TCONS_00028096 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00028096
Unique Name	TCONS_00028096
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	2784

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000664:63881..83583+

transcript sequence

>TCONS_00028096 ID=TCONS_00028096|Name=TCONS_00028096|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2784bp
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AAAACAGGTTCAACGATGCAGGTTATTACTTCTGGCAACTTTCGATGCAG
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transcript from alignment at sc0000664:63881..83583+

Legend: exon

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>TCONS_00028096 ID=TCONS_00028096|Name=TCONS_00028096|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=19703bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000664:63881..83583+ (Clytia hemisphaerica)
TAGATATAAGAATTAAAAAGCCAAGCAAATAAAATATGAGATCCACTCCT
ACTTGGGTTGATAAAGTTCATGATAAAGACCAAGTTCCTGTTGTgtgagt
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GCTTTTGGCTGAAATGATGCATTATTAGCATGTTCCTATATTTGGTCTTG
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TGATTTGTTGggtaaaaaaaacaaccaaaaaagcTACATAATATCTTGAA
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TGAAATAATTCATATTTTTAAGCATCGTCGCTTAGTTAGCTATTTTGATG
TATATCTATCAAGGTTTGTTACTGATTTACTACACAAGAGCTGGTGCAAA
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GCTTGAGCGTTACAGTCTTGTCAACTGCCTTTGCCCCTTCTCACTATGTT
TCTCTGATTTTTCCTTTTGcagattttgaagattttcgtCGACAATCAGT
TTCCTATTCCAATCTTGAAGCAGCAAACCAGCGTTCGCTGTCTTGATTTA
TCTTGCAGGTAATAATCGAAGGCACTTGATTCAGTTCCATTTAAGTAACA
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GTAAATGAGTAATCTGCATATTTCGTCTCTCTGTTCGGAGGCAAACTTAC
TGGATGTCACATAAGATAAACCTTggtatcagatttaaaaagactTGGCT
TACGAATATCTAATGTTTTGAAAGCTGAAGAATTGTCCCTTCATTTTTCA
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GATGTTGATACGAAGGAACTCCTATTCCAGGTAAGATAGGAAAACTAAAA
AGGCAACTATTTTTATCTTTGAAGAATATGTTTTCAAGCTATTTTGATAG
AGAAGTCAAATTTTCCTTCTGAAAGATACAACTACGTATCAACCAGCCTA
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ATCTACATTTTTGATGGTCCAATCTCGAACAGTTACAAACAAACTAGAAT
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GCTCAGAAGAGTTAGCTTCTAACAGTCAAGACAGGCTAGATTTTTACCAA
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AATTCCAATAAATcagaatgaaaatttaattaattttaacTTTAAAGAAC
TGTATTTTACAATAAAATTGCTTATTTTTTCGTCTTATCTTTTACAAAGG
GGTTCGTTGTTGGGTTTTGTGGATCgaagattttttgtttacacGTTTAC
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ttttcaaaaattggtcaATTATTTTAAAGGTGTTCCGCTGCCTTGTAGGC
TGAAATTTAGATTTATCATCTCCCTTTGTTTTCAGTCGACACCCATGTAC
CAATATTTggaaaagaaaatgtttcaGTAAGTTTATCAAAGCTCTGCAGA
TTGAAAAGGAATTTCATGTCGACCAAAGTCATCTTAAAGTaaagtctcaa
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tagatagcggttttgCTCTTGCTTAACAGATATTGACAAAGACTTTACTC
TGTTTCCTTTCTAATCCCGGTGCTGATTCCAACACCCCTCAAACGTTGTG
TCTGTAGAGCATTCCCAAAGCGTAAGATCTTTCTCCTCGTCCTTCCCTTC
GAAAAAATGTTCCTGAGGAAAATATCTCAATTAACGCAAATCTCTTCACT
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TCACTGTGAGTAGTATTTGTAGTAAACGTCTTGTATTTTGCGTGAAATAT
