TAAAATAACCGATTTTGCTCGATTATTCAAGCTTTCTTGTCAAAAAAAAA GTGGAGGCAAGGATGTATTGGTCGCCAATAACAACATGAATTCTAGCTTG AAGTCATGTCTGCATAAATTTTCAAATTTAATCTTTCAGGCTTGAGGTCG GGCGTATCCGCCATTTTGTAAAAAGGCGGGTGACAGAGATAGAACTGCGA TTGTTCCGCGAAAACGATAGAAATACAATAGAAATGACCCAACCCAGTCG TCCTCTATCCAGCTACGCTTTATCATTTCCCTGATGATAGTACCTAAAAA GTGACTCGATTTTCGAAAAAAGAATATTTTGGGCTAATTATTTTATGAAA TTGTTTGCATTAATTTTTTCAATTTTTTTGCATAAAGATGAAGGGAAAGG TTCTCTAAAAAGTAGCTGCAGCCGTTTTTTTCCGAAAAATTTCTTTTGGC CGTAAAAAACGGATTTATTTATTTGGGGAAATTCCCTTTTGTCATTTTTA TGGAAAATATGGATTTCTTGCGATTGACTTGGTATTTTTTTCTTATTTTT TGCACAATGATGTAAAATGGTAATGTTTAAAACCTGATGGAGCCCGATAT TCGAAAAAACAAATTTTGCGCAAATTTGGGCCAAAAAGTGCCTAAAAATG TGGCTTCCAGAGCCGCATGGGCTTACGCTATAAGCTTACAGCGCTTTACT GGAGCCTTAGTTGGTAGGACTTTAAAATTTAAAGAATCAATGTTTCTGTA GGCATTTTTTGGACTTTGTGTGAAATTGCTTCATTTGCTTTTTCTTATTT TTTTGCATGGTGTAAAAGGGCAAGGTTTTCTAAAAAGTGGCTGAATCTGT TTTTTTGGAAATGCTTTTTGGACCCTAAAAATAGGATTTTCTTATTTGGG 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CTTATTGTGAGAGCTCTACTTACATATTCATAGAGATCATCCTTTCCATA ATTTAAGTTTGGAAACTTCGACACTAAAGATTGCGCAACTTTTTGGTTTT CGATTTTTTTTGTCTGTATGCTTCATTTTTCATCATGGTTATTTAGTCTC TGACATGGCATTCATTGTCAGTGGCATTCAATGGTGGTTCATCAACAGGG CCAATTTCAACAGCACGAATAAACTCTTCATCTTGGTTAATTGAATACTT AGGGCCAATTATACTGGACATACAGAATTTCATCATTTTCAGTGCTAATC TTGTCAGTGTTATGACGAAATCCAACTTTAGGTCTCTTTGGTTCTTCTTC CTCATCACTGGAAGCTTGCACTTGC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_015996XLOC_015996Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00028247-exon-sc0000671-1575043694:28298..28433TCONS_00028247-exon-sc0000671-1575043694:28298..28433Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00028247-exon-sc0000671-1575043694:25192..25297TCONS_00028247-exon-sc0000671-1575043694:25192..25297Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00028247-exon-sc0000671-1575043694:23483..23690TCONS_00028247-exon-sc0000671-1575043694:23483..23690Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00028247-exon-sc0000671-1575043694:19509..22300TCONS_00028247-exon-sc0000671-1575043694:19509..22300Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00028247-exon-sc0000671-1510915933:28298..28433TCONS_00028247-exon-sc0000671-1510915933:28298..28433Clytia hemisphaericaexon
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000671supercontigsc0000671:19509..28433 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.126441 0.138079 0.151935 0.11505 0.0187633 0.10138 0.41288 0.304968 0.090928 0.113893 0.138312 0.152786 0.0926527 0.106324 0.150878 0.187505 0.18623 0.17312 0.0182749 0.169153 0.0688083 0 0.0866127 0.106931 0.115751 0.326716 0 0 0.196812 0.113787
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00028247 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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