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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00022860 ID=TCONS_00022860|Name=TCONS_00022860|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1109bp
AACAAATCAACGCATgtactgaaaagaaaaaaatacagaGATATAAGCTT
AATCCAATACATCAAAAAGACTTGTGACGTCACTCGATTCCATACCTCTC
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AAGAATAGACTACTGCGCTGGACTATGTCATTCTGTAGACCAATTGCTTA
GAGGAGATGGTGATTTACAAACTAAATGTGAATGTTGTCAACCGATCact
ttagaagaaaaaaaagacactATTGTATATTGTGTGAATCGCAAatccaa
atcaaaatatttagcCTCCAAAACAGTTAAAGTACCTGTTATCAAATCAT
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GTGTTATTCTTCCAACCAATTCAAAAACTATTCATTTGACAGTGTTTTCC
AACTAAATACAcactttgaaaaaagtttggTGATTTGCTACTGGAAATCT
TATTCTTTTGTGTAAATTTTGAAGAATTAttctttataaataaaaatagt
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ctttttatttgaagaaattcagtaacaacaacaacaaacatcaataacaa
caattttatgagaaaaaaagcattaaaaatgaacaaaaataaagaaactt
gGATGTGTC Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000435:78703..87065- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00022860 ID=TCONS_00022860|Name=TCONS_00022860|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=8363bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000435:78703..87065- (Clytia hemisphaerica)
AACAAATCAACGCATGTACTGAAAAGAAAAAAATACAGAGATATAAGGTA
GAGAAAATTAAATAATTCTTTTCATTTTTTTTTAATGGACAATTATTAAA
GTAAGCTACTGAGCTATTATGGTAGTGTATTCTCTCTACTGTTATTGTCT
TTGCTTATTGACATTTCTTTCAATTATTATGCAGTTATAATACTACCCTC
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ATTATATTTTCTTTGGCAGATCGTCAACATTTCCCGTAGTATAGTATTTA
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TTTGAAAATTTAAATTGGATGTCCAAGCTAGAAATTTTGTCAAAAAGAAT
GAGAGAGGATTTGGATAGAAAGAGGGACCCAGATTTGTCAAATCTTCTAC
AGTACCTATGGTTGGCAATTCGCTAGTTATAGTCTCTTATGATCTCTATG
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CAACTATTTTCGATCATGAAATTCTATCAGTCTGGTGCTTTCAATCCAGT
CAAAACTTTCAGACTAACCTAGCCTAGAAACTAACCCTGCTATTGGCACA
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CATACTCATTTAGAGTATGATCAATTTTTCTTTGTGTCCTGTTTATTGTT
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ATTTTTAAAAGTCTTATTTTATTCACTCGTTAACTTGAAAGGGGCTTCAA
AATCAGCATTTTTGGAGCCATTTCTGAAATCTAAGTCTTGAATTGTTCAA
ATTTGTTCTTAGTTTTGGTTAAAATTGAGTCTCGTGTTCTTATAGTGTTC
TTATAAAAGATCGTGTATGTAATGTCCGTACCCTATTACGTTTATCGATG
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GCCATTATTCTAATAATACGTCGAATTGCTATTGTAAAGATGGCGGAAAT
TTTAACTTGAATAAAACTTTATTTGAACAAGAGGAGGTGGCCGGCGGTGT
CTTTTCGACCAATTAATAGTGGAATTTATATTAAAATACATGGTGTTTTT
TCATCATCAAGGTCTCCTTTACTTGTTCATTCGTTGAAGTAAAAAAACAT
