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transcript sequence >TCONS_00026508 ID=TCONS_00026508|Name=TCONS_00026508|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1955bp
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AGTAT Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000574:46837..63729+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00026508 ID=TCONS_00026508|Name=TCONS_00026508|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=16893bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000574:46837..63729+ (Clytia hemisphaerica)
AAATAGTCTCTTGGTATTATGGAAAATGCTTCTTTTCGTGGTAAAAAGAG
TATGCCAAATTGGAATTGGTTTAGGGCTTTAACTATTCTTGATTTCACAT
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GCTGATTGCTTATATTGATGATATTGGAGTTACTCCGTCACTGGAATAAA
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AATTTTTTCCTGAGGACTGCaactatttttagtaaatgttttattttgaa
taataatGATGAATTATATAccttgaaattacattgaaataATTTGACCT
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TAATGGTTGACCAATGACCTTTATAAATCACAAATTACATTAAGATCCCC
TCTGTCATTAGTCCAATTTTAATTAACTAGTACAGTGAGTCTCCATGGTT
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tatGGAGTTAGGTTTATAgggtattgttaactgaagggaaaACTTGTTTG
GGTTTATGAGGCATTTaagttatagaggtttgagttaaaAAGACTCCACT
ATATTTTAGTTATTGAGTCGTAAGCCAAAAATGGGTTGGTCTTTTGTGAA
TTTCATAGAAATTCATacaatttgtcaaaaaataaaacaggaGTGTCACA
CAACGCCCAATCCAATTAAGAATTTCGGCTTAAATAATATAACAACCAGA
TTTGATGAATCACAAAAAGGTTAATACTGAAGTTGTCAAATAATGTTACC
CAAACATAAAATCTTAGTGACAGGCggttaaattttttaaagaattatcC
TCGACAGGTTTTTTCAAGAAAGACAAAATATCTCATCTTATTTTGAAGTg
tttaaacttttgaaacatttttttctcaatattgaTAAGATGCATAAGTC
TTTGTGGTAAGCTAAGCCCTAATGTTTATTTACATTAAGTCTTTATGTGA
AAGTACCCACTTAGtatttcaaaacattgaaacaGAATTTTGTATGACCG
AATTTGTGAGAAACGTGCCAAAGAAAAAATGTTCGGTCAGTTAATCATTT
TGATTTCGGATTAGTCCAATATTGTAGACATAACTTAGATTATAAATCCC
TAATTTTGAATGACACATCCCTGCCTCGTTGACCCAGGGTTATAAATTTT
AGTCATTAGGATTATATAAACAAATTTAAAGACCTAAGGGGATAGGAAAA
TCACTCACTTGTCAGTGAGATGGGAATCGCTATAAATCTCATATCTGAGA
GagcaattttgattttcagtggAGATTAAATTTAGGGAATTTTTTGGTGG
ATTTCTCGACGGTTACAGTGTCCTTCAGGATCAGTGACTCAGGGGTGTAT
AAAGTACCAACTGAAAAATAGTATTTTCCTTAAAAACGATGATATTGCCT
AAAAATGCTCCTAAATATATTACATGAAAAAGCTGCACAAAAATTGAGCT
GTTGGCATGGAAATATCCCATACGATACTGCCTATCATTTGTTATTTTGC
ATCATGCACTAGTGTTTGCAAAGCTATAACCGTTAATAGCCACATGAAAT
AAGGAACCGGCCGTTTGGGTCTGTTTACATTGCGGTCACAAATGAAATTA
CAAAATGTTCATGGGTTAACAAGACAAGAACCTATTGTTTTATTGTCTTT
ATTACCAAAACTGACACTTGAAATAGTTGTTGACAATGAAACTATAACAC
AtctattgttctttttgtttttcttatcaACCAATGAGCATCGtatctgt
aaaaaaaaactttaaaaaggttGTTCTTCCTAATTTCCGATAGTATTTGA
TGAGAGGGTAGTAACAGAGTTGTGTACATTAAGTGACACCTTCATATTTG
CAAAAGGCATTAATATTTGAACTTACCACGCACCCGCCAAGTGTATAATA
AATGAGTATGGTGGTTAAAGAACAAGAGACACTACCAACTTATATGCAAT
TAGAATCTTATAATAACCAGAACACACAAATGTTCTCGTTTTCAGACACG
AACACAACCACTGGCATCACCAATAATTCAACAATGGAAAACAGCCAATC
