|
|
Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00023337 ID=TCONS_00023337|Name=TCONS_00023337|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5847bp
TGAACATCATATGTGAATATGAACATTTGAAATTTGCCATTAAAAAGTTT
ATtaaatcaaaaaacaattaaaaaatagaaaattatttttggcgaGTTAT
CCAGTTCGAGTAAATTGAGAAATGACGAGTTCGGCGAGTTagaaatttct
aaaattctGCAATGCATTTATGGTAAATTTTCTTCTGCGCAAACTCGTGA
TCTCATAAAGTTCCTCATCAAACATTGCAGCTTGACCAAGACCAAGACTG
TGAGTGGTTAAAATCGAACAGTACCGAAAGTAAGGTGTAGATCGTCCAac
taaatttatttcaaattctaAATAGTACGTCAATATATAGTAAGATGTCT
GCAAATCCTGCTGAACCACCATATGTTGCCTTCTTTGGTGTAATGGGTGC
TACATCTGCAATGGTATTTAGCGGTAAGTTTATTATTGTATAGATGATAA
TGTCCTTTTGCTTTTTATGTTTGAGCCACATTGGGAAGAACAACCAAGAG
TATATTGGTTGAGCcggaaagaaaatttacttATGTTGACATTTACACCT
TTCCtgtaatacaccgtttaggagtctcgcctcctccaccgtgttccacc
gtgaaaacggtaggtaaaaatgtgcactttagtactgtggaaggttaggg
GCAGcgtccatattcaaagtcgcatgcgtaacgggaaaagaccgttagtg
ggtaggtatattggaatgttgagagttagctgtggcattgatgatcaaaa
tgaaattccactaaaaattccaaggaaaaatatatataagatCGCTTACC
GTACACTCACTTTTACGCTTTTTCCTTTAGCACGCTATCCAAAATCCTTT
CTGAGCTACTTTAGGGGTTGTTTCAGAGTATAACATTTTTGCCTCAGGAG
TTTTAAAAACAAGGGCTGTTTAAAAATTGTTATGGAATTCGGCTGTTGTA
AACCTCCGAAAATGGCAACATTTTTAGCGGGCCGTTTGTTTCCATTTTAG
CGGGAATGGCAGAAGCTTCGGTaagattttggtcaaattaTGAAGACCGT
TAAGAAGGTGGGTATGTTTTGAAagtaacggtcttttcccgttacgcgtg
gcgactttgaatatggacATATTGCCCcttagaggaatgtaaaaattgtc
aatttttttctttcctttaaaaagaatgacttatatatttgaacatgata
tcaatgataattttatggatctctcctgaaaatttcacaagaaTTCATCA
Tggggaaaagaagttatgattaaaaagagttctttacctaccgtttttct
gctgaGTTTCCTTATGAAAACCaaatttttacctaccgttttttacGCTC
TCCCCCGTAGTTTCCCGCGatcactaaaatcaaaacaGTGGAAAATTGTT
CGGACGCGTGTGCAGTTGACACTACTAAACAGTGTATTCGCAAAACAGGT
GCACgggcattattttgatgctctccatcGTTTGGTTTATGGAggggttg
gcaaacgatatcatccaccaggatgcatcctctcttattttccccctatt
ttcaaatttccgatctttatcctgattttctgactttctcaagtgttttt
tttaattgttttctaagtatttttctgaaatttgcccgtaccgaTGAAAT
GGGTCttcgaccccggctcgaactaccaaatgcaagcaaccttggtttac
aaacttaatgcctaaccgcttgcgccaacgagacatggcagaaagctgtc
attcacaaatacttttagcgtgtaatttacagacctttattaagaaagct
cccaaggcgatgggaatttgatgttcaGTTTACCCTCGACCGCCTGCATG
CTCTTGAGCTGCCACataaaaaagttcattatttcttaaaaactcgttat
tttcttcttttcctgtgccaagctatccaaaacactcaaagtgaatcaaa