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TAAACTAGTGACAAGGACACGACTACTAATACTCACTTCATACAATTTTT
TTTCATACAACTCTGGCGCGTGCCATACAGCTTAATCCAATACATCAAAA
AGACTTGTGACGTCACTCGATTCCATACCTCTCTACATTTAATACAGTAA
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GGTTTTCACAGCTCTCCTTTTATTCCAAAGACCGTTAGGACATGCAAAAT
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ACACATATTTCATATCAGGACCAGTGTCTTTCTATTGTTATATTATGCTG
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TCATCTATTGTGGATCCTGGATTTTTTCAATTCTGGCCATCCAAAATCTT
TGATTGCGGAGATTTCAGAAAAACTTTGTTCAAAGCCGCCATGTACAGCT
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ACAGTTTAATGGGGTTTGATTTACACGTGCAAAACTTACTTTTTAAAGTT
GCAAGCTTTTCAAGAACGATCTTGCTGTGGTCAATTATCAAATTATGCAG
AAAAACATTCTTTGCACTTTTTGCTTTGCCACAATATTGTATACATTTAT
TGCAAATAAAATCCATTCCTTGACGTCACTTCTCTGTCATTCCTGCTGGC
TTTTAAGATGCTGTATTAATTTAGATTACAACAAAAAAACAACCAATCGA
AATTTTTAACATTAGTATTAAGTAAATCGAAGGAAAAACAAATATTTTAT
TTGTCCCAAAGAATCGTACCTCCACAGTTTTGAATTAAATGGTATTTCAC
GATTATACTCATTATATATCAAAATTCGAAATAAATACTCAAAGCAAGGG
TAAGCTCTATCTTAAGTGCCCTGATTTTTTGAGAATAAACCATTTTCAAA
AAGTCATTGACAATTGATGGAACCGAAAATTAGAAATAAAATGCGAAAGA
ATTATACAATTTCACGTTAAGGGCCATGTGGTTGCTACCTCTACCTTTCT
GCGAAATTGTATAATTCCAGCGTTTTGATTTTCGATTTCGTCAATTATCA
ATGACTTTTTTGGTATTTTACGATTACTAATTTTGAAGATGAATCGTTAA
ATATAAAATTCGAAATGAGTGCTCAAAGCAAGAGCAAGGTCTGTCTTAAG
TGCTTTGATTTTCCAAGAATGATTGAAAATTTTCAAAAAAATCATTGACA
ATTGCAGATGGAATCGAAAATGAAAGGCCATATGGTGTCCCCCTTTCTTT
CCGCAAAATTGTATAATTTCCACATTCTATTTTTAAATTTCGTTTTCATC
AATTATCAATGACGTTTTGGCATTTTTACGATAGATTACATTTTGACGTT
TTATTGCTTTCGAACTTTTTTTTTATAATTCAAAATTTTCCCGGTCTGTG
TTCCTCAATAAGTAACAGTGCAGCAAAATTCAAACTTTTCTAAAGGAAGA
TTTAGTAAGGCAAGAAGACCATAATATAGCTGATAATCTACATTTGAGGT
GTTGATTTTGAAGGTACTCTACGAAATTTGAATTTATTTACATGAAACTC
ATTTTAACTTACATTTCTTAGCGCTCAGTCTAGTGTCCGTTATGTTTACG
TAATTTTTCTTTGACGCTGTCAGAGTCTAGTTAAGGACTCCTCTAGCGTT
TGGACAGTTTTGGACTCCTACCTTCCGAATCTAAAAACCCATTGTAATGT
CACTATTTGTTACATATTTTTACAAAATCCTTAGCATGATATCACACCAA
GTGCCAACAGCCGGATTGGGTAGGGGCCCTAAGTTATGAAAAATCATAGT
ATGTTATAACACTACGTCATCATGATGTTACAATCTCTTTAAAGAATATC
AAACTATGATGTCACGCCAGGTGCCAAGCGCCGGATTGCCGTTATGGTTC
ATTTAAAGTTAGTTTGTTATACAAGAGTAGTATTTTGTATGGATTTTCCA
TTGGAATTTTAAACAGCTTTCCGTTATATGATTCATGGTCATCATCAAGG
AAGATTGATTGATTTTGAGTGGAATGTCAATTTTTAAGAGGAAAATTACA
TAGTTATTTCCGCGATCTTTTATTAAATCGGGGGATTGTTACAACAAAAA
ATGCAACACTAAAGCTTCCTGTTTTTGCTTCTTTAGCTTCGATACCTTTT
TTTGACAAATTTCGATAAATAGCATCCACCAGAGAGGTCAGCCAAATCAA
ACATGATTAACTGATTTTTGTTCGGGGGAAAGTACCTTTACTTGCTCGTC
ACTTGCAATTATTTGGGTTCTGGAAAAAAAATTTTTGGACATATTTCAAA
GGTATGATTAATTTTCATGTAATGGGCGGTGACCATGATGATTTATTTCA
ATGGTATTTTAATTTCGATGTTTTCGATGCTTTTCTGACCAAGTTGCCTT