ACATTTCGATGGTTTAACTTCACCAGAAAGCATCACCAACCCACATTCTC
CAAGTTTAGATGATAAAAGCAATGGCGGATACTACTCCAATGGCAGTCCA
CCAGATACATTTGTCAGATCCAGTTCACAATCAAGTTTAACAGGAACAAT
GAGCCCTACAGAATATGGAGATTTGAGATCACCAGTTGCACGTCAAGATA
CATTCTTCCCACAGAATCAATTATTTGATTCACAACCATTCCCAGGACAA
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ACCAGTTCACCATCACCATATGATGAGTCCACAACAAAGCCTTGATATCA
AATCACCACTCGATGTCAAACCAATGCAAAACTCACAACAATTCTACCAA
CATGATGTTTTACAACAACAAATCCCTGGACAATTACCAAGTCCGAATTC
ACATCGTGGTGGCAATATGTCTTCAATTGGGATTCCGAGCGTCTCTTCAC
CATATAGTGCTGGTTATAGACCGTCTTATCCACAAGTGAACGATATGTTT
GGACAAAGCAAACAAGATTTTTATATGCAATCTCCATTTTACCCTGGATA
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gATGATTAAAGCTCGGATACTCTTTTAAATTTCCGTCATATTTATGGGCA
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TTATGTCTAGAGACATCATCGCGGAATATTTTTATAGTTGCACTTAAGCA
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GGGATATAAAAGGTACTGTTTGAAATTTAATATCCCGGAGCACCACTTAA
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GAAAGATAGATAGtggtttttgaaaacttaaaattgtTGCTTGAAGTAAA
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TGACCATTTTTAAAGTTGGTTAAGGTGTTTTTACTAAAAAACTAAGTTTC
AAATAATGGTCAAAGTAGATTTTTTCGTCTGAGAAGGAAAATGGATTTCA
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AAACTGTATAAAGACGTATAAAGTCTATATTTAAGACCACGTATGCTACT
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CCAAATCAAAACCATGCAATAAACAATTCACAGTTATGCAAGATATCGTT
CGACACATAAACGACGAACACATCACTCGCTTAGACAACAATGAATATGT
CTGCTATTGGCAGAACTGTAGCAGGAATTTACTACCATTCAAAGCTAAAT
ACAAACTGGTAAATCACATTCGAGTACATACAGGAGAGAAACCGTTTCCA
TGTCCGTTTCCCGGTTGCGGTAAATTATTCGCCCGATCGGAAAATCTGAA
GATTCATAAAAGGACACATACAGGAAAACGCACAGGTTAGTTTCTATGTC
AAAATAACGCCTTTCTAACGTCCGTATAACGTTAGATTGAcgttaaaata
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ATTAAAAGTTTCTCAATTCATTTCGTTTGAAATTTGATGTTAAGAGTCTA
CGATGAACTATTTTTAATCGTCTAAAGTCGACATACGTCTCATAAACAAA
TCGCGTATATTCCGACTAGTATTTTTGCCACGTTGTAacgtttaaaattt
ttctatttcCAACAGGTGAAAAACCATTTCCATGCGAGTATAGCGGTTGT
GACCGTCGATTCGCTAATTCTTCCGACCGTAAAAAACACATGCACGTTCA
CACGTCCGATAAACAACCTCACAACTGCCGGACAACGCAGCCTAGCAACG
GTAACCAAAGCAACGTAAACAAAATATGCAGTAAACCGTACAGTCATTCG
AACGTAACACGAAAACATACAAAGATAAGCGATGGATATACAAACTCACA
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AGCGACCTAAACACAATTACCTATACAAACATTTTAGACAAATTTCCCTT
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TAGAAGAGCTTAGTAACGACATTCGACAACAATTAACGGCAGTGACGGAT
ATGACGTCACATCATTTGACTGGACCAGCAGGACTCGACGATTCAGCCCT
CATTGCGGCAACCCCTTGGTATAGCTACGGAAATcatatttagttttttt
aaagtcatttttttaaacgcatttttgtcagattttttattttagccttg
ttttttattgctattttttaaattcttttgtcgtttttttgaAGATAATA
TTGCGACCGTTCATAATACGAAAACTTTGCCTACTAAGACATTGTAACCA
