TCONS_00022224 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00022224
Unique NameTCONS_00022224
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length3686

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00022224 ID=TCONS_00022224|Name=TCONS_00022224|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3686bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000408:185434..189119+

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00022224 ID=TCONS_00022224|Name=TCONS_00022224|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3686bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000408:185434..189119+ (Clytia hemisphaerica)
TTATGCCGACCATTACTTGAAGCCAAATTAATGACTTTGGGAATTTGATA ACTATTTGCTTTAAAAACATTAATTGTTCCCTGGCTAGTGAGatccgttt tttttttcaaacacacTTACTTACTCCGTTAATGTTATTGTACAGGTCAA CTAAAAGCACACATTGCTAAAGTGAGAAGGATGTATCATCCCTACAAACA GGCTACAAGCTAACTTCTACCATCCTAACTCTCTTAAAATTCACTGTTAC TTTCTAATCGGTGCGTAATCATTTATTTTCGTTTTATGTTTGTTACTGTA TAATACACCGGTATCTAAGAAAGACATAGTTGAATATACCGACCCAATCT TTCTTAGACACCACCATGAAGTCTCTTTATCTCCAGACATGAATGAAAGC GACAAATTTTCTTTCCCCAAAAAAGACTCCTTATCTGTTCAAAAAACTTT AGGCACCTTGCCTGATACATCGAGATAAAGAGGCTTTACAAATCTTACCC ATGCCCCCAAAATAACCCTCTATATTTCTAATTGAACAGTTTTTTAATTG ATTGACACTGTTTCCCTTTAAACTGTGAATACTGACATGGATCCCTGATG AGTTTTAGTGTGGGGTCAATAACTCTTTAGTTATGTTTATAAGTTCACAT AATGTTTATCTTCGCTCTAAGTCATGTTTTCTCTCCAAAGAATCCTGACT TTCCTGCTGATGACAAAGTGATAGCTttcatgttttaattttcatccGTT CCCCCCTAAGCCCCATTAATTTCCTCTCCACTCTATGATTTACTTTATTT GCTTACAAACTaatcattttttgttgtttttaatattttccttttccatt ATAATAACAGATTTAATTCTTGGGGAATGGATCGACTAATTGATTAATCG AATACTGTGTTCACACACACTACCATACATTGACAGTTTACATTCACGGA TTTCATGGATTTACCTCATGACCACGACAAAAATAATACCCCACAAACAC GTGTCTATGAGATGACACTATGTGTTTTAATTTTcgttttaaaaaacaat tttaacagAATCTTTATAACTATACATATAATTCGTATTTTTACACAATG CAacctttatttttatatttttagaagtCTAGAAACCGAAACTTTTTAAG TCAAGTTTAAAGTTTCTAGTCCCTCTACATAAATATTTGACTAGAATTTT ATATTAGATTAGTTCAGTTTAGTTTGAATACGTAGTCTGTTTAACCCTGG TTCGCTTCtctttcttgaaaaaatgtaaCGGCTTTTCTTCTTGAGGGCGT GAtaggaagaaagaaaaaatggtATTAAAAACCATCTGCTGAAACCACAA GCGACATTGGAATCAGGAGATTTTTTcggaaagaaataaaaacattggaa tattttttgatcttaTCAATCTGTTacatcaatattttttaacttcaata aaaaaacttaactTTGTTGTATCTAGATAAGATTTAAAACGAAATTTTTC TTGGCTTTTACGAACAAGAAAGGACGTACTGATTTTCGTTAAAAGAAAAG CGAAAAATTCTACTAACAATAAATGTTTTTAACAATTAATTCATAGCCGC TAAAGACTAACtttcttgaagaaaaaaaaaaattatgtaacaTCACATGA TACATCCAGGTAATTCTAGATTCCAGAGACCCCTTTCAAGGAGGAAACCT TCGAATTCTGGtgtgtttttttaaatattcttccATCTTCTTTTAAACCA GGCTCTTGTAGAAAACATGTGTATGATTCGATCTCGAATGTTGAGTTCGC TAGTTTTGGATTTATGACTTTGTAGTTTTAAATGCGCATAACGTACTGGA ATACACCCTTATTTCACTCATTTGGAAAAcaaaactaaagtctattcacg ataagtgtgcactcttttttcttttacctataacttttgaaggaattctt