aataatATCTTCGCTAACAAAATGTGCGCCTCGAGTAAAAACATGGTTCC
AATCACGTCCGCGAATAGGGCAGGCATTTTTTTAAGCAGTGGGCAGCATC
AAGGGAGTTTTAGAAATTCGCGTTTTAGACGCGCCTCGAACGCGTTTGAA
TTCTCGCGCATGTCATTTTGATTCCGAAAGTGAAAGCAGCTCGTTTTCAC
GGTGGAATTCATCTTCGTTGGAGATTGGAAGCACCAGgtaggaataatga
ataatgaaattttgccgcatcaaatattttttgaaacaggacggtaaaca
gaacatgAAATTCCCATCGCCCAACCTATGGGATTCTAAGCTAGGTCTCA
GGGTACAGATACCCCTAAGAAGATATTGTGACTCtagagctccaacccta
accctaactgataataactaAACCCCATCTaggtccgcagattgaaaaat
ttgacttgcactctggtggatgatatcgtctgccaaccagGTAAATAAAC
CCGTTTTTGCCGGCATTCCTTAGGGAATGtgatttttttagcttttctta
agttctatCGATCAAAATTCCCTCAAATTTTATTATGTtctttctattca
tgatataccACCTATCAAAAGTGAGCAGCTTAAAACCACATTCCCTAACC
CCATGCAGGCAAAACCGCGTTcatttacctcccaaacaatgtTATACACA
ACTGGAGCGCACATTTTTCCAAGCCATTTccgagaagtttgaattacaaG
AAAGGTGTATTAGGAAAGGTCTTCCTAAAAAGGAAAGGAAAACTTTCCAA
ATTAAGAAAGTGAAActgttttcataaattttttcaaaaaatacaaaaaa
tcacACTTTCCCAACAGCATAATTTGATAGATACTAACCTCTGCCAGAGG
atttgaaagtttcaaattgTATTTCAGCGGGTGCTTGAGATAAGGCCATT
TAAGAAACCTTAACCTGATAAGACCCTTTCTATATGATAcggaaacaaaa
tttcaaaatttatccaGGGCTTTaacactttgaaatttcctaacTAGGAA
AGTTATTCATTTCGGGCGGTATATGTCAATGATCCGCCTAttagatttca
tatttttttgcacatagataaATTTTGACTTATTAAAACTAATGGTCATG
GCTGGTCATGGTTAGAACTTGTGATTATTAAGTGATTAGAAGAAAAGGTA
AGTTTTTAAGCACTTTGCTAATtgggaaaattgtaaaatactaACTAGGC
AAAAACTCTTTGACtgttttttcattgattttcatTGATGTTAGCTTCTA
ACctaaatcaatctgaatcaatttgtgagtgacccctaaagTTACGGTAA
ATAAAAATAGTATTCTTCCAGATTCTTCAACAcctcatattttgaaaaaa
aaatttaaaagaaaaattaaatcttttttaaaactgcACAGAATTTATCT
AGGAatagaattagaaaaaaatccatGAAAGCTACCTAGTTTTCCTGTCA
ACACCTGCATTGAAAGTTATTATGAAAAAAGGGACAAACTTctaaaattt
aagttttctttcTAGTGGTGAGATTTGTTTTCAACTATTATTTCTAACCC
AGACTGCAATAATTATCATTGCTGAAGTTCtgtatcaaaatcatttttgg
cTGGCACGATTTCAAATTGCTgttctttaaattttaaatccctaacttga
aaatggaataattttgttatatagttttcaaccaattttgataaatgacc
cctcaCTTTCTTATTCAAGGTTAGAGCTTTAAAATGAGTTAGGTTTTCAA
AAATGTGTGACAATTTTTACTTGTGTTTGTGGGGCAGAACTCCTTaaaat
tgagttattttttAGATAGACCCTGAGTGATCATTATATTTTAAGCTAAG
CATTATTATTTGCTTGATTATAatcatattttgaaatgtttttgatttcT
AACAAGAGAGTTTGACATTTCAAGCAAGCAAGAATAAGACAATTTATGTG
GCTAaggtattaaaaagaaataattcttaTTATCCTATAAATAGTTATAA
TTGAAGAAAACCTCTTTCTCAGAAAATGTTTGTTGTTTAATATTTGTTAT
GTACTCGTTATTAGCCCATAGTgtggaaaggggtctgatccccccttctt
