TCONS_00026190 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00026190
Unique Name	TCONS_00026190
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	7628

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000564:103804..135183+

transcript sequence

>TCONS_00026190 ID=TCONS_00026190|Name=TCONS_00026190|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7628bp
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TGTGAATGCGTCCAAAATTGGCTTTCCAATGCTGAAAATGTTCAAAAGCA
GTTGGAGAATGCAACAGAAAGCCAGCCAGCACAATGCCATTCAGTGCTTC
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TCTGTTGAATGTCTTGAATGAAGTTTTGTCCTTATGGCCATCAACATTAC
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AGCATACTTAGGGTAGATCAggaaACTTGTGATATTATGAAATCGACAAT
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AGGAGATTTTACAATCTTGTTTAGAGCTTGCTTCTATTCCGTGGATCTCC
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TGAATTATACCAAATGTACCAGTTGGTTCAAAGTGATACTGTATCGATTC
AACAATGCTGTTTAGACTTACTGTTAGTTCTCAGTATAAACGCCCAATGT
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TCTGATGGTCAAACAATCATTGAACAAGAAATACAAACTCTACCTGACGC
AGGCTTTATCACGTCTTGTACGCCATGTTGATTCTATGGATGAGATACGG
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GAGTTTGTTTCAATCGCTAAGTTATTCGAATTTCCAGATGTCAAAGCCTA
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ATTGACGTTAGTATTAAAGAACTTCTACAAGCGCTTATGCAAGTGCCGAA
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AATATTGAATGAACTTTGTCGCTCGTTTGTGTCTGCTTCCAGCACGCGCG
CTCAAGATTGTGCTGCTTTTGCCATGCAGGAAACGATGCAATTTTACAAA
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GATTCATCACATCAAAAATGAACGATTCTCGAAATTGATGAAACCGTTCT
TGTCTGGATTGAAATATGATTTGCGGTTGTCACTTTTCCTCATGCCGCAC
GTTATACACCACACTTTGATGTCAGGGAACATCGCTTTGGTGAACACCGA
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TGGGCGAGCtaacatcaaaacatttttgGATAACATTCCGAGAAACAAAA
TGGCGATCGCTTCACTGAATTGTAAATCTTTGGCCAGGTCATTGTTGTAT
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AGCAATCTTCATCGATCCCGAAGAAGTACAACATCATAAAGGTCTTTTAA
ATTGTCTCGTTAGCCTCGGTCAACTCAACAATGCTTCTATGAATGTTGCA
GGGATTATTGAGTCAAGACCTGATTGGAGCGACGATTTACAAACATATCA
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TCCAACCTTTGAATACGGAGCTCAAACAAGATTGGAGTATTTCACTTGGA
AAGTTGTTATGTTCATTTAAATCTAAAGAAAccgataaatttacagacct
gCTTTCGTCAGTGCGTTGTGAACAGACACGAGTGTTGTTAAACGCGAATT
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TTACAAAGAGTTACCAGAGAAACATCCTACCTGGGAAAAAGGACACTTCT
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CGATGCCAAGGCTTTTAACGCATTGGTTAGACTTTGGACAAGTTGCACAC
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AGATCTTACCACCGTACAAGTTTCTCACCGCCCTATCACAGCTCGTATCG
CGCATATGTCATCCTTCAAAACAAGTGTGGGAATTGTTGAAAGCTATTTT
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CCGTTTACAAATCTACGGTACCGATGAGAAGCTCTCGTTGCAAAGAGGTC
TTCCAAGATGTTATCTCGTCGAATTCCAACTTGAAATCGTTCATCCAACA
ATCGTTGGAATTGACTGAAATGCTTTTAACAATTTCCAACCAGAAATGCA
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TTGAAAAATCCaaatttgagcCCGATCATGGTGCCTCTTCAAAGAACACT
TACCGTCAAAGTCAGTAACAAAGCTGAAAGTAAATTCGATCCGTTCCCAG
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TCTTTACAGAAACCAAAAAAGATCAAAGTGCGAGCTTCAGACGGATTACT
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TTCACGAATGGTTTCTCAGTACGTTCTTCAGTCCCACAAAATGGTACATG
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GAAAAATTTGATTGTCCTGAACGGGTTCCGTTCAGAATGACCCATAATAT
GGTTAAAGCGATGGGTGCTTTGGGGTATGAAGGTGTTTTCCGTAAATCGT
GCGAGCATACCATGAAAGTGATGCGCAGGGAAAAGGAATCACTTCTCAGT
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TCGAAGGGCTGCAATGAGCGCTCCCAGTGAAAAATCATCCACTGAGGCCA
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CATTCAGGACGCCACAGATATTAGCAACCTTTGTCAAATGTACATTGGGT
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TTTATAGAAAATATAAAACCAAACGATA

