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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00023926 ID=TCONS_00023926|Name=TCONS_00023926|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3704bp CATATATTAAAGAGACAATGGTCTGGTATAAGAGTTTGTATAGATCATGC ACACGTAAAAAAACGTTAGATGCTACATCAATAACAAGCACAGAACTACA AAGATGTTTGTCAACTCTTGATTTGACTTTTGTTGGTATCGGAAGCACAC TTGGTgctggtatctatgtgttagcCGGAGAAGTCGCTAGAAATAAAGCT GGTCCCGCAATCATATTGTCATTCTTGATTGCTGCTTTAGCCTCAATCCT CTCTGGTTTATGTTATGCTGAATTCGGGGCTAGAGTACCAAAAGCTGGTT CAGCATATTTATATTGTTATATCACTATTGGAGAAATTCTTGGCTTTTTA GTGGGATGGAATATTATTTTAGAGTATATTATTGGTGCGGCTTCAATAGT TCGAGCTACGAGTGCATACATAGATACCTTAACACATGGTGCTATTAAAA ACGGTACGATAGATCTAATTGGGCAAATGGATACGCCATATATTGCACAT TATTTCGACTTATTCGCAATTTTCATAACATTTGCTACCACAATACTACT TTCACTCGGCGTCAAAAATTCAGCACGCTTTAATAACGTCTGTGTGGTGA CGAACATGTTGACAATTTTATTAGTTATTATTGTTGGTTTGGTACATGCT GATTTTAAGAACTGGTCTAATTTCGCACCCTTTGGGGCGCAAGGCGTTTT TGCAGGGGCGGCTACCTGTTTTTTCGCTTTTGTTGGTTTTGATGTCATAG CAACGACGAGTGAAGAAGCACAAAATCCGGGACGTTCAATACCCTTCAGT ATTACAGGAACCATAGtcTTTTGTTTCTTGGCATATTTTGGTGTCAGTGG AGCAATCACATTGATGGTACCTTATACAGAGTTAGACCCTACAGCTGCTG TTACTCAAGCTTTCCATCAGAGAGGTTTAAAATTTATGGGTTACATCATC GGTGTTGGAGCTTGCCTAGGTCTTATCGGTTGCACGATTATTTCGATGAT GCCTTTACCACGTTTGTTATATGCACTTTCGCAAGATGGACTTTTACCAG CCTTCTTTTCGAAAGTTCATGGTAAGACAGGTGTTCCTGTCCTTTCTACT GTCATCTCGGGAGTTCTTATTGGTTTATTGGGAGCTTTGTTAGATATTGA CGCATTGGTTGAAATGTTATCGATTGGCACGTTATTAGCATATACTGTCG TTGATATCTGTATTATCATATTGCGATATAGAACTTATGAGAAAGATGAC GAAGATACTATCAAATCATCCAGCAACAATACAAGACTTTACACATTAGT TATGGCTGCATTGATTGAACTTATCATCATTGACACTATATTAtccaaat atttaaaaacacttcAAGAAAGTCGATTCCTACTCGTTTTAATTGTCGCA GTCGCTATTTCATTCGTATTAACGAGCATTTTTATTGCTCGGCTTAAACC GAATCCGACAAATTATTCGTTTCAAGTTCCCGGGTTACCATGGATACCGC TTGCTggtttatttttcaatatttaccTGATGCTGAGCTTATCCCATTTG ACTTGGTATCGACTGATTGTTTGGATGGTTATAGGATTTGTTGTATATTT CGGATACAGTATACACCATAGCGTTGAAAAGATCAATCCGAGTGGAATAG GAGAAGATGGAGAATCGCAACCATTAATGGAGCGTGAAACATTACTTATT CAAAGCGGCGATGAGAGTCTTAAAGAGAATTGATTGGTCGATTGATGGGA TTCTATTAAACTTTAAACCTTGCTAATTTCAAATCTGtgttcaaattcta tcaaaagttattgatgtttgaaaaaagaCTGCCAGCTTATTTGAAATAGA CTATAATATGGGGTATAAACGAGATAGGAAGGGGGCTCTTTCAccacctt ttttattttgaaatcttgttAACATAAAAATTATAGTCCTTGTTTGAACA TATTTGGACCAAATAAGGCAAAAATGAGCAAAATTTCGTAGAGATTTTTA CGAGTGAGCCAAGGTTCAGCAAATTAATTTTGGAGGGTCACTCAAAGAGT TAGACAAACACAAATATTGGATATCGAGTCCCCAAGGTAATTTTTACTTT CAACAGCACACTTCAACACTCTGcgttgtaaaattttgaaaagtgacTAA AATCTATAtttgttttgcattttttacaGTAAAACTTCTCTATTcttcaa tacactcttctcgagatgcataaattcattgttgtcctcgttttcaaaca gatttcattgctgtAAAAtcacatattcacaatgataattgtgttgttta cacctcatgagacattttgaatttcaagtacttttgtattagagttaatg tttgccttttgggaatttaaattggtttaaatgtataatttcatagcaat gaaatctgtttgaaaacgaggacaacaataaatttatgcatctcgagaaa agtgtattcaaccctttaagtgccacggtcatttttttctaagtttttta aagaaaatcgctagttcaaactttaaaggcttatatctccggatctagaa ggagttagaagcttgtttatagtccgttggatagcttagagtctcctctt