TCONS_00018974 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00018974
Unique Name	TCONS_00018974
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	1429

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000314:191676..205366+

transcript sequence

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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000314:191676..205366+

Legend: exon

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>TCONS_00018974 ID=TCONS_00018974|Name=TCONS_00018974|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=13691bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000314:191676..205366+ (Clytia hemisphaerica)
TTCAACATGGCCTTTTTGGGCCTGAACCTGAACCTTTGTAAATTGAAgta
taatgttttttttgcatCATAATCTGCTTGTtcctgttttcttctttttc
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CATCGACTGAAAGAAAACACTAAAAAAAGAGACTGAAGAggcagaattta
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TTGTTCAGAGATGCATGAAGAGAATGATCGAATCCTGTTTGTCATCATCG
GGCCCATACTGGATGAAGAATATGCTCGCAAATGTCGTCTCGCTACATCA
AAGTAAGAATGTCATACAGTGGAAAGTGAATTCTTGGTGTTTCTCATGTG
GACAGTTTTGTTTAACATTCGGTTTTGTGATAAGCATTTTAATTGGAATT
TTGActtaactttgctttttgatcatttttgacGACCCTGAGTAGACTAA
GGCCGCTTAATCGCACCATCCGGTCTAGTTAGAACATAGACGTCATATCA
AATTGCAAAATCCCAAGTCTATTAAAAAGCTGTAAGTAGACCCCGGGCTA
GTTGATTGGTAGATTTGTTTTAGTTGTTTTCATTGGACCTAAAAATCACT
TCAATCTCATTTTCTCTCTTAAAACACTTGTCTCATCTATAATTCTAGtt
atcattttgtttttttgcagaCTGAAAGGGATATACATGTTTGATCAAAT
ATCACGTGATAAAGTTCATGCTTTGATACACCAATCTGTTGCTTTGGTCA
ATTCCTCCATCGAAGAAGGCATGGCTGGAGCCATTCTTGAGGTAATGGTT
TCACGAATCTCGATGCACTATTATAGGATTGCAAACACACAATTTTAATT
CTCACCGCCAAAAGTGCTCAACGAAAGCTCAAAACGttgaaatcattaaa
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GCTCAGTCCTCCAGGCACTAATTCGTGCACGTGATATTTTCGGAAAGATG
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TCCACTGGATTGCTTTTCCAACACCCACAAGTAGGCTCATTTTTACATTA
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AAGGAATTTTAATTGAACCCACACGGAAGTNAATTGGACACTTAAGATTT
GAAATTAGATATGGAATTTTAACCGAATCTACACGGAAGTCATTTGACTG
ATCATGATCTGTGTATTTCGCCCTTGTGCTTTACTTGGgaaaatttaaaa
gatattctttgaaagATCACAGAGCTGTGAATCGTCGTGATTCTCTTTCA
CATGGATGTTgaactcaaaaattatcaactatCTTTTCTTCAACTTTAGT
GCTGAATTTAATTGTATTACGGCCACTTTATTTATCGAAATGCAAGGTCT
TTCATTATCCCATAGCAACAGGTCATTCATTCTGTGTAAGTGTGGAACAA
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CAATCTTCTTTTGGAAAACTCAACCCTGCGTAGAAACCTCATTCAAAACG
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TATcacgaaattatcaaaattcttGTCAAACCGTAGTAATTaacaaatac
acgtttttttataagagaatccaaaatttttgaagcctttg

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_010638	XLOC_010638	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000314	supercontig	sc0000314:191676..205366 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.51156	0.134626	1.16014	0.0395123	5.97791	1.46844	2.12725	5.02371	0.453002	0.390785	1.82261	1.48135	0.593002	0.359107	2.32447	1.03938	0.654157	3.93721	2.53842	0	2.30878	0.965265	3.52022	1.4224	0.715265	2.94714	2.3388	0.998412	1.51452	1.92882

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00018974 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: GL1D1 (Glycosyltransferase 1 domain-containing protein 1 OS=Homo sapiens GN=GLT1D1 PE=2 SV=2)

HSP 1 Score: 235.343 bits (599), Expect = 4.332e-72
Identity = 117/343 (34.11%), Postives = 196/343 (57.14%), Query Frame = 1

Query:  334 ILILAKLGAGTGNRTTAERIRQHLNNSDLCPLLCDVTQFRSPRDLSDYVIHNDVTCLIVIHAYRAGKFLNDISIPFALVFGGTDVQCSSWNDQENAIMADVVAKAIVLIAFSEVMKEAASVKWPSILKEKKIFVQPQGVTIEKIGPTNYSFQHLFNDNGMSEVKTKEKIIFLFVGGIRPVKDPLFLIYTFAQMHEENDRILFVIIGPILDEEYARKCRLATSKLKGIYMFDQISRDKVHALIHQSVALVNSSIEEGMAGAILESMKIETPVVVRNNRGNASIVQHQSTGLLFQHPQDFREQANLLLENSTLRRNLIQNAQDFIESNHNPDVERSTYHEIIKIL 1362
            +L LA L   TGN  TA+R+R HL  +    +L D   F S  ++++ ++  +    + +H YR G+ L    IPF ++FGGTDV   +   ++N +M  V+ +A   +AF+E MKE A  +WP    + K++VQ QG+        N++    F              IFL + G+R VKDPL+L+  F+  H+E   +  VI+GP +D  + R+ +    +  G+ +  ++ ++ +HA++    A+VNSS+ EGM+ AILE+M +E PV+ RN  GNA++V+H+ TGLLF +PQ+F   A  L+ +  L + ++ N ++++   H+  VER TY ++I+ L
Sbjct:    3 LLFLAVLRPHTGNAVTAQRVRAHLEAAGHVCVLKDAFDFESRSEIANLILAENCEAALALHLYRGGRLLQGHRIPFGVIFGGTDVNEDANQAEKNTVMGRVLEEARFAVAFTESMKEMAQAQWPH--AKGKVYVQSQGIATTPNAAFNWN---TFLQRSEINQSADNLHIFLLICGLRQVKDPLYLVDAFSAWHQEEPNVHLVIVGPEVDPVFTREVKAKVKRAAGVRLIGEMPQEDLHAVVKNCFAVVNSSVSEGMSAAILEAMDLEVPVLARNIPGNAAVVKHEVTGLLFSNPQEFVHLAKRLVSDPALEKEIVVNGREYVRMYHSWQVERDTYQQLIRKL 340

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00018974 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00018974 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
GL1D1	4.332e-72	34.11	Glycosyltransferase 1 domain-containing protein 1 ...	[more]

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TCONS_00018974 (transcript) - C. hemisphaerica