TCONS_00019449 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00019449
Unique Name	TCONS_00019449
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	1603

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000328:11470..19236+

transcript sequence

>TCONS_00019449 ID=TCONS_00019449|Name=TCONS_00019449|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1603bp
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CAGCCACGGACGAAGTTGATTACGTACCTGGCTATAATGGTGATAATAAC
GGT

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000328:11470..19236+

Legend: exon

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00019449 ID=TCONS_00019449|Name=TCONS_00019449|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7767bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000328:11470..19236+ (Clytia hemisphaerica)
caaaaaagttgaaacaaTGATAATATTTAGAATTCTGTGATGAAAAATGG
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TCTGTGAACTTCCCAACAATCGCTTAGAAAAGTTCCAAGGAAATCTTTTG
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AAGCAAAATTATTTTGTCATATTGTATTGTAACTTTCTTTGTCTTTGTCC
TTTGCATTTTATAACTTTTAGACGACAAATGATCNACAAAAATTTGACCG
CTACTAGACCGCTCGTAATACCGGACCAAGACCGGtctgattttcaggta
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GCATACCATTtagccaaaaacccaaaaaagtgaaacagaggGTTTAGCAA
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TATGTTTAGGAATAATATTAGAATTGAgtcgatttgaaaaatttcttatt
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TTCCCTGGTATTGCTCTTATAGACTGGGACCCTTACACAGAATGTTATGA
TGTTTAAAGAATGTTCCATAAATGGCACTCGTTTCGGTATGAACTTTCCT
ATCATTTAATGCTCTAAAAACCATACCACCGCTTTACTGCTATTGTAGTT
TGGATATTGTGTATAAAAGGCTTTTAAACATGGtgtcttttttattaaaa
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TCAAATTGTGAGTTCGAATCTCACTTCAGCTCTTCAATTTGTTCAGTTAT
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CAACCAAGATGCTGAAAATTTATGTTATTTGACATTATTTTCATCCCCTT
TTAGATAGTGATGTATTGTTTCGACTTTTTTTTTATAGCCATTTGTTGAC
TTCTCATCTAACCAATATGCTGACCCAAACTTCAAATTCTACGACCAAGC
CTTGCGCGACGCATGCGTAGAAGGGGAAGAGAGTTCGATTGAATTTTTTC
GATTACTCGCTTTATGTCATACTGTGATGGTTGAAGCAAAAGCAGCCACG
GACGAAGTTGGTATGTAGCATGTTGACGTTattaactttttgttatatgA
TAAGACGAGCGAGCTGACGATGAGGcaataaatttgacaaaaacttTGTA
ATAATTATTATTGAAGAATCAAACGAATATTGTCTTTGGTATACATGCAT
CCCTTTGCTGTAACAATTCTGTTTATCCACCTTTATTTGAAAGTCAAgta
ttcaaattgttttttctttttcgttttgaaAGAAACAGTAGAATTTCGAT
GGATCTTCATAAGTTCATAAGTTTCTTCATAAGTATCCCATTTAAAACTG
TCGTATTACTTTGACTCGGAGGTTTTACTCAAAGCAATCGGATGATTAAG
CAGGTGAATGTGATTATCACTTCAATGATTAATGTGTGTGGAAGGGCTTC
ATCTGTCTTTTACAGCTCTTAAGCTCCAGCTGCGTGTTTATATGGCTATG
TGTGGTGTATGTTGTAATGGTTAAAGGAGTGCGATTATGATTATCACTTC
ACTAACCAACTTTTTCGTTTCTGTTTTTTTAGATTACGTACCTGGCTATA
ATGGTGATAATAACGGT

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_010934	XLOC_010934	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000328	supercontig	sc0000328:11470..19236 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
1.86239	0	0	2.22905e-05	0	0	0	0.754887	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00019449 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: AT8B4 (Probable phospholipid-transporting ATPase IM OS=Homo sapiens GN=ATP8B4 PE=1 SV=3)

HSP 1 Score: 456.062 bits (1172), Expect = 7.661e-147
Identity = 235/492 (47.76%), Postives = 322/492 (65.45%), Query Frame = 2

Query:  104 CGSDKKKKQHYVIRANDSEWNLKEGFP-----TSKYNFLTFIPLNLFEQMQRAANLYFVFQIIIMSIPYITALSPSSTAVPLTFVLLATMIKDGFDDYGRHKSDHSLNN-QTALVLNDKGVFVEKKWQDIQTGDIIKVRNDESISADVLALCTSEDSGLLFIETAELDGETNLKVRQPLQETFTTIKTEHDLAQFKGEIVCELPNNRLEKFQGNLLWDGQKLAVDNNNIVLRGCVLRNTPWIYGFVVYAGHDSKLMMNSGKGVFKRSKLDIMTNYLVIWIAGLLAVLCTFLSIMSYVWENSTGRKFQVYKPWPDIMKDSPAIIALMNWPGFVMVLNTLIPISLYISVEVIRLGQSFLIDWDLNLYYEENDTPAKARNTTLTEELGQIQYIFSDKTGTLTQNVMMFKECSINGTRFGQSQAEKDGEITMNDLESVTEPPFVDFSSNQYADPNFKFYDQALRDACVEGEESSIEFFRLLALCHTVMVEAKAATD 1561
            C   K ++   +++AND E+N K  +      TSKYN LTF+P+NLFEQ QR AN YF+  +I+  IP I++L+  +T VPL  V+  T +KD  DDY RHKSD+ +NN Q+ +++N K     +KW +++ GDIIK+ N++ ++AD+L L +SE  GL ++ETAELDGETNLKVR  L  T         LA F G +VCE+PNN+L+KF G L W   K +++N  I+LRGC+LRNT W +G V++AG D+KLM NSGK  FKR+ +D + N LV+WI G L  L   L+I + +WE+ TG +F+ +  W +  K S     L  W  ++++LNT++PISLY+SVEVIRLG S+ I+WD  +YY     PA AR TTL EELGQI+YIFSDKTGTLTQN+M FK CSING  +G+   + D +    ++    EP  VDFS    AD  F+F+D  L ++   G+    EF RLLALCHTVM E  +A +
Sbjct:    3 CSEKKLREVERIVKANDREYNEKFQYADNRIHTSKYNILTFLPINLFEQFQRVANAYFLCLLILQLIPEISSLTWFTTIVPLVLVITMTAVKDATDDYFRHKSDNQVNNRQSEVLINSK--LQNEKWMNVKVGDIIKLENNQFVAADLLLLSSSEPHGLCYVETAELDGETNLKVRHALSVTSELGADISRLAGFDGIVVCEVPNNKLDKFMGILSWKDSKHSLNNEKIILRGCILRNTSWCFGMVIFAGPDTKLMQNSGKTKFKRTSIDRLMNTLVLWIFGFLICLGIILAIGNSIWESQTGDQFRTFLFWNEGEKSSVFSGFLTFW-SYIIILNTVVPISLYVSVEVIRLGHSYFINWDRKMYYSRKAIPAVARTTTLNEELGQIEYIFSDKTGTLTQNIMTFKRCSINGRIYGEVHDDLDQK---TEITQEKEP--VDFSVKSQADREFQFFDHHLMESIKMGDPKVHEFLRLLALCHTVMSEENSAGE 486

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00019449 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00019449 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
AT8B4	7.661e-147	47.76	Probable phospholipid-transporting ATPase IM OS=Ho...	[more]

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TCONS_00019449 (transcript) - C. hemisphaerica