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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00022700 ID=TCONS_00022700|Name=TCONS_00022700|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2306bp
tagaaaaaattattatagcAAGAAAATATTACAATGTGTATCTCTGGCGA
AATTCATGACAAATATCCACCCTTGATTGAATTTATCATATGGATGATAC
TACAAATCATGTGTATTGGTAACCATTTTGGAGTATGGGCACTAATCCCA
CCTTACGTCATTGATATTACGTCACCTACTTATATGAACGTTACGCGATT
AACAAACGTCTCCCTTTTGAATGATACGTCAGCTTGTGATATGCTGTCCG
GAAATACATCATTTAAAAATTGTACATTGTCCGAAATTGATAAAGATAAT
GAAGCTCAAtggaaaaatattgaattatttcgTCATATGTTACTCATCTT
CTGCATTGTTGCCATAGTTATATTTTTGGTTCATGCTGTATTATTAATAC
CTAACATTATACAAGGGTTCCGTGTTAAAGAACCCGCCTTATTAAAAGAA
ACAGGAAAcgcttattttcaaaatgtgctTAAGATTCATtgctttttctt
gattttggaaACAATTGTTTTTGATATCCCAGCTGGATGTTTGAGTATGG
AGTTGCTATCACAGATCTGGGAAGGTCCTTTAACTCAAGAAGAGAATATG
AGAGTCAGTAAAATGATTTTAACACTATCTCTGGTGGGTCTGGCTTTTAT
TGCATTATATAAAGgAATGATGCCACTTTACGTTTGGCTTGGTAATCCGT
TTTGTTTTCCTTGTATACCGCTAAGGATTCTGGTCGTTTTCCCTGGTGGT
CTTATTGCTATGGTGATGACCTTTGGACCTATCATGGGAGTCACTAAAAA
TCGACTGCTACAATTTGCACCTCCAGTGATGCAAGTTGAAATTGGAGATA
TGGCGAACACCTTCTTTTCAATTGGGATGATTTTCTGGGGTTGTTTTGGC
ATCNTGCAAGTTGAAATTGGAGATATGGCGAACACCTTCTTTTCAATTGG
GATGATTTTCTGGGGCTGTTTTGGCATTATTGGCGGCATGACAATGATGT
GCTGGTATAAATTTTGTAGACCTGGTGCCGAGGGTGAAGTATGTGATGTT
TGCTGTGACGCATAGATTCGTTTGGCATCCTAGAACCGAGCTCTCTAATT
TTGTGACAATGgTTGAAAGATGGATACATAAGCTTTACGCATTGATTTCA
ACATCGAAAAAAGCAACTCAACTGGCACTACAACACACACTACAATACAA
CAGTTGAAATTTTTGAATCACTTAATACCAATCAGAATTAAaagaacaat
tattttgaagatttcatgagaaaatcttttttcatcattatttattgtgt
ataaaagaaaatttatgagaaatattttgaatattatgTATATGTATATG
TTCATGAACACCCCGCCAAGTATATTAATGTCCAATATCATTCCAACTTT
GTATCATTCCCAATTGGCAAATAGCGTCATTTCAACATCCATCTAGCGTC
CATTCAACGTCGGATGACGTTAAAATGGTGTGTTTCAGCAACTCAATCAA
ACTACTCTTTCAACTATATACAAACTTCATAAATAATATCTCGTTAAATT
TTGTGTGTGACTTACCATTGATATTCTCAAAAATACAGACTTTATAAAGA
CACTTGATTACTGTATTGAATTTGAAAGTTGTTAGCTTTTTTAGCTATTC
CAACATATTAGGGGAGAGCAGGTGCTGTTAaatcttattttgaaaatatc
aagGATAATAATGCATTTTTTCGTATATTTTTACtgtacttgaaattcat
tggCAGTTATGAATAACTACGATGGCAATCATTTTCACTGCTACCAACTG
ATTCTGTGCTTATTACAATAACATTTTGATATCCAATACTCCTGCTTCAA
CAAACACACAACATTTTCAACGTCAAGCCGACGTTATATGGATGGTATGA
ATGTAGTCGCTTTGGCGTCGTGTGCCAGCTTAGGAATATTGGATTTACAG
ttttttttgggcaaaagtTAAATGACTGAATTCTATCGTGAAGACTATGA