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transcript from alignment at sc0000564:103804..135183+

Legend: exon

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>TCONS_00026190 ID=TCONS_00026190|Name=TCONS_00026190|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=31380bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000564:103804..135183+ (Clytia hemisphaerica)
AAAACACCCAAGATTGCGAGAGAAATGCCAATGACACAGCAAAAATTATG
TGTGAATGCGTCCAAAATTGGCTTTCCAATGCTGAAAATGGTAATATctt
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ATACGCAAGGAGCGATGTTGACCCAACCTTTGAAACCCCGACGTGGGAAA
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GTGACCCATGGCATGTatatttgacattttctttccCAAAACAATTGGAT
TGCCTCGAAagattttgtccattttttaccttttttcctggtAGCACGGA
AAGGTGTCGGATGCTCTTGATATGtgtatatcattgtttttcgaaaaaat
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TGATCTTCTTTAGGGTGCTTTGGGGTATGAAGGTGTTTTCCGTAAATCGT
GCGAGCATACCATGAAAGTGATGCGCAGGGAAAAGGAATCACTTCTCAGG
TAAGTTGTCTTATTAAGTAATCAAGTAAAAGATGGCAAGCAAAATAAATG
TTACTTGACACTTAAAGGGAACAGTGGGCTTTAGGTCGTTGAAGGATGTC
CCGAGCGGAAATAATTTAGGCTCCCACCAATAACGggattttttatttac
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TTCGACTGATCTATTCTGTTACTACTTCTTTTCCATcggatttgagaaaa
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TCTCTTCATGATTCAAATAGCTATGGTGCAACATCTCTACCTCTCCTGTA
CATTTATAGAAAATATAAAACCAAACGATA

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_014723	XLOC_014723	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000564	supercontig	sc0000564:103804..135183 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00026190 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: ATR (Serine/threonine-protein kinase ATR OS=Homo sapiens GN=ATR PE=1 SV=3)

HSP 1 Score: 1318.91 bits (3412), Expect = 0.000e+0
Identity = 758/2120 (35.75%), Postives = 1213/2120 (57.22%), Query Frame = 3