ggcatccccccaacctttaaaaatgcctttCCCCCAAGGGTTCcgggcta
aattttttatggtaaaaagggaaggaAAACAGTAAAGgaaaattaagtct
ggcaaatataataccactttttagtgaaaataaagaacttcctttcatgc
agaccaaatttcataacagtgctgttTTAATTGCTCTAAAACCACAACAG
TATGAATTTATTGTCCCGTATGCTCAGGGCATATAAGCACTTCTTACCAC
TGTTATCTGGTGGCTCAAAATTATCTCAAATCTGCtcaaattgagttttt
aacatggctccgactggggttctaggtccccccgccaaatttaggtcccc
cctgagaacaaggtccccccagcctcataaaattttaggtcccagtatag
gggaaaaattttatggcattcacaaagctctatttacatgtgtgtgcatt
tttagagaatgcaatagaatgtctttatttttgcattttaaggatCAGCG
GGGGTGGGTTACACTATCAAAACCGAATTGTTTTGCACAAGTTATAGTCG
TAAAACTAACTTtattatctatctatctatattttaAGTATCAAAAGGTC
TTAAGACCCATTATCCATACATACAAATTATAAGATTGtatacaaataaa
ataaataacctatgtaatttttttttgcactaaTAGAGGACACAAAGAAA
TAGCTTGAGTAGGCTAAATTAGAGAAATGGCTAGAGTAGGCTGAATTAGA
GTATAAGTAGTGGCAGAACAACCAGCAAAACTAGGAAGGTGCACAACAAG
ACGCcaaattaaaacaaaagagGTATATATGCAAAGATAAAGAAAAGCTG
GTTGAAAGATAGTggctaaaatttgaaatgggAGAGTCCTTGATTGAAAC
AATtgcttaaaataaattttatttaataAGTTACATAAATGTTATAGGGA
TAAAATGCTAAACTAGTGTAAAGTACTGATGCATAAAAATTAGAGACTCA
AGCAGGCTAAGTTGAAATAGCTAAAAGTAATTATTGGGTGCGATTGATTG
CACTCCTTGGCCATTTCAGGTGTGTGCGTTCTATCGTTTGCCTCAAATGA
TGCAGTCTGTCTTTATTCTTCAAAACTTGCTAAATGTGAGATGTCAAATT
CAACTACTCCTATCCCAATAGATAGTgcctcaggggggggggtacagagg
cagggtactaacccatagggtactaacttgatttttcactcaatttctgt
ttagtaccacccacccatatttagtaccgggtactacttcatttttgctg
taaaaaatagagacaccaccccctaaaatcttatattttacagattagac
caaAAGAGAGGGTACTATGTtagtttttctgactgaaaTGGACAGATAAT
TCAAACAAACAATCATTGATTAAGTCAGAggcttttgtcctttgatttta
ataacacacttcttgaccatttcggaagttttgtcttcacaaaaatcaaa
aaatttctcaaaagagtaaaaaaagtttctcaattaaaaaagatttcaaa
tcaaaaaaataatacttgaaaaaagtcaaaatattacaaaagactacttt
tttattgaaaaaggagcaaaagtctgtgaaaaagtacccaaataaTACCC
TGTACTTGCTagaagagtgaaaaatacacacccccacccctaaagtagta
ccgggtactaacttttttgaaatgcaaaaatagacaccaccacccgg Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000450:151769..157615 Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00023337 ID=TCONS_00023337|Name=TCONS_00023337|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5847bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000450:151769..157615 (Clytia hemisphaerica)
ccgggtggtggtgtctatttttgcatttcaaaaaagttagtacccggtac