CTATCTATGACACCCAGCTGGTACAGTACGTCGTTTTAATGTTCATCTGA
TGTCACAAGGGCGTTAAAAAGACGTTTTCTCGACGATTTGTGTCAGCTGA
ATGAATTTGATTGTCATTATCACTTTCCTCTTTCAGCTCAAGTCAATTTT
GATTGACTTAGTGCTTCATCAAAATGCCTTTAAGGCACTTAACAAGGaaa
tttcattcaattttttttataaatgggGTTAGGCATGGGTtaacttaaat
atttttttaaagaaaacaaaaagttttaagaaaatgaaaaaaatcgcAAC
CAAAAT Run BLAST on NCBI protein sequence of TCONS_00022700-protein >TCONS_00022700-protein ID=TCONS_00022700-protein|Name=TCONS_00022700-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=343bp
MCISGEIHDKYPPLIEFIIWMILQIMCIGNHFGVWALIPPYVIDITSPTY
MNVTRLTNVSLLNDTSACDMLSGNTSFKNCTLSEIDKDNEAQWKNIELFR
HMLLIFCIVAIVIFLVHAVLLIPNIIQGFRVKEPALLKETGNAYFQNVLK
IHCFFLILETIVFDIPAGCLSMELLSQIWEGPLTQEENMRVSKMILTLSL
VGLAFIALYKGMMPLYVWLGNPFCFPCIPLRILVVFPGGLIAMVMTFGPI
MGVTKNRLLQFAPPVMQVEIGDMANTFFSIGMIFWGCFGIXQVEIGDMAN
TFFSIGMIFWGCFGIIGGMTMMCWYKFCRPGAEGEVCDVCCDA Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000431:85853..90343+ Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00022700 ID=TCONS_00022700|Name=TCONS_00022700|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4491bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000431:85853..90343+ (Clytia hemisphaerica)
tagaaaaaattattatagcAAGAAAATATTACAATGTGTATCTCTGGCGA
AATTCATGACAAATATCCACCCTTGATTGAATTTATCATATGGATGATAC
TACAAATCATGTGTATTGGTAACCATTTTGGAGTATGGGCACTAATCCCA
CCTTACGTCATTGATATTACGTCACCTACTTATATGAACGTTACGCGATT
AACAAACGTCTCCCTTTTGAATGATACGTCAGCTTGTGATATGCTGTCCG
GAAATACATCATTTAAAAATTGTACATTGTCCGAAATTGATAAAGATAAT
GAAGCTCAAtggaaaaatattgaattatttcgTCATATGTTACTCATCTT
CTGCATTGTTGCCATAGTTATATTTTTGGTTCATGCTGTATTATTAATAC
CTAACATTATACAAGGGTTCCGTGTTAAAGAACCCGCCTTATTAAAAGAA
ACAGGAAAcgcttattttcaaaatgtgctTAAGATTCATtgctttttctt
gattttggaaACAATTGTTTTTGATATCCCAGCTGGATGTTTGAGTATGG
AGTTGCTATCACAGATCTGGGAAGGTCCTTTAACTCAAGAAGAGAATATG
AGAGTCAGTAAAATGATTTTAACACTATCTCTGGTGGGTCTGGCTTTTAT
TGCATTATATAAAGGTAAGAATAAGAATTgacacaacgttgtttaaacgt
tcGTATTTTGTGCCAAGCGAATTCTGCAGTGTGAAGATGAGCCAGGTCAT
AGGTTCAATCCATGGTCGGGTAAtaccaaaaattccaaaaatttggtGTT
TTCTGCTTAAGCAGTTAAAGAGaatgatcaagggtaagtgacAATCCAGG
AAGGAAAGTATTCGGTGCTCCCTCACACGTCCGTAGAGTAGTTGTCGAAA
GAGGCACACACTACTAGGAAATGGGTGGACGattctaagggggggggggg
gtcagaaatTTTTTCTAACCCTTAGAGGAGGTGTCTCAAGAAAATTCATG