cgttttaagattttttggtTCATAAGCCTAAAGTTTACAGTAT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00026508-exon-sc0000574-1491911889:46837..46999 | TCONS_00026508-exon-sc0000574-1491911889:46837..46999 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00026508-exon-sc0000574-1510915933:46837..46999 | TCONS_00026508-exon-sc0000574-1510915933:46837..46999 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00026508-exon-sc0000574-1575043694:46837..46999 | TCONS_00026508-exon-sc0000574-1575043694:46837..46999 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00026508-exon-sc0000574-1491911889:60832..61498 | TCONS_00026508-exon-sc0000574-1491911889:60832..61498 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00026508-exon-sc0000574-1510915933:60832..61498 | TCONS_00026508-exon-sc0000574-1510915933:60832..61498 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00026508-exon-sc0000574-1575043694:60832..61498 | TCONS_00026508-exon-sc0000574-1575043694:60832..61498 | Clytia hemisphaerica | exon |
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| TCONS_00026508-exon-sc0000574-1491911889:62952..63729 | TCONS_00026508-exon-sc0000574-1491911889:62952..63729 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00026508-exon-sc0000574-1510915933:62952..63729 | TCONS_00026508-exon-sc0000574-1510915933:62952..63729 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00026508-exon-sc0000574-1575043694:62952..63729 | TCONS_00026508-exon-sc0000574-1575043694:62952..63729 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000574 | supercontig | sc0000574:46837..63729 + |
Blast
BLAST of TCONS_00026508 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: ZIC3 (Zinc finger protein ZIC 3 OS=Homo sapiens GN=ZIC3 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 240.35 bits (612), Expect = 6.201e-71 Identity = 139/307 (45.28%), Postives = 179/307 (58.31%), Query Frame = 1
Query: 628 LQQQIPGQLPSPNSHRGGNMSSIGI------------PSVS---SPYSAGYR-PSYPQVNDMFGQSKQDFYMQSPFYPGYPNYWYLRQPTNQILTCMWIDQSPFPK-SKPCNKQFTVMQDIVRHINDEHITRLDNNEYVCYWQNCSRNLLPFKAKYKLVNHIRVHTGEKPFPCPFPGCGKLFARSENLKIHKRTHTGKRTGEKPFPCEYSGCDRRFANSSDRKKHMHVHTSDKQPHNCRTTQPSNGNQSNVNKICSKPYSHSNVTRKHTKI--SDGYTNSHITNDFINTST---ISNDVAKNGSPTP 1482
L +Q G PSP H N +G+ P S PY+AG + P+Y +N G + + F+ Y+RQP Q L+C WID++ + K C++ F+ M ++V H+ EH+ + N +VCYW+ C R FKAKYKLVNHIRVHTGEKPFPCPFPGCGK+FARSENLKIHKRTH TGEKPF CE+ GCDRRFANSSDRKKHMHVHTSDK P+ C K+C K Y+H + RKH K+ S G +S + +ST I++ +K+ + TP
Sbjct: 165 LHEQGAGH-PSPTGHVDNNQVHLGLRGELFGRADPYRPVASPRTDPYAAGAQFPNYSPMNMNMGVNVAAHHGPGAFF------RYMRQPIKQELSCKWIDEAQLSRPKKSCDRTFSTMHELVTHVTMEHVGGPEQNNHVCYWEECPREGKSFKAKYKLVNHIRVHTGEKPFPCPFPGCGKIFARSENLKIHKRTH----TGEKPFKCEFEGCDRRFANSSDRKKHMHVHTSDK-PYIC--------------KVCDKSYTHPSSLRKHMKVHESQGSDSSPAASSGYESSTPPAIASANSKDTTKTP 445
The following BLAST results are available for this feature:
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