tactttaggggtgggggtgtgtatttttcactcttctAGCAAGTACAGGG
TAttatttgggtactttttcacagacttttgctcctttttcaataaaaaa
gtagtcttttgtaatattttgacttttttcaagtattatttttttgattt
gaaatcttttttaattgagaaactttttttactcttttgagaaatttttt
gatttttgtgaagacaaaacttccgaaatggtcaagaagtgtgttattaa
aatcaaaggacaaaagccTCTGACTTAATCAATGATTGTTTGTTTGAATT
ATCTGTCCAtttcagtcagaaaaactaACATAGTACCCTCTCTTttggtc
taatctgtaaaatataagattttagggggtggtgtctctattttttacag
caaaaatgaagtagtacccggtactaaatatgggtgggtggtactaaaca
gaaattgagtgaaaaatcaagttagtaccctatgggttagtaccctgcct
ctgtacccccccccctgaggcACTATCTATTGGGATAGGAGTAGTTGAAT
TTGACATCTCACATTTAGCAAGTTTTGAAGAATAAAGACAGACTGCATCA
TTTGAGGCAAACGATAGAACGCACACACCTGAAATGGCCAAGGAGTGCAA
TCAATCGCACCCAATAATTACTTTTAGCTATTTCAACTTAGCCTGCTTGA
GTCTCTAATTTTTATGCATCAGTACTTTACACTAGTTTAGCATTTTATCC
CTATAACATTTATGTAACTtattaaataaaatttattttaagcaATTGTT
TCAATCAAGGACTCTcccatttcaaattttagccACTATCTTTCAACCAG
CTTTTCTTTATCTTTGCATATATACctcttttgttttaatttgGCGTCTT
GTTGTGCACCTTCCTAGTTTTGCTGGTTGTTCTGCCACTACTTATACTCT
AATTCAGCCTACTCTAGCCATTTCTCTAATTTAGCCTACTCAAGCTATTT
CTTTGTGTCCTCTAttagtgcaaaaaaaaattacataggttatttatttt
atttgtataCAATCTTATAATTTGTATGTATGGATAATGGGTCTTAAGAC
CTTTTGATACTtaaaatatagatagatagataataAAGTTAGTTTTACGA
CTATAACTTGTGCAAAACAATTCGGTTTTGATAGTGTAACCCACCCCCGC
TGatccttaaaatgcaaaaataaagacattctattgcattctctaaaaat
gcacacacatgtaaatagagctttgtgaatgccataaaatttttccccta
tactgggacctaaaattttatgaggctggggggaccttgttctcaggggg
gacctaaatttggcggggggacctagaaccccagtcggagccatgttaaa
aactcaatttgaGCAGATTTGAGATAATTTTGAGCCACCAGATAACAGTG
GTAAGAAGTGCTTATATGCCCTGAGCATACGGGACAATAAATTCATACTG
TTGTGGTTTTAGAGCAATTAAaacagcactgttatgaaatttggtctgca
tgaaaggaagttctttattttcactaaaaagtggtattatatttgccaga
cttaattttcCTTTACTGTTTtccttccctttttaccataaaaaatttag
cccgGAACCCTTGGGGGaaaggcatttttaaaggttggggggatgccaag
aaggggggatcagacccctttccacACTATGGGCTAATAACGAGTACATA
ACAAATATTAAACAACAAACATTTTCTGAGAAAGAGGTTTTCTTCAATTA
TAACTATTTATAGGATAAtaagaattatttctttttaatacctTAGCCAC
ATAAATTGTCTTATTCTTGCTTGCTTGAAATGTCAAACTCTCTTGTTAga
aatcaaaaacatttcaaaatatgatTATAATCAAGCAAATAATAATGCTT
AGCTTAAAATATAATGATCACTCAGGGTCTATCTaaaaaataactcaatt
ttAAGGAGTTCTGCCCCACAAACACAAGTAAAAATTGTCACACATTTTTG
AAAACCTAACTCATTTTAAAGCTCTAACCTTGAATAAGAAAGtgaggggt
catttatcaaaattggttgaaaactatataacaaaattattccattttca