CTTATATACAACATTTTTTATAGAGAGGCATATAAAGTGGCGTGCTTGGG
CGTAACAGATGGTGATTGGAGGGCGTTAGCCATGTCAGCACTTGAAGGAC
TCCAATTCAACATAGCGAAACTGGTAATACCTGGCTTTAATTGATGTATT
CATAGAAATGAAATTATTGTTCTACATACTCTACTTATTCACCTAATCTT
AACAACCCTTTTGCAAGATGCTGCCTTAATTGAGATTGTATTCCAGTTTA
CTAGGGTTGAGTGGCGTCCAATGTCTGAACATATACACCTACCAAGCTTT
AACGTGTGAGAAGTCTGGGTTCGAGTTACCAGAAAGGACTAACGTCAAAG
TGCATGCATTTACATTCTCAAAGGCAAAAAATATTAAGTCACTTGCTAAC
AGTCCAAAAGGCTGACCGCGCTTCAAAAGGGTTTCACAGACAGAGGTGTG
TTCAAAAACATATATTTAGCGCTTTTCGAGGAGACAATTAACTAGAACCC
AATCTTTGGGGTAACTTTTTGCAACACGGTTGACAGGTTAATTCGTTAAT
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CAATATCGAGGTAAGAGTTGTTTACAATGATAAATCTACAAGACATTTTT
GCTAGATTAGCAGGGGTTTTGCTCTTTTGATTGGCCTGTGAATTACAAAA
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GACCCTGattggaaatctttttttttgtacCTCTTCTAGGAGCGCAAGAA
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TGAAAGCTATGTTTGTTGCCAGAGCACATGACACGTTTTGTAATTGCAGT
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GCGGTTAATTCTGTATTAAACTTTTTTCCCGCAAGTATCAGAAAAACCCT
GCGGTGGTGCGTAAACTTGGTCTCTAGTGTTGAAAGAGAGCAAAGTGGTT
TCTCCGCATCATTGGAATTGACCCTTTCCCCAAAGAAGCTGCTAATCCTT
AGATATAGGGAAGTGTTTGTCATAACATTCTTGAAGTCTGTGGCGTATTG
GAAAAGATACCGGAGAGGCGGAAGAGCATTGCGTCCGCTCAAGTACTGAA
CAATTAGTTTTGCGTCACCATCCGACACAATGACGCTCTTAGTATACTTC
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TCTACTTACTAGCCTCTGTGAATGTTTGATTTATACTGCTGTTCTTATAG
GAGggagttttttaaataactgtaAATTATTTCTGGTGCCCTCTGCtgct
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GCTGGGGAATTCATCAAAGCTATTGAGATCCTTGGTGATAATGGATGGGC
TGAAAAGTAAGATTCATTAACTTACTCCCTGGACACCAATAGTGTCTTTG
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GGATGGGGCAGGCTAGTGCGACTTTGAAGGGACTTTTCTTACACCCAGCC
CAGCTAGCACAATCGTCTAATCATGTTTTCCTGTCCTCCACCAAATCATG
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TTCTAGATTAATCGAACTTGGACGAAATTTGAACAAAGCAGACACAGAAC
CGCTTGAAAAGTGTGCTCATTACCTTACAAAGTTACAAAAGTACCAGATG
GCTGgagaaattttgcaaaaacttGGTGATAAcaagaaattgatcaaact
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TATTTCTATCTTTTTATTTGATCCTTCTTTGAACATGACCCAAGAATTTA
TAGTAAAGGGCTTTTCCGATGCTTCAGACTGTTTTTCTTTGCGACTGTTA
TCGAGGGGGACTGAAATTCCCCCTTTTTAAAGGTGTTTTCTTCAGAAAGG
TCGGGGAGGTTGGTGCTCTCCCCCTGGATTCCCTCGCTTACCCTTGACTT
ATCACCTCTATtgttgaacatttttaaaagcaGAGAGCTTTAATTACCGT
TATGAGCCAGCTTTAGGGTAAACTCACAACCTCATGTACTGTATTTTCAT
GCTCTACCTTGTAATGCTACGATCATCTCGATTCATTTCTTATTTTAAGA
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TCAAAACTTGAAGGtttaatcaaaaatttattaaCTTTCGTGTCTCTATT
AGCGCATCCTGCCTATTTATTATACACCTTCCCATTGTTTTCAAGGTCTT
GAAAATCCACATTCTTTCTGAAAATAGTTCCTAGCGATTTCAGTATATCT
ATCTCAAAACTAACATTCTACAGAGAATAACGGctgcaatatttttttct
atacAACCGAATATTTATTTCTAGGATGAAGTCTACGTACCATATGCTAA
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taaaaaaaattcacacaaATTGCTATCGAATAGTTCATTGTTTGAGTGTA
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ATTTTGTGAAATTCTAATTTCTAACaagctgaaaaagaaaattttccttt
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ATTGTTATTACAAATTTTTCTCGTAGGTTCAACGATGCAGGTTATTACTT
CTGGCAACTTTCGATGCAGTGTCTTGATCTAGCGAGTCAAAAAATGAAAG
GTA

