|
|
Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00019205 ID=TCONS_00019205|Name=TCONS_00019205|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=639bp
CACGAGTTCATCTTCAAGTTGCTCTTCATTGAAATCTACCGGATGGTTAA
TACTTGTGATACCATATTCATCAGGGTTTTGTGATGGTGAGAGGCTTGAG
CGAAGGATGGCGTTATTCATGACGTTGATGTAAACTGGCAACGCGTGGTA
TCCTTTGTGGTTGAACCAAACCTGGTAAAAAAGGCGAAAATGAGAATTTG
ATGcagtttcattgtttcaattcaaaactggtggcaaacgcccggtgttt
ttcgggtgtttccgtataaaagattacgtcatgaatgaCAGAGAATTCGG
CATTATGAaggggacgagatggagtttttacaggATCTTATTTGATtagg
ttggtcgttaaccagtaataaaaaatgttcatactttttctaaagaacgc
gtcatttttattacttcaaaatgaccaattattaaagtatcttataaaaa
ctccatctcatctgttgTGAAGACAACCTATGCTACAGTCAATGAAATGA
TAAACAAGATGGAGAAAAGTACCTTGACATTTCTAGGAACAGCAGCAGCA
GATACAAGACCACTAAGCGTGAAATTTCGTGTCATTTCATCAGGTATATC
TGAAATCACATGTTCACCAAATGTCACTGCCCCATATCT Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000321:43988..51915+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00019205 ID=TCONS_00019205|Name=TCONS_00019205|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7928bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000321:43988..51915+ (Clytia hemisphaerica)
CACGAGTTCATCTTCAAGTTGCTCTTCATTGAAATCTACCGGATGGTTAA
TACTTGTGATACCTGTGTTTAAAAagaaaccaaaataaaatcataTTGTG
GTTATTAATCTATGATTCAATGCTCAAAGTGACTAAAAGTTATATCCACC
AACTAAGGGTAATTTGCCCATAGCCACGTGATGTTCATAATGGCCATCGC
AACTCCTTGTTCAAGTCGACGCTGTAACTGAATGCTGagaggatgaaata
tttttacctccctcccttCCTGCAGTTATGGCTGTAGGCGATTCTCACTT
ATTAATCTAAgtcataggcaaatggaaagttaaactCCATTTTCAACACC
TGGCCAAAAACTTTTTACTGTCCTGCTTCATTTTTTTAGACATTTCTGAC
ttattttctcttctttcttattttgaagAGTGAGCGAGAGCCGTATTGTT
AGAATTGCAAACAGTCTTCTTAACTTTGCACAAATTTCACCCATAATAAG
ATTCTGTATCTCATGGTTATTCTTCAGTCGTTTTGTCTCTACTTTACAAC
TGTAACCAGTAGCATGGTACCAGGGTGGGTGAGGGTCAGGGGGCCCAGCG
GTCGATTTTTTGGGGGGTGCTGAAAAGCAAGGGGTGACTTTAGTAGATTT
GGTTTAGCAGTGGCGCAACAGAATTAATTAATTGAGTTGGATAAAGCAGT
TTAGGTTTTAGCGATTGATTTTTAAGCCCCGAAGAGGCTAGGTCCGGAAC
TCCAGGATGGGAAataaaaccacttatttcccatccagaacacgtgaccc
gtgtgtttttcaaacaaaatttctaataCGGGGAAAGGCTTTTTTTGCgt
gaaaggttgaagattcatctTTCTCTCAATGGATCGAGCAACTTTTAACT
TTTCCTTTCTATATCAGAATAAAATGAATAATTGATGAGACTGTTGACAG
TTTGTAGTTTGTCCGACAGTACAATATGGGAAACTTCTACACTCACACGA
TCAGAGTTTTGAGTGTTTCCTTAACACTTTAAGATCTTATTTTCACTact
ttgtaagtatttttgtttatttttctaagaaaattgtTGAGATGATTTGA
TATTTGAGTCCATAAAACTTTTTGTGTGTAAAACTTTTAATCCTTCTGGG
AGAAATTGGCTTTTCTAAGATAAACTTCGATTCCCCAGGTTATGTGTTTT
ACCTGTGTTTACCAAGTTTACACATTGCATTATACGATATACCTCCCACC
CCCTCGAAAAGGTTTATTTTTGTCAATGTGAAAACTGTCATTTTCTCGAA
TACGTCGCATTCGATTAATATTTATGTAAAATCAGATTCAATTCAAATCT
taacaaatttaatatttgtcgTTATTATCAACGAATTAAAAATGCTATGT
