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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00019038 ID=TCONS_00019038|Name=TCONS_00019038|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2280bp
ttttagactTAGTATACCAAATACTCAAATGACTAGAAAATGTTACAATC
AAACAAGCTAGTATTTGTTGTACTAATGCTTAGCAATGTACTTCACGTAC
AAACACAAAACTACAATGAAAACTATAATGAACCAATCAAGGAAAGCCCA
TTAAATTTTGATATTGATTCTAAGAAGAATGCACCTCTACCTACTTGTGA
ATTTTCTTATGATTATGACTTGGCACGTGGTATCTTGTCAGCTGTATGCT
TTGTCATGGCAGCCTTCATCCTTGTTTTTGGCTACAAAAGAAGACGTATA
TCATTCTGTTTGACTGGTTTGACCAGTACTTCTATCCTGGCGTACATGGT
TCTGGTTGTTGAATCAAGGTTCTCATTGATGATTAACATATTAATATCAA
TGTCCATTGGTTTATTTGTCAGTCTTTTTACCACCACCTTATTGTATTGT
GGTTTGTTTATTACTGGGTTATTTGCTGGATTCGTCAATGGTTTTGTCTT
TTTGATGATCTATACTACATTCAAACCGATTGATTCTGTGGCTCTGGGCT
GCTTGATTGTTGCTGTATTTGGTTTGGGACAAGTGTTCATTACAATGTGG
TGGAAACACCGTATGCATATCTTGTCATCCTGTATCTTTGCTGCCGGTGT
TATGATGTGTTCCTTGGATTACTTCgttgaaggcttcttcatacTGGAGT
ATatggaaatgaaaattttctataACCGTGTTGCAGAGTTGTGTTGGTGG
TCTTATCTGGTGTTAGCATTATTTGCTTTATTCCTTGTGATCGGGTTATT
GGTGCAATGCTTATGGAGTGGTAAAGAGAAACAAAAGGAGCCGTACACTT
TTGTTTATTTGACCAGGAGACGTGGGCAATCCAGGAATCGCCAGAGCTAT
GTCAATCCATATGGTCATGATGAGCATAATTATTTGATTAATAATTCATA
AAGAACCTTTGGTTAGTGTGGGTAGTTTTGAATTGATGGAGAAAGTACCA
TGTTCTGGTCCAGGCTGGTGTTAAGGTTTTTAATTTAAGGCTTTTGGTCA
CAATAGATTTGTTTGAGATTTGCCAGGGattaaattaacaaaaacgaTTT
TGCTGTTTTAAATTACAAGGTTTCTAGGAGAAATATTAAGGTTGCTGTTT
ATATTTTAAGTGACCATCACCAGCCAACCACTCAGCTCActttattgaat
tttaaaagACTTTATTTAACGCATTTATCTCTGGTTTGTCTGCATGGTTG
CTTCGATAATATGCTGCAAAAAGCTGCAGAAAGCTTTTTGTTATAGAAAA
GCCTAAGTTGTCTCTATTGTATTATAATTTGTATTTATTTACATTGTTTT
TCTATTTAGTTGGTGTTTGGattttattcttaatattttttagtatttta
aacTTTTCGTTTTCTAACTTTCtaatttttatgtatttttatttcagaaa
aacAAGGGAAATGATGTTTTAAACTAGTTAGCTAGCAAATTGATTCGTTT
GCCATTGGTCCTAAGAGCTTACTAttctaattttaaaaattattttacat
ttCTTCATTGTCATCTTATATGAGGAGTGACTTAATACTATTAATGGACA
TGTTTTCTCTAATGTTACCAAGACTTTAAATTCCTGTAGTTTCATTgaga
tctttcaaatttttctttaacttaTTTTAAGAATTGTGTTTTTACTTTAT
GTTTTCAAAGAGCAAGTATGTGCATGTGGATAATTGAGTAACTGGATAAA
ATAACAGCAaggaaaatattataaaaatgtataaaaatgtAATTCCTTTT
TTTAAAAGCAGCATTTTTCTCTTTATATTGTTATTAGTGCTTAGTTAGTC
TTTTGTTTCATCTGTCTTCTGTATATTAAGTTTTACGTTGATTAATTGAC
GTAATTTTTGTGGATTCTGACCATTTCGGCGAAAAATAGTCTTCGTGACA
AACTTTTAGAATCAGTTTTTTGTCAAAACCACTAGGAGAATTTGTGAGTT
TTTTTCCACGTTAGAATTGTAAatctttgacttttgaaaaaatgtaacgc
acccccccccctaaagtATTAAATCTTATTGAATCTTTGGAGAGAGAAAA
GCAAGTCATATTACTTCTGAACAAATTTATTGTGTTTAGATTTGTATTGT