agttagggatttaaaatttaaagaacAGCAATTTGAAATCGTGCCAgcca
aaaatgattttgatacaGAACTTCAGCAATGATAATTATTGCAGTCTGGG
TTAGAAATAATAGTTGAAAACAAATCTCACCACTAgaaagaaaacttaaa
ttttagAAGTTTGTCCCTTTTTTCATAATAACTTTCAATGCAGGTGTTGA
CAGGAAAACTAGGTAGCTTTCatggatttttttctaattctatTCCTAGA
TAAATTCTGTgcagttttaaaaaagatttaatttttcttttaaatttttt
tttcaaaatatgaggTGTTGAAGAATCTGGAAGAATACTATTTTTATTTA
CCGTAActttaggggtcactcacaaattgattcagattgatttagGTTAG
AAGCTAACATCAatgaaaatcaatgaaaaaacaGTCAAAGAGTTTTTGCC
TAGTtagtattttacaattttcccaATTAGCAAAGTGCTTAAAAACTTAC
CTTTTCTTCTAATCACTTAATAATCACAAGTTCTAACCATGACCAGCCAT
GACCATTAGTTTTAATAAGTCAAAATttatctatgtgcaaaaaaatatga
aatctaaTAGGCGGATCATTGACATATACCGCCCGAAATGAATAACTTTC
CTAgttaggaaatttcaaagtgttAAAGCCCtggataaattttgaaattt
tgtttccgTATCATATAGAAAGGGTCTTATCAGGTTAAGGTTTCTTAAAT
GGCCTTATCTCAAGCACCCGCTGAAATAcaatttgaaactttcaaatCCT
CTGGCAGAGGTTAGTATCTATCAAATTATGCTGTTGGGAAAGTgtgattt
tttgtattttttgaaaaaatttatgaaaacagTTTCACTTTCTTAATTTG
GAAAGTTTTCCTTTCCTTTTTAGGAAGACCTTTCCTAATACACCTTTCtt
gtaattcaaacttctcggAAATGGCTTGGAAAAATGTGCGCTCCAGTTGT
GTATAacattgtttgggaggtaaatgAACGCGGTTTTGCCTGCATGGGGT
TAGGGAATGTGGTTTTAAGCTGCTCACTTTTGATAGGTggtatatcatga
atagaaagaACATAATAAAATTTGAGGGAATTTTGATCGatagaacttaa
gaaaagctaaaaaaatcaCATTCCCTAAGGAATGCCGGCAAAAACGGGTT
TATTTACctggttggcagacgatatcatccaccagagtgcaagtcaaatt
tttcaatctgcggacctAGATGGGGTTtagttattatcagttagggttag
ggttggagctctaGAGTCACAATATCTTCTTAGGGGTATCTGTACCCTGA
GACCTAGCTTAGAATCCCATAGGTTGGGCGATGGGAATTTcatgttctgt
ttaccgtcctgtttcaaaaaatatttgatgcggcaaaatttcattattca
ttattcctacCTGGTGCTTCCAATCTCCAACGAAGATGAATTCCACCGTG
AAAACGAGCTGCTTTCACTTTCGGAATCAAAATGACATGCGCGAGAATTC
AAACGCGTTCGAGGCGCGTCTAAAACGCGAATTTCTAAAACTCCCTTGAT
GCTGCCCACTGCTTAAAAAAATGCCTGCCCTATTCGCGGACGTGATTGGA
ACCATGTTTTTACTCGAGGCGCACATTTTGTTAGCGAAGATattattttt
gattcactttgagtgttttggatagcttggcacaggaaaagaagaaaata
acgagtttttaagaaataatgaacttttttatGTGGCAGCTCAAGAGCAT
GCAGGCGGTCGAGGGTAAACtgaacatcaaattcccatcgccttgggagc
tttcttaataaaggtctgtaaattacacgctaaaagtatttgtgaatgac
agctttctgccatgtctcgttggcgcaagcggttaggcattaagtttgta
aaccaaggttgcttgcatttggtagttcgagccggggtcgaaGACCCATT
TCAtcggtacgggcaaatttcagaaaaatacttagaaaacaattaaaaaa
aacacttgagaaagtcagaaaatcaggataaagatcggaaatttgaaaat
agggggaaaataagagaggatgcatcctggtggatgatatcgtttgccaa