caatctttataaatttggtatcattggaaaNAACCATCTGCTGAAACCAC AAGCGACATTGGAATCAGGAGATTTTTTcggaaagaaataaaaacattgg aatattttttgatcttaTCAATCTGTTacatcaatattttttaacttcaa aaaaaaacttaactGCGTTGTATCTAGATAAGATTTAAAACGAAATTTTT CTTGGCTTTTACGAACAAGAAAGGACGTACTGATTTTCGTTAAAAGAAAA GCGAAAAATTCTACTAACAATAAATGTTTTTAACAATTAATTCATAGCCG CTAAAGACTAACtttcttgaagaaaaaaaaaaatatgcaaCATCACATGA TACATCCAGGTAATTCTAGATTCCAGAGACCCCTTTCAAGGAGGAAACCT TCGAATTCTGgtgtttgttttttaatattCTTCCATCTTCTTTTAAACGA GGCTCTTATAGAAAACATGTGTATGATTCGATCTCGAATGTTGAGTTCGC TAGTTTTGGATTTATGACTTTGTAGTTCTAAATGCGCATAACGTACTGGA ATACACCCTTATTTCActcattttgaaaacaaaactaatgCTAATCTTTC TATGACCCAATTCGGTCactaatttttcaaagaattaaCCTTTGTAGTCT TTTGTCAGTGCATTTAGTGATTATTAGTTTAAATTTGTGTTGGTAGCTTA ATTTCTTTTCggtttaatgatttttttaaagaaactatAGATGATTTATT ATACTTTTTAATTACCTAAATTaccaaattttttataaaattatcataTA TATTATACgtgtaaatcaaaaaatttattatCAAATTATTATAGTATATG GTGCTTccggaaaatttaaatattaggattattttttttcggacacgcTG CGCAATGTGTCTGTAGAAAATACAGAAATAGAATTGATATTAAATATCGT TCATGTAATTCAAGCGATGGCTCTTATATCGATgaaactaccttaaggga actaattttggcgggaactaattttggcggatttggtgaatttagacgaa attctccaaaattagttcctgccaaaattaaattttttgtttccttgcct aaataacccctgaaattcatcaaaattgctcaaaataaggcaaaatagaa cagatttacgctgccattcgccaaaattagttcccgccaaaattaaaaat tttaggatatttgctgcctgccaaaattagttcaggccaaaaaagttccc ttaaggtatattcCGTTTTTCGCAGACGCACTTTATATCAGAGAGCTAAG AGAGTGTCAAAAATTATTATTACTATTGTACAAAGGATAAGATTTTCAAC ACTTGTTGGTTTATAAATTAtatggaatttaattttgcaaaaaaaataga tttttatgGTATAGATTTTATTaggaaaatattaaatttttacttcataG AGAAAGAAGAACCTATATGGTATTCATTAAATTATTTACTGTCCCAATTT TTCTTCATTGTTTATCCATCTTTggacaagatcttttttcggaCAGTACC TGATAACTGTTGTGGTCAGTGTTGTAGGAAACGAATTAAAATGTTTTCCT AACAGCTGTTATACAtttgtaatagaccttttcataaattacgtcatgaa catcacttgcctcgtattcaaacaatttccatggtgatcatatcccttga gacattaaatgatttttttaagaataggaagtagtt
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_012455XLOC_012455Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00022224-exon-sc0000408-1491911889:185434..189119TCONS_00022224-exon-sc0000408-1491911889:185434..189119Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00022224-exon-sc0000408-1510915933:185434..189119TCONS_00022224-exon-sc0000408-1510915933:185434..189119Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00022224-exon-sc0000408-1575043694:185434..189119TCONS_00022224-exon-sc0000408-1575043694:185434..189119Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000408supercontigsc0000408:185434..189119 +
Expression

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Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00022224 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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