tcttttaggtgccgagtggtaaaacttcaaactaattcgctggaggacag aatcaagttaatcagggccaaatttgaaggttcttggatcactcgttgac caaaaatggtcaaaaaacggtcaaaatcttaaaaaagtggatttttgtca aatttttgcatttttttactttttagcttaaaatctcacTGATAAGGCtc gcttttgatttttttttttgcttggccatGAAGTCCAATCCGATTcgtac gagttagaccaaaaatgacgatttctaactcaaactgggcattacaggat ggcttcgccctcctacatagcccatgcctgatatatacgacattggcact taaagggttaatataATTTTACGCACACATTTAAGCTAGCTAGAATaatt aattttgaatatttacaaTGGAAAATACAAAACCATACATAATACAAATG GGTGTATATATTAAGCTGTTTTTGACGGTTCTTCCAAAAATCCTGCTTac tgaagccttaaaatttgtATATAATCGCTTTAAAATAAGGGACGAAGGCT CAAATGTTGTTTTTGGGacataaaactaaaagtccTACGCTTAAAGCGTG CTCACTTTTTTTTGGAAACCAAAAAGTCAGTTTGATTTGAACAGACTAAT TTTGATGCGAATGGCCACGCCAGAAAAAGAAAGTACCACGCTTAATTAAA GCGAATTAAGCTCAACCGAAATTACTTTTGAATCGAACTCTGAGGGATTt atctttgagaaaaaaagatacTTTGTATGTGCTGATATAAAGACTTCGTA TTTCAAGTTTCCACAGTTTTCCTCCCCTCGTTCGCGCATCATGCCAACTT CCTCCAAATCTGGCCAGCTAATCATTTTCACCCTTGGCTAATTCTTCTCT ACGGTCACGTGCTCTTCGGTTTTGGTACCAGACCTTTATTCTTTGTTTAG TCAAATTCAATCGTTGTGAGAGAATGTTCAATAATGTTGTCGTCAAATAT TGATTACGTTGGAATTGTTTTTCTAACGTTGTCTGTTGGTACGGCGTAAA TGGGATACGTGGTTGACGTGAAGCTCGCTCACTTACTCCTTGACGCCGTT TGGC Run BLAST on NCBI protein sequence of TCONS_00023926-protein >TCONS_00023926-protein ID=TCONS_00023926-protein|Name=TCONS_00023926-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=576bp
YIKETMVWYKSLYRSCTRKKTLDATSITSTELQRCLSTLDLTFVGIGSTL GAGIYVLAGEVARNKAGPAIILSFLIAALASILSGLCYAEFGARVPKAGS AYLYCYITIGEILGFLVGWNIILEYIIGAASIVRATSAYIDTLTHGAIKN GTIDLIGQMDTPYIAHYFDLFAIFITFATTILLSLGVKNSARFNNVCVVT NMLTILLVIIVGLVHADFKNWSNFAPFGAQGVFAGAATCFFAFVGFDVIA TTSEEAQNPGRSIPFSITGTIVFCFLAYFGVSGAITLMVPYTELDPTAAV TQAFHQRGLKFMGYIIGVGACLGLIGCTIISMMPLPRLLYALSQDGLLPA FFSKVHGKTGVPVLSTVISGVLIGLLGALLDIDALVEMLSIGTLLAYTVV DICIIILRYRTYEKDDEDTIKSSSNNTRLYTLVMAALIELIIIDTILSKY LKTLQESRFLLVLIVAVAISFVLTSIFIARLKPNPTNYSFQVPGLPWIPL AGLFFNIYLMLSLSHLTWYRLIVWMVIGFVVYFGYSIHHSVEKINPSGIG EDGESQPLMERETLLIQSGDESLKEN Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000465:125064..139961+ Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00023926 ID=TCONS_00023926|Name=TCONS_00023926|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=14898bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000465:125064..139961+ (Clytia hemisphaerica) CATATATTAAAGAGACAATGGTCTGGTATAAGAGTTTGTATAGATCATGC
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Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
| sc0000465 | supercontig | sc0000465:125064..139961 + |
Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: Molecular Function
| Term | Definition |
| GO:0015171 | amino acid transmembrane transporter activity |
Vocabulary: Cellular Component
| Term | Definition |
| GO:0016020 | membrane |
Vocabulary: Biological Process
| Term | Definition |
| GO:0003333 | amino acid transmembrane transport |
GO Annotation
GO Assignments
This transcript is annotated with the following GO terms.