CAAGTCCACCTATTGCAATCAATAAGAGTGCCTGTTTctattttatatat
atactttttttgatttctttaaaaaCCTTATTATTCTGTAAATTAGTCac
aatttaaaatagaaaatactATTAATCTAC Run BLAST on NCBI protein sequence of TCONS_00019038-protein >TCONS_00019038-protein ID=TCONS_00019038-protein|Name=TCONS_00019038-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=303bp
MLQSNKLVFVVLMLSNVLHVQTQNYNENYNEPIKESPLNFDIDSKKNAPL
PTCEFSYDYDLARGILSAVCFVMAAFILVFGYKRRRISFCLTGLTSTSIL
AYMVLVVESRFSLMINILISMSIGLFVSLFTTTLLYCGLFITGLFAGFVN
GFVFLMIYTTFKPIDSVALGCLIVAVFGLGQVFITMWWKHRMHILSSCIF
AAGVMMCSLDYFVEGFFILEYMEMKIFYNRVAELCWWSYLVLALFALFLV
IGLLVQCLWSGKEKQKEPYTFVYLTRRRGQSRNRQSYVNPYGHDEHNYLI
NNS Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000317:178547..181367- Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00019038 ID=TCONS_00019038|Name=TCONS_00019038|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2821bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000317:178547..181367- (Clytia hemisphaerica)
TTTTAGACTTAGTATACCAAATACTCAAATGACTAGAAAATGTTACAATC
AAACAAGCTAGTATTTGTTGTACTAATGCTTAGCAATGTACTTCACGTAC
AAACACAAAACTACAATGAAAACTATAATGAACCAATCAAGGAAAGCCCA
TTAAATTTTGATATTGATTCTAAGAAGAATGCACCTCTACCTACTTGTGA
ATTTTCTTATGATTATGACTTGGCACGTGGTATCTTGTCAGCTGTATGCT
TTGTCATGGCAGCCTTCATCCTTGTTTTTGGTAAGTCTAGACCATGTTCA
CACGGTATTTTTCTTTCACTCTGAAACAAAATGAAGCCATTCTATTGGCT
GAATTGAATTTTTCCATCAATTCTAACCTATAAAATGGCTTCATTTCGTT
TCGAAGTAAAAGAATAATTGAATTAATTGTCTTAATCGTTAAGACTATTT
GAAAAGCTTAAAAATAGTGAAATAAAATAGTAAAATAGTGGACCATTGCA
AGATTTTTTTAAGAAACTTACTTTGAATTTGATTTTCCATTCCACAAATT
TTTAAATTCAGATCAGATTTAGCTATATTGAAAGTTATGGCCAAAATTAT
AACCCCCTGTTTTGCTACTTATACACAATATATTTCAAATTTATGATTAG
CAGCCAGCTTCAGTATTTCACTGAAAAAACCCTAGGCTTACTTGACTGTT
CTTTACTTAAAATTTTCCTTACCTGTTCTCACAGATTTCAATTTTTTTAA
AGCTTAATTCCTCTGATGGACGCAATGTTATCATATAATTGAAGAAATTT
TTACATTTTCCATGTTTTTAGGCTACAAAAGAAGACGTATATCATTCTGT
TTGACTGGTTTGACCAGTACTTCTATCCTGGCGTACATGGTTCTGGTTGT
TGAATCAAGGTTCTCATTGATGATTAACATATTAATATCAATGTCCATTG
GTTTATTTGTCAGTCTTTTTACCACCACCTTATTGTATTGTGGTTTGTTT
ATTACTGGGTTATTTGCTGGATTCGTCAATGGTTTTGTCTTTTTGATGAT
CTATACTACATTCAAACCGATTGATTCTGTGGCTCTGGGCTGCTTGATTG
TTGCTGTATTTGGTTTGGGACAAGTGTTCATTACAATGTGGTGGAAACAC
CGTATGCATATCTTGTCATCCTGTATCTTTGCTGCCGGTGTTATGATGTG
TTCCTTGGATTACTTCGTTGAAGGCTTCTTCATACTGGAGTATATGGAAA
TGAAAATTTTCTATAACCGTGTTGCAGAGTTGTGTTGGTGGTCTTATCTG
GTGTTAGCATTATTTGCTTTATTCCTTGTGATCGGGTTATTGGTGCAATG
CTTATGGAGTGGTAAAGAGAAACAAAAGGAGCCGTACACTTTTGTTTATT
TGACCAGGAGACGTGGGCAATCCAGGAATCGCCAGAGCTATGTCAATCCA