Query: 1482 LDTAAAEEILQSCLELASIPWISTIDPPWFDLKIVTFTQDELYQMYQLVQSDTVSIQQCCLDLL------LVLSINAQCHTWI---SH-IIRNTMANSNSPPTIHQQLLKMLPEFVLTLKENGLHVLEDDLLMFVRSASPSLVERVGEVISKVICVL-------SKNSKIGLRNGRAVITCTSCEKGDKE---SGQLDSPDVFRVLKPFFLMVKQSLNKKYKLYLTQALSRLVRHVDSMDE---IRSLWQPVLDLLLDPDYETRYCLSESLKDLVK------GGGETLYRQAMDQISGAFVKASAANDSSVMETLILSMGNVGIMASNQFTSIVVISLFNCFVTQDKFLASLAADQIQSIARAKKMSYHSLFMASKSQLCNMTVKKV-----------------LKSLEEGKDYQTVTDEFVSIAKLFEFPDVKAYLTETATEMLPKIVENVSTHSSIILRLFAKYSSQNRREMLFNNFKYIFSYLLRTISDEKHLEKCLGYLQEEAQVELQTMLVSEYQNVLNQLILYMSVNRDQVYHGFKILVG---SDDSYEGPKDFQNDEHVAMFLQPKLLGVLAFFNFVLINSPLN--EKKTALKSIICLLNVLGKKYLTPVRLKVMAILKLSLKHMKDFSEICCEAWLTFTHNVEKEYLGVLISQIIPTVLPLLQYCEEPVLEIINFLIVRNRVNFRDHFKEVYFLPEHPSLRKAKQLIEEQRCRITSLKEFKLELQSAIKSMKSENEDVQKFALQRICDLLETNTTYLQETLIQNENIDVSIKELLQALMQVPKERGEQIYALVGKCFGLIGAVDVGNMDNLFDTSS----DLSNPTSVYDDAKFPVEILNELCRSFVS-ASSTRAQDCAAFAMQETMQFYKCSS-ERNQPGYTLWSQFSDSMKEILAPHLRSKYRSTS-NYNWSKLQLPIYGSPKGSSYKDWTSNYTSYLIHHIKNERFSKLMKPFLSGLKYDLRLSLFLMPHVIHHTLMSGNIA---LVNTEFKCILEQMNDATTAKKDIT----HLCLQTLFSVLDFLSSWYKNTEDTNEAEIIT-GRAN------------------IKTFLDNIPRNKMAIASLNCKSLARSLLYYEEYMNTNSEHIDNHLEFLQKIYYALDEPDGISGIAATRNRTPTLNEKIFQHRSAGNLRGAVACYERAIFIDPEEVQHHKGLLNCLVSLGQLNNASMNVAGIIESRPDWSDDLQTYQAEVSWRLGQWDKLKKTVQPLNTELKQDWSISLGKLLCSFKSKETDKFTDLLSSVRCEQTRVLLNANFGSGGYTQAYQSMLRLHMLRDMEQCSTILFNKDHITSTHNEATTRLLKEFDTRLNITEASYKTRESVLYLHQVFLQLLPDSVRENQFQALSDNVWLKIAKTARKDGLMQTAYSALLNIQNEEKEEIIVERANWYSCQKKVHEAF--------LC-AKGETEFTAKNL--SAKRILQKATLMEETESSEPGTILAVYKELPEKHPTWEKGHFFLAQYYEKLMSKVEDGSKEKYNIKQSHDFLKHIIKSYGFALQYGNKYIYQSMPRLLTHWLDFGQVAHLNITGESSSAKQSEVNYFKDWLKKVNDNIHQLVQILPPYKFLTALSQLVSRICHPSKQVWELLKAILCKIFKSYHQQAIWYTVAVYKSTVPMRSSRCKEVFQDVISSNSNLKSFIQQSLELTEMLLTISNQKCSGSK--LSMRKDFPTLVRMLKNPNLSPIMVPLQRTL-----TVKVSNKAESKFDPFPDALPYISGVDDMVDVLSSLQKPKKIKVRASDGLLYPLMCKPKDDLRKDCRLMEFNSLVNKFLLQDSECRRRQLHIRTYAVIPLNEECGLLEWVPNTKGLRIILQDIYREKGISYRVHDLKQIYDHMTREPQKARKCEIFVKRVLPKYPPIFHEWFLSTFFSPTKWYMARLAYCRTSAVISMVGYILGLGDRHGENILFDATCGDCVHVDFNCLFNKGEKFDCPERVPFRMTHNMVKAMGALGYEGVFRKSCEHTMKVMRREKESLLSVLNTFLYDPLVEWKKDSR---RAAMSAPSEKSSTEAMGILRNIDKRLRGITKHSMIRNTV----LSIEGQVDHLIQDATDISNLCQMYIGWAAYL 7514
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The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00026190 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00026190 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
ATR	0.000e+0	35.75	Serine/threonine-protein kinase ATR OS=Homo sapien...	[more]

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TCONS_00026190 (transcript) - C. hemisphaerica