CAAAAGAGGTTTTTAAACTGAGCTTAGACTTCCTTAATTTATCAGAGCAA
TTTTCAGACTATTTAAATGTCAGAACTTAATCTCGATCGAACCTAGTTCC
AATTTCAATTTATTTTTTACCTTAATGTTATGAAGTTTTCAGTGCCAAAA
AATTAAAATTAACCATGTACAATCAACCTACCCAGGGTCTACCAAACCCA
ACCCCTTTTTTTCACCAATTTTCACAATTTACCATCCAACGTCCAAAATT
TAAATTTCCACGAAGACAAAACGTGAACTCCGAAGTTAATAACGAAGTTA
AACTTTAATTAAACAGGGGTGTAAACTATGCAGGAACTAGGAGGACGCTT
AAATTAAATGGATTAAAATTGCGAAATTGGAGCTTGGGATTTTTTTACCT
TTCCCCTGTAGGGAGTTTTGGAAAAATAATTTCCTTTTTTTCTTCTTCCT
CACTTTCCAATGATGAAATTCTGTTTAATGTCTAGTTGGTTTAATGTTTC
GCTGTTTCAAAGCTTTCATTGTGGTTCAAAAGAGGAATGAAATTTCCAAA
ATGAGATTTCAGGATAAAGAGAAATTAGGGTATAAAGACTTCTTAGAAGA
ACTGATAAAATTGGAGCCAAAAAAATTTAAGTTCATTCATTCCATCCTAT
TTCCCATCAGTAGTTTTATCAGATCTTTCTGCAAGAGGCACATTCCTTTC
CCTAAATTGTCTTTTACATTTTATTCCCCTTTAAAATAAATAAGATTTTC
AGTGAAATTGAAATTTGATAATATTTCTGTGTATTTGTATTTTTTTCCTT
GGTTTCCATAGTGATTTTCCTATTAAAAGGGTATCATAAGTTTTGGTTCC
GCCTTCCTTATTCAAACTTCAATTGGTAATGATCTTTCCATAACTTTCTC
GAGAAGCAATTTCGACCACCAACGTACCAAACTTTTTACAAAATTGCATA
AACTGCATCGTTGATTAAATTAGGCCTTCTAATGTAATAATAAGGTTTTA
TTCAATTTTGACTTGAAATTATTTTAAGCATTCTTGATCTAATCATATGG
TATTCATCAAATCTTTTTCTTTGTTCTTGACATAATTATTCCAGTAATTA
TTCTAATTTATGATCGATTTTCATGTCAGGCATCTTCACTGACCCCCTGT
CCACAGTTGTTTACGACTCAATCTCAGTGCGATTATTTGAAGAAAAAAAA
ATCAAACAAAATAAAAATAATCAAGATTATTTTTGTTTTTGTTTTTTTCT
ATATTCATCTATATAAAAATTCTTGATAAATAAATAAGAAAATTCTTTAA
TAGTATACTGGCTAAACACTGTGCCATCGCTTATTATTTTAAAGAGTACC
CTTGTCTCTTAATCGGCTTTGAGCAATCGACCTCAACTTTTCGAGTTGAT
ATATGTAAGAGATTAAAGCTATGAATCACTGTGTGCAAGTATAAAACCAA
GTGCTGTGCTTTTATAAATGCCATTAGCATTTTTGCATTCTTTCGATGCG
GACGGGCTCTATTAATCGATATTGTTTGTTGAAAAAAAACGTCCTTAGTT
TTTCCTCTCTCATTTGATCACGAAGTTGTTGTCGACAAGGCAGTCTGTAG
TACCTCTTGACTAATGATAAACTAGACCGAACTTTTGAAGAATTTGTTTT
TGATTAGCTGGATAGCTCGCTGTTGTAATTCAAGTGTTGTGTATTTGTTT
ATTCGAATTGAACTTAAAATGGAGACATTATCAAGACTATCAGGTAATAT
GTCATATCATATCGATATCAACTGTGCTATTTTTCACGATATCGCAAAAT
AATAAATACTTTTGCGGTTTTTTTTCTTCCTATTCGAGGAGGCGTTGATG
ATCTTTATTAGATTTTTGCGCCCGGAAATGTTTATTTAGTCCCTATGGTG
GTCTTTTTCTTTTAGTTTTAGGGTCTCAATATCCATCTTTCTATGTTATC
ACCCCTAAAAAAATCGGCCTTATCACCTAATGCACCCTACCGTACCAAAT
AAACATCGGATTGAATGAAAACAGTATTGTGAGACTTCGTCAAACATTGG
ACAAAATAATAATGAGATAGCCAACATCATTTTTAATATAAAAAACACAT
AGATTCATTTCAGTTTGAAAGGGTTCCTTTTTTTCATTCGTGAAAATTAA
ATTATGATGATAAATGGTTTTGCGCTCAGTTCCCTTTACATGAAATTAAG
CAAAGGAAATGATCGTTCTTAGGGACTGTATTAATAATTGAACAGAACAG
AGCTGTCTTTAACAATTTATGTCGCAATTCGAGTCATATATAAGTACTGG
AAATTTTTGCACTTAGCATTGGAGGGAAAATTTCCCGTTTTTTATTGAGA
GAGTTTCGATTTCCTTTTGAAGTTTGTGTATCGTGTGTGTAAAAATTCAA
AATGGCCACTTTTGACATGACATCCCTTTACGGTGAGACACCCTTTGGGA
ATAAAACAATTTTTTAATTATCTCGGCTTATCCTTATTTAAATACAATTT