TAACATAATACAACCTGTGAATCCCGATCGgactgttccattaaatttct
atacaggggggtggacgaacctattcaaggcaaaaaaagatatttagtaa
tgtgtagataccccctggaaaatgacaaaaattgcaaaataacccttgga
aaaatgaaatacttctcttataccccctggaaatgttcgtccacccccat
atatggatataaaatggaacggCCATTTattattcaataaaaataaaatt
ttcccaaaattatCAAACAATTTATACGTAGGGACAGGCAGTGAAAATTT
GAGGCTTTCAAAGGTTCTATTCTCAACAacttaaaaaatgagaaaatctc
tAGTGTTTTCTGTCCTAGCACCGATCCTTTTACTTTATGTGGATTACATG
GTTTGTCAAATGAGATTTCAACTTATACAAGATGGCAACGAAATAGCTGG
GTTACAACCTTATCGCAAAGAAACGATGTCATCAAAGTCGAAATGCTATT
TAATGTGTCAACAGACTCCTGGTCAATGCTGTTATGTACAATTGGTTCAC
CAACAAGATGGTCAATGGATATGTTCTTTGTATGAATTCGTTGGTGATAT
CAACAAGCATTTGTCACCTTCGCCAGGATCTGTAATCTCAGCACCAAAAG
CCAACCCTCAAATGGATTGTTTAGATTGGCTTCGCCTTGGCTACACAAAA
GATGGCGTCTACTACATCAATTTTAACGGTTACCGACGGAAAGTGTTTTG
CGATATGACAACAGAGGGAGGTGGTTGGATTGTCATGCAGAAACGTTTTG
ATGGTTCGGAGGATTTTTATCGCGATTGGGCGACCTACAAAGAAGGCTTT
GGGAATGTTGACGGTGAATATTGGTTGGGCAACGAATTCATTCATCAATA
CACCAATCGATTTTCAACAACATTGCGAGTTGATGCATCCGGATTTGACG
GTCAAACCAACTTCATCACATTGGATGGATTCTATCTTCAAGGGGAAGCT
TCAAAATATAGAATCTATTTTCAAGCGAACACTTGTCATCAATCAACATC
ACCACACAACTTATGCCGATCCTGGTATCTTTCACATGGTTACACATTCT
CGACATTGGATCAAGATAATGACTCGCACAGCACACAACACTGTGCAACC
TCCATGAAAATGGGGTGGTGGTTCGAAGCATGCGGTGATATCGGCCTCAA
TGGGTCATACAGTGCAGATGGTGTTTTACCATCTAATAAACAAGGAATTT
ATTGGCAACATTGGTACAACCCAGCAACAACTGGcttgaaacaaacaaaa
atgctACTAAGAAGAGAGTCGTAAAAACACTGTTGATGTTTTcacatcaa
aatttgccttaaCAGACTATACAATATAGAATGTGTTGGGTGAAAACTcc
ctcaggggggggggtgcttagacaaaatggctgatggaGATCATGGAGAT
CATTTCCAACATGGAAATCAGTGTTGATAGACTTTACTGACCTGAGAACC
TTTCTTATGCGGTCTACTAAATAGAAGACTTTTCGTTAGTCTTGAACATT
GGCAGTGTTAAAGCCTTTGGGTTTGGTTTTCAGATTGATCAAGAAACATT
GGAGAAAACTTGgccttgaaaaaattcttttggtgGCATAAAAGTCccca
ttgttttgaaaagtgaaCTTTGAACTCACTTATCCAAGCTCGCTGCTAAG
TGagacaaaataaacaaatgtcCATCAACGCCCATAAGCTATTTTTTTAT
TCGTATTGACATTTTTGTGCCGCCTTTAACCGGGCGGTGTTCGTGACGGA
AGCTGTCAGTGAACTTAAAAGGAAGTAAAATCATAAATCTCTCTAATAAA
GTCATAATCAAGTTTTGAGATACGTTTTTTAATGGGAAATTCGGGAATAA
TTTTGATTGGAGGTCTGAACAAGATATAATTCAATGGAAAAACTGAAACC
ATTAAAAGTCCTTTAAACTACAGAATTAGCAAGGACCTTTtcttttagat
tattttttgttaataatGATAGACTCCACTCTTTGTATTTCAAATGCACC
CTACACTATATTAGCTAGTTTATTGTTTTAGGAATAAAAGATTTCCTTTG
AAAGAGTCTGCACTTTGATCTTGCTTTTTCATGTATATAGTTCGACCTTC
TACTACTccatacgctcccttattcgataaaatttaaagtCCCAGTCATT
TCTCATAAACGAAGCTCTATTATTTGACAAGCTCCCTTAGTCGATGAAAA
TAGAGCCCCTAAAAGGTTTGTGCAGTTAATACTCTCTACTTCGAACCTCt
aatactcaaaattttctataattcgaactagaaTATTGGTCCCCTAAGAT
TTCACTTGATGAGTCGAATATTTTGAAGTTCGAATTTGAGAGACCGAAAG
GTAAATATCTTAACCTAATAACATAATATTTACAATTCAGAATTGAAATT
AAGAATTTACAATTATgcagaaggaaaaaaaaacaacacaaaatcaAATA
TTAGAATTACATACAGTAAAATTGCAGCCTGTCTATGGTTGAGTCTGGTT
