TCONS_00021367 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00021367
Unique Name	TCONS_00021367
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	3640

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000385:164049..173736-

transcript sequence

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AGGATGTCCCAGTTAAACCAAATAATGTAAAGGTTACTCCTAccATACTA
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TGCGCAGTCATTCAAGCGATTAAATCGATGGTCCTTCAACGAGAGAGAAT
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ttaatatttgaagAGAAATATATGAAATGATTTAGCTCTA

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000385:164049..173736-

Legend: exon

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>TCONS_00021367 ID=TCONS_00021367|Name=TCONS_00021367|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=9688bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000385:164049..173736- (Clytia hemisphaerica)
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CTCGACTCTTCAACAAACATCAAACTGAACTCAAAAATATTTCCATGATA
AGGATGTCCCAGTTAAACCAAATAATGTAAAGGTTACTCCTAGTAAGCAT
TTTCTGTTTTTTTTTTGTTAGAAATTTAATAGATTTTTAAGATTTCAATA
TCCTGCTGAAAGATACAAGCAGTACAAGCCCTAAGACCAGTAAGACCCAA
ATGTCTTCAGCCTCACACTGAAATTTGGCCAAATGATCTTTATCATACAA
GAAAATAAGACCCTGAAAATTTCACCTTGATTTCTCAAGCAATTTTTATG
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TTCAAACCCCCCCTAAGAAAAAATCTTAGATACCCCCTCTCCCCCTCATG
CAATCCTTGCCTTGTTCATAAGTTAGATGGAAGTTGCTGAAATATGAAAT
TGGATTTCAAACATCGCTTCCTTAACTTTACAATCTCATTTATATATCCT
TGAACTTTTGTGCGTTCTTTTTGGGAAATTTTATCGATGTGAGAGTTATA
TATTCATGATATGCACCATTGCAATGTCTTCTGTTCCACCCAATAGCTGA
TTGGTTGAAAGTGACGTATTGACTGTTTTTACATCAATTCCCACCAATGA
GCTATTGGTTCCGTGATGTAATGTCAGAAGACATTGCAGTGGTGCATATC
ATGAATAACTGAGGCGCAACTGGTTTGTGCAGACAGAAAACATTTTAAAT
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TATATCAATATTAGAAACTAGGCATTATTTTATTTTTATGTACAGAATGA
CTGTTAGCCAATCTTGGGGATTTGTGTTTGTGAAACTCAAAATTGATTTA
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GCCTTAAATTAAACTGACAATATGATGGGGGATAAACGTTTTTTGATACA
CCCCTAAAATAGGGCCAAAAATCATCTCTAGTGTAATCGCGGTGGAGGAG
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TCTTGTTGATAGTTTAGAAAGTTCACGCTCAAAATATTTCTTTTTTGTTA
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CTCCCACCCCATCGTCACCTACCTTATCCTCCACCACCACTTCGTCACTT
AGCTTCTCCTCTACCACCATTAACTCATATTAACTCATACACCTTTGTAA
ATAATTATAATAATATAGGCATTTTAATTTCAAATACCACTTTTGATAAT
TTTTGAAAAAAGAAAGTATTATCTAACTTCTGAACGAATATTTACCGACT
CCAGTTTATCAATCAATTGATAAATCAAACACCCTTGACTATAGGCCTTA
TCTGACCAGCAAACGCTATTGATACTCCCGTCGACACTTCTGATGGATGC
GTGGCTGGATATAAGTAATTTCCTCGATTTCCCAGAGACCCAATCTACAG
CGCGGTTCATTTGGGCCCTTAAGTCGAGTAGGTATGTCAAATAACCCAGT
TAATCACGTCGTAGACATTTGGACTTTGATTTTCGGTATAACTGAAAGCA
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TTTGACCATCTGCTCGTTGAACCATAGATTAAATTCGCCTTAAGGGAAAT
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GACGATGGAAATTATTAGAATACCATTTGATTACCCCTTTTTATAAGAAA