TCTTTGTAATTTCCTTTACACGAAAAAAATCATGTATATAATTTTCTCGT
ATTATTTGTTTTTCTAGATACCATTTTCCATTCCATCATGGACCGTCGCT
TGAATATTGTCATCTATTTGGCTGTCATCTTCTTATTTTGTCAAGCACAA
GTGCACACGACGTCTAAAAGCCAATGCGTAAAGCATCGTAAATATATCGA
CGTAAAAGAAATCGATGAACATTTTCACGTACCTTCAAAACACATATGCG
CAACAAGAATAGACTACTGCGCTGGACTATGTCATTCTGTAGACCAATTG
CTTAGAGGAGATGGTGATTTACAAACTAAATGTGAATGTTGTCAACCGAT
CACTTTAGAAGAAAAAAAAGACACTATTGTATATTGTGTGAATCGCAAAT
CCAAATCAAAATATTTAGCCTCCAAAACAGTTAAAGTACCTGTTATCAAA
TCATGTGGTTGCACGCCGTGTCTATCTTTGAGAACGTCGTGATTTTCAAC
CGTTACTTGACTTTTTGAACGTGGTCCGAAGGAGATGGATTTTGTTTATT
TTGGATTTTTGTGGTCCATACATGTGGATGTGGACTATCTTAACACACTC
TTGTGTTTTAAAGATTTTATTTTGGAATATGATAACAACCTTGTAAATGA
ACTACGCGACCGCGTTTGCCGTTGGGCGGAAAATTCTTCTTCCGCTGGTA
TGGAAGATTCGCCCCAAGTTTCAGGCGGTTTTTTCATCAAGTGCGGGGCG
GGCGGTGTTATTCTTCCAACCAATTCAAAAACTATTCATTTGACAGTGTT
TTCCAACTAAATACACACTTTGAAAAAAGTTTGGTGATTTGCTACTGGAA
ATCTTATTCTTTTGTGTAAATTTTGAAGAATTATTCTTTATAAATAAAAA
TAGTTATTTATTATTTTTTTTGCGGTTTTATTTATATATTTTAAAAGAAG
AATACTTTTTATTTGAAGAAATTCAGTAACAACAACAACAAACATCAATA
ACAACAATTTTATGAGAAAAAAAGCATTAAAAATGAACAAAAATAAAGAA
ACTTGGATGTGTC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00022860-exon-sc0000435-1575043694:87019..87065 | TCONS_00022860-exon-sc0000435-1575043694:87019..87065 | Clytia hemisphaerica | exon |
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| TCONS_00022860-exon-sc0000435-1575043694:78703..79698 | TCONS_00022860-exon-sc0000435-1575043694:78703..79698 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00022860-exon-sc0000435-1510915933:87019..87065 | TCONS_00022860-exon-sc0000435-1510915933:87019..87065 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00022860-exon-sc0000435-1510915933:85070..85135 | TCONS_00022860-exon-sc0000435-1510915933:85070..85135 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00022860-exon-sc0000435-1510915933:78703..79698 | TCONS_00022860-exon-sc0000435-1510915933:78703..79698 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00022860-exon-sc0000435-1491911889:87019..87065 | TCONS_00022860-exon-sc0000435-1491911889:87019..87065 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00022860-exon-sc0000435-1491911889:85070..85135 | TCONS_00022860-exon-sc0000435-1491911889:85070..85135 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00022860-exon-sc0000435-1491911889:78703..79698 | TCONS_00022860-exon-sc0000435-1491911889:78703..79698 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000435 | supercontig | sc0000435:78703..87065 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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