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_015897	XLOC_015897	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000664	supercontig	sc0000664:63881..83583 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00028096 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: IF122 (Intraflagellar transport protein 122 homolog OS=Homo sapiens GN=IFT122 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 1083.17 bits (2800), Expect = 0.000e+0
Identity = 546/936 (58.33%), Postives = 692/936 (73.93%), Query Frame = 3

Query:   36 MRSTPTWVDKVHDKDQVPVVIYDLAFSPDGAQLIVAAGNKVLVYDTANGSLVRPLKGHKENVYCVAYAKNGKRFASGGADKCVIIWTNKLEGILKYTHNSAIQCVSYNPFTHQLASCAADDIGLWSTEQKSVSKHKIPSRALCCSWTNDGQYIAVGLFSGLITVRNKLGEEKMKIDRPGG--HPVWTLSWNPGA------------DENDILAVGDWGQRL------SFYTLNGKQIGKDRSLGFD--PCSLSYFPRGEFLIIGGSDKKCYLYTKEGVRLSVIGEQDSWIWSCKARPEGNYVACGSQDGTIAFYLLIFSTVHGLYKDRSHSFVKTSDVNSRHQLDAADLYESDVEQLKYQPGHPV----YAYRDNMTDVIIQHLITEQKVRIKCRELVKRIAIYRHKLAVQMPEKILIYEIFSNDSSDMTYKIKEKINKKVDCNLLVVTGNNLILCQEKRLQCLAFDGTKEREWEMESLIRYIKVIGGPIGREGLLVGLKSGQILKIFVDNQFPIPILKQQTSVRCLDLSCSRKKIAVVDENNTVLVYDVDTKELLFQEPNGNSVAWNTHNDDMLCFSGAGMLNIKAGNFPVHQQKVPGFVVGFCGSKIFCLHVYNMSSVEVPQSTPMYQYLEKKMFQEAYKVACLGVTDGDWRALAMSALEGLQFNIAKLAFVRVRDLRYLELIHNIEERKKRGENINHLFLADIYAYQGRFHEAANFYKKTNNEDKALEMFTDLRQFEYAKEFLSNSDQRNVKQLIKKQAEWCRTTNDPQAAADMYIAAGEFIKAIEILGDNGWAEKLIELGRNLNKADTEPLEKCAHYLTKLQKYQMAGEILQKLGDNKKLIKLYVESQQWEEAFILVETHQNLKDEVYVPYANWLAENDRFDEAQEAFHKAGKRADAVKVLEQLTLNAVVENRFNDAGYYFWQLSMQCLDLA 2765
            MR+  TW DK          I D+AF PDG QLI+AAG+++LVYDT++G+L++PLKGHK+ VYCVAYAK+GKRFASG ADK VIIWT+KLEGILKYTHN AIQCVSYNP THQLASC++ D GLWS EQKSVSKHK  S+ +CCSWTNDGQY+A+G+F+G+I++RNK GEEK+KI+RPGG   P+W++ WNP +            D  D++ V  + Q +      + Y+  G +  ++     D  P   +   R + L +    +K   Y   G ++      +          +G Y+  G  D  ++ +      +  + +  S  +   +  +S + +           QL +   H +    