TCONS_00019684 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00019684
Unique NameTCONS_00019684
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length4296

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00019684 ID=TCONS_00019684|Name=TCONS_00019684|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4296bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000333:129541..182939-

Legend: exon
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>TCONS_00019684 ID=TCONS_00019684|Name=TCONS_00019684|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=53399bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000333:129541..182939- (Clytia hemisphaerica)
CTTACTGGTTGACCAATCACAAACGAGAGAGCGATGATTCGTTCGTTAAA ATTGGGTTCATACAAAAGAGGAGAAACACCTCCGTCCTCACCTGCTAGAG ACCGAAAGGTAAGCTTTATATTTATCTCTTTATACACCGCTGTCTCTTGA CATCATGAGTGACTGGTTTGTTTTTACTTCGATTCTTTACCGAATGTCAC ACCAATCGAGATGTAGACTAGTAAACCACGTCGTTGTATTTCGCTGCAGC TTAAGTTTGCAATGTCTATATGTTCACTGAATACAATGTCTTTCCAAACC ACTCTACTGTGGCAATTTCTATCCTTTATAAACACTATTCCCGCGTTCCT GTGTCCAAGGAAAGACAGGCGCTTGCNGTAATTGGTAGTCTAATCGAGGT GCAACTTCTGGATGGGAAATGAAGCCACTTAATTTCCATCTAAAGGTTTT CACACAAACTTAGAAATTAGAAATAAATATATTGACAGATTTCGAAAAAA ATGTTCCTAATGAAAATGGAAGAAAGTGCTAGTTTCAATATCCAAATAGT CGATCCAGCGTCCGTAGCATAAAAGTAGAGCACCCAGCTACGGTGCACAA AGTTATGGGTTCGATCCCCAGCCGGGTCATACAAAATATTCCCAAAATGG TAATTGGTAGTCTAATCGAGGTGCAACTTCTGGATGGGAAATGAAGCCAC TTAATTTCCATCTAAAGGTTTTCACACAAACTTAGAAATTAGAAATAAAT ATATTGACAGATTTCGAAAAAAATGTTCCTAATGAAAATGGAAGAAAGTG CTAGTTTCAATATCCAAATAGTCGATCCAGCGTCCGTAGCATAAAAGTAG AGCACCCAGCTACGGTGCACAAAGTTATGGGTTCGATCCCCAGCCGGGTC ATACAAAATATTCCCAAAATGGTAATTGGTAGTCTAATCGAGGTGCAACT 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TCONS_00019684-exon-sc0000333-1491911889:138926..139276TCONS_00019684-exon-sc0000333-1491911889:138926..139276Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00019684-exon-sc0000333-1491911889:134851..134946TCONS_00019684-exon-sc0000333-1491911889:134851..134946Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00019684-exon-sc0000333-1491911889:134565..134601TCONS_00019684-exon-sc0000333-1491911889:134565..134601Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00019684-exon-sc0000333-1491911889:133928..133970TCONS_00019684-exon-sc0000333-1491911889:133928..133970Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00019684-exon-sc0000333-1491911889:133066..133290TCONS_00019684-exon-sc0000333-1491911889:133066..133290Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00019684-exon-sc0000333-1491911889:129541..131263TCONS_00019684-exon-sc0000333-1491911889:129541..131263Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000333supercontigsc0000333:129541..182939 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
1.9089 1.08207 0.601497 1.17799 5.4149 3.60585 7.43444 16.3479 1.31724 1.74268 5.69296 2.02998 10.3164 10.0538 6.92991 7.61298 9.93439 8.50218 8.87047 6.50089 10.4563 12.5844 1.89254 3.52726 9.85255 21.5285 20.2529 22.4567 6.26352 11.7178
Blast
BLAST of TCONS_00019684 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: SRBS2 (Sorbin and SH3 domain-containing protein 2 OS=Homo sapiens GN=SORBS2 PE=1 SV=3)

HSP 1 Score: 94.3597 bits (233), Expect = 2.889e-19
Identity = 39/61 (63.93%), Postives = 48/61 (78.69%), Query Frame = 1
Query: 2548 EDLVGKGEPHKAVYTYKPTNEDEVELNIGDIVHVLEKCDDGWFIGTSGRTGVFGTFPGNYV 2730
            E++ G GEP +A+Y Y P NEDE+EL   D++ V+EKCDDGWF+GTS RT  FGTFPGNYV
Sbjct: 1037 ENIQGGGEPFQALYNYTPRNEDELELRESDVIDVMEKCDDGWFVGTSRRTKFFGTFPGNYV 1097          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00019684 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
SRBS22.889e-1963.93Sorbin and SH3 domain-containing protein 2 OS=Homo... [more]
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