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GGTGGTGGTGTCTAATACTTTCAAATCTCGAAAAGTCAGGTTTTTGGGCC
CTGGGTTGGTATCCTGGACCCTGACCCCCCCTGAATAATATGGCAATATT
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CTGTTTCATATAATAGATGACGTTTGTTTAAAGGGAAAATGACACGCAAA
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CTCCACTGGAGAAAAAACGGGCCTTTTTGAAAAATGTTTCCACAGGGGTG
ATCAGTGAGGTGGATCTCATAAGTGGTGTAAAAAAATCTAAACCTTTCTT
ACCAAGCTATACGCTACACTTTACAAAAGTGTTACAAAATGCTAATAATA
CAGGGGGGGGGTCAGGATCCAGATACCAAACCCAGGGCCGGGGGGTGGTG
TCAATTTTTTTCTTCCAAATTTCAAAAAGTCAAGTTGGTATCGATACCAA
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GTATCGATACCAATTTAGGGGGGTGGGTCCCCCCTTTTTTAGAGAATTGG
GATTTTCAAGTTGGTATTGATACCAATTTAGGGGGTGGTGGTGTCTAATA
CTTTCAAATCTCGAAAAGTCAGGTTTTTGGGCCCTGGGTTGGTATCCTGG
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TGCTGGACGAAAGGTCCGTAGACTTTTAGAAATAAGTTCTTTCATTCTTC
AAAGTTGACGTAAATAAGGTCAGCTATTGCTACCATACCATTCGCTTTAA
CTCTATTCTCTTTATAAGAAATGAAAAGAGATATCATCCAAGCCGTAACC
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TAACTGACATGGAACAACAATTTATGAGGAACAAACTAATGGATTATCAA
TCACTAATGGAGATGATGGAGAGCTAACTACTCATTTAAAAATCTTTCCT
TTGTTTTAATGGATTAGATAAATTTCTCATTATCAGCATGTGCCAGTACT
AAGGTAAGACTGTAAAGAGGTTTTCAATAACTAAAAATAATGACTTAGGA
TATATAAGTTTCAGTTTAATAATGAAGTTTCAGCCCTATCTGAACCCTAG
CCTTTTATAGACTCATGCATAGATACTAACAAGTTAATAAAAATTATACC
CAGTTCTAATATCATAAAATTTCCAACTACATTGGGAATTGTTATTTTCA
TTTTAAATTCATCCAATTTTGGATGGTTGATTCATTTAATCTGATTTAAT
GAAGCCCAACTTTCTTTCCCGCGGTTTCCTCTATACAGTACATTGGTTGA
TGTTTTGATTTTTATCTTTTTTTTAATTTTTATTAAGTCATGGATACAAA
GCGCATTAAAAATGAGACAGTCACAAAAGCAGAATGCATAATGAAGATTG
ACATCACAAATTGATCAATGACTTTGACTGTTTTATCGTGTATGCTTATT
TTATGAGTAAAATTTTGGTGAGTGCCTTTAATCCCCCTTCAATTAAATCA
GCTTTTGTGAATACTAATTATTTCATGATTGATTGCAACTTTATCAATGT
ACAAGGCGTAATGGTGTAATCTTCATTGCCTTTTTTGCAGGATATATGAA
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AGTTACATTGATTGGTTGATGATGCGTTTTCAAATCATAGAATTTTGTAC
CTTGTTTTGGTTGCTGCATCTNTGATACGTTTTCAAATCATAGAATTTTG
TGGCTTGTTTTGGTTGCAGCAATCACTGTTAATATTTGATTAAAGAAACT
GTTGTTGGACAAAATGAACAGTTTATGAAAAATGTTTTATACTGTCTGGT
AATCTGGTACCTGAACCATAATATGTTGATGGAAATAATTCATTCTAAAG
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GTTTTTTATTTATTTTTTATTTGATTATTGGTATTTGTGAACTTTGGAGG
GTAACTCATTCCTATTTGGAAAATAGTTAAAGCTTAACTGGTCAAAATAT
GGTCAACGTAACAAGGTTGACTGAGTGTTTATGCTGAGAGGACAACTCAT
TGCGCAATATCTGCTGCCATGCAAGATCTGCTAATCATTCTCAAATTATT
TCATGGGGCATTGTCGACTCTACAAAATACTGAAACAGCATAGTGACTTA
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TTCTAAGAACTATTTTTTACTTTGTTGATAAGGTTAACAACCATTTTAAG
AAGATCAAATGTTAACTATTCAAAATTTAATTGTACGTAACACAATATAG
TCCTAGAATCTGGAATTTCCAATGTGGCTTGTGATCACTGGTTTATATTT
CTGACACCCATTACAAAATCAATGCTACGCTACTTTATTTATTACACCAG
GTCGGATTGGAATGCTCTGACATTCATAGTGGGGTCGTATAGCATAATTT
ACGGGAAAACAATAAGATCTAGCTGAAAATTTCTCCATACCTTCTCTATA
GGATGGTTATGCCTCAGGAAAAATTCCCCTAAAATCCCACTGGGTGGAAC
ATCCCTTTTTTGGGACATTTCTTTTTTCCCCAGGCAAAACCCTAAGGGCG