YAYRD+MTDVI+QHLITEQKVRIKC+ELVK+IAIYR++LA+Q+PEKILIYE++S D SDM Y++KEKI KK +CNLLVV  N++ILCQEKRLQCL+F G KEREW+MESLIRYIKVIGGP GREGLLVGLK+GQILKIFVDN F I +LKQ T+VRCLD+S SRKK+AVVDEN+T LVYD+DTKELLFQEPN NSVAWNT  +DMLCFSG G LNIKA  FPVH+QK+ GFVVG+ GSKIFCLHV+++S+VEVPQS PMYQYL++K+F+EAY++ACLGVTD DWR LAM ALEGL F  AK AF+RV+DLRYLELI +IEERKKRGE  N LFLAD+++YQG+FHEAA  YK++ +E+ ALEM+TDL  FEYAK+FL + D +  K LI KQA+W R   +P+AA +MYI+AGE +KAIEI GD+GW + LI++ R L+KA+ EPL  CA YL KL     A E   K+GD K L++L+VE+Q+W+EAF L E H   KD++Y+PYA WLAENDRF+EAQ+AFHKAG++ +AV+VLEQLT NAV E+RFNDA YY+W LSMQCLD+A
Sbjct:    1 MRAVLTWRDKAEH------CINDIAFKPDGTQLILAAGSRLLVYDTSDGTLLQPLKGHKDTVYCVAYAKDGKRFASGSADKSVIIWTSKLEGILKYTHNDAIQCVSYNPITHQLASCSSSDFGLWSPEQKSVSKHKSSSKIICCSWTNDGQYLALGMFNGIISIRNKNGEEKVKIERPGGSLSPIWSICWNPSSRWESFWMNRENEDAEDVI-VNRYIQEIPSTLKSAVYSSQGSEAEEEEPEEEDDSPRDDNLEERNDILAVADWGQKVSFYQLSGKQIGKDRALNFDPCCISYFTKGEYILLGGSDKQVSLFTKDGVRLGTVGEQNSWVWTCQAKPDSNYVVVGCQDGTISFYQLIFSTVHGLYKDRYAYRDSMTDVIVQHLITEQKVRIKCKELVKKIAIYRNRLAIQLPEKILIYELYSEDLSDMHYRVKEKIIKKFECNLLVVCANHIILCQEKRLQCLSFSGVKEREWQMESLIRYIKVIGGPPGREGLLVGLKNGQILKIFVDNLFAIVLLKQATAVRCLDMSASRKKLAVVDENDTCLVYDIDTKELLFQEPNANSVAWNTQCEDMLCFSGGGYLNIKASTFPVHRQKLQGFVVGYNGSKIFCLHVFSISAVEVPQSAPMYQYLDRKLFKEAYQIACLGVTDTDWRELAMEALEGLDFETAKKAFIRVQDLRYLELISSIEERKKRGETNNDLFLADVFSYQGKFHEAAKLYKRSGHENLALEMYTDLCMFEYAKDFLGSGDPKETKMLITKQADWARNIKEPKAAVEMYISAGEHVKAIEICGDHGWVDMLIDIARKLDKAEREPLLLCATYLKKLDSPGYAAETYLKMGDLKSLVQLHVETQRWDEAFALGEKHPEFKDDIYMPYAQWLAENDRFEEAQKAFHKAGRQREAVQVLEQLTNNAVAESRFNDAAYYYWMLSMQCLDIA 929

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00028096 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00028096 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
IF122	0.000e+0	58.33	Intraflagellar transport protein 122 homolog OS=Ho...	[more]

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TCONS_00028096 (transcript) - C. hemisphaerica