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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00028020 ID=TCONS_00028020|Name=TCONS_00028020|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2974bp
CTTCGTTCCGGGTGGTTTTACAGCTGGAGAGATTTTCGTCTCGGTTGGCT
TAGCAGTTGGTGTTGCCTTCGTTACGGATGGTTTTACAGCTGGAGAGGTT
TTCGTCTCGGTTGTTTCAGCAGTTGGAGTTGCCTTCGTTATGGATGGTTT
TTCTGGTGGAGTAGCTTTCGTCTTGGTTGGTTTTGTTATTAGAGTATCTT
TTATCTGGACTGGTTTTGCAGATGGAATAGTTTTGGTCTGGCTTgctttt
gtttggtttggtttagTAGTTGAAGTGTTCTGCGTTGGCTTTTTAGCTTG
AGTTGCCTTGGGCTGAGATGGCTTTGTAGCCGAAGCTGCTTTCGTCTTTG
TTGGTTTTCCTTCTGGAGTTGCATTAGCTATGGTTGGTTTTGCAGATGTA
GTTGCATTGGTTTTGGTTGGTTTTGCAGATGGAGTTGCATTGGTTTTAGT
TGGTTTTGCAGCTGGAGTTGTCTTGGTCTGGAATGATTTCGTAACTGGAG
CTACTTTCGTCTGTGGTGGTACTGCATTAAGAGTAGTTTTCATCTGCGGT
GGTATTGTACTTGCAGTTAGAATAGCTTTCGTGTGGATTGGTTTTGGTGA
TGCGTCTATTGCTTTGGATGGAGGTTCTTCAATTTGGGACGGCTGCGTGG
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GTTACATTGTGATGGCTTGACGGTCTTTGCCTCGATTTGATTGGGGGTCT
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GTCGGTATCTAACGGTTCTGGTGAATCTGGAGTTTGTAATCTCTCATCAA
TAGCTGCATAATCAATCTTATTCCATTGTATATCTTTCACCTCTTTCGAA
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TAAATATTCATTCATCAAAGCATATATCTgacaatatttcattttatgtt
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TCTTTGGATTGTCCTATGTTCAGTTGGAATGGAATCGAGTGAACAAAGCC
CTGTTAGTGTGTGTGAATCATTCGACTTCAATTCTAATGTAGATAGTTTA
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ATACCGTTCCAGTTCGTTTTGCAAGCTGTACGACTTTGCCTGATGTTAGT
TTTATAGTTGTtaagtttttgacatttgatGCTTGTGAAGGCTGTAcggg
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GGCTCATGGTTAATTTGTTTTACATCTTGCTCATTAGATGCAGACTTTTG
TAAATCAGTAAAACGTTTAGAACTTTCGGATGAATTTGTCACATTTACGG
AATCGattactttttcagtttttgatttctttgtttgaatttcttcatCT
TGAGGAAGAGAATCGATATCTAAATTTGCTCGTTTGCGAGTATTGATAGT
TTCCTTATCCTCCTTCTCACCATCCTCATCGCTACTCATAATCTCAATAA
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ATATCAACTGCTGAATCACTCGTTTCCCTGCTTTCGTTTATAGAGTCAGT
CTTCTGACCGATGTTCAACAGTGTTTTATTGATATTTGACATATCCTCAA
TCTCCTTTGCCATTTTTGCAATCTCTTCTGGCGATTTTTCTGGTGATACA
GCTAGAGTTTCAGTTGCAGTTTTCTGTGCTTTCTCAGATGTCTTTCTAAC
CTCGTTTGACTGTTTCCCACGTGTAGCAACACCAGATTTAGTTtgctctt
ttgtttttgttgtcgTTGTCGTAGTTTTATGTTTCAATTTCGATTGGTTT
AGCAGATCCGTAGCTTTTCTTTTTAACTTCGATGGTCTAACCACAACATT
TCCATACTGGTCAAGTTTTTTGGCTGTGATTCTGTGACCTGCCCAATATT
TCTGTATCAAGTCTTTAATATCAGCTCCTATCATCGTCATACGATGTGAT
TTCTTGATATGTTGAATAAGGGTAGGTTCACAAAGCCATATCTCGCAACG
ATCACACGGTAGTATAACATGTTGCCCATGATGCTTAGCTTGACAGTGTT
GTATACATTCCTGTTGCTTTTGTTCAAATCTAGCATTATGACGTAAATAA
TCATGCTCCAATTGTAAATGTCCCGTTAAGTCTGACTGCTTCTCCTGGCA