TATGGTCATGATGAGCATAATTATTTGATTAATAATTCATAAAGAACCTT
TGGTTAGTGTGGGTAGTTTTGAATTGATGGAGAAAGTACCATGTTCTGGT
CCAGGCTGGTGTTAAGGTTTTTAATTTAAGGCTTTTGGTCACAATAGATT
TGTTTGAGATTTGCCAGGGATTAAATTAACAAAAACGATTTTGCTGTTTT
AAATTACAAGGTTTCTAGGAGAAATATTAAGGTTGCTGTTTATATTTTAA
GTGACCATCACCAGCCAACCACTCAGCTCACTTTATTGAATTTTAAAAGA
CTTTATTTAACGCATTTATCTCTGGTTTGTCTGCATGGTTGCTTCGATAA
TATGCTGCAAAAAGCTGCAGAAAGCTTTTTGTTATAGAAAAGCCTAAGTT
GTCTCTATTGTATTATAATTTGTATTTATTTACATTGTTTTTCTATTTAG
TTGGTGTTTGGATTTTATTCTTAATATTTTTTAGTATTTTAAACTTTTCG
TTTTCTAACTTTCTAATTTTTATGTATTTTTATTTCAGAAAAACAAGGGA
AATGATGTTTTAAACTAGTTAGCTAGCAAATTGATTCGTTTGCCATTGGT
CCTAAGAGCTTACTATTCTAATTTTAAAAATTATTTTACATTTCTTCATT
GTCATCTTATATGAGGAGTGACTTAATACTATTAATGGACATGTTTTCTC
TAATGTTACCAAGACTTTAAATTCCTGTAGTTTCATTGAGATCTTTCAAA
TTTTTCTTTAACTTATTTTAAGAATTGTGTTTTTACTTTATGTTTTCAAA
GAGCAAGTATGTGCATGTGGATAATTGAGTAACTGGATAAAATAACAGCA
AGGAAAATATTATAAAAATGTATAAAAATGTAATTCCTTTTTTTAAAAGC
AGCATTTTTCTCTTTATATTGTTATTAGTGCTTAGTTAGTCTTTTGTTTC
ATCTGTCTTCTGTATATTAAGTTTTACGTTGATTAATTGACGTAATTTTT
GTGGATTCTGACCATTTCGGCGAAAAATAGTCTTCGTGACAAACTTTTAG
AATCAGTTTTTTGTCAAAACCACTAGGAGAATTTGTGAGTTTTTTTCCAC
GTTAGAATTGTAAATCTTTGACTTTTGAAAAAATGTAACGCACCCCCCCC
CCTAAAGTATTAAATCTTATTGAATCTTTGGAGAGAGAAAAGCAAGTCAT
ATTACTTCTGAACAAATTTATTGTGTTTAGATTTGTATTGTCAAGTCCAC
CTATTGCAATCAATAAGAGTGCCTGTTTCTATTTTATATATATACTTTTT
TTGATTTCTTTAAAAACCTTATTATTCTGTAAATTAGTCACAATTTAAAA
TAGAAAATACTATTAATCTAC Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000317:178547..181367- >TCONS_00019038 ID=TCONS_00019038|Name=TCONS_00019038|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=1824bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000317:178547..181367- (Clytia hemisphaerica)
GCTACAAAAGAAGACGTATATCATTCTGTTTGACTGGTTTGACCAGTACT
TCTATCCTGGCGTACATGGTTCTGGTTGTTGAATCAAGGTTCTCATTGAT
GATTAACATATTAATATCAATGTCCATTGGTTTATTTGTCAGTCTTTTTA
CCACCACCTTATTGTATTGTGGTTTGTTTATTACTGGGTTATTTGCTGGA
TTCGTCAATGGTTTTGTCTTTTTGATGATCTATACTACATTCAAACCGAT
TGATTCTGTGGCTCTGGGCTGCTTGATTGTTGCTGTATTTGGTTTGGGAC
AAGTGTTCATTACAATGTGGTGGAAACACCGTATGCATATCTTGTCATCC
TGTATCTTTGCTGCCGGTGTTATGATGTGTTCCTTGGATTACTTCGTTGA
AGGCTTCTTCATACTGGAGTATATGGAAATGAAAATTTTCTATAACCGTG
TTGCAGAGTTGTGTTGGTGGTCTTATCTGGTGTTAGCATTATTTGCTTTA
TTCCTTGTGATCGGGTTATTGGTGCAATGCTTATGGAGTGGTAAAGAGAA
ACAAAAGGAGCCGTACACTTTTGTTTATTTGACCAGGAGACGTGGGCAAT
CCAGGAATCGCCAGAGCTATGTCAATCCATATGGTCATGATGAGCATAAT
TATTTGATTAATAATTCATAAATGTTACAATCAAACAAGCTAGTATTTGT