TCAAAAGTATTTTAAATGGTTAGGCGGGGGAGGAGGGGGGTTGGCTTGAA
ATTTGCTTGAGGATATCAATGGGGTGCAAAgttattttggattttttgaa
aatatccttTACCCCACCCTAATGAATCCTTTCTGACCACTTCCTTATCC
GTATCGAAAACTCACATTCGCCTTTTAAATTACTTAATAACTCTCTATTT
AGACTCACCAAATTCTGGTGCGCATAAATCTTTAGTTTGAATCCAAATTT
AGTCGTTTACTAATCAGACTTTGAATAATAAATTATGGCAACTGCGCTAT
TCCCGGGTTTGCATCCAtgttacaatttttttatgaaaaggtccCACTAA
ATACGAGGCGAGCTTGTCTAAAGAGAATGGGCTGaactaaatttttattt
ttaatttttattaggAATGATGCCACTTTACGTTTGGCTTGGTAATCCGT
TTTGTTTTCCTTGTATACCGCTAAGGATTCTGGTCGTTTTCCCTGGTGGT
CTTATTGCTATGGTGATGACCTTTGGACCTATCATGGGAGTCACTAAAAA
TCGACTGCTACAATTTGCACCTCCAGGTATTATTAAGCTATAGATCTTAt
aagagtttttgtttttttttctaaaaaagcattgtttcgggagtattaca
attaaaatctcttaggaattcctcgagggaattctattgtaatatctcca
aaacaatcccacaatgcatcgctgttttggaaaaatcaaaaactccaata
AGGTCTATTGTAAATGTGACGTAATGTCAAATCACATTGCAAGGGTGTAC
ATCGCGAATTACCAGAATTTATGTTACGTTAACACGCTCTGGTTCCGTTC
CACTCCGAGACGAAATGAAGACATTCCATTGGTTAAATTTAAGTTTTACG
TCAATTCTAACCAATAGATTGGCTTCATTTAGTTTCCgagtgaacatggt
ctaaactAAAAGAGTTTTATTCTACCCaaagagaatattttgaaagcaaa
tcttttttaaatccgTCATTTACACACCTGTATCACCTAAAATTATAAAT
ACCCGACCGTTTATtatctaaaatcaatttttctttactaACACGTGCAA
ATGGATTCTTACATCTCACAACTCACATAGCTTTTGTAAAACAACTTTTG
GGAAAGATAATAGAGATACTAGTACTGAAGTTTCGAACACTACAGAAAGT
TCGGTGATATGTTTTTTACTAGGAAGGATCTCTAGaaattttttagaatc
aacctaCATTTTAGGGGTCATACACTGTAAAGTCAATTTTTCTGACTAAC
ACGTGCAAAAGAATCTTTACTCACAAATTGATCAAATCGTTTCATTGCGG
GGAAGATTCTGATATGGAAGATAATGAAGAAAACAAAAtaggaactttat
tttttttccacaAAAAATGATTATCTCGGGGATTTAATATAATTATAAAG
AAAGTCCTGGGAGAAGAATTTTCCCAATTAAAATGTCTTATCTCCTATTT
CAGTGATGCAAGTTGAAATTGGAGATATGGCGAACACCTTCTTTTCAATT
GGGATGATTTTCTGGGGTTGTTTTGGCATCNTGCAAGTTGAAATTGGAGA
TATGGCGAACACCTTCTTTTCAATTGGGATGATTTTCTGGGGCTGTTTTG
GCATTATTGGCGGCATGACAATGATGTGCTGGTATAAATTTTGTAGACCT
GGTGCCGAGGGTGAAGTATGTGATGTTTGCTGTGACGCATAGATTCGTTT
GGCATCCTAGAACCGAGCTCTCTAATTTTGTGACAATGGTATGATGGTAT
AAACTTTGTGGACTTAATACCGAGAGTGAAGCATGTGACATTTACACCTT
AGAACAAAATCTTGTTAGAACCCAGGTCCCTAATTTTGTTTTAGAAGTGT
TACAACAAAACTAAAGAAAACCgtcatattgataaaaaaagtgcaaTATT
TGCTGATGTGACGCTAAAACTTGGGCGCTATTGAACTCCAATAAAATGGA
CAAGATAAGGAGTTGGTATATGAATTTTACGGGTCTCGTGCCTAAGTTGA
GGTATACAATATTGTTGTGGTAGAAATGTTCTCCACAGTTTTGTATATGC
TTATTGGACAACCTAGAACCCAACTCCCAACATGACTCTGATGTTATCTG
TTTTGACAACAGAGCTTACTAGCTATCTTAGACTCTTTAACACTTCCAGA