GATATGGCACTGGAAAATCGCATCTTTCTTTACTTCGTTTTTGGTTTTCT
TACGTTCATACTGATGCACCTTTTTCAAATGGTTTCGTAAGTCTGTTAGT
TTCTTATCACAAAAAGGGCattta Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000661:24458..27860- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00028020 ID=TCONS_00028020|Name=TCONS_00028020|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3403bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000661:24458..27860- (Clytia hemisphaerica)
CTTCGTTCCGGGTGGTTTTACAGCTGGAGAGGTTTTCGTCTCGGTTGATT
TCGCTGTTGGAGTTGCCTTCGTTACGGATGGTTTCGCAGCTGGAGTTGCC
TTCGTTACGGATGGTTTTAAATCTGGAGAGCTTTTCGTCTCGGCTGTTTT
CGCAGCTGGAGTGGCCTTCGTTACGGATGGCTTTGCAGCTGGAGTTGCCT
TCGTTACGGATGTTTTTACAGCTAAAGTTGCCTTCGTTACGGATGGTTTT
ACAGCTGGAGCGGTTTTCGTCTCGGTTGATTTCGCTGTTGGAGTTGCCTT
CGTTACGGATGGTTTCGCAGCTGGAGTTGCCTTCGTTACGGATGGTTTTA
AAGCTGGAGAGCTTTTCGTCTCGGTTGTTTTCGCAGCTGGAGTGGCCTTC
GTTACGGATGGCTTTGCAGCTGGAGTTGCCTTCGTTACGGATGGTTTTAC
AGCTGGAGAGATTTTCGTCTCGGTTGGCTTAGCAGTTGGTGTTGCCTTCG
TTACGGATGGTTTTACAGCTGGAGAGGTTTTCGTCTCGGTTGTTTCAGCA
GTTGGAGTTGCCTTCGTTATGGATGGTTTTTCTGGTGGAGTAGCTTTCGT
CTTGGTTGGTTTTGTTATTAGAGTATCTTTTATCTGGACTGGTTTTGCAG
ATGGAATAGTTTTGGTCTGGCTTGCTTTTGTTTGGTTTGGTTTAGTAGTT
GAAGTGTTCTGCGTTGGCTTTTTAGCTTGAGTTGCCTTGGGCTGAGATGG
CTTTGTAGCCGAAGCTGCTTTCGTCTTTGTTGGTTTTCCTTCTGGAGTTG
CATTAGCTATGGTTGGTTTTGCAGATGTAGTTGCATTGGTTTTGGTTGGT
TTTGCAGATGGAGTTGCATTGGTTTTAGTTGGTTTTGCAGCTGGAGTTGT
CTTGGTCTGGAATGATTTCGTAACTGGAGCTACTTTCGTCTGTGGTGGTA
CTGCATTAAGAGTAGTTTTCATCTGCGGTGGTATTGTACTTGCAGTTAGA
ATAGCTTTCGTGTGGATTGGTTTTGGTGATGCGTCTATTGCTTTGGATGG
AGGTTCTTCAATTTGGGACGGCTGCGTGGTTTTAACCAGTTTGGTATCAA
CTGGATTTGGCGTAGACGACTCCGTATATTTATTTGGTAGTGTGATTTTC
TCTTGGACGGGTTGGTGAGGATCCATGGCTTTTGGTTCGCTTGCAGGCTG
GAAAGATTTCTCTTTTGAAAGTTCTAAAGCTACTGAATCTGGATTCTCCA
CAAAGTGTTTACATTTGCTCTGAGTAGGTGAATATTGTGGATTTTTTTCT
GATGAATTAGGGGATTGGAAAATATCAACGTTACATTGTGATGGCTTGAC
GGTCTTTGCCTCGATTTGATTGGGGGTCTTCTGTTGAACGTTTATCTGAG
ATATTTCCGAGATTTCACATGGAGTGGATATTTTCTGATTCAGAGGTTCA
GACTTTTTTGCTTCTTCAGTTATTAGAGAGTCGGTATCTAACGGTTCTGG
TGAATCTGGAGTTTGTAATCTCTCATCAATAGCTGCATAATCAATCTTAT
TCCATTGTATATCTTTCACCTCTTTCGAACCGAACTTAATTTCTTTAGCA
ACAACAGCAATACCATCCCAATAATACTCTAAATATTCATTCATCAAAGC
ATATATCTGACAATATTTCATTTTATGTTCATTTAAATAATGATTAACAA
ATCGAACATTACAAAACCAAACATTGCAAATCTCACATGGCAAAGGTGTG
TGTATCCCACCATGGTTTACATTACAACGATAAACTTGTTGCTGTTTGAG
TGTTTCAAATGTCGCTATCTTAGTATCGTAATAGTGATAAAATGCTAAAT
GGTGTATCAAATAAGTCGCTAATGAGAAATATTGACCTTCGCAATGAGGA
CATTGATAGAGAAATTTTGCTCCAGTCGTTCTTTGGATTGTCCTATGTTC
AGTTGGAATGGAATCGAGTGAACAAAGCCCTGTTAGTGTGTGTGAATCAT
TCGACTTCAATTCTAATGTAGATAGTTTAACTCTTGCATTAGGTGGATTT