ccccTCCATAAACCAAACgatggagagcatcaaaataatgcccGTGCACC
TGTTTTGCGAATACACTGTTTAGTAGTGTCAACTGCACACGCGTCCGAAC
AATTTTCCACtgttttgattttagtgatCGCGGGAAACTACGGGGGAGAG
CgtaaaaaacggtaggtaaaaatttGGTTTTCATAAGGAAACtcagcaga
aaaacggtaggtaaagaactctttttaatcataacttcttttccccATGA
TGAAttcttgtgaaattttcaggagagatccataaaattatcattgatat
catgttcaaatatataagtcattctttttaaaggaaagaaaaaaattgac
aatttttacattcctctaagGGGCAATATgtccatattcaaagtcgccac
gcgtaacgggaaaagaccgttactTTCAAAACATACCCACCTTCTTAACG
GTCTTCAtaatttgaccaaaatcttACCGAAGCTTCTGCCATTCCCGCTA
AAATGGAAACAAACGGCCCGCTAAAAATGTTGCCATTTTCGGAGGTTTAC
AACAGCCGAATTCCATAACAATTTTTAAACAGCCCTTGTTTTTAAAACTC
CTGAGGCAAAAATGTTATACTCTGAAACAACCCCTAAAGTAGCTCAGAAA
GGATTTTGGATAGCGTGCTAAAGGAAAAAGCGTAAAAGTGAGTGTACGGT
AAGCGatcttatatatatttttccttggaatttttagtggaatttcattt
tgatcatcaatgccacagctaactctcaacattccaatatacctacccac
taacggtcttttcccgttacgcatgcgactttgaatatggacgCTGCccc
taaccttccacagtactaaagtgcacatttttacctaccgttttcacggt
ggaacacggtggaggaggcgagactcctaaacggtgtattacaGGAAAGG
TGTAAATGTCAACATaagtaaattttctttccgGCTCAACCAATATACTC
TTGGTTGTTCTTCCCAATGTGGCTCAAACATAAAAAGCAAAAGGACATTA
TCATCTATACAATAATAAACTTACCGCTAAATACCATTGCAGATGTAGCA
CCCATTACACCAAAGAAGGCAACATATGGTGGTTCAGCAGGATTTGCAGA
CATCTTACTATATATTGACGTACTATTtagaatttgaaataaatttagtT
GGACGATCTACACCTTACTTTCGGTACTGTTCGATTTTAACCACTCACAG
TCTTGGTCTTGGTCAAGCTGCAATGTTTGATGAGGAACTTTATGAGATCA
CGAGTTTGCGCAGAAGAAAATTTACCATAAATGCATTGCagaattttaga
aatttctAACTCGCCGAACTCGTCATTTCTCAATTTACTCGAACTGGATA
ACtcgccaaaaataattttctattttttaattgttttttgatttaATAAA
CTTTTTAATGGCAAATTTCAAATGTTCATATTCACATATGATGTTCA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00023337-exon-sc0000450-1491911889:151769..157615 | TCONS_00023337-exon-sc0000450-1491911889:151769..157615 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00023337-exon-sc0000450-1510915933:151769..157615 | TCONS_00023337-exon-sc0000450-1510915933:151769..157615 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00023337-exon-sc0000450-1575043694:151769..157615 | TCONS_00023337-exon-sc0000450-1575043694:151769..157615 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000450 | supercontig | sc0000450:151769..157615 . |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
|