ATAAAGATATATGTATGTATCTTTAAAGGTCCTGGACCCTAGAGGTCTTC
AGTCGATAAAAATAGTAGAatgttgaaaaacaaaaacattttcaaggTTG
AAAGATGGATACATAAGCTTTACGCATTGATTTCAACATCGAAAAAAGCA
ACTCAACTGGCACTACAACACACACTACAATACAACAGTTGAAATTTTTG
AATCACTTAATACCAATCAGAATTAAaagaacaattattttgaagatttc
atgagaaaatcttttttcatcattatttattgtgtataaaagaaaattta
tgagaaatattttgaatattatgTATATGTATATGTTCATGAACACCCCG
CCAAGTATATTAATGTCCAATATCATTCCAACTTTGTATCATTCCCAATT
GGCAAATAGCGTCATTTCAACATCCATCTAGCGTCCATTCAACGTCGGAT
GACGTTAAAATGGTGTGTTTCAGCAACTCAATCAAACTACTCTTTCAACT
ATATACAAACTTCATAAATAATATCTCGTTAAATTTTGTGTGTGACTTAC
CATTGATATTCTCAAAAATACAGACTTTATAAAGACACTTGATTACTGTA
TTGAATTTGAAAGTTGTTAGCTTTTTTAGCTATTCCAACATATTAGGGGA
GAGCAGGTGCTGTTAaatcttattttgaaaatatcaagGATAATAATGCA
TTTTTTCGTATATTTTTACtgtacttgaaattcattggCAGTTATGAATA
ACTACGATGGCAATCATTTTCACTGCTACCAACTGATTCTGTGCTTATTA
CAATAACATTTTGATATCCAATACTCCTGCTTCAACAAACACACAACATT
TTCAACGTCAAGCCGACGTTATATGGATGGTATGAATGTAGTCGCTTTGG
CGTCGTGTGCCAGCTTAGGAATATTGGATTTACAGttttttttgggcaaa
agtTAAATGACTGAATTCTATCGTGAAGACTATGACTATCTATGACACCC
AGCTGGTACAGTACGTCGTTTTAATGTTCATCTGATGTCACAAGGGCGTT
AAAAAGACGTTTTCTCGACGATTTGTGTCAGCTGAATGAATTTGATTGTC
ATTATCACTTTCCTCTTTCAGCTCAAGTCAATTTTGATTGACTTAGTGCT
TCATCAAAATGCCTTTAAGGCACTTAACAAGGaaatttcattcaattttt
tttataaatgggGTTAGGCATGGGTtaacttaaatatttttttaaagaaa
acaaaaagttttaagaaaatgaaaaaaatcgcAACCAAAAT Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000431:85853..90343+ >TCONS_00022700 ID=TCONS_00022700|Name=TCONS_00022700|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=3096bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000431:85853..90343+ (Clytia hemisphaerica)
ATGTGTATCTCTGGCGAAATTCATGACAAATATCCACCCTTGATTGAATT
TATCATATGGATGATACTACAAATCATGTGTATTGGTAACCATTTTGGAG
TATGGGCACTAATCCCACCTTACGTCATTGATATTACGTCACCTACTTAT
ATGAACGTTACGCGATTAACAAACGTCTCCCTTTTGAATGATACGTCAGC
TTGTGATATGCTGTCCGGAAATACATCATTTAAAAATTGTACATTGTCCG
AAATTGATAAAGATAATGAAGCTCAAtggaaaaatattgaattatttcgT
CATATGTTACTCATCTTCTGCATTGTTGCCATAGTTATATTTTTGGTTCA
TGCTGTATTATTAATACCTAACATTATACAAGGGTTCCGTGTTAAAGAAC
CCGCCTTATTAAAAGAAACAGGAAAcgcttattttcaaaatgtgctTAAG
ATTCATtgctttttcttgattttggaaACAATTGTTTTTGATATCCCAGC
TGGATGTTTGAGTATGGAGTTGCTATCACAGATCTGGGAAGGTCCTTTAA
CTCAAGAAGAGAATATGAGAGTCAGTAAAATGATTTTAACACTATCTCTG
GTGGGTCTGGCTTTTATTGCATTATATAAAGgAATGATGCCACTTTACGT