AAATTTTTTGAAAATTTCAAACTCATTTTCAGACATTATCAAGTATACCA
TTCGAAAGCTCTCGAAAAACTATATAAAAGACTTTTAAACGGGTATAGCC
GATTTCATTACCTAACTCGAGATAATTCACGCAGAAGATGCTATTTATGG
TCAATTTTGACCAAAGTGTGGCGAAAAGTGGAACTTGCACATAAAATATC
TCGAGTTAGGTAAGGAAATCAGCTATAACCGTTTAAAAGTCTTCTATATA
GTTTTTCGAGAGCTTTCGAATGGTATACATGATATTGTCTGGAAATAAGT
TTGAAATTTTCAAAAAATTTCGCCCTTAAGATTTTGCCTGGGGAAAATAG
AACTGTCCCAAAAAAGGGATGTTCCACCAGTGGGATTTTAGGGGAATTTT
TCCTGAGGTATAAGCATCCTATAGAGAAGGTCTGGAGAAAGTTTCAGCTA
GATCTTATTTTTTTCCTACAAACAGCTTGAGACATTGACATGGTGAAAAA
GGATTTGAGTTGGGTTGGTTTTATGGATTTCTGCTTCATGGATTTCTGCT
TCATCTGGAAAAAGCCATTTCTGTCCCTTTTTGTCCCTTCCTTTCATATA
TGAAACAAAAACATCACCATCCTTTGTACAATCAACAACTCCCATATACC
AACTTAAACAATTTTCCTCATCGTCATGCCAGGCACAAAGCTAAATGTTC
ACCAAACGAAAAAGCAGACAGTGTTTCAGTGCTTTGGGGCATATCAACAT
TTTCATTTCCTAAATCACCACAAGTACCACTTAATCCAGTTAATACATTA
TGTAAATCTCCTAACGTGAGACTCGAGATGTTTCTCGATTGGTCCAAATA
TGAACATAGATCATCTTTGCTCTCAAGGGTACTTTCCATATATGTTTTAA
CTGCTTCGGTTGTTGTAAAGGGGCCAGGTACACTTTGTTCCTTCAAGAAG
TCAAGGTCTTCCAGTTTTTGCTTTTCCACGTTGGTTGCTGCTAATTCTTT
CTGAGAGAAGCCCTTCTTTTCAAGGACTTTCATCTCATCATTCCACTGCT
GCTTAAGCTCCTTGATTTCCTTCGCTGCACTTCGGTACTTTCTGAAACTG
GCTTGACTCTCAGCTATCAAGTCGCTAGATTTGTTTAAAATCATTTTTCG
AGAAACTGCCTCTAGATTCTGCTTACCACGGATGTCTTGTTCATAATTGA
CAAATCCAACACTACGCTCTTCACTCAAGTTGTGGATTTCTACATGATCA
AGTTGTTTTAATTCGAGCAAATTTCGGTACAACTTTAAAATATAGAGCTT
TTTCGATAAATCCAATACTCGATGCGATCTTGTGCAGTTTGAACGATAAC
TTGCACAATTTGTCTACTTTGGTGGCAATCCTCCTTGGTTGTTTGCTCAA
TTTTAATACAGTTCCTGTACTATCATCTTTTTTGTCTCCGAAGCCAAAAA
TTGCTCCTTTTTGGTATTCAAAGCACTGGGCAAATTTCTTTAGTAGAAAA
TCAATTAGCTGTATCACTTCCCGAGAGTACTCTTTAGCAATAATGTCAAG
AAGGTTACTCAGAAGGACTGGTTTTGGTAGACATGCATCAAAATGATCTG
GTTTTGCGAATTGGAAGACTTGGTTTTGTGTCAGTAAAGAATCCGATTCA
ATCGATGTCAATTCTTCATGTAGCTTTGGAAAAGATCCAAACAGTGTAGT
ATAGGTTGTCTCTTTCTCAAGAATGAGATTATGGAAAGGTTTCAAAATGT
GGATGCCAACAAGCGATATGGCATCATAAATGGGTTTAAGCACTTCCATT
TCAAGAAAACTATTATCAAAAATAGTAATACCATTGATGATATTGGAAAA
CTGATCAAGATAACTGGTGATATCCTCCATATGGTATAAAACAGCAAGTG
CGCAGTCATTCAAGCGATTAAATCGATGGTCCTTCAACGAGAGAGAATGA
TTTCGATTTCTACAAGTAGAATTTGTTTTGTTCGTAGAAAAATTTTTATC
CACATCTGATGATCGCCTTGTGCGTGAAACACAGTGTAATGTTTGTTTTT
AATATTTGAAGAGAAATATATGAAATGATTTAGCTCTA

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_011963	XLOC_011963	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000385	supercontig	sc0000385:164049..173736 -

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
2.51109	2.53589	2.46176	2.72367	2.59161	2.29724	2.06037	2.19757	1.29032	1.47755	1.39132	0.954015	0.853962	0.704994	0.305845	0.320304	0.301114	0.217813	0.197427	0.315933	0.302247	0.281068	1.37383	1.11159	1.11022	1.5088	0.326596	0.300079	0.685029	0.833745

Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00021367 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00021367 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

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TCONS_00021367 (transcript) - C. hemisphaerica