GGAGGTTTCTTGTCTTTGGTAGCTAGTGGTTTGGTAGGATGTGAATCTTT
GTTCGTTGGTTGTTCTAGAGGTTTTTTCAATACCGTTCCAGTTCGTTTTG
CAAGCTGTACGACTTTGCCTGATGTTAGTTTTATAGTTGTTAAGTTTTTG
ACATTTGATGCTTGTGAAGGCTGTACGGGTATTTTTGTAGAGGTAGTGGA
AGCATTTATAGATTGTTCGTCAGCTGATTTTGAAACGTCCTTTAAAGGTT
CGGTAACTTTTATCTGGTTCGATTTCGTAGGCTCATGGTTAATTTGTTTT
ACATCTTGCTCATTAGATGCAGACTTTTGTAAATCAGTAAAACGTTTAGA
ACTTTCGGATGAATTTGTCACATTTACGGAATCGATTACTTTTTCAGTTT
TTGATTTCTTTGTTTGAATTTCTTCATCTTGAGGAAGAGAATCGATATCT
AAATTTGCTCGTTTGCGAGTATTGATAGTTTCCTTATCCTCCTTCTCACC
ATCCTCATCGCTACTCATAATCTCAATAACTTCAATTTTAACAGTTGCAG
GTTTTAAACGATTCTTGCTAATAATGTCAATATCAACTGCTGAATCACTC
GTTTCCCTGCTTTCGTTTATAGAGTCAGTCTTCTGACCGATGTTCAACAG
TGTTTTATTGATATTTGACATATCCTCAATCTCCTTTGCCATTTTTGCAA
TCTCTTCTGGCGATTTTTCTGGTGATACAGCTAGAGTTTCAGTTGCAGTT
TTCTGTGCTTTCTCAGATGTCTTTCTAACCTCGTTTGACTGTTTCCCACG
TGTAGCAACACCAGATTTAGTTTGCTCTTTTGTTTTTGTTGTCGTTGTCG
TAGTTTTATGTTTCAATTTCGATTGGTTTAGCAGATCCGTAGCTTTTCTT
TTTAACTTCGATGGTCTAACCACAACATTTCCATACTGGTCAAGTTTTTT
GGCTGTGATTCTGTGACCTGCCCAATATTTCTGTATCAAGTCTTTAATAT
CAGCTCCTATCATCGTCATACGATGTGATTTCTTGATATGTTGAATAAGG
GTAGGTTCACAAAGCCATATCTCGCAACGATCACACGGTAGTATAACATG
TTGCCCATGATGCTTAGCTTGACAGTGTTGTATACATTCCTGTTGCTTTT
GTTCAAATCTAGCATTATGACGTAAATAATCATGCTCCAATTGTAAATGT
CCCGTTAAGTCTGACTGCTTCTCCTGGCAGATATGGCACTGGAAAATCGC
ATCTTTCTTTACTTCGTTTTTGGTTTTCTTACGTTCATACTGATGCACCT
TTTTCAAATGGTTTCGTAAGTCTGTTAGTTTCTTATCACAAAAAGGGCAT
TTA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00028020-exon-sc0000661-1575043694:27830..27860 | TCONS_00028020-exon-sc0000661-1575043694:27830..27860 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00028020-exon-sc0000661-1575043694:24458..27400 | TCONS_00028020-exon-sc0000661-1575043694:24458..27400 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00028020-exon-sc0000661-1510915933:27830..27860 | TCONS_00028020-exon-sc0000661-1510915933:27830..27860 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00028020-exon-sc0000661-1510915933:24458..27400 | TCONS_00028020-exon-sc0000661-1510915933:24458..27400 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00028020-exon-sc0000661-1491911889:27830..27860 | TCONS_00028020-exon-sc0000661-1491911889:27830..27860 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00028020-exon-sc0000661-1491911889:24458..27400 | TCONS_00028020-exon-sc0000661-1491911889:24458..27400 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000661 | supercontig | sc0000661:24458..27860 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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