TTGGCTTGGTAATCCGTTTTGTTTTCCTTGTATACCGCTAAGGATTCTGG
TCGTTTTCCCTGGTGGTCTTATTGCTATGGTGATGACCTTTGGACCTATC
ATGGGAGTCACTAAAAATCGACTGCTACAATTTGCACCTCCAGTGATGCA
AGTTGAAATTGGAGATATGGCGAACACCTTCTTTTCAATTGGGATGATTT
TCTGGGGTTGTTTTGGCATCNTGCAAGTTGAAATTGGAGATATGGCGAAC
ACCTTCTTTTCAATTGGGATGATTTTCTGGGGCTGTTTTGGCATTATTGG
CGGCATGACAATGATGTGCTGGTATAAATTTTGTAGACCTGGTGCCGAGG
GTGAAGTATGTGATGTTTGCTGTGACGCATAGATGTGTATCTCTGGCGAA
ATTCATGACAAATATCCACCCTTGATTGAATTTATCATATGGATGATACT
ACAAATCATGTGTATTGGTAACCATTTTGGAGTATGGGCACTAATCCCAC
CTTACGTCATTGATATTACGTCACCTACTTATATGAACGTTACGCGATTA
ACAAACGTCTCCCTTTTGAATGATACGTCAGCTTGTGATATGCTGTCCGG
AAATACATCATTTAAAAATTGTACATTGTCCGAAATTGATAAAGATAATG
AAGCTCAAtggaaaaatattgaattatttcgTCATATGTTACTCATCTTC
TGCATTGTTGCCATAGTTATATTTTTGGTTCATGCTGTATTATTAATACC
TAACATTATACAAGGGTTCCGTGTTAAAGAACCCGCCTTATTAAAAGAAA
CAGGAAAcgcttattttcaaaatgtgctTAAGATTCATtgctttttcttg
attttggaaACAATTGTTTTTGATATCCCAGCTGGATGTTTGAGTATGGA
GTTGCTATCACAGATCTGGGAAGGTCCTTTAACTCAAGAAGAGAATATGA
GAGTCAGTAAAATGATTTTAACACTATCTCTGGTGGGTCTGGCTTTTATT
GCATTATATAAAGgAATGATGCCACTTTACGTTTGGCTTGGTAATCCGTT
TTGTTTTCCTTGTATACCGCTAAGGATTCTGGTCGTTTTCCCTGGTGGTC
TTATTGCTATGGTGATGACCTTTGGACCTATCATGGGAGTCACTAAAAAT
CGACTGCTACAATTTGCACCTCCAGTGATGCAAGTTGAAATTGGAGATAT
GGCGAACACCTTCTTTTCAATTGGGATGATTTTCTGGGGTTGTTTTGGCA
TCNTGCAAGTTGAAATTGGAGATATGGCGAACACCTTCTTTTCAATTGGG
ATGATTTTCTGGGGCTGTTTTGGCATTATTGGCGGCATGACAATGATGTG
CTGGTATAAATTTTGTAGACCTGGTGCCGAGGGTGAAGTATGTGATGTTT
GCTGTGACGCATAGATGTGTATCTCTGGCGAAATTCATGACAAATATCCA
CCCTTGATTGAATTTATCATATGGATGATACTACAAATCATGTGTATTGG
TAACCATTTTGGAGTATGGGCACTAATCCCACCTTACGTCATTGATATTA
CGTCACCTACTTATATGAACGTTACGCGATTAACAAACGTCTCCCTTTTG
AATGATACGTCAGCTTGTGATATGCTGTCCGGAAATACATCATTTAAAAA
TTGTACATTGTCCGAAATTGATAAAGATAATGAAGCTCAAtggaaaaata
ttgaattatttcgTCATATGTTACTCATCTTCTGCATTGTTGCCATAGTT
ATATTTTTGGTTCATGCTGTATTATTAATACCTAACATTATACAAGGGTT
CCGTGTTAAAGAACCCGCCTTATTAAAAGAAACAGGAAAcgcttattttc
aaaatgtgctTAAGATTCATtgctttttcttgattttggaaACAATTGTT
TTTGATATCCCAGCTGGATGTTTGAGTATGGAGTTGCTATCACAGATCTG
GGAAGGTCCTTTAACTCAAGAAGAGAATATGAGAGTCAGTAAAATGATTT
TAACACTATCTCTGGTGGGTCTGGCTTTTATTGCATTATATAAAGgAATG
ATGCCACTTTACGTTTGGCTTGGTAATCCGTTTTGTTTTCCTTGTATACC
GCTAAGGATTCTGGTCGTTTTCCCTGGTGGTCTTATTGCTATGGTGATGA
CCTTTGGACCTATCATGGGAGTCACTAAAAATCGACTGCTACAATTTGCA