TTGGTAAAAAATACTCAAGAATTTAAATAGGCTTGCTCCTCTCCTTTAAT
AGAGGCAGTATTTTCATGTCTATAGTAATCTTAGCCTAAgtttaaaataa
gttttttcTCAGCAAAATAGTTACGATGCCCAACGGATTCAAACAGATCC
TCGTTATCATGATATTAGCACATAATTCTCTCCTAGAAAAGTACTGCTTA
TTGAGTTGTTTTTTAGTAAAATTCTCATGAGTGTACATCAATATCAAAAG
ATTCCActttcaaagtatttttcagATGTACGTTAACTTTTACATAAGGC
TTTCAGGTAGGCTTACGTAATATTTTAAGGCCTTGGGTAAACGTTGTTGT
ACGCAAGAAAAAGTAACCATTCTGTGATATTATGAAAGATAAAAGTTAAT
GTATGTATTTATTTATCTATCACCTCTTTGCTCAAGGCAATAAAATGCAA
CACagtaaataagaaaaaaatctttttcctcAATATGCTCTATCGAAGCT
AATTTTGCTCTATATTCGAAAAAGGTttttatggatctctcctgaTCAGC
ATGGTCGTTTCTTTCAAGGCAGAAGTGTCAGGGTACCAGCCAATCCAATG
GATCCCAACTTTACCATATTGTAGAACGCCATCTGCACTATATGGCCCAT
TGAAGCCAAGAACAGTACATTGGCCGAGCCACCACCCAGTTTGGTAGAAG
TTGGCACAATATCCATAAAAATCATCATTATCTTGGTCTTTGGTCGAAAA
TTTGAAACCACGATGAAAATTCCAAGCGTAACATAGATTGTGAGGCGATG
ACGATTGGCGACAAGTGTTAGCAGTAAAATAGATTCTATATTTTGNGAAA
TTCCAAGCGTAACACAGATTGTGAGGCGATGACGATTGGCGACAAGTGTT
AGCAGTAAAATAGATTCTATATTTTGAAGCTTCCCCTTGAAGATAGAATC
CATCCAATGTGATGAAGTTGGTTTGACCGTCAAATCCGGATGCGTCAACT
CGCAATGTTGTTGAAAATCGAGTGGTGTATTGATGAATGAATTCGTTACC
CAACCAATATTCACCGTCAACATTCCCAAAGCCTTCTTTGTAGGTCACCC
AATCGCGATAAAAATCCTCCGAACCATCAAAACGTTTCTGCATGACAATC
CAACCACCTCCCTCTGTTGTCATATCGCAAAACACTTTCCGTCGGTAACC
GTTAAAATTGATGTAGTAGACGCTATCTTTTGTGTAACCAAGGCGAAGCC
AATCTAAACAATCCATTTGAGGGTTGGCTTTTGGTGCTGAGATTACAGAT
CCTGGCGAAGGTGACAAATATTTGTTGATATCACCAACGAATTCATACAA
AGAACATATCCATTGACCATCTTCTTGTTGGTGAACCAATTGCACATAAC
AGCATTGACCAGGAGTCTGTTGACACATTAAATAGCATCTCGACTTTGAT
GACATCGTTTCTTTGCGATAAGGTTGTAACCCAGCTATTTCGTTGCCATC
TTGTATAAGTTGAAATCTCATTTGACAAACCATGTAATCCACATAAAGTA
AAAGGATCAGTACAAGGACAGAAAAGACTagagattttctcatttttata
ttgCTCAAGTCTTTCTCGTTGTTAATATTTTGTTGACAAGAAAATTAATG
CAGTAGAAACGTCAAATTCatcaaatttatcaatttgAAATCATTGTGGT
TTCGGAAAcattataaattaaaatttgcATAAGTTTGTATGgctaaaatt
ttctaattttatacATGTATGTAATGCTTGTATTTGTTTGTATTGGGAAT
GCAGAGTCTTTTTTCACAATCAAGAATTCATGGTAATGTCAATTgatgta
aattaaaattgcaTAAAATTTGTATggctaaaaataaattttctaatttt
atacATGTATGTCTATTGATGTGGTGAAAATGAATATGGTATTGATAAAT
GAAATGAAGATAAATCTCACGAAATGCTGATTGTAGAATAGAGTCTACTT
TTAACAGAACTTTAATTTCTGATAATTTGGCTCTCCAGCGAGGGCGTATG
CACTTACTTtgtgataaataacgagattgctcacggaaattttttgaccc
gcatcCCGCGCGATCGTATTTAATCGCCCGCGCATGTACGCTCTGTCTGC
TGTATGGGTACTGTATGCAAAAACAAGCTTCTCTTCTCAgtcttttgaga
ctttaaagGAGACTGGAGTGTGTCCTAACCCCTCAGATGGAAATTTCTAA
TTTCATAGACACTAGCAGGGTTTACAGCTCGTTTGCTGAGTCCCCTTACT
GATTCCCCTTACTGAATTGGAATAAGAGTCACTCTTCAACTAAAGAGTAA
TCGCGATGATTGATCGTCTCTTGCATGTtggaaataataaaaattttttt
ttaagaagttAATACCTTGACAGAGTGAAATTATAGAGGTCATGGAAAAT
AAAGGTATGGTATTATTAATAATTGTTGTGTACATATTTACATCTgcgtg