TGTACTAATGCTTAGCAATGTACTTCACGTACAAACACAAAACTACAATG
AAAACTATAATGAACCAATCAAGGAAAGCCCATTAAATTTTGATATTGAT
TCTAAGAAGAATGCACCTCTACCTACTTGTGAATTTTCTTATGATTATGA
CTTGGCACGTGGTATCTTGTCAGCTGTATGCTTTGTCATGGCAGCCTTCA
TCCTTGTTTTTGGCTACAAAAGAAGACGTATATCATTCTGTTTGACTGGT
TTGACCAGTACTTCTATCCTGGCGTACATGGTTCTGGTTGTTGAATCAAG
GTTCTCATTGATGATTAACATATTAATATCAATGTCCATTGGTTTATTTG
TCAGTCTTTTTACCACCACCTTATTGTATTGTGGTTTGTTTATTACTGGG
TTATTTGCTGGATTCGTCAATGGTTTTGTCTTTTTGATGATCTATACTAC
ATTCAAACCGATTGATTCTGTGGCTCTGGGCTGCTTGATTGTTGCTGTAT
TTGGTTTGGGACAAGTGTTCATTACAATGTGGTGGAAACACCGTATGCAT
ATCTTGTCATCCTGTATCTTTGCTGCCGGTGTTATGATGTGTTCCTTGGA
TTACTTCGTTGAAGGCTTCTTCATACTGGAGTATATGGAAATGAAAATTT
TCTATAACCGTGTTGCAGAGTTGTGTTGGTGGTCTTATCTGGTGTTAGCA
TTATTTGCTTTATTCCTTGTGATCGGGTTATTGGTGCAATGCTTATGGAG
TGGTAAAGAGAAACAAAAGGAGCCGTACACTTTTGTTTATTTGACCAGGA
GACGTGGGCAATCCAGGAATCGCCAGAGCTATGTCAATCCATATGGTCAT
GATGAGCATAATTATTTGATTAATAATTCATAAATGTTACAATCAAACAA
GCTAGTATTTGTTGTACTAATGCTTAGCAATGTACTTCACGTACAAACAC
AAAACTACAATGAAAACTATAATGAACCAATCAAGGAAAGCCCATTAAAT
TTTGATATTGATTCTAAGAAGAATGCACCTCTACCTACTTGTGAATTTTC
TTATGATTATGACTTGGCACGTGGTATCTTGTCAGCTGTATGCTTTGTCA
TGGCAGCCTTCATCCTTGTTTTTG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00019038-exon-sc0000317-1575043694:181088..181367 | TCONS_00019038-exon-sc0000317-1575043694:181088..181367 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00019038-exon-sc0000317-1575043694:178547..180546 | TCONS_00019038-exon-sc0000317-1575043694:178547..180546 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00019038-exon-sc0000317-1510915933:181088..181367 | TCONS_00019038-exon-sc0000317-1510915933:181088..181367 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00019038-exon-sc0000317-1510915933:178547..180546 | TCONS_00019038-exon-sc0000317-1510915933:178547..180546 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00019038-exon-sc0000317-1491911889:181088..181367 | TCONS_00019038-exon-sc0000317-1491911889:181088..181367 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00019038-exon-sc0000317-1491911889:178547..180546 | TCONS_00019038-exon-sc0000317-1491911889:178547..180546 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000317 | supercontig | sc0000317:178547..181367 - |
Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
| Term | Definition |
|---|
| IPR025256 | DUF4203 |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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