CCTCCAGTGATGCAAGTTGAAATTGGAGATATGGCGAACACCTTCTTTTC
AATTGGGATGATTTTCTGGGGTTGTTTTGGCATCNTGCAAGTTGAAATTG
GAGATATGGCGAACACCTTCTTTTCAATTGGGATGATTTTCTGGGGCTGT
TTTGGCATTATTGGCGGCATGACAATGATGTGCTGGTATAAATTTTGTAG
ACCTGGTGCCGAGGGTGAAGTATGTGATGTTTGCTGTGACGCATAG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00022700-exon-sc0000431-1491911889:85853..86516 | TCONS_00022700-exon-sc0000431-1491911889:85853..86516 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00022700-exon-sc0000431-1510915933:85853..86516 | TCONS_00022700-exon-sc0000431-1510915933:85853..86516 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00022700-exon-sc0000431-1575043694:85853..86516 | TCONS_00022700-exon-sc0000431-1575043694:85853..86516 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00022700-exon-sc0000431-1491911889:87267..87428 | TCONS_00022700-exon-sc0000431-1491911889:87267..87428 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00022700-exon-sc0000431-1510915933:87267..87428 | TCONS_00022700-exon-sc0000431-1510915933:87267..87428 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00022700-exon-sc0000431-1575043694:87267..87428 | TCONS_00022700-exon-sc0000431-1575043694:87267..87428 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00022700-exon-sc0000431-1491911889:88356..88640 | TCONS_00022700-exon-sc0000431-1491911889:88356..88640 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00022700-exon-sc0000431-1510915933:88356..88640 | TCONS_00022700-exon-sc0000431-1510915933:88356..88640 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00022700-exon-sc0000431-1575043694:88356..88640 | TCONS_00022700-exon-sc0000431-1575043694:88356..88640 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00022700-exon-sc0000431-1491911889:89149..90343 | TCONS_00022700-exon-sc0000431-1491911889:89149..90343 | Clytia hemisphaerica | exon |
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| TCONS_00022700-exon-sc0000431-1575043694:89149..90343 | TCONS_00022700-exon-sc0000431-1575043694:89149..90343 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000431 | supercontig | sc0000431:85853..90343 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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