TCONS_00021303 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00021303
Unique NameTCONS_00021303
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length550

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00021303 ID=TCONS_00021303|Name=TCONS_00021303|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=550bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000382:142385..162123-

Legend: exon
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>TCONS_00021303 ID=TCONS_00021303|Name=TCONS_00021303|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=19739bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000382:142385..162123- (Clytia hemisphaerica)
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ACATTAAAAGATAATAACTTCGTAACAAAATTGCACTCTCCTAAACAAAT TTTCCTACACCCCTGAGAAGTTTAGTTACAGTTTATTGCATAACTAATTA CTCCACACTTCAGTGGATGCAAGTGAAACTGACGGGAAATCAGAAAAAAA CATATAAACAAATTTTGTTCAAATTGACACGCTATAATATTCTCCCGAAT TAGCACGGAGTAACGGATCTTCACGCACGACATCCTATAAAGTATTAGCT TGAGTACTAGGGTTTTATTTCCTTAATATGGAGCAGATAATTTCCGGCTC AAACTGGTGGAGTAACTAATATGTAGGTCAATAGGTTGATGCGCTCTCGC AAACAACTATTCAAACTCGACTCGAGAAAGTTTTTGGTCTCAGTTTTTTT CAACAACAAAGTTAAATTAATGAATTTTCAATAACAGTATTCGTAAATAT CCAGAAAATATTGAGATTTGGTAGCCTAGAGTTAGACTAATAATTAACAT CAGTTTTACTTCAAAGCTTCTTTTACAGTATTTTACAGTAGTGGAAAAAA CCTACCTAGAAGTTTGTTTACTTGTTTTCTTCTTTTTAACTTTGAGGCAG GATTGCTCCTACGTTTTGTGTTAAAAGAATAGTGGTCTAGAAATCGAGAC TAGGAGATTTGGCTTATTTTTCTCAAAATATCTATCGGTTTTGATTATTC TGTAAATTTTTCACGTTTCACGTTGATCATAGGGGGGGCTATGTTTATTG GTTTATTTCCAAGCCAAATTTGAAAATTGACTATTTGAGAGACTGAATTT CGACGTTTTTGCAACCCTTTTTTCTAATTTGTAGCTTAAAATTATGACCC TGTGATTTTATGACTCTTTGTGGGAGTCGAGTTTTGGTATTCGGTAATTT TGGCATCCTTTCAGATAGTCAATTGCTACTTTATCGTTTTTGTACCCCTT TGAGAGACTTTCGACGGTTTATGGCTCCACATACCTGACGGCCATTTTCG GTCAAGTACCCCTCCCCATGACGTTGATCCCGACCACTAAATTCATTCGT TTATCAAATATTTTCCTTATAGATTCCGTCTAAATATGAAGATGAGCCAG AGAAATTTATGAACAAGCAATGTTTCGATTCCATCTTTAGTTATTTCTTG TTAAGTGAAGGATATAAATTTGATGAAGATAACTGGGATGTCGAATATGT TCACAAGGTTAGAATTATCGACAAATCATCGACCTTTTCATAAATTACCT CATGAACATCACTTGCCTCATATTCAAACAATTACCATGGTGATTACCAT CATGGTCTCTTGAGAAAATGATTCTTTTATGAATAGAAAGTAGTTTCAAT AAAATCTGCTGGGAGTTAATCACCATGGCAATAATTTCAAAACGAGGCAA GTGATGTTTGTAACTTAATCTATGGTCTATCCAAAAAATGAATTTTTCTA GTATGTTTTAAGGCTTGGTGGGTCTTCACCGCCAATTTAGTCTACTTTTA TAACATCCCTGTCTCACAACCCCAATGGAATTTTTTCCTGCAGCGGGAAT GAAAATTTCTGTCAAATATAAAGTCCAGTGGGGATGGTTTTGGAGTGCAA TTTTTTATATCGAATTTCGATTGGGGATGAAATCAAAGTTAATTTCCCAA TGGTGCAGAAATTTTTTATACCTGTGGGGTATATTTCAAATCAGGGACGA AATTTCTACCATATCTTCTAGTGGGTTTGGGGCCCAACGAGTCTGTAAGA CTTTATTTTAGTGGCTTTATGTTCAAGCCCAATGAGAACACTGAGTCAAA GAAAGCTTTAACTGGCACCGTTTTCTCTAAAGTTCTGGTCGTTTAGATAA TTCCCCAGATAATTACCAACGCCCACTTCTACACGTTTCTTTTATAAGAA CACCCAAAAATTTTTGAAGCCTTTAGATGTTCTGATCTTTTGGTGTTTTA AGCCTAAATATGTTCTTAACATGTTCTTATTTTCCCCAGTTTGTGAGTAT TTTTGACCATTTTCATAAGAAAAAGGGTGTTTTAGAGTCCACGAAGTCTT AAAATATTCTTAACTTGTTGTCCTTAATGTTTCGGCAATTGAAGTCTTAT GTTTTTATAAAGTTTGTTCTTATAAAAAAGCATGTATACGCATACGATCT AGTTTACTTTATTTTAATGACAGATTAACGGTAAGAGTGTTGAATGGACA CTGGGAGCAGCTTTCAGTTTTATGGACGAAGCTTTTAAAACAGAAATCGA TGTCGTCCAACCGCAATATCGCGCCATGCTGATTGTCGGAATCGTACTTC TTGTCTTGGCAGCTGTCTTCATTGTTGTTGGTATTGTTGGGCTTACCAAA TCACGACAATATGAAAGCATCTAAAATATTACCTACTGCTCTTTTGTAAT AAGACTGGATGTAATTTTTTCGAAAGCCTTCAAACATGTTCTTGATTTTT TTAGTTTAAGCTTAAACATTTTCTTAAAATGTTCTTAATTTCACCGTTTT GTGGATATTTCTTATATAGTTTTCTAAGAAATTGGGTATTTCTAAATTTA TGAAGCCATATTAAGATATTTTTAACTTGTTCTTAATACTTTGGCCATCG AAGCCTTGTGTTCTTATATAGTTTGTTCTTATTGAAAGA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_011929XLOC_011929Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00021303-exon-sc0000382-1575043694:162058..162123TCONS_00021303-exon-sc0000382-1575043694:162058..162123Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00021303-exon-sc0000382-1575043694:143817..143834TCONS_00021303-exon-sc0000382-1575043694:143817..143834Clytia hemisphaericaexon
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000382supercontigsc0000382:142385..162123 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0 0.594447 0.234157 0 0 5.86655e-06 0 0 0 0 3.10943e-05 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.00320689 0.11388
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00021303 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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