TCONS_00021252 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00021252
Unique Name	TCONS_00021252
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	2004

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000380:191406..200728+

transcript sequence

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TAAA

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000380:191406..200728+

Legend: exon

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00021252 ID=TCONS_00021252|Name=TCONS_00021252|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=9323bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000380:191406..200728+ (Clytia hemisphaerica)
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TTTCCACCAATTTGTATTCACATATACGAAAATAAAATGTCCAGCTTATT
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CTGAAAGAATGTCTGCTGCAAATACTGCAAAATATGTAACCGAAGTCTTT
CAAGGAACTTCAATTAAAgtaagtgacgtcacaattatACTCCCAAAAAT
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AACCTTCTTCAAGAACACCGCGCGGTCATCAATTTCCCGCCGCCTTCATG
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GGTCGTCGCCCTTACAATTTCTTAGGATGTATTCtaatttttaggttttt
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TTTCGTCTTATCTTAGCGAGAAATTGTAATAATATGGCGGTTTCTTTATT
ATTCTTGTTCGATCGACTGTCTCGATTAGTTAATTTTGATCACAATCAAA
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gtttattttgttttttattccaatttctttcaataattTTAGAGTTTATT
TTTCGAATAATTTTCGATTTAAA

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_011899	XLOC_011899	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000380	supercontig	sc0000380:191406..200728 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
1.84755	4.6271e-06	3.58554	5.98775	15.8147	15.2316	18.7663	22.8557	8.74086	5.37554	0.873327	5.65526	1.2475	5.04215	12.5421	15.5565	0.486426	4.8577	3.85043	4.71388	0.0528145	7.79053	0.447688	4.31304	32.0495	24.7279	0.000783451	4.95328e-06	10.5343	3.62238

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00021252 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: PEPL1 (Probable aminopeptidase NPEPL1 OS=Homo sapiens GN=NPEPL1 PE=1 SV=3)

HSP 1 Score: 85.5001 bits (210), Expect = 2.653e-17
Identity = 74/253 (29.25%), Postives = 109/253 (43.08%), Query Frame = 3

Query:  801 HAGRIIELEYTSDNVSDTYMFVGKGVTYDTGGADVKAGGVMAGMHRDKCGAATVAGIFGMLEKLKPKGIK--VVGRMAMVRNSIGKDCYVADEIITSAAGVRVRVGNTDAEGRMAMTDPL-YHTKQQALDEVNPHLFTIATLTGHAVVAVGPEYTCIMDNGPAEETDTARTLQKIGHGLSNPFEISTIRREDY--AFCDGRNEYEDLIQCNNQPSSRTPRGHQFPAAFMISASGLKKHGIDSDRPLKYTHMDI 1544
            H   +  L +T D  + T  +VGKG+ YDTGG  +K    M GM RD  GAA V G F    K   +G K  +     +  NS+G +    D+I    +G  V + NTDAEGR+ + D + Y  K    D +      +ATLTG   +A G  +  ++ N    E    +  +K G  +        +   ++  A  D +N   D    +N PSS         A   I++       I  D P  + H+DI
Sbjct:  237 HPPALAVLSHTPDGATQTIAWVGKGIVYDTGGLSIKGKTTMPGMKRDCGGAAAVLGAFRAAIK---QGFKDNLHAVFCLAENSVGPNATRPDDIHLLYSGKTVEINNTDAEGRLVLADGVSYACKDLGADII----LDMATLTGAQGIATGKYHAAVLTNSAEWEAACVKAGRKCGDLVHPLVYCPELHFSEFTSAVADMKNSVADR---DNSPSSC--------AGLFIASH------IGFDWPGVWVHLDI 465

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00021252 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00021252 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
PEPL1	2.653e-17	29.25	Probable aminopeptidase NPEPL1 OS=Homo sapiens GN=...	[more]

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TCONS_00021252 (transcript) - C. hemisphaerica