| Category |
Term Accession |
Term Name |
| biological_process |
GO:0003333 |
amino acid transmembrane transport |
| cellular_component |
GO:0016020 |
membrane |
| molecular_function |
GO:0015171 |
amino acid transmembrane transporter activity |
Blast
BLAST of TCONS_00023926 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: CTR3 (Cationic amino acid transporter 3 OS=Homo sapiens GN=SLC7A3 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 379.407 bits (973), Expect = 2.026e-116 Identity = 248/604 (41.06%), Postives = 349/604 (57.78%), Query Frame = 3
Query: 18 MVW--YKSLYRSCTRKKTLDATSITSTELQRCLSTLDLTFVGIGSTLGAGIYVLAGEVARNKAGPXXXXXXXXXXXXXXXXGLCYAEFGARVPKAGSAYLYCYITIGEILGFLVGWNIILEYIIGAASIVRATSAYIDTLTHGAIK---NGTIDLIGQMDTPYI-AHYFDLFAIFITFATTILLSLGVKNSARFNNVCVVTNMLTXXXXXXXXXXHADFKNWS-------------------------NFAPFGAQGVFAGAATCFFAFVGFDVIATTSEEAQNPGRSIPFSITGTIVFCFLAYFGVSGAITLMVPYTELDPTAAVTQAFHQRGLKFMGYIIGVGACLGLIGCTIISMMPLPRLLYALSQDGLLPAFFSKVHGKTGVPVLSTVISGXXXXXXXXXXXXXXXXEMLSIGTLLAYTVVDICIIILRYRTYEKD--------DEDTIKSSSNNTRLYTLVMAALIELIIIDTILSKYLKTLQESRFLLVLIVAVAISFVLTSIFIA-------------------------RLKPNPTNYSFQVPGLPWIPLAGLFFNIYLMLSLSHLTWYRLIVWMVIGFVVYFGYSIHHSVEKIN 1637
M W ++ + R++TL+ + + T L RCLSTLDL +G+GSTLGAG+YVLAGEVA++KAGP+I++ FL+AAL+S+L+GLCYAEFGARVP++GSAYLY Y+T+GE+ F GWN+IL Y+IG AS+ RA S+ D L I G+I L P++ A Y D FA+ + T LL+LG SA V N+L + V+I G V D NW F PFG +G+ GAATCF+AFVGFD IATT EEAQNP RSIP I ++ CFLAYF VS A+TLM+PY +L P + + +AF G Y++ VG+ L + SM P+PR++YA+++DGLL +++H T P+++TV+SG++ + L + LV+++SIGTLLAY++V IC++ILRY+ ++ E+ I + S L+ L L I T LS + + S L VL+ A+ + S+ + R + T F+VP LP +PL +F NIYLM+ ++ TW R VWM+IGF +YFGY I HS+E+I
Sbjct: 1 MPWQAFRRFGQKLVRRRTLE-SGMAETRLARCLSTLDLVALGVGSTLGAGVYVLAGEVAKDKAGPSIVICFLVAALSSVLAGLCYAEFGARVPRSGSAYLYSYVTVGELWAFTTGWNLILSYVIGTASVARAWSSAFDNLIGNHISKTLQGSIAL----HVPHVLAEYPDFFALGLVLLLTGLLALGASESALVTKVFTGVNLLVLGFVMISGFVKGDVHNWKLTEEDYELAMAELNDTYSLGPLGSGGFVPFGFEGILRGAATCFYAFVGFDCIATTGEEAQNPQRSIPMGIVISLSVCFLAYFAVSSALTLMMPYYQLQPESPLPEAFLYIGWAPARYVVAVGSLCALSTSLLGSMFPMPRVIYAMAEDGLLFRVLARIHTGTRTPIIATVVSGIIAAFMAFLFKLTDLVDLMSIGTLLAYSLVSICVLILRYQPDQETKTGEEVELQEEAITTESEKLTLWGL----FFPLNSIPTPLSGQIVYVCSS-LLAVLLTALCLVLAQWSVPLLSGDLLWTAVVVLLLLLIIGIIVVIWRQPQSSTPLHFKVPALPLLPLMSIFVNIYLMMQMTAGTWARFGVWMLIGFAIYFGYGIQHSLEEIK 594
The following BLAST results are available for this feature:
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