gccgagtggttaaggcgttataCTGGCATCTGGAAAGGTAACATGCTTGA
AAGTTCGAATCCTACATGGTGCGTTGTAGTATGTTTTAGTTTGTCAGCAT
Tgaccaaactttttctggttttatgagctctaattgaaatttttgaaaat
tctcgttaaaattttaagaaacaaaaattttctaagtagtgtcacctcag
tgcagtttgactcaagtacagtatttcaaaatggattaGGTTGGTTAGCG
GGAGGAGAGTCAAGAGATatgactttcccttctcttgaaaatctagtatc
caaaactttcaactaaaagaaatgcataaaaatcgactttcgtctttttt
ttGTTATCTTACAATcacttttttcagaaccacaagtgaaaagaaaagca
aaactgaCTGAATATCCTgctaaaaatgattgacaggtgcggGTTTGCTC
GCGCGTATACCGGGCCACTCACCAatgccatccagtctatcaaaaagctt
aaaatggaCCCCGGGTTAGCTTGGTTGTAAAAAGAGagaacaaaattcaa
aattcattggACTCCCATATATATGAACCAACGACGTTGTtaaactttta
attcaattttggTTTTGGAAGCTAGTTGAGTAGCCCTTTTCCAAGCAAGA
ATATCCAGCTAGCTAATAAACACCGATGACTAGCTAAAGCAGCAGAGGGT
ACATGTTTAGTGTAGTGACCCAAAGAGTAATGACCAAATTTCcggtatat
ttttcaaaatctgggaCCAgcaacttgttcgagttatagagactcgaGTT
ATTGAGAATCCACTATTTAACTGAGTAAGTGCAACGACAATATTACAGCG
AAAAACCCATTTTACTGCATAATATCCATTTTTGTATAATTAAGGACATA
CCATATTCATCAGGGTTTTGTGATGGTGAGAGGCTTGAGCGAAGGATGGC
GTTATTCATGACGTTGATGTAAACTGGCAACGCGTGGTATCCTTTGTGGT
TGAACCAAACCTGGTAAAAAAGGCGAAAATGAGAATTTGATGcagtttca
ttgtttcaattcaaaactggtggcaaacgcccggtgtttttcgggtgttt
ccgtataaaagattacgtcatgaatgaCAGAGAATTCGGCATTATGAagg
ggacgagatggagtttttacaggATCTTATTTGATtaggttggtcgttaa
ccagtaataaaaaatgttcatactttttctaaagaacgcgtcatttttat
tacttcaaaatgaccaattattaaagtatcttataaaaactccatctcat
ctgttgTGAAGACAACCTATGCTACAGTCAATGAAATGATAAACAAGATG
GAGAAAAGTACCTTGACATTTCTAGGAACAGCAGCAGCAGATACAAGACC
ACTAAGCGTGAAATTTCGTGTCATTTCATCAGGTATATCTGAAATCACAT
GTTCACCAAATGTCACTGCCCCATATCT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00019205-exon-sc0000321-1491911889:43988..44045 | TCONS_00019205-exon-sc0000321-1491911889:43988..44045 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00019205-exon-sc0000321-1510915933:43988..44045 | TCONS_00019205-exon-sc0000321-1510915933:43988..44045 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00019205-exon-sc0000321-1575043694:43988..44045 | TCONS_00019205-exon-sc0000321-1575043694:43988..44045 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00019205-exon-sc0000321-1491911889:51335..51915 | TCONS_00019205-exon-sc0000321-1491911889:51335..51915 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00019205-exon-sc0000321-1510915933:51335..51915 | TCONS_00019205-exon-sc0000321-1510915933:51335..51915 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00019205-exon-sc0000321-1575043694:51335..51915 | TCONS_00019205-exon-sc0000321-1575043694:51335..51915 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000321 | supercontig | sc0000321:43988..51915 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
|
